data_4QAG # _model_server_result.job_id BkQy1HlEznYWmag0kOD-Zw _model_server_result.datetime_utc '2025-03-04 16:27:28' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4qag # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":602}' # _entry.id 4QAG # _exptl.entry_id 4QAG _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 4QAG _cell.length_a 51.164 _cell.length_b 51.164 _cell.length_c 112.1 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4QAG _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 144 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 31' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,I 1 1 B,F,G,H,J 2 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J 3 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 F N N ? 2 G N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 19 A ASP 443 1_555 C MN MN . A MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 19 A ASP 443 1_555 D MN MN . A MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? metalc ? metalc3 A OE2 GLU 54 A GLU 478 1_555 D MN MN . A MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 74 A ASP 498 1_555 D MN MN . A MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 74 A ASP 498 1_555 D MN MN . A MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 125 A ASP 549 1_555 C MN MN . A MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? metalc ? metalc7 C MN MN . A MN 601 1_555 E O1 F95 . A F95 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.989 ? metalc ? metalc8 C MN MN . A MN 601 1_555 E O2 F95 . A F95 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? metalc ? metalc9 C MN MN . A MN 601 1_555 I O HOH . A HOH 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc10 C MN MN . A MN 601 1_555 I O HOH . A HOH 712 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? metalc ? metalc11 D MN MN . A MN 602 1_555 E O1 F95 . A F95 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? metalc ? metalc12 D MN MN . A MN 602 1_555 E O3 F95 . A F95 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? metalc ? metalc13 B OD1 ASP 19 B ASP 443 1_555 F MN MN . B MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc14 B OD2 ASP 19 B ASP 443 1_555 G MN MN . B MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? metalc ? metalc15 B OE1 GLU 54 B GLU 478 1_555 G MN MN . B MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? metalc ? metalc16 B OD1 ASP 74 B ASP 498 1_555 G MN MN . B MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? metalc ? metalc17 B OD2 ASP 74 B ASP 498 1_555 G MN MN . B MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc18 B OD1 ASP 125 B ASP 549 1_555 F MN MN . B MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? metalc ? metalc19 F MN MN . B MN 601 1_555 H O1 F95 . B F95 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? metalc ? metalc20 F MN MN . B MN 601 1_555 H O2 F95 . B F95 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? metalc ? metalc21 F MN MN . B MN 601 1_555 J O HOH . B HOH 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? metalc ? metalc22 F MN MN . B MN 601 1_555 J O HOH . B HOH 717 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc23 G MN MN . B MN 602 1_555 H O1 F95 . B F95 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.993 ? metalc ? metalc24 G MN MN . B MN 602 1_555 H O3 F95 . B F95 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.549 ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4QAG _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.019545 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.011284 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.022569 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008921 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 MN A 1 601 1 MN MN . D 2 MN A 1 602 2 MN MN . E 3 F95 A 1 603 1001 F95 F95 . F 2 MN B 1 601 3 MN MN . G 2 MN B 1 602 4 MN MN . H 3 F95 B 1 603 1002 F95 F95 . I 4 HOH A 1 701 2 HOH WAT . I 4 HOH A 2 702 4 HOH WAT . I 4 HOH A 3 703 5 HOH WAT . I 4 HOH A 4 704 6 HOH WAT . I 4 HOH A 5 705 11 HOH WAT . I 4 HOH A 6 706 13 HOH WAT . I 4 HOH A 7 707 15 HOH WAT . I 4 HOH A 8 708 16 HOH WAT . I 4 HOH A 9 709 18 HOH WAT . I 4 HOH A 10 710 20 HOH WAT . I 4 HOH A 11 711 23 HOH WAT . I 4 HOH A 12 712 24 HOH WAT . I 4 HOH A 13 713 25 HOH WAT . I 4 HOH A 14 714 26 HOH WAT . I 4 HOH A 15 715 27 HOH WAT . I 4 HOH A 16 716 29 HOH WAT . I 4 HOH A 17 717 31 HOH WAT . I 4 HOH A 18 718 33 HOH WAT . I 4 HOH A 19 719 35 HOH WAT . I 4 HOH A 20 720 38 HOH WAT . I 4 HOH A 21 721 40 HOH WAT . I 4 HOH A 22 722 43 HOH WAT . I 4 HOH A 23 723 46 HOH WAT . I 4 HOH A 24 724 47 HOH WAT . I 4 HOH A 25 725 50 HOH WAT . I 4 HOH A 26 726 51 HOH WAT . I 4 HOH A 27 727 53 HOH WAT . I 4 HOH A 28 728 61 HOH WAT . I 4 HOH A 29 729 62 HOH WAT . I 4 HOH A 30 730 63 HOH WAT . I 4 HOH A 31 731 69 HOH WAT . I 4 HOH A 32 732 70 HOH WAT . I 4 HOH A 33 733 74 HOH WAT . I 4 HOH A 34 734 75 HOH WAT . I 4 HOH A 35 735 79 HOH WAT . I 4 HOH A 36 736 80 HOH WAT . I 4 HOH A 37 737 81 HOH WAT . I 4 HOH A 38 738 89 HOH WAT . I 4 HOH A 39 739 90 HOH WAT . I 4 HOH A 40 740 93 HOH WAT . I 4 HOH A 41 741 100 HOH WAT . I 4 HOH A 42 742 101 HOH WAT . I 4 HOH A 43 743 102 HOH WAT . I 4 HOH A 44 744 103 HOH WAT . I 4 HOH A 45 745 104 HOH WAT . I 4 HOH A 46 746 105 HOH WAT . I 4 HOH A 47 747 106 HOH WAT . I 4 HOH A 48 748 108 HOH WAT . I 4 HOH A 49 749 109 HOH WAT . I 4 HOH A 50 750 110 HOH WAT . I 4 HOH A 51 751 112 HOH WAT . I 4 HOH A 52 752 113 HOH WAT . I 4 HOH A 53 753 114 HOH WAT . I 4 HOH A 54 754 115 HOH WAT . I 4 HOH A 55 755 117 HOH WAT . I 4 HOH A 56 756 126 HOH WAT . I 4 HOH A 57 757 127 HOH WAT . I 4 HOH A 58 758 128 HOH WAT . I 4 HOH A 59 759 129 HOH WAT . I 4 HOH A 60 760 131 HOH WAT . I 4 HOH A 61 761 132 HOH WAT . I 4 HOH A 62 762 133 HOH WAT . I 4 HOH A 63 763 134 HOH WAT . I 4 HOH A 64 764 135 HOH WAT . I 4 HOH A 65 765 136 HOH WAT . I 4 HOH A 66 766 140 HOH WAT . I 4 HOH A 67 767 143 HOH WAT . I 4 HOH A 68 768 146 HOH WAT . I 4 HOH A 69 769 147 HOH WAT . I 4 HOH A 70 770 150 HOH WAT . I 4 HOH A 71 771 152 HOH WAT . I 4 HOH A 72 772 154 HOH WAT . I 4 HOH A 73 773 155 HOH WAT . I 4 HOH A 74 774 156 HOH WAT . I 4 HOH A 75 775 157 HOH WAT . I 4 HOH A 76 776 158 HOH WAT . I 4 HOH A 77 777 161 HOH WAT . I 4 HOH A 78 778 163 HOH WAT . I 4 HOH A 79 779 168 HOH WAT . I 4 HOH A 80 780 169 HOH WAT . I 4 HOH A 81 781 171 HOH WAT . I 4 HOH A 82 782 172 HOH WAT . I 4 HOH A 83 783 173 HOH WAT . I 4 HOH A 84 784 174 HOH WAT . I 4 HOH A 85 785 176 HOH WAT . I 4 HOH A 86 786 177 HOH WAT . J 4 HOH B 1 701 1 HOH WAT . J 4 HOH B 2 702 3 HOH WAT . J 4 HOH B 3 703 7 HOH WAT . J 4 HOH B 4 704 8 HOH WAT . J 4 HOH B 5 705 9 HOH WAT . J 4 HOH B 6 706 12 HOH WAT . J 4 HOH B 7 707 14 HOH WAT . J 4 HOH B 8 708 17 HOH WAT . J 4 HOH B 9 709 19 HOH WAT . J 4 HOH B 10 710 21 HOH WAT . J 4 HOH B 11 711 22 HOH WAT . J 4 HOH B 12 712 28 HOH WAT . J 4 HOH B 13 713 30 HOH WAT . J 4 HOH B 14 714 32 HOH WAT . J 4 HOH B 15 715 34 HOH WAT . J 4 HOH B 16 716 36 HOH WAT . J 4 HOH B 17 717 37 HOH WAT . J 4 HOH B 18 718 39 HOH WAT . J 4 HOH B 19 719 41 HOH WAT . J 4 HOH B 20 720 42 HOH WAT . J 4 HOH B 21 721 44 HOH WAT . J 4 HOH B 22 722 45 HOH WAT . J 4 HOH B 23 723 48 HOH WAT . J 4 HOH B 24 724 49 HOH WAT . J 4 HOH B 25 725 52 HOH WAT . J 4 HOH B 26 726 54 HOH WAT . J 4 HOH B 27 727 55 HOH WAT . J 4 HOH B 28 728 56 HOH WAT . J 4 HOH B 29 729 57 HOH WAT . J 4 HOH B 30 730 58 HOH WAT . J 4 HOH B 31 731 59 HOH WAT . J 4 HOH B 32 732 60 HOH WAT . J 4 HOH B 33 733 64 HOH WAT . J 4 HOH B 34 734 65 HOH WAT . J 4 HOH B 35 735 66 HOH WAT . J 4 HOH B 36 736 67 HOH WAT . J 4 HOH B 37 737 68 HOH WAT . J 4 HOH B 38 738 71 HOH WAT . J 4 HOH B 39 739 72 HOH WAT . J 4 HOH B 40 740 73 HOH WAT . J 4 HOH B 41 741 76 HOH WAT . J 4 HOH B 42 742 77 HOH WAT . J 4 HOH B 43 743 78 HOH WAT . J 4 HOH B 44 744 82 HOH WAT . J 4 HOH B 45 745 83 HOH WAT . J 4 HOH B 46 746 84 HOH WAT . J 4 HOH B 47 747 85 HOH WAT . J 4 HOH B 48 748 86 HOH WAT . J 4 HOH B 49 749 87 HOH WAT . J 4 HOH B 50 750 88 HOH WAT . J 4 HOH B 51 751 91 HOH WAT . J 4 HOH B 52 752 92 HOH WAT . J 4 HOH B 53 753 94 HOH WAT . J 4 HOH B 54 754 95 HOH WAT . J 4 HOH B 55 755 96 HOH WAT . J 4 HOH B 56 756 97 HOH WAT . J 4 HOH B 57 757 98 HOH WAT . J 4 HOH B 58 758 99 HOH WAT . J 4 HOH B 59 759 107 HOH WAT . J 4 HOH B 60 760 111 HOH WAT . J 4 HOH B 61 761 116 HOH WAT . J 4 HOH B 62 762 118 HOH WAT . J 4 HOH B 63 763 119 HOH WAT . J 4 HOH B 64 764 120 HOH WAT . J 4 HOH B 65 765 121 HOH WAT . J 4 HOH B 66 766 122 HOH WAT . J 4 HOH B 67 767 123 HOH WAT . J 4 HOH B 68 768 124 HOH WAT . J 4 HOH B 69 769 125 HOH WAT . J 4 HOH B 70 770 130 HOH WAT . J 4 HOH B 71 771 137 HOH WAT . J 4 HOH B 72 772 138 HOH WAT . J 4 HOH B 73 773 139 HOH WAT . J 4 HOH B 74 774 141 HOH WAT . J 4 HOH B 75 775 142 HOH WAT . J 4 HOH B 76 776 144 HOH WAT . J 4 HOH B 77 777 145 HOH WAT . J 4 HOH B 78 778 148 HOH WAT . J 4 HOH B 79 779 149 HOH WAT . J 4 HOH B 80 780 151 HOH WAT . J 4 HOH B 81 781 153 HOH WAT . J 4 HOH B 82 782 159 HOH WAT . J 4 HOH B 83 783 160 HOH WAT . J 4 HOH B 84 784 162 HOH WAT . J 4 HOH B 85 785 164 HOH WAT . J 4 HOH B 86 786 165 HOH WAT . J 4 HOH B 87 787 166 HOH WAT . J 4 HOH B 88 788 167 HOH WAT . J 4 HOH B 89 789 170 HOH WAT . J 4 HOH B 90 790 175 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id G _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x -9.431 _atom_site.Cartn_y 25.513 _atom_site.Cartn_z 6.184 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 45.3 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 602 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 6 _model_server_stats.query_time_ms 264 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #