data_4Q66
#
_model_server_result.job_id            yORMP-V3MIzUyJeLiBkKfQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-06 06:35:26' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          4q66 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":201}' 
#
_entry.id    4Q66 
#
_exptl.entry_id    4Q66 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              522.196 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4Q66 
_cell.length_a            114.659 
_cell.length_b            208.168 
_cell.length_c            155.078 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4Q66 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? hexameric 6 author_defined_assembly 1 
? hexameric 6 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,D,F,G,I,K,M,N,Q,R 1 1 
B,C,E,H,J,L,O,P,S,T 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 M N N 
? 4 O N N 
? 4 Q N N 
? 4 S N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 I OG1 THR 42 F THR 48 1_555 N MG MG . F MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? 
metalc ? metalc2 M O2B GNP . F GNP 201 1_555 N MG MG . F MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? 
metalc ? metalc3 M O3G GNP . F GNP 201 1_555 N MG MG . F MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? 
metalc ? metalc4 M O2G GNP . F GNP 201 1_555 N MG MG . F MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.771 ? 
metalc ? metalc5 J OG1 THR 42 L THR 48 1_555 P MG MG . L MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? 
metalc ? metalc6 O O2G GNP . L GNP 201 1_555 P MG MG . L MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? 
metalc ? metalc7 O O2B GNP . L GNP 201 1_555 P MG MG . L MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? 
metalc ? metalc8 O O3G GNP . L GNP 201 1_555 P MG MG . L MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.82 ? 
metalc ? metalc9 K OG1 THR 42 C THR 48 1_555 R MG MG . C MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? 
metalc ? metalc10 Q O2B GNP . C GNP 201 1_555 R MG MG . C MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? 
metalc ? metalc11 Q O2G GNP . C GNP 201 1_555 R MG MG . C MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.805 ? 
metalc ? metalc12 Q O3G GNP . C GNP 201 1_555 R MG MG . C MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.904 ? 
metalc ? metalc13 S O2B GNP . I GNP 201 1_555 T MG MG . I MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
metalc ? metalc14 S O2G GNP . I GNP 201 1_555 T MG MG . I MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.771 ? 
metalc ? metalc15 S O3G GNP . I GNP 201 1_555 T MG MG . I MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.862 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N6 O13 P3' 
_chem_comp.formula_weight    522.196 
_chem_comp.id                GNP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GNP doub 129 n n 
PG O2G GNP sing 130 n n 
PG O3G GNP sing 131 n n 
PG N3B GNP sing 132 n n 
O2G HOG2 GNP sing 133 n n 
O3G HOG3 GNP sing 134 n n 
N3B PB GNP sing 135 n n 
N3B HNB3 GNP sing 136 n n 
PB O1B GNP doub 137 n n 
PB O2B GNP sing 138 n n 
PB O3A GNP sing 139 n n 
O2B HOB2 GNP sing 140 n n 
O3A PA GNP sing 141 n n 
PA O1A GNP doub 142 n n 
PA O2A GNP sing 143 n n 
PA O5' GNP sing 144 n n 
O2A HOA2 GNP sing 145 n n 
O5' C5' GNP sing 146 n n 
C5' C4' GNP sing 147 n n 
C5' "H5'2" GNP sing 148 n n 
C5' "H5'1" GNP sing 149 n n 
C4' O4' GNP sing 150 n n 
C4' C3' GNP sing 151 n n 
C4' H4' GNP sing 152 n n 
O4' C1' GNP sing 153 n n 
C3' O3' GNP sing 154 n n 
C3' C2' GNP sing 155 n n 
C3' H3' GNP sing 156 n n 
O3' HO3' GNP sing 157 n n 
C2' O2' GNP sing 158 n n 
C2' C1' GNP sing 159 n n 
C2' H2' GNP sing 160 n n 
O2' HO2' GNP sing 161 n n 
C1' N9 GNP sing 162 n n 
C1' H1' GNP sing 163 n n 
N9 C8 GNP sing 164 n y 
N9 C4 GNP sing 165 n y 
C8 N7 GNP doub 166 n y 
C8 H8 GNP sing 167 n n 
N7 C5 GNP sing 168 n y 
C5 C6 GNP sing 169 n y 
C5 C4 GNP doub 170 n y 
C6 O6 GNP doub 171 n n 
C6 N1 GNP sing 172 n y 
N1 C2 GNP sing 173 n y 
N1 HN1 GNP sing 174 n n 
C2 N2 GNP sing 175 n n 
C2 N3 GNP doub 176 n y 
N2 HN21 GNP sing 177 n n 
N2 HN22 GNP sing 178 n n 
N3 C4 GNP sing 179 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     4Q66 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008722 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.002415 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.004804 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006691 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
M 4 GNP F 1 201 201 GNP GNP . 
N 5 MG F 1 202 202 MG MG . 
O 4 GNP L 1 201 201 GNP GNP . 
P 5 MG L 1 202 202 MG MG . 
Q 4 GNP C 1 201 201 GNP GNP . 
R 5 MG C 1 202 202 MG MG . 
S 4 GNP I 1 201 201 GNP GNP . 
T 5 MG I 1 202 202 MG MG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GNP . . . O 4 -7.185 -4.504 190.705 1 116.51 ? PG GNP 201 L 1 
HETATM 2 O O1G GNP . . . O 4 -7.788 -4.438 189.323 1 106.97 ? O1G GNP 201 L 1 
HETATM 3 O O2G GNP . . . O 4 -7.643 -3.441 191.675 1 126.18 ? O2G GNP 201 L 1 
HETATM 4 O O3G GNP . . . O 4 -5.695 -4.593 190.483 1 115.92 ? O3G GNP 201 L 1 
HETATM 5 N N3B GNP . . . O 4 -7.604 -5.872 191.373 1 201.29 ? N3B GNP 201 L 1 
HETATM 6 P PB GNP . . . O 4 -6.562 -6.713 192.212 1 105.32 ? PB GNP 201 L 1 
HETATM 7 O O1B GNP . . . O 4 -5.771 -7.585 191.315 1 108.9 ? O1B GNP 201 L 1 
HETATM 8 O O2B GNP . . . O 4 -5.831 -5.752 193.07 1 90.93 ? O2B GNP 201 L 1 
HETATM 9 O O3A GNP . . . O 4 -7.373 -7.621 193.124 1 109.15 ? O3A GNP 201 L 1 
HETATM 10 P PA GNP . . . O 4 -7.946 -7.101 194.433 1 107.91 ? PA GNP 201 L 1 
HETATM 11 O O1A GNP . . . O 4 -6.947 -7.379 195.488 1 111.75 ? O1A GNP 201 L 1 
HETATM 12 O O2A GNP . . . O 4 -8.409 -5.703 194.277 1 108.24 ? O2A GNP 201 L 1 
HETATM 13 O O5' GNP . . . O 4 -9.222 -7.972 194.764 1 86.39 ? O5' GNP 201 L 1 
HETATM 14 C C5' GNP . . . O 4 -9.113 -9.38 194.935 1 93.28 ? C5' GNP 201 L 1 
HETATM 15 C C4' GNP . . . O 4 -10.421 -9.95 195.451 1 103.64 ? C4' GNP 201 L 1 
HETATM 16 O O4' GNP . . . O 4 -10.267 -11.369 195.701 1 100.55 ? O4' GNP 201 L 1 
HETATM 17 C C3' GNP . . . O 4 -10.891 -9.366 196.774 1 111.84 ? C3' GNP 201 L 1 
HETATM 18 O O3' GNP . . . O 4 -12.3 -9.504 196.899 1 119.97 ? O3' GNP 201 L 1 
HETATM 19 C C2' GNP . . . O 4 -10.157 -10.243 197.781 1 111.57 ? C2' GNP 201 L 1 
HETATM 20 O O2' GNP . . . O 4 -10.821 -10.3 199.028 1 112.02 ? O2' GNP 201 L 1 
HETATM 21 C C1' GNP . . . O 4 -10.197 -11.607 197.095 1 111.25 ? C1' GNP 201 L 1 
HETATM 22 N N9 GNP . . . O 4 -9.01 -12.413 197.361 1 121.79 ? N9 GNP 201 L 1 
HETATM 23 C C8 GNP . . . O 4 -7.713 -11.968 197.446 1 122.97 ? C8 GNP 201 L 1 
HETATM 24 N N7 GNP . . . O 4 -6.854 -12.917 197.695 1 124.32 ? N7 GNP 201 L 1 
HETATM 25 C C5 GNP . . . O 4 -7.631 -14.065 197.78 1 129.04 ? C5 GNP 201 L 1 
HETATM 26 C C6 GNP . . . O 4 -7.253 -15.405 198.033 1 138.13 ? C6 GNP 201 L 1 
HETATM 27 O O6 GNP . . . O 4 -6.118 -15.858 198.236 1 145.79 ? O6 GNP 201 L 1 
HETATM 28 N N1 GNP . . . O 4 -8.353 -16.259 198.033 1 136.92 ? N1 GNP 201 L 1 
HETATM 29 C C2 GNP . . . O 4 -9.653 -15.867 197.818 1 130.82 ? C2 GNP 201 L 1 
HETATM 30 N N2 GNP . . . O 4 -10.58 -16.835 197.857 1 132.93 ? N2 GNP 201 L 1 
HETATM 31 N N3 GNP . . . O 4 -10.021 -14.615 197.581 1 123.36 ? N3 GNP 201 L 1 
HETATM 32 C C4 GNP . . . O 4 -8.961 -13.771 197.576 1 124.63 ? C4 GNP 201 L 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              56 
_model_server_stats.parse_time_ms           13 
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_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           32 
#