data_4R3J
#
_model_server_result.job_id            DXnpjbYIP1dk9LKYMu_3dA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-25 18:16:54' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4r3j 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":1003}' 
#
_entry.id    4R3J 
#
_exptl.entry_id    4R3J 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              92.094 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            GLYCEROL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4R3J 
_cell.length_a            99.633 
_cell.length_b            119.836 
_cell.length_c            82.544 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4R3J 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        18 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 2' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,D,E,F,K 1 1 
B,G,H,I,J,L 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 D N N 
? 3 H N N 
? 3 I N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C GLY 86 A GLY 558 1_555 A N MSE 87 A MSE 559 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale2 A C MSE 87 A MSE 559 1_555 A N ALA 88 A ALA 560 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? 
covale ? covale3 A C SER 107 A SER 579 1_555 A N MSE 108 A MSE 580 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale4 A C MSE 108 A MSE 580 1_555 A N ASN 109 A ASN 581 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? 
covale ? covale5 A C GLN 145 A GLN 617 1_555 A N MSE 146 A MSE 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? 
covale ? covale6 A C MSE 146 A MSE 618 1_555 A N GLN 147 A GLN 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale7 A C VAL 163 A VAL 635 1_555 A N MSE 164 A MSE 636 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? 
covale ? covale8 A C MSE 164 A MSE 636 1_555 A N ASP 165 A ASP 637 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale9 A OG SER 210 A SER 682 1_555 C C8 CFU . A CFU 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.411 ? 
covale ? covale10 A C THR 237 A THR 709 1_555 A N MSE 238 A MSE 710 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale11 A C MSE 238 A MSE 710 1_555 A N GLU 239 A GLU 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale12 A C ASP 252 A ASP 724 1_555 A N MSE 253 A MSE 725 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale13 A C MSE 253 A MSE 725 1_555 A N GLY 254 A GLY 726 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale14 A C LEU 305 A LEU 777 1_555 A N MSE 306 A MSE 778 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale15 A C MSE 306 A MSE 778 1_555 A N PRO 307 A PRO 779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale16 A C GLU 311 A GLU 783 1_555 A N MSE 312 A MSE 784 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale17 A C MSE 312 A MSE 784 1_555 A N THR 313 A THR 785 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale18 A C VAL 339 A VAL 811 1_555 A N MSE 340 A MSE 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale19 A C MSE 340 A MSE 812 1_555 A N GLN 341 A GLN 813 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale20 A C VAL 355 A VAL 827 1_555 A N MSE 356 A MSE 828 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale21 A C MSE 356 A MSE 828 1_555 A N ASN 357 A ASN 829 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale22 A C ALA 395 A ALA 867 1_555 A N MSE 396 A MSE 868 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale23 A C MSE 396 A MSE 868 1_555 A N LEU 397 A LEU 869 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.312 ? 
covale ? covale24 A C GLY 405 A GLY 877 1_555 A N MSE 406 A MSE 878 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale25 A C MSE 406 A MSE 878 1_555 A N GLY 407 A GLY 879 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale26 B C GLY 86 B GLY 558 1_555 B N MSE 87 B MSE 559 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale27 B C MSE 87 B MSE 559 1_555 B N ALA 88 B ALA 560 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale28 B C SER 107 B SER 579 1_555 B N MSE 108 B MSE 580 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale29 B C MSE 108 B MSE 580 1_555 B N ASN 109 B ASN 581 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale30 B C GLN 145 B GLN 617 1_555 B N MSE 146 B MSE 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale31 B C MSE 146 B MSE 618 1_555 B N GLN 147 B GLN 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale32 B C VAL 163 B VAL 635 1_555 B N MSE 164 B MSE 636 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? 
covale ? covale33 B C MSE 164 B MSE 636 1_555 B N ASP 165 B ASP 637 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale34 B OG SER 210 B SER 682 1_555 G C8 CFU . B CFU 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.364 ? 
covale ? covale35 B C THR 237 B THR 709 1_555 B N MSE 238 B MSE 710 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale36 B C MSE 238 B MSE 710 1_555 B N GLU 239 B GLU 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale37 B C ASP 252 B ASP 724 1_555 B N MSE 253 B MSE 725 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? 
covale ? covale38 B C MSE 253 B MSE 725 1_555 B N GLY 254 B GLY 726 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale39 B C LEU 305 B LEU 777 1_555 B N MSE 306 B MSE 778 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale40 B C MSE 306 B MSE 778 1_555 B N PRO 307 B PRO 779 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale41 B C GLU 311 B GLU 783 1_555 B N MSE 312 B MSE 784 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale42 B C MSE 312 B MSE 784 1_555 B N THR 313 B THR 785 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale43 B C VAL 339 B VAL 811 1_555 B N MSE 340 B MSE 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale44 B C MSE 340 B MSE 812 1_555 B N GLN 341 B GLN 813 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale45 B C VAL 355 B VAL 827 1_555 B N MSE 356 B MSE 828 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale46 B C MSE 356 B MSE 828 1_555 B N ASN 357 B ASN 829 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? 
covale ? covale47 B C ALA 395 B ALA 867 1_555 B N MSE 396 B MSE 868 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale48 B C MSE 396 B MSE 868 1_555 B N LEU 397 B LEU 869 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale49 B C GLY 405 B GLY 877 1_555 B N MSE 406 B MSE 878 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.309 ? 
covale ? covale50 B C MSE 406 B MSE 878 1_555 B N GLY 407 B GLY 879 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.312 ? 
#
_chem_comp.formula           'C3 H8 O3' 
_chem_comp.formula_weight    92.094 
_chem_comp.id                GOL 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              GLYCEROL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 GOL sing 160 n n 
C1 C2 GOL sing 161 n n 
C1 H11 GOL sing 162 n n 
C1 H12 GOL sing 163 n n 
O1 HO1 GOL sing 164 n n 
C2 O2 GOL sing 165 n n 
C2 C3 GOL sing 166 n n 
C2 H2 GOL sing 167 n n 
O2 HO2 GOL sing 168 n n 
C3 O3 GOL sing 169 n n 
C3 H31 GOL sing 170 n n 
C3 H32 GOL sing 171 n n 
O3 HO3 GOL sing 172 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4R3J 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.010037 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008345 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.012115 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 CFU A 1 1001 1 CFU CFU . 
D 3 GOL A 1 1002 1 GOL GOL . 
E 4 PO4 A 1 1003 1 PO4 PO4 . 
F 4 PO4 A 1 1004 3 PO4 PO4 . 
G 2 CFU B 1 1001 2 CFU CFU . 
H 3 GOL B 1 1002 2 GOL GOL . 
I 3 GOL B 1 1003 3 GOL GOL . 
J 4 PO4 B 1 1004 2 PO4 PO4 . 
K 5 HOH A 1 1101 1 HOH HOH . 
K 5 HOH A 2 1102 3 HOH HOH . 
K 5 HOH A 3 1103 5 HOH HOH . 
K 5 HOH A 4 1104 9 HOH HOH . 
K 5 HOH A 5 1105 11 HOH HOH . 
K 5 HOH A 6 1106 14 HOH HOH . 
K 5 HOH A 7 1107 15 HOH HOH . 
K 5 HOH A 8 1108 16 HOH HOH . 
K 5 HOH A 9 1109 17 HOH HOH . 
K 5 HOH A 10 1110 20 HOH HOH . 
K 5 HOH A 11 1111 21 HOH HOH . 
K 5 HOH A 12 1112 26 HOH HOH . 
K 5 HOH A 13 1113 27 HOH HOH . 
K 5 HOH A 14 1114 29 HOH HOH . 
K 5 HOH A 15 1115 30 HOH HOH . 
K 5 HOH A 16 1116 33 HOH HOH . 
K 5 HOH A 17 1117 34 HOH HOH . 
K 5 HOH A 18 1118 35 HOH HOH . 
K 5 HOH A 19 1119 36 HOH HOH . 
K 5 HOH A 20 1120 38 HOH HOH . 
K 5 HOH A 21 1121 40 HOH HOH . 
K 5 HOH A 22 1122 49 HOH HOH . 
K 5 HOH A 23 1123 51 HOH HOH . 
K 5 HOH A 24 1124 52 HOH HOH . 
K 5 HOH A 25 1125 53 HOH HOH . 
K 5 HOH A 26 1126 54 HOH HOH . 
K 5 HOH A 27 1127 55 HOH HOH . 
K 5 HOH A 28 1128 60 HOH HOH . 
K 5 HOH A 29 1129 61 HOH HOH . 
K 5 HOH A 30 1130 63 HOH HOH . 
K 5 HOH A 31 1131 64 HOH HOH . 
K 5 HOH A 32 1132 65 HOH HOH . 
K 5 HOH A 33 1133 66 HOH HOH . 
K 5 HOH A 34 1134 68 HOH HOH . 
K 5 HOH A 35 1135 69 HOH HOH . 
K 5 HOH A 36 1136 75 HOH HOH . 
K 5 HOH A 37 1137 76 HOH HOH . 
K 5 HOH A 38 1138 77 HOH HOH . 
K 5 HOH A 39 1139 78 HOH HOH . 
K 5 HOH A 40 1140 94 HOH HOH . 
K 5 HOH A 41 1141 108 HOH HOH . 
K 5 HOH A 42 1142 154 HOH HOH . 
K 5 HOH A 43 1143 220 HOH HOH . 
K 5 HOH A 44 1144 221 HOH HOH . 
K 5 HOH A 45 1145 222 HOH HOH . 
K 5 HOH A 46 1146 224 HOH HOH . 
K 5 HOH A 47 1147 225 HOH HOH . 
K 5 HOH A 48 1148 228 HOH HOH . 
K 5 HOH A 49 1149 229 HOH HOH . 
K 5 HOH A 50 1150 231 HOH HOH . 
K 5 HOH A 51 1151 232 HOH HOH . 
K 5 HOH A 52 1152 233 HOH HOH . 
K 5 HOH A 53 1153 234 HOH HOH . 
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