data_4TO5
#
_model_server_result.job_id            0-_U-3AZmIXqaDtfWlvxIw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-28 16:02:49' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4to5 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":701}' 
#
_entry.id    4TO5 
#
_exptl.entry_id    4TO5 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          114.13 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4TO5 
_cell.length_a            86.459 
_cell.length_b            145.121 
_cell.length_c            98.233 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4TO5 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 O N N 
? 3 Q N N 
? 3 T N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A O ALA 462 A ALA 574 1_555 A NZ LYS 483 A LYS 595 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.481 ? 
metalc ? metalc1 F O3G GTP . A GTP 702 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? 
metalc ? metalc2 F O2A GTP . A GTP 702 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? 
metalc ? metalc3 G O2B TTP . A TTP 703 1_555 H MG MG . A MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.906 ? 
metalc ? metalc4 G O2G TTP . A TTP 703 1_555 H MG MG . A MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? 
metalc ? metalc5 H MG MG . A MG 704 1_555 U O HOH . A HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.974 ? 
metalc ? metalc6 H MG MG . A MG 704 1_555 Q O1B GTP . B GTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? 
metalc ? metalc7 H MG MG . A MG 704 1_555 Q O2A GTP . B GTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
metalc ? metalc8 H MG MG . A MG 704 1_555 Q O3G GTP . B GTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.901 ? 
metalc ? metalc9 I MG MG . A MG 705 1_555 O O1B GTP . D GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? 
metalc ? metalc10 I MG MG . A MG 705 1_555 O O2A GTP . D GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.971 ? 
metalc ? metalc11 I MG MG . A MG 705 1_555 O O3G GTP . D GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.816 ? 
metalc ? metalc12 I MG MG . A MG 705 1_555 R O1B TTP . B TTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? 
metalc ? metalc13 I MG MG . A MG 705 1_555 R O2G TTP . B TTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
metalc ? metalc14 I MG MG . A MG 705 1_555 X O HOH . B HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? 
metalc ? metalc15 J O1B TTP . C TTP 701 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.828 ? 
metalc ? metalc16 J O3G TTP . C TTP 701 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.939 ? 
metalc ? metalc17 L MG MG . C MG 703 1_555 P O3G TTP . D TTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc18 L MG MG . C MG 703 1_555 P O2B TTP . D TTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
metalc ? metalc19 L MG MG . C MG 703 1_555 W O HOH . D HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? 
metalc ? metalc20 L MG MG . C MG 703 1_555 T O3G GTP . B GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.773 ? 
metalc ? metalc21 L MG MG . C MG 703 1_555 T O1B GTP . B GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? 
metalc ? metalc22 L MG MG . C MG 703 1_555 T O2A GTP . B GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.966 ? 
metalc ? metalc23 V O HOH . C HOH 801 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 174 n n 
PG O2G GTP sing 175 n n 
PG O3G GTP sing 176 n n 
PG O3B GTP sing 177 n n 
O2G HOG2 GTP sing 178 n n 
O3G HOG3 GTP sing 179 n n 
O3B PB GTP sing 180 n n 
PB O1B GTP doub 181 n n 
PB O2B GTP sing 182 n n 
PB O3A GTP sing 183 n n 
O2B HOB2 GTP sing 184 n n 
O3A PA GTP sing 185 n n 
PA O1A GTP doub 186 n n 
PA O2A GTP sing 187 n n 
PA O5' GTP sing 188 n n 
O2A HOA2 GTP sing 189 n n 
O5' C5' GTP sing 190 n n 
C5' C4' GTP sing 191 n n 
C5' H5' GTP sing 192 n n 
C5' "H5''" GTP sing 193 n n 
C4' O4' GTP sing 194 n n 
C4' C3' GTP sing 195 n n 
C4' H4' GTP sing 196 n n 
O4' C1' GTP sing 197 n n 
C3' O3' GTP sing 198 n n 
C3' C2' GTP sing 199 n n 
C3' H3' GTP sing 200 n n 
O3' HO3' GTP sing 201 n n 
C2' O2' GTP sing 202 n n 
C2' C1' GTP sing 203 n n 
C2' H2' GTP sing 204 n n 
O2' HO2' GTP sing 205 n n 
C1' N9 GTP sing 206 n n 
C1' H1' GTP sing 207 n n 
N9 C8 GTP sing 208 n y 
N9 C4 GTP sing 209 n y 
C8 N7 GTP doub 210 n y 
C8 H8 GTP sing 211 n n 
N7 C5 GTP sing 212 n y 
C5 C6 GTP sing 213 n n 
C5 C4 GTP doub 214 n y 
C6 O6 GTP doub 215 n n 
C6 N1 GTP sing 216 n n 
N1 C2 GTP sing 217 n n 
N1 HN1 GTP sing 218 n n 
C2 N2 GTP sing 219 n n 
C2 N3 GTP doub 220 n n 
N2 HN21 GTP sing 221 n n 
N2 HN22 GTP sing 222 n n 
N3 C4 GTP sing 223 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4TO5 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011566 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.005182 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006891 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011155 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 DCP A 1 701 700 DCP DCP . 
F 3 GTP A 1 702 900 GTP GTP . 
G 4 TTP A 1 703 800 TTP TTP . 
H 5 MG A 1 704 850 MG MG . 
I 5 MG A 1 705 850 MG MG . 
J 4 TTP C 1 701 800 TTP TTP . 
K 2 DCP C 1 702 700 DCP DCP . 
L 5 MG C 1 703 850 MG MG . 
M 5 MG D 1 701 850 MG MG . 
N 2 DCP D 1 702 700 DCP DCP . 
O 3 GTP D 1 703 900 GTP GTP . 
P 4 TTP D 1 704 800 TTP TTP . 
Q 3 GTP B 1 701 900 GTP GTP . 
R 4 TTP B 1 702 800 TTP TTP . 
S 2 DCP B 1 703 700 DCP DCP . 
T 3 GTP B 1 704 900 GTP GTP . 
U 6 HOH A 1 801 3 HOH HOH . 
V 6 HOH C 1 801 2 HOH HOH . 
W 6 HOH D 1 801 1 HOH HOH . 
X 6 HOH B 1 801 4 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . Q 3 -14.404 35.786 -0.42 1 102.69 ? PG GTP 701 B 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . Q 3 -15.503 36.621 0.192 1 103.11 ? O1G GTP 701 B 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . Q 3 -13.152 36.604 -0.606 1 107 ? O2G GTP 701 B 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . Q 3 -14.758 34.987 -1.631 1 97.17 ? O3G GTP 701 B 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . Q 3 -14.042 34.764 0.742 1 93.25 ? O3B GTP 701 B 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . Q 3 -13.578 33.271 0.467 1 98.35 ? PB GTP 701 B 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . Q 3 -13.378 33.044 -0.953 1 99.15 ? O1B GTP 701 B 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . Q 3 -12.417 32.907 1.353 1 108.8 ? O2B GTP 701 B 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . Q 3 -14.855 32.454 0.955 1 96.46 ? O3A GTP 701 B 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . Q 3 -16.156 32.317 0.057 1 89.24 ? PA GTP 701 B 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . Q 3 -17.347 32.913 0.805 1 88.37 ? O1A GTP 701 B 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . Q 3 -15.768 32.861 -1.293 1 91.82 ? O2A GTP 701 B 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . Q 3 -16.398 30.736 0.004 1 73.73 ? O5' GTP 701 B 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . Q 3 -15.794 29.997 -1.049 1 78.84 ? C5' GTP 701 B 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . Q 3 -16.867 29.43 -1.981 1 80.06 ? C4' GTP 701 B 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . Q 3 -17.873 28.751 -1.22 1 77.88 ? O4' GTP 701 B 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . Q 3 -17.712 30.419 -2.764 1 80.85 ? C3' GTP 701 B 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . Q 3 -17.035 30.728 -3.98 1 89.19 ? O3' GTP 701 B 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . Q 3 -19.025 29.695 -3.032 1 74.93 ? C2' GTP 701 B 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . Q 3 -18.999 29.123 -4.348 1 79.42 ? O2' GTP 701 B 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . Q 3 -19.038 28.535 -2.071 1 66.41 ? C1' GTP 701 B 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . Q 3 -20.245 28.414 -1.223 1 54.57 ? N9 GTP 701 B 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . Q 3 -20.897 27.265 -0.894 1 51.66 ? C8 GTP 701 B 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . Q 3 -21.945 27.493 -0.016 1 49.95 ? N7 GTP 701 B 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . Q 3 -21.924 28.805 0.219 1 48.01 ? C5 GTP 701 B 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . Q 3 -22.714 29.703 1.017 1 51.59 ? C6 GTP 701 B 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . Q 3 -23.662 29.254 1.722 1 57.13 ? O6 GTP 701 B 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . Q 3 -22.407 31.004 1.019 1 51.84 ? N1 GTP 701 B 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . Q 3 -21.386 31.468 0.31 1 50.97 ? C2 GTP 701 B 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . Q 3 -21.115 32.793 0.362 1 53.88 ? N2 GTP 701 B 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . Q 3 -20.601 30.689 -0.459 1 48.66 ? N3 GTP 701 B 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . Q 3 -20.826 29.389 -0.541 1 49.11 ? C4 GTP 701 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              37 
_model_server_stats.parse_time_ms           16 
_model_server_stats.create_model_time_ms    15 
_model_server_stats.query_time_ms           332 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           32 
#