data_4TO5 # _model_server_result.job_id 9WI_X8E62qIosUwnKMDhbQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-07 00:30:00' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4to5 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":701}' # _entry.id 4TO5 # _exptl.entry_id 4TO5 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 523.18 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 114.13 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4TO5 _cell.length_a 86.459 _cell.length_b 145.121 _cell.length_c 98.233 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4TO5 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 F N N ? 3 O N N ? 3 Q N N ? 3 T N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A O ALA 462 A ALA 574 1_555 A NZ LYS 483 A LYS 595 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.481 ? metalc ? metalc1 F O3G GTP . A GTP 702 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? metalc ? metalc2 F O2A GTP . A GTP 702 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc3 G O2B TTP . A TTP 703 1_555 H MG MG . A MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.906 ? metalc ? metalc4 G O2G TTP . A TTP 703 1_555 H MG MG . A MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? metalc ? metalc5 H MG MG . A MG 704 1_555 U O HOH . A HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.974 ? metalc ? metalc6 H MG MG . A MG 704 1_555 Q O1B GTP . B GTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? metalc ? metalc7 H MG MG . A MG 704 1_555 Q O2A GTP . B GTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? metalc ? metalc8 H MG MG . A MG 704 1_555 Q O3G GTP . B GTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.901 ? metalc ? metalc9 I MG MG . A MG 705 1_555 O O1B GTP . D GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? metalc ? metalc10 I MG MG . A MG 705 1_555 O O2A GTP . D GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.971 ? metalc ? metalc11 I MG MG . A MG 705 1_555 O O3G GTP . D GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.816 ? metalc ? metalc12 I MG MG . A MG 705 1_555 R O1B TTP . B TTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? metalc ? metalc13 I MG MG . A MG 705 1_555 R O2G TTP . B TTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? metalc ? metalc14 I MG MG . A MG 705 1_555 X O HOH . B HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? metalc ? metalc15 J O1B TTP . C TTP 701 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.828 ? metalc ? metalc16 J O3G TTP . C TTP 701 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.939 ? metalc ? metalc17 L MG MG . C MG 703 1_555 P O3G TTP . D TTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc18 L MG MG . C MG 703 1_555 P O2B TTP . D TTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc19 L MG MG . C MG 703 1_555 W O HOH . D HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? metalc ? metalc20 L MG MG . C MG 703 1_555 T O3G GTP . B GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.773 ? metalc ? metalc21 L MG MG . C MG 703 1_555 T O1B GTP . B GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? metalc ? metalc22 L MG MG . C MG 703 1_555 T O2A GTP . B GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.966 ? metalc ? metalc23 V O HOH . C HOH 801 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 523.18 _chem_comp.id GTP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G GTP doub 174 n n PG O2G GTP sing 175 n n PG O3G GTP sing 176 n n PG O3B GTP sing 177 n n O2G HOG2 GTP sing 178 n n O3G HOG3 GTP sing 179 n n O3B PB GTP sing 180 n n PB O1B GTP doub 181 n n PB O2B GTP sing 182 n n PB O3A GTP sing 183 n n O2B HOB2 GTP sing 184 n n O3A PA GTP sing 185 n n PA O1A GTP doub 186 n n PA O2A GTP sing 187 n n PA O5' GTP sing 188 n n O2A HOA2 GTP sing 189 n n O5' C5' GTP sing 190 n n C5' C4' GTP sing 191 n n C5' H5' GTP sing 192 n n C5' "H5''" GTP sing 193 n n C4' O4' GTP sing 194 n n C4' C3' GTP sing 195 n n C4' H4' GTP sing 196 n n O4' C1' GTP sing 197 n n C3' O3' GTP sing 198 n n C3' C2' GTP sing 199 n n C3' H3' GTP sing 200 n n O3' HO3' GTP sing 201 n n C2' O2' GTP sing 202 n n C2' C1' GTP sing 203 n n C2' H2' GTP sing 204 n n O2' HO2' GTP sing 205 n n C1' N9 GTP sing 206 n n C1' H1' GTP sing 207 n n N9 C8 GTP sing 208 n y N9 C4 GTP sing 209 n y C8 N7 GTP doub 210 n y C8 H8 GTP sing 211 n n N7 C5 GTP sing 212 n y C5 C6 GTP sing 213 n n C5 C4 GTP doub 214 n y C6 O6 GTP doub 215 n n C6 N1 GTP sing 216 n n N1 C2 GTP sing 217 n n N1 HN1 GTP sing 218 n n C2 N2 GTP sing 219 n n C2 N3 GTP doub 220 n n N2 HN21 GTP sing 221 n n N2 HN22 GTP sing 222 n n N3 C4 GTP sing 223 n n # _atom_sites.entry_id 4TO5 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011566 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.005182 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006891 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011155 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 DCP A 1 701 700 DCP DCP . F 3 GTP A 1 702 900 GTP GTP . G 4 TTP A 1 703 800 TTP TTP . H 5 MG A 1 704 850 MG MG . I 5 MG A 1 705 850 MG MG . J 4 TTP C 1 701 800 TTP TTP . K 2 DCP C 1 702 700 DCP DCP . L 5 MG C 1 703 850 MG MG . M 5 MG D 1 701 850 MG MG . N 2 DCP D 1 702 700 DCP DCP . O 3 GTP D 1 703 900 GTP GTP . P 4 TTP D 1 704 800 TTP TTP . Q 3 GTP B 1 701 900 GTP GTP . R 4 TTP B 1 702 800 TTP TTP . S 2 DCP B 1 703 700 DCP DCP . T 3 GTP B 1 704 900 GTP GTP . U 6 HOH A 1 801 3 HOH HOH . V 6 HOH C 1 801 2 HOH HOH . W 6 HOH D 1 801 1 HOH HOH . X 6 HOH B 1 801 4 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG GTP . . . Q 3 -14.404 35.786 -0.42 1 102.69 ? PG GTP 701 B 1 HETATM 2 O O1G GTP . . . Q 3 -15.503 36.621 0.192 1 103.11 ? O1G GTP 701 B 1 HETATM 3 O O2G GTP . . . Q 3 -13.152 36.604 -0.606 1 107 ? O2G GTP 701 B 1 HETATM 4 O O3G GTP . . . Q 3 -14.758 34.987 -1.631 1 97.17 ? O3G GTP 701 B 1 HETATM 5 O O3B GTP . . . Q 3 -14.042 34.764 0.742 1 93.25 ? O3B GTP 701 B 1 HETATM 6 P PB GTP . . . Q 3 -13.578 33.271 0.467 1 98.35 ? PB GTP 701 B 1 HETATM 7 O O1B GTP . . . Q 3 -13.378 33.044 -0.953 1 99.15 ? O1B GTP 701 B 1 HETATM 8 O O2B GTP . . . Q 3 -12.417 32.907 1.353 1 108.8 ? O2B GTP 701 B 1 HETATM 9 O O3A GTP . . . Q 3 -14.855 32.454 0.955 1 96.46 ? O3A GTP 701 B 1 HETATM 10 P PA GTP . . . Q 3 -16.156 32.317 0.057 1 89.24 ? PA GTP 701 B 1 HETATM 11 O O1A GTP . . . Q 3 -17.347 32.913 0.805 1 88.37 ? O1A GTP 701 B 1 HETATM 12 O O2A GTP . . . Q 3 -15.768 32.861 -1.293 1 91.82 ? O2A GTP 701 B 1 HETATM 13 O O5' GTP . . . Q 3 -16.398 30.736 0.004 1 73.73 ? O5' GTP 701 B 1 HETATM 14 C C5' GTP . . . Q 3 -15.794 29.997 -1.049 1 78.84 ? C5' GTP 701 B 1 HETATM 15 C C4' GTP . . . Q 3 -16.867 29.43 -1.981 1 80.06 ? C4' GTP 701 B 1 HETATM 16 O O4' GTP . . . Q 3 -17.873 28.751 -1.22 1 77.88 ? O4' GTP 701 B 1 HETATM 17 C C3' GTP . . . Q 3 -17.712 30.419 -2.764 1 80.85 ? C3' GTP 701 B 1 HETATM 18 O O3' GTP . . . Q 3 -17.035 30.728 -3.98 1 89.19 ? O3' GTP 701 B 1 HETATM 19 C C2' GTP . . . Q 3 -19.025 29.695 -3.032 1 74.93 ? C2' GTP 701 B 1 HETATM 20 O O2' GTP . . . Q 3 -18.999 29.123 -4.348 1 79.42 ? O2' GTP 701 B 1 HETATM 21 C C1' GTP . . . Q 3 -19.038 28.535 -2.071 1 66.41 ? C1' GTP 701 B 1 HETATM 22 N N9 GTP . . . Q 3 -20.245 28.414 -1.223 1 54.57 ? N9 GTP 701 B 1 HETATM 23 C C8 GTP . . . Q 3 -20.897 27.265 -0.894 1 51.66 ? C8 GTP 701 B 1 HETATM 24 N N7 GTP . . . Q 3 -21.945 27.493 -0.016 1 49.95 ? N7 GTP 701 B 1 HETATM 25 C C5 GTP . . . Q 3 -21.924 28.805 0.219 1 48.01 ? C5 GTP 701 B 1 HETATM 26 C C6 GTP . . . Q 3 -22.714 29.703 1.017 1 51.59 ? C6 GTP 701 B 1 HETATM 27 O O6 GTP . . . Q 3 -23.662 29.254 1.722 1 57.13 ? O6 GTP 701 B 1 HETATM 28 N N1 GTP . . . Q 3 -22.407 31.004 1.019 1 51.84 ? N1 GTP 701 B 1 HETATM 29 C C2 GTP . . . Q 3 -21.386 31.468 0.31 1 50.97 ? C2 GTP 701 B 1 HETATM 30 N N2 GTP . . . Q 3 -21.115 32.793 0.362 1 53.88 ? N2 GTP 701 B 1 HETATM 31 N N3 GTP . . . Q 3 -20.601 30.689 -0.459 1 48.66 ? N3 GTP 701 B 1 HETATM 32 C C4 GTP . . . Q 3 -20.826 29.389 -0.541 1 49.11 ? C4 GTP 701 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 185 _model_server_stats.parse_time_ms 19 _model_server_stats.create_model_time_ms 27 _model_server_stats.query_time_ms 333 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 32 #