data_4QFZ
#
_model_server_result.job_id            5H9cYTPPkUpw9E6hNwxZ1Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-07 00:31:38' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4qfz 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":703}' 
#
_entry.id    4QFZ 
#
_exptl.entry_id    4QFZ 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          114.29 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4QFZ 
_cell.length_a            87.831 
_cell.length_b            146.738 
_cell.length_c            98.941 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4QFZ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 G N N 
? 3 J N N 
? 3 K N N 
? 3 N N N 
? 3 Q N N 
? 3 T N N 
? 3 V N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 E O3G DGT . A DGT 701 1_555 Y MG MG . D MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? 
metalc ? metalc2 E O2A DGT . A DGT 701 1_555 Y MG MG . D MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? 
metalc ? metalc3 E O2B DGT . A DGT 701 1_555 Y MG MG . D MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? 
metalc ? metalc4 F O1G TTP . A TTP 702 1_555 I MG MG . A MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? 
metalc ? metalc5 F O1B TTP . A TTP 702 1_555 I MG MG . A MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc6 G O1G TTP . A TTP 703 1_555 L MG MG . B MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.951 ? 
metalc ? metalc7 G O1B TTP . A TTP 703 1_555 L MG MG . B MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? 
metalc ? metalc8 H MG MG . A MG 704 1_555 K O2G TTP . B TTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
metalc ? metalc9 H MG MG . A MG 704 1_555 K O1B TTP . B TTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? 
metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 704 1_555 U O3G DGT . D DGT 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? 
metalc ? metalc11 H MG MG . A MG 704 1_555 U O2A DGT . D DGT 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc12 H MG MG . A MG 704 1_555 U O2B DGT . D DGT 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? 
metalc ? metalc13 J O2B TTP . B TTP 701 1_555 M MG MG . B MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.984 ? 
metalc ? metalc14 J O2G TTP . B TTP 701 1_555 M MG MG . B MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? 
metalc ? metalc15 L MG MG . B MG 703 1_555 P O2G DGT . C DGT 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.907 ? 
metalc ? metalc16 L MG MG . B MG 703 1_555 P O1A DGT . C DGT 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? 
metalc ? metalc17 L MG MG . B MG 703 1_555 P O1B DGT . C DGT 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? 
metalc ? metalc18 M MG MG . B MG 704 1_555 AA O HOH . B HOH 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? 
metalc ? metalc19 N O2G TTP . C TTP 701 1_555 Y MG MG . D MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.964 ? 
metalc ? metalc20 N O2B TTP . C TTP 701 1_555 Y MG MG . D MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc21 O O2G DGT . C DGT 702 1_555 R MG MG . C MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.939 ? 
metalc ? metalc22 O O1B DGT . C DGT 702 1_555 R MG MG . C MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? 
metalc ? metalc23 O O1A DGT . C DGT 702 1_555 R MG MG . C MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? 
metalc ? metalc24 Q O2B TTP . C TTP 704 1_555 S MG MG . C MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc25 Q O3G TTP . C TTP 704 1_555 S MG MG . C MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? 
metalc ? metalc26 R MG MG . C MG 705 1_555 T O2B TTP . D TTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? 
metalc ? metalc27 R MG MG . C MG 705 1_555 T O1G TTP . D TTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? 
metalc ? metalc28 R MG MG . C MG 705 1_555 CA O HOH . D HOH 867 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? 
metalc ? metalc29 S MG MG . C MG 706 1_555 BA O HOH . C HOH 847 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? 
metalc ? metalc30 V O1B TTP . D TTP 703 1_555 W MG MG . D MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.94 ? 
metalc ? metalc31 V O3G TTP . D TTP 703 1_555 W MG MG . D MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? 
metalc ? metalc32 W MG MG . D MG 704 1_555 CA O HOH . D HOH 857 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? 
metalc ? metalc33 W MG MG . D MG 704 1_555 CA O HOH . D HOH 864 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 383 n n 
PA O2A TTP sing 384 n n 
PA O3A TTP sing 385 n n 
PA O5' TTP sing 386 n n 
O2A HOA2 TTP sing 387 n n 
O3A PB TTP sing 388 n n 
PB O1B TTP doub 389 n n 
PB O2B TTP sing 390 n n 
PB O3B TTP sing 391 n n 
O2B HOB2 TTP sing 392 n n 
O3B PG TTP sing 393 n n 
PG O1G TTP doub 394 n n 
PG O2G TTP sing 395 n n 
PG O3G TTP sing 396 n n 
O2G HOG2 TTP sing 397 n n 
O3G HOG3 TTP sing 398 n n 
O5' C5' TTP sing 399 n n 
C5' C4' TTP sing 400 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 401 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 402 n n 
C4' O4' TTP sing 403 n n 
C4' C3' TTP sing 404 n n 
C4' H4' TTP sing 405 n n 
O4' C1' TTP sing 406 n n 
C3' O3' TTP sing 407 n n 
C3' C2' TTP sing 408 n n 
C3' H3' TTP sing 409 n n 
O3' HO3' TTP sing 410 n n 
C2' C1' TTP sing 411 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 412 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 413 n n 
C1' N1 TTP sing 414 n n 
C1' H1' TTP sing 415 n n 
N1 C2 TTP sing 416 n n 
N1 C6 TTP sing 417 n n 
C2 O2 TTP doub 418 n n 
C2 N3 TTP sing 419 n n 
N3 C4 TTP sing 420 n n 
N3 HN3 TTP sing 421 n n 
C4 O4 TTP doub 422 n n 
C4 C5 TTP sing 423 n n 
C5 C5M TTP sing 424 n n 
C5 C6 TTP doub 425 n n 
C5M HM51 TTP sing 426 n n 
C5M HM52 TTP sing 427 n n 
C5M HM53 TTP sing 428 n n 
C6 H6 TTP sing 429 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4QFZ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011386 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.005139 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006815 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011089 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 DGT A 1 701 900 DGT DGT . 
F 3 TTP A 1 702 700 TTP DTT . 
G 3 TTP A 1 703 800 TTP DTT . 
H 4 MG A 1 704 850 MG MG . 
I 4 MG A 1 705 1 MG MG . 
J 3 TTP B 1 701 700 TTP DTT . 
K 3 TTP B 1 702 800 TTP DTT . 
L 4 MG B 1 703 850 MG MG . 
M 4 MG B 1 704 1 MG MG . 
N 3 TTP C 1 701 800 TTP DTT . 
O 2 DGT C 1 702 900 DGT DGT . 
P 2 DGT C 1 703 900 DGT DGT . 
Q 3 TTP C 1 704 700 TTP DTT . 
R 4 MG C 1 705 1 MG MG . 
S 4 MG C 1 706 750 MG MG . 
T 3 TTP D 1 701 800 TTP DTT . 
U 2 DGT D 1 702 900 DGT DGT . 
V 3 TTP D 1 703 700 TTP DTT . 
W 4 MG D 1 704 750 MG MG . 
X 4 MG D 1 705 850 MG MG . 
Y 4 MG D 1 706 1 MG MG . 
Z 5 HOH A 1 801 2 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 2 802 7 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 3 803 11 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 4 804 12 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 5 805 23 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 6 806 26 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 7 807 42 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 8 808 44 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 9 809 49 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 10 810 51 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 11 811 56 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 12 812 70 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 13 813 72 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 14 814 88 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 15 815 90 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 16 816 92 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 17 817 93 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 18 818 95 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 19 819 96 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 20 820 101 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 21 821 105 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 22 822 106 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 23 823 114 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 24 824 116 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 25 825 134 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 26 826 142 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 27 827 143 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 28 828 158 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 29 829 162 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 30 830 177 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 31 831 186 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 32 832 194 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 33 833 200 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 34 834 202 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 35 835 225 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 36 836 226 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 37 837 228 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 38 838 229 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 39 839 230 HOH HOH . 
Z 5 HOH A 40 840 238 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 1 801 1 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 2 802 4 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 3 803 14 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 4 804 16 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 5 805 24 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 6 806 25 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 7 807 28 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 8 808 30 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 9 809 31 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 10 810 32 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 11 811 36 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 12 812 37 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 13 813 39 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 14 814 41 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 15 815 53 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 16 816 55 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 17 817 57 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 18 818 59 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 19 819 63 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 20 820 64 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 21 821 69 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 22 822 71 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 23 823 75 HOH HOH . 
AA 5 HOH B 24 824 76 HOH HOH . 
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