data_4TO2
#
_model_server_result.job_id            cB-Ul9she6DK3NHUa8yzJA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-28 15:07:48' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4to2 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":704}' 
#
_entry.id    4TO2 
#
_exptl.entry_id    4TO2 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            4TO2 
_cell.length_a            85.313 
_cell.length_b            145.798 
_cell.length_c            98.257 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4TO2 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      4 
_struct_asym.id                             R 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 E O1G DGT . A DGT 701 1_555 F MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.684 ? 
metalc ? metalc2 E O2B DGT . A DGT 701 1_555 F MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
metalc ? metalc3 G O2G DGT . A DGT 703 1_555 P MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? 
metalc ? metalc4 G O1A DGT . A DGT 703 1_555 P MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.988 ? 
metalc ? metalc5 H O2B DGT . A DGT 704 1_555 I MG MG . A MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
metalc ? metalc6 I MG MG . A MG 705 1_555 Y O HOH . A HOH 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.969 ? 
metalc ? metalc7 I MG MG . A MG 705 1_555 T O1G DGT . C DGT 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.768 ? 
metalc ? metalc8 I MG MG . A MG 705 1_555 T O1B DGT . C DGT 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc9 I MG MG . A MG 705 1_555 T O1A DGT . C DGT 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? 
metalc ? metalc10 J MG MG . A MG 706 1_555 N O2B DGT . B DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.868 ? 
metalc ? metalc11 J MG MG . A MG 706 1_555 N O2G DGT . B DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? 
metalc ? metalc12 J MG MG . A MG 706 1_555 X O1A DGT . D DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.964 ? 
metalc ? metalc13 J MG MG . A MG 706 1_555 X O1B DGT . D DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.883 ? 
metalc ? metalc14 J MG MG . A MG 706 1_555 X O3G DGT . D DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? 
metalc ? metalc15 J MG MG . A MG 706 1_555 BA O HOH . D HOH 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? 
metalc ? metalc16 Y O HOH . A HOH 804 1_555 P MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc17 K O3G DGT . B DGT 701 1_555 L MG MG . B MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? 
metalc ? metalc18 K O1B DGT . B DGT 701 1_555 L MG MG . B MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.843 ? 
metalc ? metalc19 L MG MG . B MG 702 1_555 Z O HOH . B HOH 828 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc20 M O3G DGT . B DGT 703 1_555 Q MG MG . C MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.878 ? 
metalc ? metalc21 M O2A DGT . B DGT 703 1_555 Q MG MG . C MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? 
metalc ? metalc22 O O1G DGT . C DGT 701 1_555 P MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? 
metalc ? metalc23 O O2B DGT . C DGT 701 1_555 P MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? 
metalc ? metalc24 Q MG MG . C MG 703 1_555 U O1G DGT . D DGT 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.967 ? 
metalc ? metalc25 Q MG MG . C MG 703 1_555 U O2B DGT . D DGT 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? 
metalc ? metalc26 Q MG MG . C MG 703 1_555 BA O HOH . D HOH 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? 
metalc ? metalc27 R O2B TTP . C TTP 704 1_555 S MG MG . C MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.872 ? 
metalc ? metalc28 R O1G TTP . C TTP 704 1_555 S MG MG . C MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.911 ? 
metalc ? metalc29 V O3G DGT . D DGT 702 1_555 W MG MG . D MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? 
metalc ? metalc30 V O1B DGT . D DGT 702 1_555 W MG MG . D MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.94 ? 
metalc ? metalc31 W MG MG . D MG 703 1_555 BA O HOH . D HOH 865 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.717 ? 
metalc ? metalc32 W MG MG . D MG 703 1_555 BA O HOH . D HOH 875 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 383 n n 
PA O2A TTP sing 384 n n 
PA O3A TTP sing 385 n n 
PA O5' TTP sing 386 n n 
O2A HOA2 TTP sing 387 n n 
O3A PB TTP sing 388 n n 
PB O1B TTP doub 389 n n 
PB O2B TTP sing 390 n n 
PB O3B TTP sing 391 n n 
O2B HOB2 TTP sing 392 n n 
O3B PG TTP sing 393 n n 
PG O1G TTP doub 394 n n 
PG O2G TTP sing 395 n n 
PG O3G TTP sing 396 n n 
O2G HOG2 TTP sing 397 n n 
O3G HOG3 TTP sing 398 n n 
O5' C5' TTP sing 399 n n 
C5' C4' TTP sing 400 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 401 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 402 n n 
C4' O4' TTP sing 403 n n 
C4' C3' TTP sing 404 n n 
C4' H4' TTP sing 405 n n 
O4' C1' TTP sing 406 n n 
C3' O3' TTP sing 407 n n 
C3' C2' TTP sing 408 n n 
C3' H3' TTP sing 409 n n 
O3' HO3' TTP sing 410 n n 
C2' C1' TTP sing 411 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 412 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 413 n n 
C1' N1 TTP sing 414 n n 
C1' H1' TTP sing 415 n n 
N1 C2 TTP sing 416 n n 
N1 C6 TTP sing 417 n n 
C2 O2 TTP doub 418 n n 
C2 N3 TTP sing 419 n n 
N3 C4 TTP sing 420 n n 
N3 HN3 TTP sing 421 n n 
C4 O4 TTP doub 422 n n 
C4 C5 TTP sing 423 n n 
C5 C5M TTP sing 424 n n 
C5 C6 TTP doub 425 n n 
C5M HM51 TTP sing 426 n n 
C5M HM52 TTP sing 427 n n 
C5M HM53 TTP sing 428 n n 
C6 H6 TTP sing 429 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4TO2 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011722 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.005272 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006859 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011159 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 DGT A 1 701 700 DGT DGT . 
F 3 MG A 1 702 750 MG MG . 
G 2 DGT A 1 703 900 DGT DGT . 
H 2 DGT A 1 704 800 DGT DGT . 
I 3 MG A 1 705 850 MG MG . 
J 3 MG A 1 706 850 MG MG . 
K 2 DGT B 1 701 700 DGT DGT . 
L 3 MG B 1 702 750 MG MG . 
M 2 DGT B 1 703 900 DGT DGT . 
N 2 DGT B 1 704 800 DGT DGT . 
O 2 DGT C 1 701 800 DGT DGT . 
P 3 MG C 1 702 850 MG MG . 
Q 3 MG C 1 703 850 MG MG . 
R 4 TTP C 1 704 700 TTP TTP . 
S 3 MG C 1 705 750 MG MG . 
T 2 DGT C 1 706 900 DGT DGT . 
U 2 DGT D 1 701 800 DGT DGT . 
V 2 DGT D 1 702 700 DGT DGT . 
W 3 MG D 1 703 750 MG MG . 
X 2 DGT D 1 704 900 DGT DGT . 
Y 5 HOH A 1 801 48 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 2 802 119 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 3 803 1 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 4 804 7 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 5 805 11 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 6 806 12 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 7 807 14 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 8 808 15 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 9 809 21 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 10 810 24 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 11 811 25 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 12 812 26 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 13 813 33 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 14 814 36 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 15 815 69 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 16 816 71 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 17 817 102 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 18 818 115 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 19 819 117 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 20 820 125 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 21 821 165 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 22 822 167 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 23 823 169 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 24 824 181 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 25 825 193 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 26 826 195 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 27 827 201 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 28 828 202 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 29 829 204 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 30 830 207 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 31 831 209 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 32 832 215 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 33 833 221 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 34 834 222 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 35 835 240 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 36 836 261 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 37 837 268 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 38 838 270 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 39 839 271 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 40 840 272 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 41 841 273 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 42 842 280 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 43 843 287 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 44 844 289 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 45 845 309 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 46 846 317 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 47 847 319 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 48 848 322 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 49 849 323 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 50 850 324 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 51 851 332 HOH HOH . 
Y 5 HOH A 52 852 338 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 1 801 219 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 2 802 3 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 3 803 4 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 4 804 16 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 5 805 18 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 6 806 27 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 7 807 35 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 8 808 46 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 9 809 50 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 10 810 53 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 11 811 58 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 12 812 59 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 13 813 60 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 14 814 81 HOH HOH . 
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