data_4RN3
#
_model_server_result.job_id            EYfurrvw09lHIcPW1e-Iww 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-21 16:55:53' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          4rn3 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":302}' 
#
_entry.id    4RN3 
#
_exptl.entry_id    4RN3 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              62.068 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-ETHANEDIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    5 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4RN3 
_cell.length_a            58.469 
_cell.length_b            190.593 
_cell.length_c            40.866 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4RN3 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        18 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 2' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,D,E,F,J 1 1 
B,G,H,I,K 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 D N N 
? 3 E N N 
? 3 F N N 
? 3 H N N 
? 3 I N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C VAL 21 A VAL 20 1_555 A N MSE 22 A MSE 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale2 A C MSE 22 A MSE 21 1_555 A N PHE 23 A PHE 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.348 ? 
covale ? covale3 A C ILE 36 A ILE 35 1_555 A N MSE 37 A MSE 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.354 ? 
covale ? covale4 A C MSE 37 A MSE 36 1_555 A N GLU 38 A GLU 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.354 ? 
covale ? covale5 A C GLU 38 A GLU 37 1_555 A N MSE 39 A MSE 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.357 ? 
covale ? covale6 A C MSE 39 A MSE 38 1_555 A N MSE 40 A MSE 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.349 ? 
covale ? covale7 A C MSE 40 A MSE 39 1_555 A N GLY 41 A GLY 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale8 A C GLN 52 A GLN 51 1_555 A N MSE 53 A MSE 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.346 ? 
covale ? covale9 A C MSE 53 A MSE 52 1_555 A N ARG 54 A ARG 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.358 ? 
covale ? covale10 A C LEU 93 A LEU 92 1_555 A N MSE 94 A MSE 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? 
covale ? covale11 A C MSE 94 A MSE 93 1_555 A N ILE 95 A ILE 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale12 A C ILE 95 A ILE 94 1_555 A N MSE 96 A MSE 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? 
covale ? covale13 A C MSE 96 A MSE 95 1_555 A N GLU 97 A GLU 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? 
covale ? covale14 A C SER 122 A SER 121 1_555 A N MSE 123 A MSE 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.367 ? 
covale ? covale15 A C MSE 123 A MSE 122 1_555 A N ASP 124 A ASP 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.355 ? 
covale ? covale16 A C ASP 124 A ASP 123 1_555 A N MSE 125 A MSE 124 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.366 ? 
covale ? covale17 A C ASP 124 A ASP 123 1_555 A N MSE 125 A MSE 124 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.35 ? 
covale ? covale18 A C MSE 125 A MSE 124 1_555 A N VAL 126 A VAL 125 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.365 ? 
covale ? covale19 A C MSE 125 A MSE 124 1_555 A N VAL 126 A VAL 125 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.357 ? 
covale ? covale20 A C VAL 139 A VAL 138 1_555 A N MSE 140 A MSE 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale21 A C MSE 140 A MSE 139 1_555 A N THR 141 A THR 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale22 A C ARG 201 A ARG 200 1_555 A N MSE 202 A MSE 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? 
covale ? covale23 A C MSE 202 A MSE 201 1_555 A N GLU 203 A GLU 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale24 B C VAL 21 B VAL 20 1_555 B N MSE 22 B MSE 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale25 B C MSE 22 B MSE 21 1_555 B N PHE 23 B PHE 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? 
covale ? covale26 B C ILE 36 B ILE 35 1_555 B N MSE 37 B MSE 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.358 ? 
covale ? covale27 B C MSE 37 B MSE 36 1_555 B N GLU 38 B GLU 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.371 ? 
covale ? covale28 B C GLU 38 B GLU 37 1_555 B N MSE 39 B MSE 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.354 ? 
covale ? covale29 B C MSE 39 B MSE 38 1_555 B N MSE 40 B MSE 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? 
covale ? covale30 B C MSE 40 B MSE 39 1_555 B N GLY 41 B GLY 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale31 B C GLN 52 B GLN 51 1_555 B N MSE 53 B MSE 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? 
covale ? covale32 B C MSE 53 B MSE 52 1_555 B N ARG 54 B ARG 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? 
covale ? covale33 B C LEU 93 B LEU 92 1_555 B N MSE 94 B MSE 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale34 B C MSE 94 B MSE 93 1_555 B N ILE 95 B ILE 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale35 B C ILE 95 B ILE 94 1_555 B N MSE 96 B MSE 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.348 ? 
covale ? covale36 B C MSE 96 B MSE 95 1_555 B N GLU 97 B GLU 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.353 ? 
covale ? covale37 B C SER 122 B SER 121 1_555 B N MSE 123 B MSE 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? 
covale ? covale38 B C MSE 123 B MSE 122 1_555 B N ASP 124 B ASP 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.363 ? 
covale ? covale39 B C ASP 124 B ASP 123 1_555 B N MSE 125 B MSE 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale40 B C MSE 125 B MSE 124 1_555 B N VAL 126 B VAL 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? 
covale ? covale41 B C VAL 139 B VAL 138 1_555 B N MSE 140 B MSE 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale42 B C MSE 140 B MSE 139 1_555 B N THR 141 B THR 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.371 ? 
covale ? covale43 B C ARG 201 B ARG 200 1_555 B N MSE 202 B MSE 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.365 ? 
covale ? covale44 B C MSE 202 B MSE 201 1_555 B N GLU 203 B GLU 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? 
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 17 A ASP 16 1_555 C MG MG . A MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.959 ? 
metalc ? metalc2 A O ASP 19 A ASP 18 1_555 C MG MG . A MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.994 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 174 A ASP 173 1_555 C MG MG . A MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? 
metalc ? metalc4 C MG MG . A MG 301 1_555 J O HOH . A HOH 442 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? 
metalc ? metalc5 C MG MG . A MG 301 1_555 J O HOH . A HOH 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.944 ? 
metalc ? metalc6 C MG MG . A MG 301 1_555 J O HOH . A HOH 453 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc7 B OD2 ASP 17 B ASP 16 1_555 G MG MG . B MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.811 ? 
metalc ? metalc8 B O ASP 19 B ASP 18 1_555 G MG MG . B MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.998 ? 
metalc ? metalc9 B OD1 ASP 174 B ASP 173 1_555 G MG MG . B MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? 
metalc ? metalc10 B OG SER 175 B SER 174 1_555 G MG MG . B MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? 
metalc ? metalc11 G MG MG . B MG 301 1_555 K O HOH . B HOH 422 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.988 ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H6 O2' 
_chem_comp.formula_weight    62.068 
_chem_comp.id                EDO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-ETHANEDIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'ETHYLENE GLYCOL' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 EDO sing 83 n n 
C1 C2 EDO sing 84 n n 
C1 H11 EDO sing 85 n n 
C1 H12 EDO sing 86 n n 
O1 HO1 EDO sing 87 n n 
C2 O2 EDO sing 88 n n 
C2 H21 EDO sing 89 n n 
C2 H22 EDO sing 90 n n 
O2 HO2 EDO sing 91 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4RN3 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.017103 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.005247 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.02447 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 MG A 1 301 213 MG MG . 
D 3 EDO A 1 302 217 EDO EDO . 
E 3 EDO A 1 303 218 EDO EDO . 
F 3 EDO A 1 304 219 EDO EDO . 
G 2 MG B 1 301 214 MG MG . 
H 3 EDO B 1 302 215 EDO EDO . 
I 3 EDO B 1 303 216 EDO EDO . 
J 4 HOH A 1 401 220 HOH HOH . 
J 4 HOH A 2 402 222 HOH HOH . 
J 4 HOH A 3 403 223 HOH HOH . 
J 4 HOH A 4 404 224 HOH HOH . 
J 4 HOH A 5 405 225 HOH HOH . 
J 4 HOH A 6 406 228 HOH HOH . 
J 4 HOH A 7 407 229 HOH HOH . 
J 4 HOH A 8 408 231 HOH HOH . 
J 4 HOH A 9 409 232 HOH HOH . 
J 4 HOH A 10 410 233 HOH HOH . 
J 4 HOH A 11 411 234 HOH HOH . 
J 4 HOH A 12 412 235 HOH HOH . 
J 4 HOH A 13 413 236 HOH HOH . 
J 4 HOH A 14 414 237 HOH HOH . 
J 4 HOH A 15 415 238 HOH HOH . 
J 4 HOH A 16 416 239 HOH HOH . 
J 4 HOH A 17 417 240 HOH HOH . 
J 4 HOH A 18 418 241 HOH HOH . 
J 4 HOH A 19 419 242 HOH HOH . 
J 4 HOH A 20 420 243 HOH HOH . 
J 4 HOH A 21 421 244 HOH HOH . 
J 4 HOH A 22 422 245 HOH HOH . 
J 4 HOH A 23 423 246 HOH HOH . 
J 4 HOH A 24 424 247 HOH HOH . 
J 4 HOH A 25 425 249 HOH HOH . 
J 4 HOH A 26 426 250 HOH HOH . 
J 4 HOH A 27 427 251 HOH HOH . 
J 4 HOH A 28 428 252 HOH HOH . 
J 4 HOH A 29 429 253 HOH HOH . 
J 4 HOH A 30 430 254 HOH HOH . 
J 4 HOH A 31 431 258 HOH HOH . 
J 4 HOH A 32 432 259 HOH HOH . 
J 4 HOH A 33 433 260 HOH HOH . 
J 4 HOH A 34 434 261 HOH HOH . 
J 4 HOH A 35 435 262 HOH HOH . 
J 4 HOH A 36 436 263 HOH HOH . 
J 4 HOH A 37 437 265 HOH HOH . 
J 4 HOH A 38 438 266 HOH HOH . 
J 4 HOH A 39 439 267 HOH HOH . 
J 4 HOH A 40 440 268 HOH HOH . 
J 4 HOH A 41 441 269 HOH HOH . 
J 4 HOH A 42 442 270 HOH HOH . 
J 4 HOH A 43 443 271 HOH HOH . 
J 4 HOH A 44 444 272 HOH HOH . 
J 4 HOH A 45 445 273 HOH HOH . 
J 4 HOH A 46 446 274 HOH HOH . 
J 4 HOH A 47 447 284 HOH HOH . 
J 4 HOH A 48 448 285 HOH HOH . 
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