data_4TNR # _model_server_result.job_id N54gYp_BHGMmJ7JsdDayAA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-28 15:02:48' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4tnr # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"S","auth_seq_id":703}' # _entry.id 4TNR # _exptl.entry_id 4TNR _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 523.18 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 115.4 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4TNR _cell.length_a 84.916 _cell.length_b 141.697 _cell.length_c 97.524 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4TNR _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 F N N ? 3 K N N ? 3 O N N ? 3 S N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 F O3G GTP . D GTP 702 1_555 Q MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.091 ? metalc ? metalc2 F O2B GTP . D GTP 702 1_555 Q MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.888 ? metalc ? metalc3 F O2A GTP . D GTP 702 1_555 Q MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? metalc ? metalc4 G O1G DTP . D DTP 703 1_555 J MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.901 ? metalc ? metalc5 G O1B DTP . D DTP 703 1_555 J MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.11 ? metalc ? metalc6 H MG MG . D MG 704 1_555 L O3G DTP . C DTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.939 ? metalc ? metalc7 H MG MG . D MG 704 1_555 L O1B DTP . C DTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.872 ? metalc ? metalc8 H MG MG . D MG 704 1_555 U O HOH . C HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? metalc ? metalc9 H MG MG . D MG 704 1_555 S O3G GTP . A GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? metalc ? metalc10 H MG MG . D MG 704 1_555 S O2B GTP . A GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.205 ? metalc ? metalc11 H MG MG . D MG 704 1_555 S O1A GTP . A GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc12 J MG MG . C MG 702 1_555 K O3G GTP . C GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? metalc ? metalc13 J MG MG . C MG 702 1_555 K O2B GTP . C GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? metalc ? metalc14 J MG MG . C MG 702 1_555 K O2A GTP . C GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.851 ? metalc ? metalc15 M O3G DTP . B DTP 701 1_555 Q MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.895 ? metalc ? metalc16 M O1B DTP . B DTP 701 1_555 Q MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.984 ? metalc ? metalc17 N MG MG . B MG 702 1_555 O O2B GTP . B GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? metalc ? metalc18 N MG MG . B MG 702 1_555 O O1A GTP . B GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? metalc ? metalc19 N MG MG . B MG 702 1_555 O O3G GTP . B GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.748 ? metalc ? metalc20 N MG MG . B MG 702 1_555 R O1B DTP . A DTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? metalc ? metalc21 N MG MG . B MG 702 1_555 R O2G DTP . A DTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc22 N MG MG . B MG 702 1_555 W O HOH . A HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? metalc ? metalc23 V O HOH . B HOH 801 1_555 Q MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 523.18 _chem_comp.id GTP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G GTP doub 177 n n PG O2G GTP sing 178 n n PG O3G GTP sing 179 n n PG O3B GTP sing 180 n n O2G HOG2 GTP sing 181 n n O3G HOG3 GTP sing 182 n n O3B PB GTP sing 183 n n PB O1B GTP doub 184 n n PB O2B GTP sing 185 n n PB O3A GTP sing 186 n n O2B HOB2 GTP sing 187 n n O3A PA GTP sing 188 n n PA O1A GTP doub 189 n n PA O2A GTP sing 190 n n PA O5' GTP sing 191 n n O2A HOA2 GTP sing 192 n n O5' C5' GTP sing 193 n n C5' C4' GTP sing 194 n n C5' H5' GTP sing 195 n n C5' "H5''" GTP sing 196 n n C4' O4' GTP sing 197 n n C4' C3' GTP sing 198 n n C4' H4' GTP sing 199 n n O4' C1' GTP sing 200 n n C3' O3' GTP sing 201 n n C3' C2' GTP sing 202 n n C3' H3' GTP sing 203 n n O3' HO3' GTP sing 204 n n C2' O2' GTP sing 205 n n C2' C1' GTP sing 206 n n C2' H2' GTP sing 207 n n O2' HO2' GTP sing 208 n n C1' N9 GTP sing 209 n n C1' H1' GTP sing 210 n n N9 C8 GTP sing 211 n y N9 C4 GTP sing 212 n y C8 N7 GTP doub 213 n y C8 H8 GTP sing 214 n n N7 C5 GTP sing 215 n y C5 C6 GTP sing 216 n n C5 C4 GTP doub 217 n y C6 O6 GTP doub 218 n n C6 N1 GTP sing 219 n n N1 C2 GTP sing 220 n n N1 HN1 GTP sing 221 n n C2 N2 GTP sing 222 n n C2 N3 GTP doub 223 n n N2 HN21 GTP sing 224 n n N2 HN22 GTP sing 225 n n N3 C4 GTP sing 226 n n # _atom_sites.entry_id 4TNR _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011776 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.005591 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007057 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011351 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 DTP D 1 701 700 DTP DTP . F 3 GTP D 1 702 900 GTP GTP . G 2 DTP D 1 703 800 DTP DTP . H 4 MG D 1 704 850 MG MG . I 2 DTP C 1 701 700 DTP DTP . J 4 MG C 1 702 850 MG MG . K 3 GTP C 1 703 900 GTP GTP . L 2 DTP C 1 704 800 DTP DTP . M 2 DTP B 1 701 800 DTP DTP . N 4 MG B 1 702 850 MG MG . O 3 GTP B 1 703 900 GTP GTP . P 2 DTP B 1 704 700 DTP DTP . Q 4 MG A 1 701 850 MG MG . R 2 DTP A 1 702 800 DTP DTP . S 3 GTP A 1 703 900 GTP GTP . T 5 HOH D 1 801 4 HOH HOH . T 5 HOH D 2 802 5 HOH HOH . T 5 HOH D 3 803 6 HOH HOH . T 5 HOH D 4 804 12 HOH HOH . T 5 HOH D 5 805 14 HOH HOH . T 5 HOH D 6 806 15 HOH HOH . T 5 HOH D 7 807 19 HOH HOH . T 5 HOH D 8 808 21 HOH HOH . U 5 HOH C 1 801 9 HOH HOH . U 5 HOH C 2 802 10 HOH HOH . V 5 HOH B 1 801 1 HOH HOH . V 5 HOH B 2 802 2 HOH HOH . V 5 HOH B 3 803 7 HOH HOH . V 5 HOH B 4 804 8 HOH HOH . V 5 HOH B 5 805 13 HOH HOH . V 5 HOH B 6 806 16 HOH HOH . V 5 HOH B 7 807 17 HOH HOH . V 5 HOH B 8 808 18 HOH HOH . V 5 HOH B 9 809 20 HOH HOH . W 5 HOH A 1 801 3 HOH HOH . W 5 HOH A 2 802 11 HOH HOH . W 5 HOH A 3 803 22 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG GTP . . . S 3 -41.402 -17.847 93.27 1 89.93 ? PG GTP 703 A 1 HETATM 2 O O1G GTP . . . S 3 -40.341 -18.401 94.183 1 89.5 ? O1G GTP 703 A 1 HETATM 3 O O2G GTP . . . S 3 -42.784 -18.411 93.402 1 93.95 ? O2G GTP 703 A 1 HETATM 4 O O3G GTP . . . S 3 -40.993 -17.794 91.825 1 86.86 ? O3G GTP 703 A 1 HETATM 5 O O3B GTP . . . S 3 -41.44 -16.332 93.825 1 89.11 ? O3B GTP 703 A 1 HETATM 6 P PB GTP . . . S 3 -41.626 -14.982 92.959 1 86.62 ? PB GTP 703 A 1 HETATM 7 O O1B GTP . . . S 3 -42.775 -14.229 93.567 1 90.1 ? O1B GTP 703 A 1 HETATM 8 O O2B GTP . . . S 3 -41.656 -15.215 91.471 1 83.51 ? O2B GTP 703 A 1 HETATM 9 O O3A GTP . . . S 3 -40.346 -14.159 93.442 1 83.68 ? O3A GTP 703 A 1 HETATM 10 P PA GTP . . . S 3 -38.869 -14.536 92.958 1 80.17 ? PA GTP 703 A 1 HETATM 11 O O1A GTP . . . S 3 -38.92 -15.581 91.866 1 78.93 ? O1A GTP 703 A 1 HETATM 12 O O2A GTP . . . S 3 -37.97 -14.762 94.154 1 81.72 ? O2A GTP 703 A 1 HETATM 13 O O5' GTP . . . S 3 -38.376 -13.085 92.457 1 76.83 ? O5' GTP 703 A 1 HETATM 14 C C5' GTP . . . S 3 -38.662 -12.636 91.13 1 74.4 ? C5' GTP 703 A 1 HETATM 15 C C4' GTP . . . S 3 -37.423 -12.601 90.261 1 69.9 ? C4' GTP 703 A 1 HETATM 16 O O4' GTP . . . S 3 -36.536 -11.675 90.846 1 68.19 ? O4' GTP 703 A 1 HETATM 17 C C3' GTP . . . S 3 -36.618 -13.877 90.201 1 69.37 ? C3' GTP 703 A 1 HETATM 18 O O3' GTP . . . S 3 -37.129 -14.792 89.224 1 69.93 ? O3' GTP 703 A 1 HETATM 19 C C2' GTP . . . S 3 -35.224 -13.36 89.891 1 66.13 ? C2' GTP 703 A 1 HETATM 20 O O2' GTP . . . S 3 -34.87 -13.353 88.484 1 63.86 ? O2' GTP 703 A 1 HETATM 21 C C1' GTP . . . S 3 -35.229 -11.926 90.36 1 65.56 ? C1' GTP 703 A 1 HETATM 22 N N9 GTP . . . S 3 -34.21 -11.636 91.41 1 65.46 ? N9 GTP 703 A 1 HETATM 23 C C8 GTP . . . S 3 -33.323 -10.594 91.419 1 63.54 ? C8 GTP 703 A 1 HETATM 24 N N7 GTP . . . S 3 -32.533 -10.586 92.529 1 63.7 ? N7 GTP 703 A 1 HETATM 25 C C5 GTP . . . S 3 -32.922 -11.64 93.23 1 66.55 ? C5 GTP 703 A 1 HETATM 26 C C6 GTP . . . S 3 -32.526 -12.22 94.515 1 69.19 ? C6 GTP 703 A 1 HETATM 27 O O6 GTP . . . S 3 -31.606 -11.671 95.153 1 67.84 ? O6 GTP 703 A 1 HETATM 28 N N1 GTP . . . S 3 -33.202 -13.328 94.951 1 72.86 ? N1 GTP 703 A 1 HETATM 29 C C2 GTP . . . S 3 -34.215 -13.915 94.227 1 73.64 ? C2 GTP 703 A 1 HETATM 30 N N2 GTP . . . S 3 -34.863 -15.027 94.672 1 76.29 ? N2 GTP 703 A 1 HETATM 31 N N3 GTP . . . S 3 -34.616 -13.403 93.024 1 71.51 ? N3 GTP 703 A 1 HETATM 32 C C4 GTP . . . S 3 -34.019 -12.313 92.507 1 67.69 ? C4 GTP 703 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 32 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 32 _model_server_stats.query_time_ms 265 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 32 #