data_4QB9
#
_model_server_result.job_id            4gtjcMG8-MLLUBqhgE96Lw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 03:58:21' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4qb9 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":500}' 
#
_entry.id    4QB9 
#
_exptl.entry_id    4QB9 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              615.628 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            PAROMOMYCIN 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4QB9 
_cell.length_a            107.269 
_cell.length_b            126.536 
_cell.length_c            236.641 
_cell.Z_PDB               24 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4QB9 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 G N N 
? 2 I N N 
? 2 K N N 
? 2 M N N 
? 2 O N N 
? 2 Q N N 
#
_chem_comp.formula           'C23 H45 N5 O14' 
_chem_comp.formula_weight    615.628 
_chem_comp.id                PAR 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              PAROMOMYCIN 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'PAROMOMYCIN I;AMMINOSIDIN;CATENULIN;CRESTOMYCIN;MONOMYCIN A;NEOMYCIN E' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C11 O11 PAR sing 235 n n 
C11 C21 PAR sing 236 n n 
C11 O51 PAR sing 237 n n 
C11 H11 PAR sing 238 n n 
O11 C42 PAR sing 239 n n 
C21 N21 PAR sing 240 n n 
C21 C31 PAR sing 241 n n 
C21 H21 PAR sing 242 n n 
N21 HN21 PAR sing 243 n n 
N21 HN22 PAR sing 244 n n 
C31 O31 PAR sing 245 n n 
C31 C41 PAR sing 246 n n 
C31 H31 PAR sing 247 n n 
O31 HO31 PAR sing 248 n n 
C41 O41 PAR sing 249 n n 
C41 C51 PAR sing 250 n n 
C41 H41 PAR sing 251 n n 
O41 HO41 PAR sing 252 n n 
C51 O51 PAR sing 253 n n 
C51 C61 PAR sing 254 n n 
C51 H51 PAR sing 255 n n 
C61 O61 PAR sing 256 n n 
C61 H611 PAR sing 257 n n 
C61 H612 PAR sing 258 n n 
O61 HO61 PAR sing 259 n n 
C12 N12 PAR sing 260 n n 
C12 C22 PAR sing 261 n n 
C12 C62 PAR sing 262 n n 
C12 H12 PAR sing 263 n n 
N12 H121 PAR sing 264 n n 
N12 H122 PAR sing 265 n n 
C22 C32 PAR sing 266 n n 
C22 H221 PAR sing 267 n n 
C22 H222 PAR sing 268 n n 
C32 N32 PAR sing 269 n n 
C32 C42 PAR sing 270 n n 
C32 H32 PAR sing 271 n n 
N32 H321 PAR sing 272 n n 
N32 H322 PAR sing 273 n n 
C42 C52 PAR sing 274 n n 
C42 H42 PAR sing 275 n n 
C52 O52 PAR sing 276 n n 
C52 C62 PAR sing 277 n n 
C52 H52 PAR sing 278 n n 
O52 C13 PAR sing 279 n n 
C62 O62 PAR sing 280 n n 
C62 H62 PAR sing 281 n n 
O62 HO62 PAR sing 282 n n 
C13 C23 PAR sing 283 n n 
C13 O43 PAR sing 284 n n 
C13 H13 PAR sing 285 n n 
C23 O23 PAR sing 286 n n 
C23 C33 PAR sing 287 n n 
C23 H23 PAR sing 288 n n 
O23 HO23 PAR sing 289 n n 
C33 O33 PAR sing 290 n n 
C33 C43 PAR sing 291 n n 
C33 H33 PAR sing 292 n n 
O33 C14 PAR sing 293 n n 
C43 O43 PAR sing 294 n n 
C43 C53 PAR sing 295 n n 
C43 H43 PAR sing 296 n n 
C53 O53 PAR sing 297 n n 
C53 H531 PAR sing 298 n n 
C53 H532 PAR sing 299 n n 
O53 HO53 PAR sing 300 n n 
C14 C24 PAR sing 301 n n 
C14 O54 PAR sing 302 n n 
C14 H14 PAR sing 303 n n 
C24 N24 PAR sing 304 n n 
C24 C34 PAR sing 305 n n 
C24 H24 PAR sing 306 n n 
N24 H241 PAR sing 307 n n 
N24 H242 PAR sing 308 n n 
C34 O34 PAR sing 309 n n 
C34 C44 PAR sing 310 n n 
C34 H34 PAR sing 311 n n 
O34 HO34 PAR sing 312 n n 
C44 O44 PAR sing 313 n n 
C44 C54 PAR sing 314 n n 
C44 H44 PAR sing 315 n n 
O44 HO44 PAR sing 316 n n 
C54 O54 PAR sing 317 n n 
C54 C64 PAR sing 318 n n 
C54 H54 PAR sing 319 n n 
C64 N64 PAR sing 320 n n 
C64 H641 PAR sing 321 n n 
C64 H642 PAR sing 322 n n 
N64 HN61 PAR sing 323 n n 
N64 HN62 PAR sing 324 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4QB9 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009322 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007903 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004226 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 PAR A 1 500 500 PAR PAR . 
H 3 SO4 A 1 501 501 SO4 SO4 . 
I 2 PAR B 1 500 500 PAR PAR . 
J 3 SO4 B 1 501 501 SO4 SO4 . 
K 2 PAR C 1 500 500 PAR PAR . 
L 3 SO4 C 1 501 501 SO4 SO4 . 
M 2 PAR D 1 500 500 PAR PAR . 
N 3 SO4 D 1 501 501 SO4 SO4 . 
O 2 PAR E 1 500 500 PAR PAR . 
P 3 SO4 E 1 501 501 SO4 SO4 . 
Q 2 PAR F 1 500 500 PAR PAR . 
R 3 SO4 F 1 501 501 SO4 SO4 . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C11 PAR . . . Q 2 19.522 -10.691 -5.654 1 60.5 ? C11 PAR 500 F 1 
HETATM 2 O O11 PAR . . . Q 2 18.595 -9.852 -5.015 1 67.38 ? O11 PAR 500 F 1 
HETATM 3 C C21 PAR . . . Q 2 18.734 -11.883 -6.148 1 64.52 ? C21 PAR 500 F 1 
HETATM 4 N N21 PAR . . . Q 2 17.619 -11.432 -6.981 1 57.61 ? N21 PAR 500 F 1 
HETATM 5 C C31 PAR . . . Q 2 18.296 -12.717 -4.98 1 68.63 ? C31 PAR 500 F 1 
HETATM 6 O O31 PAR . . . Q 2 17.318 -13.738 -5.35 1 73.09 ? O31 PAR 500 F 1 
HETATM 7 C C41 PAR . . . Q 2 19.517 -13.325 -4.345 1 64.26 ? C41 PAR 500 F 1 
HETATM 8 O O41 PAR . . . Q 2 19.167 -14.3 -3.337 1 56.97 ? O41 PAR 500 F 1 
HETATM 9 C C51 PAR . . . Q 2 20.421 -12.23 -3.779 1 62.07 ? C51 PAR 500 F 1 
HETATM 10 O O51 PAR . . . Q 2 20.614 -11.066 -4.69 1 59.74 ? O51 PAR 500 F 1 
HETATM 11 C C61 PAR . . . Q 2 21.775 -12.774 -3.414 1 64.13 ? C61 PAR 500 F 1 
HETATM 12 O O61 PAR . . . Q 2 21.736 -14.033 -2.737 1 68.24 ? O61 PAR 500 F 1 
HETATM 13 C C12 PAR . . . Q 2 17.641 -6.058 -4.266 1 60.17 ? C12 PAR 500 F 1 
HETATM 14 N N12 PAR . . . Q 2 17.161 -4.466 -4.165 1 55.46 ? N12 PAR 500 F 1 
HETATM 15 C C22 PAR . . . Q 2 18.971 -6.15 -4.709 1 61.34 ? C22 PAR 500 F 1 
HETATM 16 C C32 PAR . . . Q 2 19.378 -7.612 -4.655 1 64.51 ? C32 PAR 500 F 1 
HETATM 17 N N32 PAR . . . Q 2 20.692 -7.72 -5.091 1 62.26 ? N32 PAR 500 F 1 
HETATM 18 C C42 PAR . . . Q 2 18.411 -8.701 -5.453 1 66.3 ? C42 PAR 500 F 1 
HETATM 19 C C52 PAR . . . Q 2 16.87 -8.224 -5.062 1 61.11 ? C52 PAR 500 F 1 
HETATM 20 O O52 PAR . . . Q 2 15.89 -8.728 -5.934 1 62.15 ? O52 PAR 500 F 1 
HETATM 21 C C62 PAR . . . Q 2 16.616 -6.72 -4.897 1 60.42 ? C62 PAR 500 F 1 
HETATM 22 O O62 PAR . . . Q 2 15.424 -6.534 -4.036 1 71.05 ? O62 PAR 500 F 1 
HETATM 23 C C13 PAR . . . Q 2 14.811 -9.443 -5.266 1 68.64 ? C13 PAR 500 F 1 
HETATM 24 C C23 PAR . . . Q 2 13.418 -9.417 -6.106 1 76.03 ? C23 PAR 500 F 1 
HETATM 25 O O23 PAR . . . Q 2 12.626 -8.257 -5.655 1 76.26 ? O23 PAR 500 F 1 
HETATM 26 C C33 PAR . . . Q 2 12.876 -10.643 -6.021 1 72.26 ? C33 PAR 500 F 1 
HETATM 27 O O33 PAR . . . Q 2 11.338 -10.854 -6.015 1 69.45 ? O33 PAR 500 F 1 
HETATM 28 C C43 PAR . . . Q 2 13.598 -11.286 -4.834 1 65.03 ? C43 PAR 500 F 1 
HETATM 29 O O43 PAR . . . Q 2 15.029 -10.699 -5.033 1 70.3 ? O43 PAR 500 F 1 
HETATM 30 C C53 PAR . . . Q 2 13.54 -12.686 -4.889 1 69.57 ? C53 PAR 500 F 1 
HETATM 31 O O53 PAR . . . Q 2 14.297 -13.215 -5.959 1 79.2 ? O53 PAR 500 F 1 
HETATM 32 C C14 PAR . . . Q 2 10.667 -10.348 -4.887 1 68.57 ? C14 PAR 500 F 1 
HETATM 33 C C24 PAR . . . Q 2 9.408 -11.148 -4.585 1 64.81 ? C24 PAR 500 F 1 
HETATM 34 N N24 PAR . . . Q 2 8.632 -11.446 -5.783 1 51.84 ? N24 PAR 500 F 1 
HETATM 35 C C34 PAR . . . Q 2 8.572 -10.515 -3.503 1 67.69 ? C34 PAR 500 F 1 
HETATM 36 O O34 PAR . . . Q 2 8.653 -11.474 -2.398 1 61.77 ? O34 PAR 500 F 1 
HETATM 37 C C44 PAR . . . Q 2 8.942 -9.153 -2.933 1 67.25 ? C44 PAR 500 F 1 
HETATM 38 O O44 PAR . . . Q 2 7.766 -8.396 -2.485 1 56.11 ? O44 PAR 500 F 1 
HETATM 39 C C54 PAR . . . Q 2 9.851 -8.273 -3.813 1 67.77 ? C54 PAR 500 F 1 
HETATM 40 O O54 PAR . . . Q 2 10.344 -8.908 -5.046 1 65.23 ? O54 PAR 500 F 1 
HETATM 41 C C64 PAR . . . Q 2 9.107 -7.037 -4.189 1 74.73 ? C64 PAR 500 F 1 
HETATM 42 N N64 PAR . . . Q 2 9.663 -5.891 -3.554 1 76.69 ? N64 PAR 500 F 1 
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_model_server_stats.io_time_ms              12 
_model_server_stats.parse_time_ms           7 
_model_server_stats.create_model_time_ms    23 
_model_server_stats.query_time_ms           329 
_model_server_stats.encode_time_ms          8 
_model_server_stats.element_count           42 
#