data_4QPZ
#
_model_server_result.job_id            BMH2pewSDH35TDMvwYeImA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 03:59:07' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4qpz 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":602}' 
#
_entry.id    4QPZ 
#
_exptl.entry_id    4QPZ 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              425.314 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'THIAMINE DIPHOSPHATE' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          95.36 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4QPZ 
_cell.length_a            99.878 
_cell.length_b            136.564 
_cell.length_c            167.062 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4QPZ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,I,J,K,L,M,N,O,P,Y,Z 1 1 
E,F,G,H,Q,R,S,T,U,V,W,X,AA,BA,CA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 J N N 
? 3 L N N 
? 3 N N N 
? 3 P N N 
? 3 R N N 
? 3 T N N 
? 3 V N N 
? 3 X N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 447 A ASP 448 1_555 I MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASN 474 A ASN 475 1_555 I MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? 
metalc ? metalc3 A O SER 476 A SER 477 1_555 I MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.984 ? 
metalc ? metalc4 I MG MG . A MG 601 1_555 J O1A TPP . A TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? 
metalc ? metalc5 I MG MG . A MG 601 1_555 J O3B TPP . A TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? 
metalc ? metalc6 I MG MG . A MG 601 1_555 J O1B TPP . A TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc7 B OD1 ASP 447 B ASP 448 1_555 K MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.994 ? 
metalc ? metalc8 B OD1 ASN 474 B ASN 475 1_555 K MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? 
metalc ? metalc9 B O SER 476 B SER 477 1_555 K MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.838 ? 
metalc ? metalc10 K MG MG . B MG 601 1_555 L O3B TPP . B TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? 
metalc ? metalc11 K MG MG . B MG 601 1_555 L O1A TPP . B TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? 
metalc ? metalc12 K MG MG . B MG 601 1_555 L O1B TPP . B TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.607 ? 
metalc ? metalc13 C OD1 ASP 447 C ASP 448 1_555 M MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.828 ? 
metalc ? metalc14 C OD1 ASN 474 C ASN 475 1_555 M MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? 
metalc ? metalc15 M MG MG . C MG 601 1_555 N O3B TPP . C TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? 
metalc ? metalc16 M MG MG . C MG 601 1_555 N O1A TPP . C TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? 
metalc ? metalc17 M MG MG . C MG 601 1_555 N O1B TPP . C TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.65 ? 
metalc ? metalc18 D OD1 ASP 447 D ASP 448 1_555 O MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.965 ? 
metalc ? metalc19 D OD1 ASN 474 D ASN 475 1_555 O MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.905 ? 
metalc ? metalc20 D O SER 476 D SER 477 1_555 O MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.781 ? 
metalc ? metalc21 O MG MG . D MG 601 1_555 P O3B TPP . D TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? 
metalc ? metalc22 O MG MG . D MG 601 1_555 P O1A TPP . D TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? 
metalc ? metalc23 O MG MG . D MG 601 1_555 P O1B TPP . D TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.773 ? 
metalc ? metalc24 E OD1 ASP 447 E ASP 448 1_555 Q MG MG . E MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.826 ? 
metalc ? metalc25 E OD1 ASN 474 E ASN 475 1_555 Q MG MG . E MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? 
metalc ? metalc26 E O SER 476 E SER 477 1_555 Q MG MG . E MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.768 ? 
metalc ? metalc27 Q MG MG . E MG 601 1_555 R O3B TPP . E TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? 
metalc ? metalc28 Q MG MG . E MG 601 1_555 R O1A TPP . E TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? 
metalc ? metalc29 Q MG MG . E MG 601 1_555 R O1B TPP . E TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? 
metalc ? metalc30 F OD1 ASP 447 F ASP 448 1_555 S MG MG . F MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.902 ? 
metalc ? metalc31 F OD1 ASN 474 F ASN 475 1_555 S MG MG . F MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.908 ? 
metalc ? metalc32 F O SER 476 F SER 477 1_555 S MG MG . F MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.833 ? 
metalc ? metalc33 S MG MG . F MG 601 1_555 T O3B TPP . F TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc34 S MG MG . F MG 601 1_555 T O1A TPP . F TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
metalc ? metalc35 S MG MG . F MG 601 1_555 T O1B TPP . F TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.904 ? 
metalc ? metalc36 G OD1 ASP 447 G ASP 448 1_555 U MG MG . G MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.826 ? 
metalc ? metalc37 G OD1 ASN 474 G ASN 475 1_555 U MG MG . G MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? 
metalc ? metalc38 U MG MG . G MG 601 1_555 V O1A TPP . G TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc39 U MG MG . G MG 601 1_555 V O3B TPP . G TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? 
metalc ? metalc40 U MG MG . G MG 601 1_555 V O1B TPP . G TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.843 ? 
metalc ? metalc41 H OD1 ASP 447 H ASP 448 1_555 W MG MG . H MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.834 ? 
metalc ? metalc42 H OD1 ASN 474 H ASN 475 1_555 W MG MG . H MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? 
metalc ? metalc43 H O SER 476 H SER 477 1_555 W MG MG . H MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.676 ? 
metalc ? metalc44 W MG MG . H MG 601 1_555 X O1A TPP . H TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.19 ? 
metalc ? metalc45 W MG MG . H MG 601 1_555 X O3B TPP . H TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? 
metalc ? metalc46 W MG MG . H MG 601 1_555 X O1B TPP . H TPP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.807 ? 
#
_chem_comp.formula           'C12 H19 N4 O7 P2 S 1' 
_chem_comp.formula_weight    425.314 
_chem_comp.id                TPP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'THIAMINE DIPHOSPHATE' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1' C2' TPP doub 306 n y 
N1' C6' TPP sing 307 n y 
C2' CM2 TPP sing 308 n n 
C2' N3' TPP sing 309 n y 
CM2 HM21 TPP sing 310 n n 
CM2 HM22 TPP sing 311 n n 
CM2 HM23 TPP sing 312 n n 
N3' C4' TPP doub 313 n y 
C4' N4' TPP sing 314 n n 
C4' C5' TPP sing 315 n y 
N4' HN41 TPP sing 316 n n 
N4' HN42 TPP sing 317 n n 
C5' C6' TPP doub 318 n y 
C5' C7' TPP sing 319 n n 
C6' H6' TPP sing 320 n n 
C7' N3 TPP sing 321 n n 
C7' "H7'1" TPP sing 322 n n 
C7' "H7'2" TPP sing 323 n n 
N3 C2 TPP doub 324 n y 
N3 C4 TPP sing 325 n y 
C2 S1 TPP sing 326 n y 
C2 H2 TPP sing 327 n n 
S1 C5 TPP sing 328 n y 
C5 C4 TPP doub 329 n y 
C5 C6 TPP sing 330 n n 
C4 CM4 TPP sing 331 n n 
CM4 HM41 TPP sing 332 n n 
CM4 HM42 TPP sing 333 n n 
CM4 HM43 TPP sing 334 n n 
C6 C7 TPP sing 335 n n 
C6 H61 TPP sing 336 n n 
C6 H62 TPP sing 337 n n 
C7 O7 TPP sing 338 n n 
C7 H71 TPP sing 339 n n 
C7 H72 TPP sing 340 n n 
O7 PA TPP sing 341 n n 
PA O1A TPP doub 342 n n 
PA O2A TPP sing 343 n n 
PA O3A TPP sing 344 n n 
O2A HOA2 TPP sing 345 n n 
O3A PB TPP sing 346 n n 
PB O1B TPP doub 347 n n 
PB O2B TPP sing 348 n n 
PB O3B TPP sing 349 n n 
O2B HOB2 TPP sing 350 n n 
O3B HOB3 TPP sing 351 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4QPZ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.010012 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000939 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007323 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006012 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 2 MG A 1 601 601 MG MG . 
J 3 TPP A 1 602 602 TPP TPP . 
K 2 MG B 1 601 601 MG MG . 
L 3 TPP B 1 602 602 TPP TPP . 
M 2 MG C 1 601 601 MG MG . 
N 3 TPP C 1 602 602 TPP TPP . 
O 2 MG D 1 601 601 MG MG . 
P 3 TPP D 1 602 602 TPP TPP . 
Q 2 MG E 1 601 601 MG MG . 
R 3 TPP E 1 602 602 TPP TPP . 
S 2 MG F 1 601 601 MG MG . 
T 3 TPP F 1 602 602 TPP TPP . 
U 2 MG G 1 601 601 MG MG . 
V 3 TPP G 1 602 602 TPP TPP . 
W 2 MG H 1 601 601 MG MG . 
X 3 TPP H 1 602 602 TPP TPP . 
Y 4 HOH B 1 701 2 HOH HOH . 
Z 4 HOH D 1 701 4 HOH HOH . 
Z 4 HOH D 2 702 11 HOH HOH . 
AA 4 HOH E 1 701 1 HOH HOH . 
AA 4 HOH E 2 702 8 HOH HOH . 
AA 4 HOH E 3 703 9 HOH HOH . 
BA 4 HOH F 1 701 5 HOH HOH . 
BA 4 HOH F 2 702 10 HOH HOH . 
CA 4 HOH G 1 701 3 HOH HOH . 
CA 4 HOH G 2 702 6 HOH HOH . 
CA 4 HOH G 3 703 7 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N1' TPP . . . P 3 20.778 3.42 -57.418 1 92.79 ? N1' TPP 602 D 1 
HETATM 2 C C2' TPP . . . P 3 20.001 4.102 -58.259 1 88.85 ? C2' TPP 602 D 1 
HETATM 3 C CM2 TPP . . . P 3 19.84 5.598 -58.117 1 84.52 ? CM2 TPP 602 D 1 
HETATM 4 N N3' TPP . . . P 3 19.35 3.502 -59.238 1 92.57 ? N3' TPP 602 D 1 
HETATM 5 C C4' TPP . . . P 3 19.46 2.164 -59.429 1 100.16 ? C4' TPP 602 D 1 
HETATM 6 N N4' TPP . . . P 3 18.749 1.55 -60.492 1 102.13 ? N4' TPP 602 D 1 
HETATM 7 C C5' TPP . . . P 3 20.284 1.397 -58.554 1 99.77 ? C5' TPP 602 D 1 
HETATM 8 C C6' TPP . . . P 3 20.958 2.079 -57.516 1 97.03 ? C6' TPP 602 D 1 
HETATM 9 C C7' TPP . . . P 3 20.435 -0.136 -58.724 1 103.55 ? C7' TPP 602 D 1 
HETATM 10 N N3 TPP . . . P 3 21.765 -0.463 -59.218 1 111.35 ? N3 TPP 602 D 1 
HETATM 11 C C2 TPP . . . P 3 22.701 -0.856 -58.353 1 116.55 ? C2 TPP 602 D 1 
HETATM 12 S S1 TPP . . . P 3 24.122 -1.19 -59.219 1 123.25 ? S1 TPP 602 D 1 
HETATM 13 C C5 TPP . . . P 3 23.534 -0.82 -60.77 1 111.88 ? C5 TPP 602 D 1 
HETATM 14 C C4 TPP . . . P 3 22.165 -0.424 -60.565 1 112.74 ? C4 TPP 602 D 1 
HETATM 15 C CM4 TPP . . . P 3 21.255 -0.011 -61.708 1 109.46 ? CM4 TPP 602 D 1 
HETATM 16 C C6 TPP . . . P 3 24.402 -0.921 -62.052 1 102.16 ? C6 TPP 602 D 1 
HETATM 17 C C7 TPP . . . P 3 25.528 0.138 -62.046 1 89.56 ? C7 TPP 602 D 1 
HETATM 18 O O7 TPP . . . P 3 26.225 0.096 -63.295 1 82.1 ? O7 TPP 602 D 1 
HETATM 19 P PA TPP . . . P 3 27.607 0.862 -63.43 1 76.27 ? PA TPP 602 D 1 
HETATM 20 O O1A TPP . . . P 3 28.082 0.84 -64.859 1 78.67 ? O1A TPP 602 D 1 
HETATM 21 O O2A TPP . . . P 3 27.474 2.262 -62.879 1 73.16 ? O2A TPP 602 D 1 
HETATM 22 O O3A TPP . . . P 3 28.657 0.064 -62.577 1 76.5 ? O3A TPP 602 D 1 
HETATM 23 P PB TPP . . . P 3 29.075 -1.402 -62.978 1 77.71 ? PB TPP 602 D 1 
HETATM 24 O O1B TPP . . . P 3 30.569 -1.467 -63.138 1 77.91 ? O1B TPP 602 D 1 
HETATM 25 O O2B TPP . . . P 3 28.601 -2.264 -61.838 1 77.07 ? O2B TPP 602 D 1 
HETATM 26 O O3B TPP . . . P 3 28.401 -1.738 -64.288 1 78.57 ? O3B TPP 602 D 1 
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