data_4RXS
#
_model_server_result.job_id            rO3Y0EnhmIGHZ-hnmCt2uw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-07 12:54:04' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4rxs 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":802}' 
#
_entry.id    4RXS 
#
_exptl.entry_id    4RXS 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          122.8 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4RXS 
_cell.length_a            151.686 
_cell.length_b            109.757 
_cell.length_c            92.951 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4RXS 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1,2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 2_656 -x+1,y,-z+1 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 101.33368 0 78.131506 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 D N N 
? 3 E N N 
? 3 I N N 
? 3 J N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 C O1G GTP . A GTP 801 1_555 H MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.902 ? 
metalc ? metalc2 C O1B GTP . A GTP 801 1_555 H MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.906 ? 
metalc ? metalc3 C O2A GTP . A GTP 801 1_555 H MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.993 ? 
metalc ? metalc4 E O1B TTP . A TTP 803 1_555 H MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? 
metalc ? metalc5 E O1G TTP . A TTP 803 1_555 H MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? 
metalc ? metalc6 F O1B GTP . A GTP 804 1_555 G MG MG . A MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.91 ? 
metalc ? metalc7 F O1G GTP . A GTP 804 1_555 G MG MG . A MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? 
metalc ? metalc8 F O2A GTP . A GTP 804 1_555 G MG MG . A MG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? 
metalc ? metalc9 G MG MG . A MG 805 1_555 K O HOH . A HOH 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? 
metalc ? metalc10 G MG MG . A MG 805 1_555 J O1G TTP . B TTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.957 ? 
metalc ? metalc11 G MG MG . A MG 805 1_555 J O1B TTP . B TTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? 
metalc ? metalc12 K O HOH . A HOH 920 1_555 H MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 384 n n 
PA O2A TTP sing 385 n n 
PA O3A TTP sing 386 n n 
PA O5' TTP sing 387 n n 
O2A HOA2 TTP sing 388 n n 
O3A PB TTP sing 389 n n 
PB O1B TTP doub 390 n n 
PB O2B TTP sing 391 n n 
PB O3B TTP sing 392 n n 
O2B HOB2 TTP sing 393 n n 
O3B PG TTP sing 394 n n 
PG O1G TTP doub 395 n n 
PG O2G TTP sing 396 n n 
PG O3G TTP sing 397 n n 
O2G HOG2 TTP sing 398 n n 
O3G HOG3 TTP sing 399 n n 
O5' C5' TTP sing 400 n n 
C5' C4' TTP sing 401 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 402 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 403 n n 
C4' O4' TTP sing 404 n n 
C4' C3' TTP sing 405 n n 
C4' H4' TTP sing 406 n n 
O4' C1' TTP sing 407 n n 
C3' O3' TTP sing 408 n n 
C3' C2' TTP sing 409 n n 
C3' H3' TTP sing 410 n n 
O3' HO3' TTP sing 411 n n 
C2' C1' TTP sing 412 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 413 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 414 n n 
C1' N1 TTP sing 415 n n 
C1' H1' TTP sing 416 n n 
N1 C2 TTP sing 417 n n 
N1 C6 TTP sing 418 n n 
C2 O2 TTP doub 419 n n 
C2 N3 TTP sing 420 n n 
N3 C4 TTP sing 421 n n 
N3 HN3 TTP sing 422 n n 
C4 O4 TTP doub 423 n n 
C4 C5 TTP sing 424 n n 
C5 C5M TTP sing 425 n n 
C5 C6 TTP doub 426 n n 
C5M HM51 TTP sing 427 n n 
C5M HM52 TTP sing 428 n n 
C5M HM53 TTP sing 429 n n 
C6 H6 TTP sing 430 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4RXS 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.006593 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.004249 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009111 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.012799 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 GTP A 1 801 801 GTP GTP . 
D 3 TTP A 1 802 802 TTP TTP . 
E 3 TTP A 1 803 803 TTP TTP . 
F 2 GTP A 1 804 801 GTP GTP . 
G 4 MG A 1 805 806 MG MG . 
H 4 MG B 1 701 806 MG MG . 
I 3 TTP B 1 702 802 TTP TTP . 
J 3 TTP B 1 703 803 TTP TTP . 
K 5 HOH A 1 901 7 HOH HOH . 
K 5 HOH A 2 902 10 HOH HOH . 
K 5 HOH A 3 903 16 HOH HOH . 
K 5 HOH A 4 904 17 HOH HOH . 
K 5 HOH A 5 905 19 HOH HOH . 
K 5 HOH A 6 906 20 HOH HOH . 
K 5 HOH A 7 907 22 HOH HOH . 
K 5 HOH A 8 908 23 HOH HOH . 
K 5 HOH A 9 909 24 HOH HOH . 
K 5 HOH A 10 910 25 HOH HOH . 
K 5 HOH A 11 911 27 HOH HOH . 
K 5 HOH A 12 912 29 HOH HOH . 
K 5 HOH A 13 913 30 HOH HOH . 
K 5 HOH A 14 914 32 HOH HOH . 
K 5 HOH A 15 915 34 HOH HOH . 
K 5 HOH A 16 916 37 HOH HOH . 
K 5 HOH A 17 917 39 HOH HOH . 
K 5 HOH A 18 918 41 HOH HOH . 
K 5 HOH A 19 919 43 HOH HOH . 
K 5 HOH A 20 920 45 HOH HOH . 
K 5 HOH A 21 921 48 HOH HOH . 
K 5 HOH A 22 922 51 HOH HOH . 
K 5 HOH A 23 923 52 HOH HOH . 
K 5 HOH A 24 924 54 HOH HOH . 
K 5 HOH A 25 925 56 HOH HOH . 
K 5 HOH A 26 926 57 HOH HOH . 
K 5 HOH A 27 927 58 HOH HOH . 
K 5 HOH A 28 928 60 HOH HOH . 
K 5 HOH A 29 929 61 HOH HOH . 
K 5 HOH A 30 930 63 HOH HOH . 
K 5 HOH A 31 931 78 HOH HOH . 
K 5 HOH A 32 932 81 HOH HOH . 
K 5 HOH A 33 933 82 HOH HOH . 
K 5 HOH A 34 934 83 HOH HOH . 
K 5 HOH A 35 935 84 HOH HOH . 
K 5 HOH A 36 936 85 HOH HOH . 
K 5 HOH A 37 937 86 HOH HOH . 
K 5 HOH A 38 938 88 HOH HOH . 
K 5 HOH A 39 939 93 HOH HOH . 
K 5 HOH A 40 940 96 HOH HOH . 
K 5 HOH A 41 941 98 HOH HOH . 
K 5 HOH A 42 942 99 HOH HOH . 
K 5 HOH A 43 943 100 HOH HOH . 
K 5 HOH A 44 944 104 HOH HOH . 
K 5 HOH A 45 945 105 HOH HOH . 
K 5 HOH A 46 946 106 HOH HOH . 
K 5 HOH A 47 947 108 HOH HOH . 
K 5 HOH A 48 948 111 HOH HOH . 
K 5 HOH A 49 949 113 HOH HOH . 
K 5 HOH A 50 950 117 HOH HOH . 
K 5 HOH A 51 951 120 HOH HOH . 
K 5 HOH A 52 952 123 HOH HOH . 
K 5 HOH A 53 953 125 HOH HOH . 
K 5 HOH A 54 954 127 HOH HOH . 
K 5 HOH A 55 955 129 HOH HOH . 
K 5 HOH A 56 956 130 HOH HOH . 
K 5 HOH A 57 957 131 HOH HOH . 
K 5 HOH A 58 958 133 HOH HOH . 
K 5 HOH A 59 959 134 HOH HOH . 
K 5 HOH A 60 960 135 HOH HOH . 
K 5 HOH A 61 961 136 HOH HOH . 
K 5 HOH A 62 962 137 HOH HOH . 
K 5 HOH A 63 963 144 HOH HOH . 
K 5 HOH A 64 964 146 HOH HOH . 
K 5 HOH A 65 965 151 HOH HOH . 
K 5 HOH A 66 966 152 HOH HOH . 
K 5 HOH A 67 967 154 HOH HOH . 
K 5 HOH A 68 968 155 HOH HOH . 
K 5 HOH A 69 969 156 HOH HOH . 
K 5 HOH A 70 970 158 HOH HOH . 
K 5 HOH A 71 971 159 HOH HOH . 
K 5 HOH A 72 972 160 HOH HOH . 
K 5 HOH A 73 973 162 HOH HOH . 
K 5 HOH A 74 974 163 HOH HOH . 
K 5 HOH A 75 975 166 HOH HOH . 
K 5 HOH A 76 976 167 HOH HOH . 
K 5 HOH A 77 977 168 HOH HOH . 
K 5 HOH A 78 978 170 HOH HOH . 
K 5 HOH A 79 979 171 HOH HOH . 
K 5 HOH A 80 980 176 HOH HOH . 
K 5 HOH A 81 981 177 HOH HOH . 
K 5 HOH A 82 982 181 HOH HOH . 
K 5 HOH A 83 983 182 HOH HOH . 
K 5 HOH A 84 984 183 HOH HOH . 
K 5 HOH A 85 985 184 HOH HOH . 
K 5 HOH A 86 986 185 HOH HOH . 
K 5 HOH A 87 987 190 HOH HOH . 
K 5 HOH A 88 988 191 HOH HOH . 
K 5 HOH A 89 989 192 HOH HOH . 
K 5 HOH A 90 990 195 HOH HOH . 
K 5 HOH A 91 991 197 HOH HOH . 
K 5 HOH A 92 992 200 HOH HOH . 
K 5 HOH A 93 993 201 HOH HOH . 
K 5 HOH A 94 994 204 HOH HOH . 
K 5 HOH A 95 995 206 HOH HOH . 
K 5 HOH A 96 996 208 HOH HOH . 
K 5 HOH A 97 997 213 HOH HOH . 
K 5 HOH A 98 998 215 HOH HOH . 
K 5 HOH A 99 999 216 HOH HOH . 
K 5 HOH A 100 1000 218 HOH HOH . 
K 5 HOH A 101 1001 220 HOH HOH . 
K 5 HOH A 102 1002 221 HOH HOH . 
K 5 HOH A 103 1003 222 HOH HOH . 
K 5 HOH A 104 1004 230 HOH HOH . 
K 5 HOH A 105 1005 231 HOH HOH . 
K 5 HOH A 106 1006 232 HOH HOH . 
K 5 HOH A 107 1007 233 HOH HOH . 
K 5 HOH A 108 1008 234 HOH HOH . 
K 5 HOH A 109 1009 236 HOH HOH . 
K 5 HOH A 110 1010 237 HOH HOH . 
K 5 HOH A 111 1011 238 HOH HOH . 
K 5 HOH A 112 1012 239 HOH HOH . 
K 5 HOH A 113 1013 241 HOH HOH . 
K 5 HOH A 114 1014 242 HOH HOH . 
K 5 HOH A 115 1015 244 HOH HOH . 
K 5 HOH A 116 1016 245 HOH HOH . 
K 5 HOH A 117 1017 246 HOH HOH . 
K 5 HOH A 118 1018 247 HOH HOH . 
K 5 HOH A 119 1019 248 HOH HOH . 
K 5 HOH A 120 1020 251 HOH HOH . 
K 5 HOH A 121 1021 254 HOH HOH . 
K 5 HOH A 122 1022 258 HOH HOH . 
K 5 HOH A 123 1023 259 HOH HOH . 
K 5 HOH A 124 1024 260 HOH HOH . 
K 5 HOH A 125 1025 263 HOH HOH . 
K 5 HOH A 126 1026 265 HOH HOH . 
K 5 HOH A 127 1027 266 HOH HOH . 
K 5 HOH A 128 1028 271 HOH HOH . 
K 5 HOH A 129 1029 272 HOH HOH . 
K 5 HOH A 130 1030 274 HOH HOH . 
K 5 HOH A 131 1031 276 HOH HOH . 
K 5 HOH A 132 1032 277 HOH HOH . 
K 5 HOH A 133 1033 284 HOH HOH . 
K 5 HOH A 134 1034 289 HOH HOH . 
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HETATM 16 O O4' TTP . . . D 3 39.338 30.04 24.498 1 49.33 ? O4' TTP 802 A 1 
HETATM 17 C C3' TTP . . . D 3 40.553 29.326 26.369 1 48.61 ? C3' TTP 802 A 1 
HETATM 18 O O3' TTP . . . D 3 40.578 27.903 26.24 1 42.43 ? O3' TTP 802 A 1 
HETATM 19 C C2' TTP . . . D 3 41.54 29.953 25.42 1 48.8 ? C2' TTP 802 A 1 
HETATM 20 C C1' TTP . . . D 3 40.735 30.067 24.133 1 50.17 ? C1' TTP 802 A 1 
HETATM 21 N N1 TTP . . . D 3 41.137 31.265 23.373 1 52.1 ? N1 TTP 802 A 1 
HETATM 22 C C2 TTP . . . D 3 42.183 31.167 22.42 1 52.72 ? C2 TTP 802 A 1 
HETATM 23 O O2 TTP . . . D 3 42.781 30.076 22.226 1 51.7 ? O2 TTP 802 A 1 
HETATM 24 N N3 TTP . . . D 3 42.561 32.232 21.704 1 52.98 ? N3 TTP 802 A 1 
HETATM 25 C C4 TTP . . . D 3 41.968 33.407 21.855 1 52.73 ? C4 TTP 802 A 1 
HETATM 26 O O4 TTP . . . D 3 42.332 34.373 21.177 1 54.32 ? O4 TTP 802 A 1 
HETATM 27 C C5 TTP . . . D 3 40.878 33.544 22.832 1 55.89 ? C5 TTP 802 A 1 
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