data_4TNZ
#
_model_server_result.job_id            QaWHstcia4RE_caYuMXR3Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-17 03:33:31' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4tnz 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":703}' 
#
_entry.id    4TNZ 
#
_exptl.entry_id    4TNZ 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4TNZ 
_cell.length_a            86.126 
_cell.length_b            141.749 
_cell.length_c            98.474 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4TNZ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 L N N 
? 2 Q N N 
? 2 V N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 E O1B TTP . C TTP 701 1_555 F MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc2 E O2G TTP . C TTP 701 1_555 F MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.768 ? 
metalc ? metalc3 G O1G GTP . C GTP 703 1_555 K MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? 
metalc ? metalc4 G O1A GTP . C GTP 703 1_555 K MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc5 H O1G DTP . C DTP 704 1_555 P MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.855 ? 
metalc ? metalc6 H O2B DTP . C DTP 704 1_555 P MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
metalc ? metalc7 I MG MG . C MG 705 1_555 T O3G DTP . D DTP 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.762 ? 
metalc ? metalc8 I MG MG . C MG 705 1_555 T O2B DTP . D DTP 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.904 ? 
metalc ? metalc9 I MG MG . C MG 705 1_555 AA O HOH . D HOH 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.748 ? 
metalc ? metalc10 I MG MG . C MG 705 1_555 X O1B GTP . B GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.792 ? 
metalc ? metalc11 I MG MG . C MG 705 1_555 X O1A GTP . B GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.204 ? 
metalc ? metalc12 I MG MG . C MG 705 1_555 X O1G GTP . B GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? 
metalc ? metalc13 Y O HOH . C HOH 803 1_555 P MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.971 ? 
metalc ? metalc14 Y O HOH . C HOH 823 1_555 K MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.997 ? 
metalc ? metalc15 J O1B DTP . A DTP 701 1_555 K MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.951 ? 
metalc ? metalc16 L O2B TTP . A TTP 703 1_555 M MG MG . A MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.877 ? 
metalc ? metalc17 L O3G TTP . A TTP 703 1_555 M MG MG . A MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? 
metalc ? metalc18 N O2G GTP . A GTP 705 1_555 P MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.826 ? 
metalc ? metalc19 N O2B GTP . A GTP 705 1_555 P MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.808 ? 
metalc ? metalc20 N O2A GTP . A GTP 705 1_555 P MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? 
metalc ? metalc21 O MG MG . A MG 706 1_555 Z O HOH . A HOH 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.993 ? 
metalc ? metalc22 O MG MG . A MG 706 1_555 S O2G GTP . D GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
metalc ? metalc23 O MG MG . A MG 706 1_555 S O2B GTP . D GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.737 ? 
metalc ? metalc24 O MG MG . A MG 706 1_555 S O2A GTP . D GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? 
metalc ? metalc25 O MG MG . A MG 706 1_555 U O1B DTP . B DTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? 
metalc ? metalc26 Q O2B TTP . D TTP 702 1_555 R MG MG . D MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.708 ? 
metalc ? metalc27 Q O2G TTP . D TTP 702 1_555 R MG MG . D MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.792 ? 
metalc ? metalc28 V O3B TTP . B TTP 702 1_555 W MG MG . B MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.963 ? 
metalc ? metalc29 V O3G TTP . B TTP 702 1_555 W MG MG . B MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.593 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 432 n n 
PA O2A TTP sing 433 n n 
PA O3A TTP sing 434 n n 
PA O5' TTP sing 435 n n 
O2A HOA2 TTP sing 436 n n 
O3A PB TTP sing 437 n n 
PB O1B TTP doub 438 n n 
PB O2B TTP sing 439 n n 
PB O3B TTP sing 440 n n 
O2B HOB2 TTP sing 441 n n 
O3B PG TTP sing 442 n n 
PG O1G TTP doub 443 n n 
PG O2G TTP sing 444 n n 
PG O3G TTP sing 445 n n 
O2G HOG2 TTP sing 446 n n 
O3G HOG3 TTP sing 447 n n 
O5' C5' TTP sing 448 n n 
C5' C4' TTP sing 449 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 450 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 451 n n 
C4' O4' TTP sing 452 n n 
C4' C3' TTP sing 453 n n 
C4' H4' TTP sing 454 n n 
O4' C1' TTP sing 455 n n 
C3' O3' TTP sing 456 n n 
C3' C2' TTP sing 457 n n 
C3' H3' TTP sing 458 n n 
O3' HO3' TTP sing 459 n n 
C2' C1' TTP sing 460 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 461 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 462 n n 
C1' N1 TTP sing 463 n n 
C1' H1' TTP sing 464 n n 
N1 C2 TTP sing 465 n n 
N1 C6 TTP sing 466 n n 
C2 O2 TTP doub 467 n n 
C2 N3 TTP sing 468 n n 
N3 C4 TTP sing 469 n n 
N3 HN3 TTP sing 470 n n 
C4 O4 TTP doub 471 n n 
C4 C5 TTP sing 472 n n 
C5 C5M TTP sing 473 n n 
C5 C6 TTP doub 474 n n 
C5M HM51 TTP sing 475 n n 
C5M HM52 TTP sing 476 n n 
C5M HM53 TTP sing 477 n n 
C6 H6 TTP sing 478 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4TNZ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011611 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.005735 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007055 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011326 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 TTP C 1 701 700 TTP TTP . 
F 3 MG C 1 702 750 MG MG . 
G 4 GTP C 1 703 900 GTP GTP . 
H 5 DTP C 1 704 800 DTP DTP . 
I 3 MG C 1 705 850 MG MG . 
J 5 DTP A 1 701 800 DTP DTP . 
K 3 MG A 1 702 850 MG MG . 
L 2 TTP A 1 703 700 TTP TTP . 
M 3 MG A 1 704 750 MG MG . 
N 4 GTP A 1 705 900 GTP GTP . 
O 3 MG A 1 706 850 MG MG . 
P 3 MG D 1 701 850 MG MG . 
Q 2 TTP D 1 702 700 TTP TTP . 
R 3 MG D 1 703 750 MG MG . 
S 4 GTP D 1 704 900 GTP GTP . 
T 5 DTP D 1 705 800 DTP DTP . 
U 5 DTP B 1 701 800 DTP DTP . 
V 2 TTP B 1 702 700 TTP TTP . 
W 3 MG B 1 703 750 MG MG . 
X 4 GTP B 1 704 900 GTP GTP . 
Y 6 HOH C 1 801 150 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 2 802 124 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 3 803 1 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 4 804 3 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 5 805 11 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 6 806 17 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 7 807 19 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 8 808 26 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 9 809 29 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 10 810 30 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 11 811 44 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 12 812 49 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 13 813 51 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 14 814 52 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 15 815 53 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 16 816 55 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 17 817 57 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 18 818 58 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 19 819 62 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 20 820 63 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 21 821 65 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 22 822 74 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 23 823 75 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 24 824 77 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 25 825 84 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 26 826 86 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 27 827 88 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 28 828 92 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 29 829 101 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 30 830 105 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 31 831 109 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 32 832 110 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 33 833 111 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 34 834 113 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 35 835 114 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 36 836 115 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 37 837 120 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 38 838 121 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 39 839 126 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 40 840 127 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 41 841 128 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 42 842 131 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 43 843 133 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 44 844 134 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 45 845 135 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 46 846 142 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 47 847 146 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 48 848 147 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 49 849 149 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 50 850 152 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 51 851 154 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 52 852 159 HOH HOH . 
Y 6 HOH C 53 853 163 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 1 801 5 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 2 802 8 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 3 803 10 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 4 804 13 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 5 805 14 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 6 806 16 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 7 807 20 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 8 808 23 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 9 809 35 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 10 810 38 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 11 811 40 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 12 812 41 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 13 813 43 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 14 814 46 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 15 815 54 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 16 816 56 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 17 817 61 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 18 818 64 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 19 819 78 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 20 820 81 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 21 821 82 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 22 822 83 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 23 823 85 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 24 824 87 HOH HOH . 
Z 6 HOH A 25 825 89 HOH HOH . 
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