data_4RB1 # _model_server_result.job_id fQeIP3vq0G07ovqjxqkqag _model_server_result.datetime_utc '2024-11-15 04:03:32' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4rb1 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":200}' # _entry.id 4RB1 # _exptl.entry_id 4RB1 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 94.91 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4RB1 _cell.length_a 159.502 _cell.length_b 42.855 _cell.length_c 60.547 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4RB1 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_556 -x,y,-z+1 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 -5.182267 0 60.324815 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 D N N ? 3 E N N ? 3 F N N ? 3 G N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A NE2 HIS 35 A HIS 33 1_555 D MN MN . A MN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc2 A OE1 GLU 83 A GLU 81 1_555 D MN MN . A MN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? metalc ? metalc3 A OE2 GLU 83 A GLU 81 1_555 D MN MN . A MN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc4 A NE2 HIS 89 A HIS 87 1_555 E MN MN . A MN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc5 A NE2 HIS 90 A HIS 88 1_555 D MN MN . A MN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 91 A ASP 89 1_555 E MN MN . A MN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 91 A ASP 89 1_555 E MN MN . A MN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? metalc ? metalc8 A NE2 HIS 92 A HIS 90 1_555 D MN MN . A MN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? metalc ? metalc9 A OE1 GLU 103 A GLU 101 1_555 D MN MN . A MN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.712 ? metalc ? metalc10 A OE2 GLU 110 A GLU 108 1_555 E MN MN . A MN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.64 ? metalc ? metalc11 A NE2 HIS 127 A HIS 125 1_555 E MN MN . A MN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.977 ? metalc ? metalc12 E MN MN . A MN 201 1_555 H O HOH . A HOH 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? metalc ? metalc13 B NE2 HIS 35 B HIS 33 1_555 G MN MN . B MN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.97 ? metalc ? metalc14 B OE2 GLU 83 B GLU 81 1_555 G MN MN . B MN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc15 B OE1 GLU 83 B GLU 81 1_555 G MN MN . B MN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? metalc ? metalc16 B NE2 HIS 89 B HIS 87 1_555 F MN MN . B MN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc17 B NE2 HIS 90 B HIS 88 1_555 G MN MN . B MN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? metalc ? metalc18 B OD1 ASP 91 B ASP 89 1_555 F MN MN . B MN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? metalc ? metalc19 B OD2 ASP 91 B ASP 89 1_555 F MN MN . B MN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.587 ? metalc ? metalc20 B NE2 HIS 92 B HIS 90 1_555 G MN MN . B MN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? metalc ? metalc21 B OE2 GLU 103 B GLU 101 1_555 G MN MN . B MN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? metalc ? metalc22 B OE2 GLU 110 B GLU 108 1_555 F MN MN . B MN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc23 B NE2 HIS 127 B HIS 125 1_555 F MN MN . B MN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? metalc ? metalc24 F MN MN . B MN 200 1_555 I O HOH . B HOH 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? hydrog 'DG-DG MISPAIR' hydrog1 C O6 DG 2 D DG 604 1_555 C N1 DG 24 D DG 626 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 C N1 DG 4 D DG 606 1_555 C N3 DC 22 D DC 624 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 C N2 DG 4 D DG 606 1_555 C O2 DC 22 D DC 624 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 C O6 DG 4 D DG 606 1_555 C N4 DC 22 D DC 624 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 C N1 DA 5 D DA 607 1_555 C N3 DT 21 D DT 623 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 C N6 DA 5 D DA 607 1_555 C O4 DT 21 D DT 623 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 C N3 DT 6 D DT 608 1_555 C N1 DA 20 D DA 622 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 C O4 DT 6 D DT 608 1_555 C N6 DA 20 D DA 622 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 C N1 DA 7 D DA 609 1_555 C N3 DT 19 D DT 621 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 C N6 DA 7 D DA 609 1_555 C O4 DT 19 D DT 621 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 C N1 DA 8 D DA 610 1_555 C N3 DT 18 D DT 620 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 C N6 DA 8 D DA 610 1_555 C O4 DT 18 D DT 620 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 C N3 DT 9 D DT 611 1_555 C N1 DA 17 D DA 619 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 C O4 DT 9 D DT 611 1_555 C N6 DA 17 D DA 619 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 C N1 DG 10 D DG 612 1_555 C N3 DC 16 D DC 618 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 C N2 DG 10 D DG 612 1_555 C O2 DC 16 D DC 618 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 C O6 DG 10 D DG 612 1_555 C N4 DC 16 D DC 618 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 C N1 DA 11 D DA 613 1_555 C N3 DT 15 D DT 617 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 C N6 DA 11 D DA 613 1_555 C O4 DT 15 D DT 617 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 C N3 DT 12 D DT 614 1_555 C N1 DA 14 D DA 616 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 C O4 DT 12 D DT 614 1_555 C N6 DA 14 D DA 616 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 C N1 DA 14 D DA 616 1_555 C N3 DT 12 D DT 614 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 C N6 DA 14 D DA 616 1_555 C O4 DT 12 D DT 614 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 C N3 DT 15 D DT 617 1_555 C N1 DA 11 D DA 613 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 C O4 DT 15 D DT 617 1_555 C N6 DA 11 D DA 613 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 C N3 DC 16 D DC 618 1_555 C N1 DG 10 D DG 612 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 C N4 DC 16 D DC 618 1_555 C O6 DG 10 D DG 612 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 C O2 DC 16 D DC 618 1_555 C N2 DG 10 D DG 612 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 C N1 DA 17 D DA 619 1_555 C N3 DT 9 D DT 611 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 C N6 DA 17 D DA 619 1_555 C O4 DT 9 D DT 611 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 C N3 DT 18 D DT 620 1_555 C N1 DA 8 D DA 610 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 C O4 DT 18 D DT 620 1_555 C N6 DA 8 D DA 610 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 C N3 DT 19 D DT 621 1_555 C N1 DA 7 D DA 609 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 C O4 DT 19 D DT 621 1_555 C N6 DA 7 D DA 609 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 C N1 DA 20 D DA 622 1_555 C N3 DT 6 D DT 608 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 C N6 DA 20 D DA 622 1_555 C O4 DT 6 D DT 608 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 C N3 DT 21 D DT 623 1_555 C N1 DA 5 D DA 607 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 C O4 DT 21 D DT 623 1_555 C N6 DA 5 D DA 607 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 C N3 DC 22 D DC 624 1_555 C N1 DG 4 D DG 606 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 C N4 DC 22 D DC 624 1_555 C O6 DG 4 D DG 606 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 C O2 DC 22 D DC 624 1_555 C N2 DG 4 D DG 606 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DG MISPAIR' hydrog42 C N1 DG 24 D DG 626 1_555 C O6 DG 2 D DG 604 2_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4RB1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.00627 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000538 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.023335 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.016577 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 3 MN A 1 200 200 MN MN . E 3 MN A 1 201 201 MN MN . F 3 MN B 1 200 200 MN MN . G 3 MN B 1 201 201 MN MN . H 4 HOH A 1 301 2 HOH HOH . I 4 HOH B 1 301 1 HOH HOH . I 4 HOH B 2 302 3 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -16.724 _atom_site.Cartn_y 11.635 _atom_site.Cartn_z 10.621 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 28.42 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 200 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 256 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #