data_4QFX
#
_model_server_result.job_id            mD1XhM3hmpB3V0x34OzxRQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-24 18:28:10' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4qfx 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"W","auth_seq_id":702}' 
#
_entry.id    4QFX 
#
_exptl.entry_id    4QFX 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              507.181 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          114.63 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4QFX 
_cell.length_a            88.561 
_cell.length_b            147.264 
_cell.length_c            98.795 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4QFX 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 H N N 
? 2 L N N 
? 2 M N N 
? 2 Q N N 
? 2 R N N 
? 2 W N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 E O3G DGT . A DGT 701 1_555 S MG MG . C MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? 
metalc ? metalc2 E O2B DGT . A DGT 701 1_555 S MG MG . C MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? 
metalc ? metalc3 E O2A DGT . A DGT 701 1_555 S MG MG . C MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? 
metalc ? metalc4 F O2B DGT . A DGT 702 1_555 K MG MG . A MG 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc5 F O2G DGT . A DGT 702 1_555 K MG MG . A MG 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? 
metalc ? metalc6 G O1G DTP . A DTP 703 1_555 I MG MG . A MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? 
metalc ? metalc7 G O1B DTP . A DTP 703 1_555 I MG MG . A MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.956 ? 
metalc ? metalc8 H O3G DGT . A DGT 704 1_555 J MG MG . A MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.965 ? 
metalc ? metalc9 H O2B DGT . A DGT 704 1_555 J MG MG . A MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? 
metalc ? metalc10 H O2A DGT . A DGT 704 1_555 J MG MG . A MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc11 I MG MG . A MG 705 1_555 Q O1G DGT . C DGT 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.978 ? 
metalc ? metalc12 I MG MG . A MG 705 1_555 Q O1B DGT . C DGT 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? 
metalc ? metalc13 I MG MG . A MG 705 1_555 Q O1A DGT . C DGT 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? 
metalc ? metalc14 J MG MG . A MG 706 1_555 N O1B DTP . B DTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.984 ? 
metalc ? metalc15 J MG MG . A MG 706 1_555 N O3G DTP . B DTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc16 K MG MG . A MG 707 1_555 Y O HOH . A HOH 869 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? 
metalc ? metalc17 K MG MG . A MG 707 1_555 Y O HOH . A HOH 873 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? 
metalc ? metalc18 L O1G DGT . B DGT 701 1_555 T MG MG . C MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.905 ? 
metalc ? metalc19 L O1A DGT . B DGT 701 1_555 T MG MG . C MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.938 ? 
metalc ? metalc20 M O1B DGT . B DGT 702 1_555 O MG MG . B MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
metalc ? metalc21 M O2G DGT . B DGT 702 1_555 O MG MG . B MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? 
metalc ? metalc22 O MG MG . B MG 704 1_555 Z O HOH . B HOH 878 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? 
metalc ? metalc23 O MG MG . B MG 704 1_555 Z O HOH . B HOH 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? 
metalc ? metalc24 Z O HOH . B HOH 842 1_555 T MG MG . C MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.697 ? 
metalc ? metalc25 P O2B DTP . C DTP 701 1_555 S MG MG . C MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
metalc ? metalc26 P O3G DTP . C DTP 701 1_555 S MG MG . C MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? 
metalc ? metalc27 R O2G DGT . C DGT 703 1_555 U MG MG . C MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.984 ? 
metalc ? metalc28 R O1B DGT . C DGT 703 1_555 U MG MG . C MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
metalc ? metalc29 T MG MG . C MG 705 1_555 V O2B DTP . D DTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.908 ? 
metalc ? metalc30 U MG MG . C MG 706 1_555 AA O HOH . C HOH 857 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? 
metalc ? metalc31 U MG MG . C MG 706 1_555 AA O HOH . C HOH 860 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? 
metalc ? metalc32 W O2B DGT . D DGT 702 1_555 X MG MG . D MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? 
metalc ? metalc33 W O2G DGT . D DGT 702 1_555 X MG MG . D MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? 
metalc ? metalc34 X MG MG . D MG 703 1_555 BA O HOH . D HOH 890 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O13 P3' 
_chem_comp.formula_weight    507.181 
_chem_comp.id                DGT 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G DGT sing 83 n n 
PG O2G DGT sing 84 n n 
O1G HO1G DGT sing 85 n n 
O2G HO2G DGT sing 86 n n 
O3G PG DGT doub 87 n n 
O3B PG DGT sing 88 n n 
PB O3B DGT sing 89 n n 
PB O1B DGT sing 90 n n 
PB O3A DGT sing 91 n n 
O1B HO1B DGT sing 92 n n 
O2B PB DGT doub 93 n n 
PA O3A DGT sing 94 n n 
PA O1A DGT sing 95 n n 
O1A HO1A DGT sing 96 n n 
O2A PA DGT doub 97 n n 
O5' PA DGT sing 98 n n 
O5' C5' DGT sing 99 n n 
C5' H5' DGT sing 100 n n 
C5' "H5'A" DGT sing 101 n n 
C4' C5' DGT sing 102 n n 
C4' H4' DGT sing 103 n n 
O4' C4' DGT sing 104 n n 
C3' C4' DGT sing 105 n n 
C3' O3' DGT sing 106 n n 
C3' H3' DGT sing 107 n n 
O3' HO3' DGT sing 108 n n 
C2' C3' DGT sing 109 n n 
C2' C1' DGT sing 110 n n 
C2' H2' DGT sing 111 n n 
C2' "H2'A" DGT sing 112 n n 
C1' O4' DGT sing 113 n n 
C1' H1' DGT sing 114 n n 
N9 C1' DGT sing 115 n n 
N9 C4 DGT sing 116 n y 
C8 N9 DGT sing 117 n y 
C8 H8 DGT sing 118 n n 
N7 C8 DGT doub 119 n y 
N7 C5 DGT sing 120 n y 
C5 C6 DGT sing 121 n n 
C5 C4 DGT doub 122 n y 
C6 N1 DGT sing 123 n n 
O6 C6 DGT doub 124 n n 
N1 C2 DGT sing 125 n n 
C2 N3 DGT doub 126 n n 
C2 N2 DGT sing 127 n n 
N2 HN2 DGT sing 128 n n 
N2 HN2A DGT sing 129 n n 
C4 N3 DGT sing 130 n n 
N1 H16 DGT sing 131 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4QFX 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011292 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.005176 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006791 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011135 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 DGT A 1 701 900 DGT DGT . 
F 2 DGT A 1 702 700 DGT DGT . 
G 3 DTP A 1 703 800 DTP DAT . 
H 2 DGT A 1 704 900 DGT DGT . 
I 4 MG A 1 705 1 MG MG . 
J 4 MG A 1 706 1 MG MG . 
K 4 MG A 1 707 1 MG MG . 
L 2 DGT B 1 701 900 DGT DGT . 
M 2 DGT B 1 702 700 DGT DGT . 
N 3 DTP B 1 703 800 DTP DAT . 
O 4 MG B 1 704 1 MG MG . 
P 3 DTP C 1 701 800 DTP DAT . 
Q 2 DGT C 1 702 900 DGT DGT . 
R 2 DGT C 1 703 700 DGT DGT . 
S 4 MG C 1 704 1 MG MG . 
T 4 MG C 1 705 1 MG MG . 
U 4 MG C 1 706 1 MG MG . 
V 3 DTP D 1 701 800 DTP DAT . 
W 2 DGT D 1 702 700 DGT DGT . 
X 4 MG D 1 703 1 MG MG . 
Y 5 HOH A 1 801 2 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 2 802 4 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 3 803 10 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 4 804 12 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 5 805 20 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 6 806 24 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 7 807 30 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 8 808 31 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 9 809 32 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 10 810 33 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 11 811 34 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 12 812 46 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 13 813 47 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 14 814 59 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 15 815 62 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 16 816 63 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 17 817 78 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 18 818 81 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 19 819 86 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 20 820 87 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 21 821 89 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 22 822 92 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 23 823 93 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 24 824 99 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 25 825 102 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 26 826 105 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 27 827 114 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 28 828 115 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 29 829 130 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 30 830 136 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 31 831 141 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 32 832 143 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 33 833 145 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 34 834 151 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 35 835 157 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 36 836 162 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 37 837 167 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 38 838 176 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 39 839 180 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 40 840 181 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 41 841 186 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 42 842 195 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 43 843 200 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 44 844 202 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 45 845 203 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 46 846 205 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 47 847 207 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 48 848 215 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 49 849 217 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 50 850 232 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 51 851 235 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 52 852 238 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 53 853 240 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 54 854 243 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 55 855 244 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 56 856 245 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 57 857 257 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 58 858 259 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 59 859 265 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 60 860 276 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 61 861 287 HOH HOH . 
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Y 5 HOH A 63 863 291 HOH HOH . 
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