data_4R7U
#
_model_server_result.job_id            US56l_g2YTyfJJzDcUfpnw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 07:37:10' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4r7u 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    4R7U 
#
_exptl.entry_id    4R7U 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              607.354 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            4R7U 
_cell.length_a            204.283 
_cell.length_b            204.283 
_cell.length_c            118.878 
_cell.Z_PDB               36 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4R7U 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        146 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'H 3' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 G N N 
? 4 I N N 
? 4 L N N 
? 4 P N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A SG CYS 119 A CYS 116 1_555 F C1 FFQ . A FFQ 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.735 ? 
covale ? covale2 B SG CYS 119 B CYS 116 1_555 J C1 FFQ . B FFQ 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? 
covale ? covale3 C SG CYS 119 C CYS 116 1_555 M C1 FFQ . C FFQ 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.657 ? 
covale ? covale4 D SG CYS 119 D CYS 116 1_555 Q C1 FFQ . D FFQ 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.609 ? 
metalc ? metalc1 A O ASN 318 A ASN 315 1_555 H NA NA . A NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? 
metalc ? metalc2 A O ALA 321 A ALA 318 1_555 H NA NA . A NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? 
metalc ? metalc3 A O GLY 324 A GLY 321 1_555 H NA NA . A NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? 
metalc ? metalc4 A O GLY 359 A GLY 356 1_555 H NA NA . A NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? 
metalc ? metalc5 A OD1 ASP 360 A ASP 357 1_555 H NA NA . A NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc6 B O ASN 318 B ASN 315 1_555 K NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc7 B O ALA 321 B ALA 318 1_555 K NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? 
metalc ? metalc8 B O GLY 324 B GLY 321 1_555 K NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? 
metalc ? metalc9 B O GLY 359 B GLY 356 1_555 K NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? 
metalc ? metalc10 B OD1 ASP 360 B ASP 357 1_555 K NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? 
metalc ? metalc11 C O ASN 318 C ASN 315 1_555 N NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc12 C O ALA 321 C ALA 318 1_555 N NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? 
metalc ? metalc13 C O GLY 324 C GLY 321 1_555 N NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? 
metalc ? metalc14 C O GLU 333 C GLU 330 1_555 O NA NA . C NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.862 ? 
metalc ? metalc15 C O GLY 359 C GLY 356 1_555 N NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? 
metalc ? metalc16 C OD1 ASP 360 C ASP 357 1_555 N NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? 
metalc ? metalc17 O NA NA . C NA 504 1_555 U O HOH . C HOH 658 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.097 ? 
metalc ? metalc18 O NA NA . C NA 504 1_555 D O GLU 333 D GLU 330 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? 
metalc ? metalc19 O NA NA . C NA 504 1_555 V O HOH . D HOH 668 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.973 ? 
metalc ? metalc20 O NA NA . C NA 504 1_555 V O HOH . D HOH 669 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.633 ? 
metalc ? metalc21 D O ASN 318 D ASN 315 1_555 R NA NA . D NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
metalc ? metalc22 D O ALA 321 D ALA 318 1_555 R NA NA . D NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.586 ? 
metalc ? metalc23 D O GLY 324 D GLY 321 1_555 R NA NA . D NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc24 D O GLY 359 D GLY 356 1_555 R NA NA . D NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc25 D OD1 ASP 360 D ASP 357 1_555 R NA NA . D NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? 
#
_chem_comp.formula           'C17 H27 N3 O17 P2' 
_chem_comp.formula_weight    607.354 
_chem_comp.id                UD1 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1' C2' UD1 sing 404 n n 
C1' O1' UD1 sing 405 n n 
C1' O5' UD1 sing 406 n n 
C1' H1' UD1 sing 407 n n 
C2' C3' UD1 sing 408 n n 
C2' N2' UD1 sing 409 n n 
C2' H2' UD1 sing 410 n n 
C3' C4' UD1 sing 411 n n 
C3' O3' UD1 sing 412 n n 
C3' H3' UD1 sing 413 n n 
C4' C5' UD1 sing 414 n n 
C4' O4' UD1 sing 415 n n 
C4' H4' UD1 sing 416 n n 
C5' C6' UD1 sing 417 n n 
C5' O5' UD1 sing 418 n n 
C5' H5' UD1 sing 419 n n 
C6' O6' UD1 sing 420 n n 
C6' "H6'1" UD1 sing 421 n n 
C6' "H6'2" UD1 sing 422 n n 
C7' C8' UD1 sing 423 n n 
C7' N2' UD1 sing 424 n n 
C7' O7' UD1 doub 425 n n 
C8' "H8'1" UD1 sing 426 n n 
C8' "H8'2" UD1 sing 427 n n 
C8' "H8'3" UD1 sing 428 n n 
N2' HN2' UD1 sing 429 n n 
O1' PB UD1 sing 430 n n 
O3' HO3' UD1 sing 431 n n 
O4' HO4' UD1 sing 432 n n 
O6' HO6' UD1 sing 433 n n 
N1 C2 UD1 sing 434 n n 
N1 C6 UD1 sing 435 n n 
N1 C1B UD1 sing 436 n n 
C2 N3 UD1 sing 437 n n 
C2 O2 UD1 doub 438 n n 
N3 C4 UD1 sing 439 n n 
N3 HN3 UD1 sing 440 n n 
C4 C5 UD1 sing 441 n n 
C4 O4 UD1 doub 442 n n 
C5 C6 UD1 doub 443 n n 
C5 H5 UD1 sing 444 n n 
C6 H6 UD1 sing 445 n n 
C1B C2B UD1 sing 446 n n 
C1B O4B UD1 sing 447 n n 
C1B H1B UD1 sing 448 n n 
C2B O2' UD1 sing 449 n n 
C2B C3B UD1 sing 450 n n 
C2B H2B UD1 sing 451 n n 
O2' HO2' UD1 sing 452 n n 
C3B C4B UD1 sing 453 n n 
C3B O3B UD1 sing 454 n n 
C3B H3B UD1 sing 455 n n 
C4B O4B UD1 sing 456 n n 
C4B C5B UD1 sing 457 n n 
C4B H4B UD1 sing 458 n n 
O3B HO3A UD1 sing 459 n n 
C5B O5B UD1 sing 460 n n 
C5B "H5'1" UD1 sing 461 n n 
C5B "H5'2" UD1 sing 462 n n 
O5B PA UD1 sing 463 n n 
PA O1A UD1 doub 464 n n 
PA O2A UD1 sing 465 n n 
PA O3A UD1 sing 466 n n 
O2A HOA2 UD1 sing 467 n n 
O3A PB UD1 sing 468 n n 
PB O1B UD1 doub 469 n n 
PB O2B UD1 sing 470 n n 
O2B HOB2 UD1 sing 471 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4R7U 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.004895 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.002826 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.005652 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008412 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 PG4 A 1 501 601 PG4 PG4 . 
F 3 FFQ A 1 502 701 FFQ FFQ . 
G 4 UD1 A 1 503 501 UD1 UD1 . 
H 5 NA A 1 504 1 NA NA . 
I 4 UD1 B 1 501 501 UD1 UD1 . 
J 3 FFQ B 1 502 701 FFQ FFQ . 
K 5 NA B 1 503 1 NA NA . 
L 4 UD1 C 1 501 501 UD1 UD1 . 
M 3 FFQ C 1 502 701 FFQ FFQ . 
N 5 NA C 1 503 1 NA NA . 
O 5 NA C 1 504 1 NA NA . 
P 4 UD1 D 1 501 501 UD1 UD1 . 
Q 3 FFQ D 1 502 701 FFQ FFQ . 
R 5 NA D 1 503 1 NA NA . 
S 6 HOH A 1 601 13 HOH HOH . 
S 6 HOH A 2 602 15 HOH HOH . 
S 6 HOH A 3 603 20 HOH HOH . 
S 6 HOH A 4 604 21 HOH HOH . 
S 6 HOH A 5 605 24 HOH HOH . 
S 6 HOH A 6 606 42 HOH HOH . 
S 6 HOH A 7 607 44 HOH HOH . 
S 6 HOH A 8 608 46 HOH HOH . 
S 6 HOH A 9 609 52 HOH HOH . 
S 6 HOH A 10 610 53 HOH HOH . 
S 6 HOH A 11 611 54 HOH HOH . 
S 6 HOH A 12 612 55 HOH HOH . 
S 6 HOH A 13 613 63 HOH HOH . 
S 6 HOH A 14 614 70 HOH HOH . 
S 6 HOH A 15 615 74 HOH HOH . 
S 6 HOH A 16 616 76 HOH HOH . 
S 6 HOH A 17 617 78 HOH HOH . 
S 6 HOH A 18 618 82 HOH HOH . 
S 6 HOH A 19 619 89 HOH HOH . 
S 6 HOH A 20 620 91 HOH HOH . 
S 6 HOH A 21 621 93 HOH HOH . 
S 6 HOH A 22 622 96 HOH HOH . 
S 6 HOH A 23 623 101 HOH HOH . 
S 6 HOH A 24 624 108 HOH HOH . 
S 6 HOH A 25 625 110 HOH HOH . 
S 6 HOH A 26 626 112 HOH HOH . 
S 6 HOH A 27 627 113 HOH HOH . 
S 6 HOH A 28 628 114 HOH HOH . 
S 6 HOH A 29 629 115 HOH HOH . 
S 6 HOH A 30 630 117 HOH HOH . 
S 6 HOH A 31 631 126 HOH HOH . 
S 6 HOH A 32 632 127 HOH HOH . 
S 6 HOH A 33 633 128 HOH HOH . 
S 6 HOH A 34 634 132 HOH HOH . 
S 6 HOH A 35 635 135 HOH HOH . 
S 6 HOH A 36 636 145 HOH HOH . 
S 6 HOH A 37 637 146 HOH HOH . 
S 6 HOH A 38 638 151 HOH HOH . 
S 6 HOH A 39 639 152 HOH HOH . 
S 6 HOH A 40 640 158 HOH HOH . 
S 6 HOH A 41 641 161 HOH HOH . 
S 6 HOH A 42 642 166 HOH HOH . 
S 6 HOH A 43 643 171 HOH HOH . 
S 6 HOH A 44 644 172 HOH HOH . 
S 6 HOH A 45 645 175 HOH HOH . 
S 6 HOH A 46 646 184 HOH HOH . 
S 6 HOH A 47 647 185 HOH HOH . 
S 6 HOH A 48 648 188 HOH HOH . 
S 6 HOH A 49 649 193 HOH HOH . 
S 6 HOH A 50 650 195 HOH HOH . 
S 6 HOH A 51 651 198 HOH HOH . 
S 6 HOH A 52 652 213 HOH HOH . 
S 6 HOH A 53 653 215 HOH HOH . 
S 6 HOH A 54 654 223 HOH HOH . 
S 6 HOH A 55 655 233 HOH HOH . 
S 6 HOH A 56 656 234 HOH HOH . 
S 6 HOH A 57 657 240 HOH HOH . 
S 6 HOH A 58 658 241 HOH HOH . 
S 6 HOH A 59 659 242 HOH HOH . 
S 6 HOH A 60 660 243 HOH HOH . 
S 6 HOH A 61 661 244 HOH HOH . 
S 6 HOH A 62 662 245 HOH HOH . 
S 6 HOH A 63 663 247 HOH HOH . 
S 6 HOH A 64 664 248 HOH HOH . 
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HETATM 38 O O1B UD1 . . . P 4 -43.912 -31.91 -40.243 1 18.91 ? O1B UD1 501 D 1 
HETATM 39 O O2B UD1 . . . P 4 -45.703 -33.413 -39.031 1 22.07 ? O2B UD1 501 D 1 
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