data_4TNQ
#
_model_server_result.job_id            hcA1C8Mla_Ak8cs--nif8w 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-07 00:39:09' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4tnq 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":703}' 
#
_entry.id    4TNQ 
#
_exptl.entry_id    4TNQ 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          114.56 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4TNQ 
_cell.length_a            81.159 
_cell.length_b            140.292 
_cell.length_c            97.268 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4TNQ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 J N N 
? 2 L N N 
? 2 N N N 
? 2 Q N N 
? 2 S N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 F O1G GTP . A GTP 702 1_555 I MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.963 ? 
metalc ? metalc2 F O1B GTP . A GTP 702 1_555 I MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.834 ? 
metalc ? metalc3 F O2A GTP . A GTP 702 1_555 I MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? 
metalc ? metalc4 G O1B TTP . A TTP 703 1_555 O MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.9 ? 
metalc ? metalc5 G O3G TTP . A TTP 703 1_555 O MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.87 ? 
metalc ? metalc6 U O HOH . A HOH 803 1_555 I MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? 
metalc ? metalc7 U O HOH . A HOH 804 1_555 O MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? 
metalc ? metalc8 H O1B TTP . C TTP 701 1_555 I MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.847 ? 
metalc ? metalc9 H O3G TTP . C TTP 701 1_555 I MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.886 ? 
metalc ? metalc10 K MG MG . C MG 704 1_555 N O2B TTP . D TTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.99 ? 
metalc ? metalc11 K MG MG . C MG 704 1_555 N O1G TTP . D TTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.934 ? 
metalc ? metalc12 K MG MG . C MG 704 1_555 T O1A GTP . B GTP 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? 
metalc ? metalc13 K MG MG . C MG 704 1_555 T O1B GTP . B GTP 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc14 M O2G GTP . D GTP 702 1_555 R MG MG . B MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.878 ? 
metalc ? metalc15 M O1B GTP . D GTP 702 1_555 R MG MG . B MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.888 ? 
metalc ? metalc16 M O2A GTP . D GTP 702 1_555 R MG MG . B MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc17 W O HOH . D HOH 808 1_555 R MG MG . B MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? 
metalc ? metalc18 O MG MG . B MG 701 1_555 P O2B GTP . B GTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? 
metalc ? metalc19 O MG MG . B MG 701 1_555 P O2A GTP . B GTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? 
metalc ? metalc20 Q O2B TTP . B TTP 703 1_555 R MG MG . B MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 384 n n 
PA O2A TTP sing 385 n n 
PA O3A TTP sing 386 n n 
PA O5' TTP sing 387 n n 
O2A HOA2 TTP sing 388 n n 
O3A PB TTP sing 389 n n 
PB O1B TTP doub 390 n n 
PB O2B TTP sing 391 n n 
PB O3B TTP sing 392 n n 
O2B HOB2 TTP sing 393 n n 
O3B PG TTP sing 394 n n 
PG O1G TTP doub 395 n n 
PG O2G TTP sing 396 n n 
PG O3G TTP sing 397 n n 
O2G HOG2 TTP sing 398 n n 
O3G HOG3 TTP sing 399 n n 
O5' C5' TTP sing 400 n n 
C5' C4' TTP sing 401 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 402 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 403 n n 
C4' O4' TTP sing 404 n n 
C4' C3' TTP sing 405 n n 
C4' H4' TTP sing 406 n n 
O4' C1' TTP sing 407 n n 
C3' O3' TTP sing 408 n n 
C3' C2' TTP sing 409 n n 
C3' H3' TTP sing 410 n n 
O3' HO3' TTP sing 411 n n 
C2' C1' TTP sing 412 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 413 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 414 n n 
C1' N1 TTP sing 415 n n 
C1' H1' TTP sing 416 n n 
N1 C2 TTP sing 417 n n 
N1 C6 TTP sing 418 n n 
C2 O2 TTP doub 419 n n 
C2 N3 TTP sing 420 n n 
N3 C4 TTP sing 421 n n 
N3 HN3 TTP sing 422 n n 
C4 O4 TTP doub 423 n n 
C4 C5 TTP sing 424 n n 
C5 C5M TTP sing 425 n n 
C5 C6 TTP doub 426 n n 
C5M HM51 TTP sing 427 n n 
C5M HM52 TTP sing 428 n n 
C5M HM53 TTP sing 429 n n 
C6 H6 TTP sing 430 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4TNQ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.012321 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.005631 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007128 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011304 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 TTP A 1 701 700 TTP TTP . 
F 3 GTP A 1 702 900 GTP GTP . 
G 2 TTP A 1 703 800 TTP TTP . 
H 2 TTP C 1 701 800 TTP TTP . 
I 4 MG C 1 702 850 MG MG . 
J 2 TTP C 1 703 700 TTP TTP . 
K 4 MG C 1 704 850 MG MG . 
L 2 TTP D 1 701 700 TTP TTP . 
M 3 GTP D 1 702 900 GTP GTP . 
N 2 TTP D 1 703 800 TTP TTP . 
O 4 MG B 1 701 850 MG MG . 
P 3 GTP B 1 702 900 GTP GTP . 
Q 2 TTP B 1 703 800 TTP TTP . 
R 4 MG B 1 704 850 MG MG . 
S 2 TTP B 1 705 700 TTP TTP . 
T 3 GTP B 1 706 900 GTP GTP . 
U 5 HOH A 1 801 209 HOH HOH . 
U 5 HOH A 2 802 1 HOH HOH . 
U 5 HOH A 3 803 3 HOH HOH . 
U 5 HOH A 4 804 4 HOH HOH . 
U 5 HOH A 5 805 11 HOH HOH . 
U 5 HOH A 6 806 12 HOH HOH . 
U 5 HOH A 7 807 16 HOH HOH . 
U 5 HOH A 8 808 19 HOH HOH . 
U 5 HOH A 9 809 20 HOH HOH . 
U 5 HOH A 10 810 28 HOH HOH . 
U 5 HOH A 11 811 31 HOH HOH . 
U 5 HOH A 12 812 32 HOH HOH . 
U 5 HOH A 13 813 45 HOH HOH . 
U 5 HOH A 14 814 46 HOH HOH . 
U 5 HOH A 15 815 47 HOH HOH . 
U 5 HOH A 16 816 48 HOH HOH . 
U 5 HOH A 17 817 52 HOH HOH . 
U 5 HOH A 18 818 53 HOH HOH . 
U 5 HOH A 19 819 54 HOH HOH . 
U 5 HOH A 20 820 55 HOH HOH . 
U 5 HOH A 21 821 56 HOH HOH . 
U 5 HOH A 22 822 57 HOH HOH . 
U 5 HOH A 23 823 58 HOH HOH . 
U 5 HOH A 24 824 59 HOH HOH . 
U 5 HOH A 25 825 60 HOH HOH . 
U 5 HOH A 26 826 61 HOH HOH . 
U 5 HOH A 27 827 62 HOH HOH . 
U 5 HOH A 28 828 66 HOH HOH . 
U 5 HOH A 29 829 70 HOH HOH . 
U 5 HOH A 30 830 72 HOH HOH . 
U 5 HOH A 31 831 74 HOH HOH . 
U 5 HOH A 32 832 86 HOH HOH . 
U 5 HOH A 33 833 87 HOH HOH . 
U 5 HOH A 34 834 89 HOH HOH . 
U 5 HOH A 35 835 90 HOH HOH . 
U 5 HOH A 36 836 103 HOH HOH . 
U 5 HOH A 37 837 106 HOH HOH . 
U 5 HOH A 38 838 109 HOH HOH . 
U 5 HOH A 39 839 124 HOH HOH . 
U 5 HOH A 40 840 126 HOH HOH . 
U 5 HOH A 41 841 135 HOH HOH . 
U 5 HOH A 42 842 139 HOH HOH . 
U 5 HOH A 43 843 143 HOH HOH . 
U 5 HOH A 44 844 148 HOH HOH . 
U 5 HOH A 45 845 150 HOH HOH . 
U 5 HOH A 46 846 151 HOH HOH . 
U 5 HOH A 47 847 152 HOH HOH . 
U 5 HOH A 48 848 154 HOH HOH . 
U 5 HOH A 49 849 156 HOH HOH . 
U 5 HOH A 50 850 162 HOH HOH . 
U 5 HOH A 51 851 170 HOH HOH . 
U 5 HOH A 52 852 176 HOH HOH . 
U 5 HOH A 53 853 182 HOH HOH . 
U 5 HOH A 54 854 186 HOH HOH . 
U 5 HOH A 55 855 194 HOH HOH . 
U 5 HOH A 56 856 206 HOH HOH . 
U 5 HOH A 57 857 207 HOH HOH . 
U 5 HOH A 58 858 212 HOH HOH . 
U 5 HOH A 59 859 218 HOH HOH . 
U 5 HOH A 60 860 219 HOH HOH . 
U 5 HOH A 61 861 220 HOH HOH . 
U 5 HOH A 62 862 223 HOH HOH . 
U 5 HOH A 63 863 224 HOH HOH . 
U 5 HOH A 64 864 225 HOH HOH . 
U 5 HOH A 65 865 226 HOH HOH . 
U 5 HOH A 66 866 227 HOH HOH . 
U 5 HOH A 67 867 232 HOH HOH . 
U 5 HOH A 68 868 233 HOH HOH . 
U 5 HOH A 69 869 234 HOH HOH . 
V 5 HOH C 1 801 2 HOH HOH . 
V 5 HOH C 2 802 23 HOH HOH . 
V 5 HOH C 3 803 27 HOH HOH . 
V 5 HOH C 4 804 29 HOH HOH . 
V 5 HOH C 5 805 42 HOH HOH . 
V 5 HOH C 6 806 43 HOH HOH . 
V 5 HOH C 7 807 44 HOH HOH . 
V 5 HOH C 8 808 65 HOH HOH . 
V 5 HOH C 9 809 69 HOH HOH . 
V 5 HOH C 10 810 73 HOH HOH . 
V 5 HOH C 11 811 77 HOH HOH . 
V 5 HOH C 12 812 84 HOH HOH . 
V 5 HOH C 13 813 88 HOH HOH . 
V 5 HOH C 14 814 91 HOH HOH . 
V 5 HOH C 15 815 92 HOH HOH . 
V 5 HOH C 16 816 96 HOH HOH . 
V 5 HOH C 17 817 98 HOH HOH . 
V 5 HOH C 18 818 102 HOH HOH . 
V 5 HOH C 19 819 107 HOH HOH . 
V 5 HOH C 20 820 111 HOH HOH . 
V 5 HOH C 21 821 112 HOH HOH . 
V 5 HOH C 22 822 113 HOH HOH . 
V 5 HOH C 23 823 122 HOH HOH . 
V 5 HOH C 24 824 123 HOH HOH . 
V 5 HOH C 25 825 134 HOH HOH . 
V 5 HOH C 26 826 136 HOH HOH . 
V 5 HOH C 27 827 141 HOH HOH . 
V 5 HOH C 28 828 144 HOH HOH . 
V 5 HOH C 29 829 149 HOH HOH . 
V 5 HOH C 30 830 155 HOH HOH . 
V 5 HOH C 31 831 157 HOH HOH . 
V 5 HOH C 32 832 172 HOH HOH . 
V 5 HOH C 33 833 178 HOH HOH . 
V 5 HOH C 34 834 179 HOH HOH . 
V 5 HOH C 35 835 184 HOH HOH . 
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