data_4TNY # _model_server_result.job_id D0uj3dho7JTtOAUYckJ3Xw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-06 22:44:38' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4tny # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":703}' # _entry.id 4TNY # _exptl.entry_id 4TNY _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 491.182 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 116.38 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4TNY _cell.length_a 86.253 _cell.length_b 141.874 _cell.length_c 98.333 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4TNY _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 F N N ? 3 H N N ? 3 O N N ? 3 R N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 F O3G DTP . A DTP 702 1_555 L MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.967 ? metalc ? metalc2 F O1B DTP . A DTP 702 1_555 L MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? metalc ? metalc3 G MG MG . A MG 703 1_555 O O1B DTP . B DTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.834 ? metalc ? metalc4 G MG MG . A MG 703 1_555 T O2G DGT . D DGT 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? metalc ? metalc5 G MG MG . A MG 703 1_555 T O1B DGT . D DGT 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.796 ? metalc ? metalc6 G MG MG . A MG 703 1_555 T O2A DGT . D DGT 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.922 ? metalc ? metalc7 G MG MG . A MG 703 1_555 X O HOH . D HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? metalc ? metalc8 U O HOH . A HOH 801 1_555 L MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.838 ? metalc ? metalc9 H O3G DTP . C DTP 701 1_555 P MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? metalc ? metalc10 H O1B DTP . C DTP 701 1_555 P MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? metalc ? metalc11 J O1B DGT . C DGT 703 1_555 L MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc12 J O2A DGT . C DGT 703 1_555 L MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? metalc ? metalc13 K MG MG . C MG 704 1_555 N O2G DGT . B DGT 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.803 ? metalc ? metalc14 K MG MG . C MG 704 1_555 N O1B DGT . B DGT 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? metalc ? metalc15 K MG MG . C MG 704 1_555 N O2A DGT . B DGT 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? metalc ? metalc16 K MG MG . C MG 704 1_555 W O HOH . B HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.886 ? metalc ? metalc17 K MG MG . C MG 704 1_555 R O1B DTP . D DTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? metalc ? metalc18 K MG MG . C MG 704 1_555 R O3G DTP . D DTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.701 ? metalc ? metalc19 P MG MG . D MG 701 1_555 Q O1B DGT . D DGT 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.955 ? metalc ? metalc20 P MG MG . D MG 701 1_555 Q O2G DGT . D DGT 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.77 ? metalc ? metalc21 P MG MG . D MG 701 1_555 Q O2A DGT . D DGT 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? metalc ? metalc22 P MG MG . D MG 701 1_555 X O HOH . D HOH 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O12 P3' _chem_comp.formula_weight 491.182 _chem_comp.id DTP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G DTP doub 132 n n PG O2G DTP sing 133 n n PG O3G DTP sing 134 n n PG O3B DTP sing 135 n n O2G HOG2 DTP sing 136 n n O3G HOG3 DTP sing 137 n n PB O1B DTP doub 138 n n PB O2B DTP sing 139 n n PB O3B DTP sing 140 n n PB O3A DTP sing 141 n n O2B HOB2 DTP sing 142 n n PA O1A DTP doub 143 n n PA O2A DTP sing 144 n n PA O3A DTP sing 145 n n PA O5' DTP sing 146 n n O2A HOA2 DTP sing 147 n n O5' C5' DTP sing 148 n n C5' C4' DTP sing 149 n n C5' "H5'1" DTP sing 150 n n C5' "H5'2" DTP sing 151 n n C4' O4' DTP sing 152 n n C4' C3' DTP sing 153 n n C4' H4' DTP sing 154 n n O4' C1' DTP sing 155 n n C3' O3' DTP sing 156 n n C3' C2' DTP sing 157 n n C3' H3' DTP sing 158 n n O3' HO3' DTP sing 159 n n C2' C1' DTP sing 160 n n C2' "H2'1" DTP sing 161 n n C2' "H2'2" DTP sing 162 n n C1' N9 DTP sing 163 n n C1' H1' DTP sing 164 n n N9 C8 DTP sing 165 n y N9 C4 DTP sing 166 n y C8 N7 DTP doub 167 n y C8 H8 DTP sing 168 n n N7 C5 DTP sing 169 n y C5 C6 DTP sing 170 n y C5 C4 DTP doub 171 n y C6 N6 DTP sing 172 n n C6 N1 DTP doub 173 n y N6 HN61 DTP sing 174 n n N6 HN62 DTP sing 175 n n N1 C2 DTP sing 176 n y C2 N3 DTP doub 177 n y C2 H2 DTP sing 178 n n N3 C4 DTP sing 179 n y # _atom_sites.entry_id 4TNY _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011594 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.005751 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007049 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011352 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 DGT A 1 701 700 DGT DGT . F 3 DTP A 1 702 800 DTP DTP . G 4 MG A 1 703 850 MG MG . H 3 DTP C 1 701 800 DTP DTP . I 2 DGT C 1 702 700 DGT DGT . J 2 DGT C 1 703 900 DGT DGT . K 4 MG C 1 704 850 MG MG . L 4 MG B 1 701 850 MG MG . M 2 DGT B 1 702 700 DGT DGT . N 2 DGT B 1 703 900 DGT DGT . O 3 DTP B 1 704 800 DTP DTP . P 4 MG D 1 701 850 MG MG . Q 2 DGT D 1 702 900 DGT DGT . R 3 DTP D 1 703 800 DTP DTP . S 2 DGT D 1 704 700 DGT DGT . T 2 DGT D 1 705 900 DGT DGT . U 5 HOH A 1 801 6 HOH HOH . U 5 HOH A 2 802 8 HOH HOH . U 5 HOH A 3 803 9 HOH HOH . U 5 HOH A 4 804 10 HOH HOH . U 5 HOH A 5 805 11 HOH HOH . U 5 HOH A 6 806 13 HOH HOH . U 5 HOH A 7 807 14 HOH HOH . V 5 HOH C 1 801 7 HOH HOH . V 5 HOH C 2 802 12 HOH HOH . V 5 HOH C 3 803 15 HOH HOH . W 5 HOH B 1 801 5 HOH HOH . X 5 HOH D 1 801 1 HOH HOH . X 5 HOH D 2 802 2 HOH HOH . X 5 HOH D 3 803 3 HOH HOH . X 5 HOH D 4 804 4 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG DTP . . . R 3 37.288 -14.048 -35.673 1 28.18 ? PG DTP 703 D 1 HETATM 2 O O1G DTP . . . R 3 38.771 -13.816 -35.506 1 25.06 ? O1G DTP 703 D 1 HETATM 3 O O2G DTP . . . R 3 36.698 -15.261 -34.969 1 23.74 ? O2G DTP 703 D 1 HETATM 4 O O3G DTP . . . R 3 36.623 -13.816 -37.007 1 28.51 ? O3G DTP 703 D 1 HETATM 5 P PB DTP . . . R 3 36.083 -11.495 -35.382 1 27.49 ? PB DTP 703 D 1 HETATM 6 O O1B DTP . . . R 3 35.178 -11.949 -36.48 1 27.78 ? O1B DTP 703 D 1 HETATM 7 O O2B DTP . . . R 3 37.06 -10.374 -35.526 1 29.21 ? O2B DTP 703 D 1 HETATM 8 O O3B DTP . . . R 3 36.946 -12.723 -34.836 1 28.39 ? O3B DTP 703 D 1 HETATM 9 P PA DTP . . . R 3 35.61 -10.345 -32.751 1 27.82 ? PA DTP 703 D 1 HETATM 10 O O1A DTP . . . R 3 35.775 -11.402 -31.691 1 30.94 ? O1A DTP 703 D 1 HETATM 11 O O2A DTP . . . R 3 36.817 -9.454 -32.9 1 28.7 ? O2A DTP 703 D 1 HETATM 12 O O3A DTP . . . R 3 35.126 -11.038 -34.149 1 28.88 ? O3A DTP 703 D 1 HETATM 13 O O5' DTP . . . R 3 34.304 -9.513 -32.409 1 28.67 ? O5' DTP 703 D 1 HETATM 14 C C5' DTP . . . R 3 33.143 -10.153 -31.901 1 28.25 ? C5' DTP 703 D 1 HETATM 15 C C4' DTP . . . R 3 32.166 -9.078 -31.423 1 28.32 ? C4' DTP 703 D 1 HETATM 16 O O4' DTP . . . R 3 32.696 -8.489 -30.28 1 26.97 ? O4' DTP 703 D 1 HETATM 17 C C3' DTP . . . R 3 32.016 -7.924 -32.377 1 29.57 ? C3' DTP 703 D 1 HETATM 18 O O3' DTP . . . R 3 30.681 -7.458 -32.218 1 32.68 ? O3' DTP 703 D 1 HETATM 19 C C2' DTP . . . R 3 32.987 -6.833 -31.968 1 30 ? C2' DTP 703 D 1 HETATM 20 C C1' DTP . . . R 3 33.108 -7.126 -30.479 1 30.62 ? C1' DTP 703 D 1 HETATM 21 N N9 DTP . . . R 3 34.452 -7.013 -29.85 1 31.06 ? N9 DTP 703 D 1 HETATM 22 C C8 DTP . . . R 3 35.618 -7.24 -30.441 1 30.53 ? C8 DTP 703 D 1 HETATM 23 N N7 DTP . . . R 3 36.623 -7.088 -29.554 1 31.78 ? N7 DTP 703 D 1 HETATM 24 C C5 DTP . . . R 3 36.097 -6.793 -28.366 1 32.17 ? C5 DTP 703 D 1 HETATM 25 C C6 DTP . . . R 3 36.622 -6.529 -27.019 1 33.44 ? C6 DTP 703 D 1 HETATM 26 N N6 DTP . . . R 3 37.942 -6.549 -26.798 1 36.25 ? N6 DTP 703 D 1 HETATM 27 N N1 DTP . . . R 3 35.761 -6.252 -26.03 1 34.7 ? N1 DTP 703 D 1 HETATM 28 C C2 DTP . . . R 3 34.424 -6.214 -26.266 1 34.76 ? C2 DTP 703 D 1 HETATM 29 N N3 DTP . . . R 3 33.887 -6.432 -27.487 1 32.31 ? N3 DTP 703 D 1 HETATM 30 C C4 DTP . . . R 3 34.661 -6.736 -28.558 1 31.65 ? C4 DTP 703 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 30 _model_server_stats.parse_time_ms 22 _model_server_stats.create_model_time_ms 74 _model_server_stats.query_time_ms 431 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 30 #