data_4TO5 # _model_server_result.job_id 9eQ1EYT5f7d8dvaq-QaU-g _model_server_result.datetime_utc '2024-11-24 22:52:09' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4to5 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":701}' # _entry.id 4TO5 # _exptl.entry_id 4TO5 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 114.13 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4TO5 _cell.length_a 86.459 _cell.length_b 145.121 _cell.length_c 98.233 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4TO5 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 H N N ? 5 I N N ? 5 L N N ? 5 M N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A O ALA 462 A ALA 574 1_555 A NZ LYS 483 A LYS 595 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.481 ? metalc ? metalc1 F O3G GTP . A GTP 702 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? metalc ? metalc2 F O2A GTP . A GTP 702 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc3 G O2B TTP . A TTP 703 1_555 H MG MG . A MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.906 ? metalc ? metalc4 G O2G TTP . A TTP 703 1_555 H MG MG . A MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? metalc ? metalc5 H MG MG . A MG 704 1_555 U O HOH . A HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.974 ? metalc ? metalc6 H MG MG . A MG 704 1_555 Q O1B GTP . B GTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? metalc ? metalc7 H MG MG . A MG 704 1_555 Q O2A GTP . B GTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? metalc ? metalc8 H MG MG . A MG 704 1_555 Q O3G GTP . B GTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.901 ? metalc ? metalc9 I MG MG . A MG 705 1_555 O O1B GTP . D GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? metalc ? metalc10 I MG MG . A MG 705 1_555 O O2A GTP . D GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.971 ? metalc ? metalc11 I MG MG . A MG 705 1_555 O O3G GTP . D GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.816 ? metalc ? metalc12 I MG MG . A MG 705 1_555 R O1B TTP . B TTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? metalc ? metalc13 I MG MG . A MG 705 1_555 R O2G TTP . B TTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? metalc ? metalc14 I MG MG . A MG 705 1_555 X O HOH . B HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? metalc ? metalc15 J O1B TTP . C TTP 701 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.828 ? metalc ? metalc16 J O3G TTP . C TTP 701 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.939 ? metalc ? metalc17 L MG MG . C MG 703 1_555 P O3G TTP . D TTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc18 L MG MG . C MG 703 1_555 P O2B TTP . D TTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc19 L MG MG . C MG 703 1_555 W O HOH . D HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? metalc ? metalc20 L MG MG . C MG 703 1_555 T O3G GTP . B GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.773 ? metalc ? metalc21 L MG MG . C MG 703 1_555 T O1B GTP . B GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? metalc ? metalc22 L MG MG . C MG 703 1_555 T O2A GTP . B GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.966 ? metalc ? metalc23 V O HOH . C HOH 801 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4TO5 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011566 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.005182 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006891 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011155 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 DCP A 1 701 700 DCP DCP . F 3 GTP A 1 702 900 GTP GTP . G 4 TTP A 1 703 800 TTP TTP . H 5 MG A 1 704 850 MG MG . I 5 MG A 1 705 850 MG MG . J 4 TTP C 1 701 800 TTP TTP . K 2 DCP C 1 702 700 DCP DCP . L 5 MG C 1 703 850 MG MG . M 5 MG D 1 701 850 MG MG . N 2 DCP D 1 702 700 DCP DCP . O 3 GTP D 1 703 900 GTP GTP . P 4 TTP D 1 704 800 TTP TTP . Q 3 GTP B 1 701 900 GTP GTP . R 4 TTP B 1 702 800 TTP TTP . S 2 DCP B 1 703 700 DCP DCP . T 3 GTP B 1 704 900 GTP GTP . U 6 HOH A 1 801 3 HOH HOH . V 6 HOH C 1 801 2 HOH HOH . W 6 HOH D 1 801 1 HOH HOH . X 6 HOH B 1 801 4 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id M _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x -8.139 _atom_site.Cartn_y -8.795 _atom_site.Cartn_z -26.575 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 85.37 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 701 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 53 _model_server_stats.parse_time_ms 57 _model_server_stats.create_model_time_ms 19 _model_server_stats.query_time_ms 335 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #