data_4RKU
#
_model_server_result.job_id            PIs4MoPVTBn-bMTGRZrfYQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-24 01:45:32' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4rku 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"IF","auth_seq_id":1801}' 
#
_entry.id    4RKU 
#
_exptl.entry_id    4RKU 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              722.97 
_entity.id                          20 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    5 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
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_cell.entry_id            4RKU 
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_cell.length_c            129.667 
_cell.Z_PDB               2 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4RKU 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    heptadecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      17 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD,RD,SD,TD,UD,VD,WD,XD,YD,ZD,AE,BE,CE,DE,EE,FE,GE,HE,IE,JE,KE,LE,ME,NE,OE,PE,QE,RE,SE,TE,UE,VE,WE,XE,YE,ZE,AF,BF,CF,DF,EF,FF,GF,HF,IF,JF,KF,LF,MF,NF,OF,PF,QF,RF,SF,TF,UF,VF,WF,XF,YF,ZF,AG,BG,CG,DG,EG,FG,GG,HG,IG,JG,KG,LG,MG,NG,OG,PG,QG,RG,SG,TG,UG,VG,WG,XG,YG,ZG,AH,BH,CH,DH,EH,FH,GH,HH,IH 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 20 Y N N 
? 20 Z N N 
? 20 WB N N 
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? 20 ZF N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 F SG CYS 6 F CYS 85 1_555 F SG CYS 61 F CYS 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
metalc ? metalc1 A OE1 GLN 48 A GLN 85 1_555 DA MG CLA . A CLA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.928 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLN 84 A GLN 121 1_555 FA MG CLA . A CLA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.962 ? 
metalc ? metalc3 A OE1 GLN 92 A GLN 129 1_555 GA MG CLA . A CLA 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.923 ? 
metalc ? metalc4 A O THR 466 A THR 503 1_555 HB MG CLA . A CLA 1134 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.988 ? 
metalc ? metalc5 OB MG CLA . A CLA 1141 1_555 Z O5 LHG . A LHG 7003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.728 ? 
metalc ? metalc6 B OE1 GLN 51 B GLN 53 1_555 GC MG CLA . B CLA 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.988 ? 
metalc ? metalc7 B OD2 ASP 91 B ASP 93 1_555 JC MG CLA . B CLA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.965 ? 
metalc ? metalc8 PD MG CLA . B CLA 1240 1_555 WB O4 LHG . B LHG 7004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.726 ? 
metalc ? metalc9 C SG CYS 47 C CYS 48 1_555 TD FE4 SF4 . C SF4 8002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.677 ? 
metalc ? metalc10 H OE1 GLN 29 H GLN 85 1_555 EE MG CLA . H CLA 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.727 ? 
metalc ? metalc11 L OE2 GLU 53 L GLU 101 1_555 PE MG CLA . L CLA 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? 
metalc ? metalc12 N OE2 GLU 35 1 GLU 80 1_555 XE MG CLA . 1 CLA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.808 ? 
metalc ? metalc13 N OE2 GLU 101 1 GLU 146 1_555 FF MG CLA . 1 CLA 1012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? 
metalc ? metalc14 N OE2 GLU 139 1 GLU 184 1_555 UE MG CLA . 1 CLA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.703 ? 
metalc ? metalc15 N OE1 GLN 156 1 GLN 201 1_555 WE MG CLA . 1 CLA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.714 ? 
metalc ? metalc16 AF MG CLA . 1 CLA 1007 1_555 IF O4 LHG . 1 LHG 1801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.617 ? 
metalc ? metalc17 O O TRP 9 2 TRP 71 1_555 RF MG CLA . 2 CLA 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.697 ? 
metalc ? metalc18 O OE2 GLU 48 2 GLU 110 1_555 MF MG CLA . 2 CLA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.713 ? 
metalc ? metalc19 O OE2 GLU 106 2 GLU 170 1_555 UF MG CLA . 2 CLA 2012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.714 ? 
metalc ? metalc20 O OE2 GLU 163 2 GLU 227 1_555 JF MG CLA . 2 CLA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.98 ? 
metalc ? metalc21 PF MG CLA . 2 CLA 2007 1_555 ZF O4 LHG . 2 LHG 2801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.751 ? 
metalc ? metalc22 PF MG CLA . 2 CLA 2007 1_555 ZF O5 LHG . 2 LHG 2801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.813 ? 
metalc ? metalc23 P OE2 GLU 169 3 GLU 171 1_555 KG MG CLA . 3 CLA 3012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.72 ? 
metalc ? metalc24 EG MG CLA . 3 CLA 3005 1_555 KG O1A CLA . 3 CLA 3012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.719 ? 
metalc ? metalc25 EG MG CLA . 3 CLA 3005 1_555 KG O2A CLA . 3 CLA 3012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.722 ? 
metalc ? metalc26 Q O TRP 4 4 TRP 57 1_555 YG MG CLA . 4 CLA 4009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.816 ? 
metalc ? metalc27 Q OE1 GLN 106 4 GLN 160 1_555 UG MG CLA . 4 CLA 4005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.727 ? 
metalc ? metalc28 Q OE1 GLN 116 4 GLN 170 1_555 DH MG CLA . 4 CLA 4014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.73 ? 
metalc ? metalc29 Q OE1 GLU 152 4 GLU 206 1_555 QG MG CLA . 4 CLA 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc30 Q OE1 GLN 169 4 GLN 223 1_555 SG MG CLA . 4 CLA 4003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.707 ? 
#
_chem_comp.formula           'C38 H75 O10 P' 
_chem_comp.formula_weight    722.97 
_chem_comp.id                LHG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O1 C1 LHG sing 760 n n 
O1 HO1 LHG sing 761 n n 
C1 C2 LHG sing 762 n n 
C1 HC11 LHG sing 763 n n 
C1 HC12 LHG sing 764 n n 
C2 O2 LHG sing 765 n n 
C2 C3 LHG sing 766 n n 
C2 HC2 LHG sing 767 n n 
O2 H02 LHG sing 768 n n 
C3 O3 LHG sing 769 n n 
C3 HC31 LHG sing 770 n n 
C3 HC32 LHG sing 771 n n 
O3 P LHG sing 772 n n 
P O4 LHG sing 773 n n 
P O5 LHG doub 774 n n 
P O6 LHG sing 775 n n 
O4 HO4 LHG sing 776 n n 
O6 C4 LHG sing 777 n n 
C4 C5 LHG sing 778 n n 
C4 HC41 LHG sing 779 n n 
C4 HC42 LHG sing 780 n n 
C5 C6 LHG sing 781 n n 
C5 O7 LHG sing 782 n n 
C5 HC5 LHG sing 783 n n 
C6 O8 LHG sing 784 n n 
C6 HC61 LHG sing 785 n n 
C6 HC62 LHG sing 786 n n 
O7 C7 LHG sing 787 n n 
C7 O9 LHG doub 788 n n 
C7 C8 LHG sing 789 n n 
C8 C9 LHG sing 790 n n 
C8 HC81 LHG sing 791 n n 
C8 HC82 LHG sing 792 n n 
C9 C10 LHG sing 793 n n 
C9 HC91 LHG sing 794 n n 
C9 HC92 LHG sing 795 n n 
C10 C11 LHG sing 796 n n 
C10 H101 LHG sing 797 n n 
C10 H102 LHG sing 798 n n 
O8 C23 LHG sing 799 n n 
C23 O10 LHG doub 800 n n 
C23 C24 LHG sing 801 n n 
C24 C25 LHG sing 802 n n 
C24 H241 LHG sing 803 n n 
C24 H242 LHG sing 804 n n 
C11 C12 LHG sing 805 n n 
C11 H111 LHG sing 806 n n 
C11 H112 LHG sing 807 n n 
C12 C13 LHG sing 808 n n 
C12 H121 LHG sing 809 n n 
C12 H122 LHG sing 810 n n 
C13 C14 LHG sing 811 n n 
C13 H131 LHG sing 812 n n 
C13 H132 LHG sing 813 n n 
C14 C15 LHG sing 814 n n 
C14 H141 LHG sing 815 n n 
C14 H142 LHG sing 816 n n 
C15 C16 LHG sing 817 n n 
C15 H151 LHG sing 818 n n 
C15 H152 LHG sing 819 n n 
C16 C17 LHG sing 820 n n 
C16 H161 LHG sing 821 n n 
C16 H162 LHG sing 822 n n 
C17 C18 LHG sing 823 n n 
C17 H171 LHG sing 824 n n 
C17 H172 LHG sing 825 n n 
C18 C19 LHG sing 826 n n 
C18 H181 LHG sing 827 n n 
C18 H182 LHG sing 828 n n 
C19 C20 LHG sing 829 n n 
C19 H191 LHG sing 830 n n 
C19 H192 LHG sing 831 n n 
C20 C21 LHG sing 832 n n 
C20 H201 LHG sing 833 n n 
C20 H202 LHG sing 834 n n 
C21 C22 LHG sing 835 n n 
C21 H211 LHG sing 836 n n 
C21 H212 LHG sing 837 n n 
C22 H221 LHG sing 838 n n 
C22 H222 LHG sing 839 n n 
C22 H223 LHG sing 840 n n 
C25 C26 LHG sing 841 n n 
C25 H251 LHG sing 842 n n 
C25 H252 LHG sing 843 n n 
C26 C27 LHG sing 844 n n 
C26 H261 LHG sing 845 n n 
C26 H262 LHG sing 846 n n 
C27 C28 LHG sing 847 n n 
C27 H271 LHG sing 848 n n 
C27 H272 LHG sing 849 n n 
C28 C29 LHG sing 850 n n 
C28 H281 LHG sing 851 n n 
C28 H282 LHG sing 852 n n 
C29 C30 LHG sing 853 n n 
C29 H291 LHG sing 854 n n 
C29 H292 LHG sing 855 n n 
C30 C31 LHG sing 856 n n 
C30 H301 LHG sing 857 n n 
C30 H302 LHG sing 858 n n 
C31 C32 LHG sing 859 n n 
C31 H311 LHG sing 860 n n 
C31 H312 LHG sing 861 n n 
C32 C33 LHG sing 862 n n 
C32 H321 LHG sing 863 n n 
C32 H322 LHG sing 864 n n 
C33 C34 LHG sing 865 n n 
C33 H331 LHG sing 866 n n 
C33 H332 LHG sing 867 n n 
C34 C35 LHG sing 868 n n 
C34 H341 LHG sing 869 n n 
C34 H342 LHG sing 870 n n 
C35 C36 LHG sing 871 n n 
C35 H351 LHG sing 872 n n 
C35 H352 LHG sing 873 n n 
C36 C37 LHG sing 874 n n 
C36 H361 LHG sing 875 n n 
C36 H362 LHG sing 876 n n 
C37 C38 LHG sing 877 n n 
C37 H371 LHG sing 878 n n 
C37 H372 LHG sing 879 n n 
C38 H381 LHG sing 880 n n 
C38 H382 LHG sing 881 n n 
C38 H383 LHG sing 882 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4RKU 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.00829 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000161 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.005286 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007714 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
R 18 PQN A 1 5001 5001 PQN PQN . 
S 19 BCR A 1 6002 6002 BCR BCR . 
T 19 BCR A 1 6003 6003 BCR BCR . 
U 19 BCR A 1 6007 6007 BCR BCR . 
V 19 BCR A 1 6008 6008 BCR BCR . 
W 19 BCR A 1 6011 6011 BCR BCR . 
X 19 BCR A 1 6017 6017 BCR BCR . 
Y 20 LHG A 1 7001 7001 LHG LHG . 
Z 20 LHG A 1 7003 7003 LHG LHG . 
AA 21 CLA A 1 1101 1101 CLA CLA . 
BA 21 CLA A 1 1102 1102 CLA CLA . 
CA 21 CLA A 1 1103 1103 CLA CLA . 
DA 21 CLA A 1 1104 1104 CLA CLA . 
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FA 21 CLA A 1 1106 1106 CLA CLA . 
GA 21 CLA A 1 1107 1107 CLA CLA . 
HA 21 CLA A 1 1108 1108 CLA CLA . 
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