data_4RQF # _model_server_result.job_id '_W_9msuZ0UtsADWDjwVRpg' _model_server_result.datetime_utc '2024-11-10 01:30:55' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4rqf # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":601}' # _entry.id 4RQF # _exptl.entry_id 4RQF _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 105.093 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description SERINE _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4RQF _cell.length_a 160.377 _cell.length_b 108.894 _cell.length_c 89.491 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4RQF _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 E N N ? 4 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order hydrog 'G-U MISPAIR' hydrog1 A N1 G 6 C G 5 1_555 A O2 U 81 C U 67 1_555 A ? ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N1 A 7 C A 5 1_555 A N3 U 80 C U 67 1_555 B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A N6 A 7 C A 5 1_555 A O4 U 80 C U 67 1_555 B ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog4 A N3 U 8 C U 6 1_555 A O4 U 79 C U 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog5 A O2 U 8 C U 6 1_555 A N3 U 79 C U 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N1 G 9 C G 7 1_555 A N3 C 78 C C 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N2 G 9 C G 7 1_555 A O2 C 78 C C 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A O6 G 9 C G 7 1_555 A N4 C 78 C C 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N3 C 12 C C 10 1_555 A N1 G 27 C G 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N4 C 12 C C 10 1_555 A O6 G 27 C G 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A O2 C 12 C C 10 1_555 A N2 G 27 C G 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N3 C 13 C C 11 1_555 A N1 G 26 C G 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N4 C 13 C C 11 1_555 A O6 G 26 C G 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A O2 C 13 C C 11 1_555 A N2 G 26 C G 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog15 A N3 U 14 C U 12 1_555 A O6 G 25 C G 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog16 A O2 U 14 C U 12 1_555 A N1 G 25 C G 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N3 C 15 C C 13 1_555 A N1 G 24 C G 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A N4 C 15 C C 13 1_555 A O6 G 24 C G 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A O2 C 15 C C 13 1_555 A N2 G 24 C G 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N1 A 16 C A 14 1_555 A N3 U 23 C U 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N6 A 16 C A 14 1_555 A O4 U 23 C U 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A N1 G 17 C G 15 1_555 A N3 C 22 C C 20 1_555 ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N2 G 17 C G 15 1_555 A O2 C 22 C C 20 1_555 ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A O6 G 17 C G 15 1_555 A N4 C 22 C C 20 1_555 ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_13_PAIR hydrog25 A N3 U 18 C U 16 1_555 A O2 U 72 C U 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_13_PAIR hydrog26 A O2 U 18 C U 16 1_555 A N3 U 72 C U 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-U MISPAIR' hydrog27 A N1 G 19 C G 18 1_555 A O2 U 68 C U 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-U MISPAIR' hydrog28 A N2 G 20 C G 19 1_555 A O4 U 21 C U 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog29 A O6 G 20 C G 19 1_555 A N4 C 69 C C 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A N3 U 28 C U 26 1_555 A N1 A 46 C A 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A O4 U 28 C U 26 1_555 A N6 A 46 C A 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog32 A N1 G 47 C G 45 1_555 A N1 A 62 C A 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog33 A O6 G 47 C G 45 1_555 A N6 A 62 C A 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A N3 C 48 C C 46 1_555 A N1 G 61 C G 47 1_555 ? ? ? L ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A N4 C 48 C C 46 1_555 A O6 G 61 C G 47 1_555 ? ? ? L ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A O2 C 48 C C 46 1_555 A N2 G 61 C G 47 1_555 ? ? ? L ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-A PAIR' hydrog37 A N3 U 49 C U 47 1_555 A N1 A 60 C A 47 1_555 ? ? ? K ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A N1 G 50 C G 47 1_555 A N3 C 59 C C 47 1_555 A ? ? J ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A N2 G 50 C G 47 1_555 A O2 C 59 C C 47 1_555 A ? ? J ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A O6 G 50 C G 47 1_555 A N4 C 59 C C 47 1_555 A ? ? J ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A N3 U 51 C U 47 1_555 A N1 A 58 C A 47 1_555 B ? ? I ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A O4 U 51 C U 47 1_555 A N6 A 58 C A 47 1_555 B ? ? I ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 A N3 C 52 C C 47 1_555 A N1 G 57 C G 47 1_555 C ? ? H ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A N4 C 52 C C 47 1_555 A O6 G 57 C G 47 1_555 C ? ? H ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 A O2 C 52 C C 47 1_555 A N2 G 57 C G 47 1_555 C ? ? H ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-C MISPAIR' hydrog46 A O2 U 53 C U 47 1_555 A N4 C 56 C C 47 1_555 D ? ? G ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 A N1 G 63 C G 50 1_555 A N3 C 77 C C 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 A N2 G 63 C G 50 1_555 A O2 C 77 C C 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 A O6 G 63 C G 50 1_555 A N4 C 77 C C 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 A N3 U 64 C U 51 1_555 A N1 A 76 C A 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 A O4 U 64 C U 51 1_555 A N6 A 76 C A 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 A N1 G 65 C G 52 1_555 A N3 C 75 C C 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 A N2 G 65 C G 52 1_555 A O2 C 75 C C 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 A O6 G 65 C G 52 1_555 A N4 C 75 C C 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog55 A N1 G 66 C G 53 1_555 A N7 A 71 C A 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 A N1 G 66 C G 53 1_555 A N3 C 74 C C 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog57 A N2 G 66 C G 53 1_555 A O2 C 74 C C 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog58 A O6 G 66 C G 53 1_555 A N4 C 74 C C 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog59 A N3 U 67 C U 54 1_555 A N7 A 71 C A 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog60 A O2 U 67 C U 54 1_555 A N6 A 71 C A 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C3 H7 N O3' _chem_comp.formula_weight 105.093 _chem_comp.id SER _chem_comp.mon_nstd_flag y _chem_comp.name SERINE _chem_comp.type 'l-peptide linking' _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N CA SER sing 440 n n N H SER sing 441 n n N H2 SER sing 442 n n CA C SER sing 443 n n CA CB SER sing 444 n n CA HA SER sing 445 n n C O SER doub 446 n n C OXT SER sing 447 n n CB OG SER sing 448 n n CB HB2 SER sing 449 n n CB HB3 SER sing 450 n n OG HG SER sing 451 n n OXT HXT SER sing 452 n n # _atom_sites.entry_id 4RQF _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006235 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009183 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011174 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 3 ANP A 1 602 601 ANP ANP . E 4 SER A 1 601 602 SER SER . F 4 SER B 1 601 1 SER SER . G 3 ANP B 1 602 601 ANP ANP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N SER . . . E 4 -59.741 4.286 -6.71 1 114.03 ? N SER 601 A 1 HETATM 2 C CA SER . . . E 4 -59.004 3.768 -5.53 1 114.57 ? CA SER 601 A 1 HETATM 3 C C SER . . . E 4 -58.129 4.842 -4.925 1 107.54 ? C SER 601 A 1 HETATM 4 O O SER . . . E 4 -57.75 5.843 -5.545 1 105.63 ? O SER 601 A 1 HETATM 5 C CB SER . . . E 4 -58.174 2.532 -5.897 1 116.61 ? CB SER 601 A 1 HETATM 6 O OG SER . . . E 4 -56.973 2.462 -5.147 1 117.34 ? OG SER 601 A 1 HETATM 7 O OXT SER . . . E 4 -57.808 4.702 -3.759 1 110.88 ? OXT SER 601 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 31 _model_server_stats.query_time_ms 312 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 7 #