data_4TO5
#
_model_server_result.job_id            xu1bPi509W6kTB8DGvyuwQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-28 15:10:42' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4to5 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":702}' 
#
_entry.id    4TO5 
#
_exptl.entry_id    4TO5 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              467.157 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            4TO5 
_cell.length_a            86.459 
_cell.length_b            145.121 
_cell.length_c            98.233 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4TO5 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 K N N 
? 2 N N N 
? 2 S N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A O ALA 462 A ALA 574 1_555 A NZ LYS 483 A LYS 595 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.481 ? 
metalc ? metalc1 F O3G GTP . A GTP 702 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? 
metalc ? metalc2 F O2A GTP . A GTP 702 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? 
metalc ? metalc3 G O2B TTP . A TTP 703 1_555 H MG MG . A MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.906 ? 
metalc ? metalc4 G O2G TTP . A TTP 703 1_555 H MG MG . A MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? 
metalc ? metalc5 H MG MG . A MG 704 1_555 U O HOH . A HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.974 ? 
metalc ? metalc6 H MG MG . A MG 704 1_555 Q O1B GTP . B GTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? 
metalc ? metalc7 H MG MG . A MG 704 1_555 Q O2A GTP . B GTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
metalc ? metalc8 H MG MG . A MG 704 1_555 Q O3G GTP . B GTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.901 ? 
metalc ? metalc9 I MG MG . A MG 705 1_555 O O1B GTP . D GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? 
metalc ? metalc10 I MG MG . A MG 705 1_555 O O2A GTP . D GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.971 ? 
metalc ? metalc11 I MG MG . A MG 705 1_555 O O3G GTP . D GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.816 ? 
metalc ? metalc12 I MG MG . A MG 705 1_555 R O1B TTP . B TTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? 
metalc ? metalc13 I MG MG . A MG 705 1_555 R O2G TTP . B TTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
metalc ? metalc14 I MG MG . A MG 705 1_555 X O HOH . B HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? 
metalc ? metalc15 J O1B TTP . C TTP 701 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.828 ? 
metalc ? metalc16 J O3G TTP . C TTP 701 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.939 ? 
metalc ? metalc17 L MG MG . C MG 703 1_555 P O3G TTP . D TTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc18 L MG MG . C MG 703 1_555 P O2B TTP . D TTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
metalc ? metalc19 L MG MG . C MG 703 1_555 W O HOH . D HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? 
metalc ? metalc20 L MG MG . C MG 703 1_555 T O3G GTP . B GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.773 ? 
metalc ? metalc21 L MG MG . C MG 703 1_555 T O1B GTP . B GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? 
metalc ? metalc22 L MG MG . C MG 703 1_555 T O2A GTP . B GTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.966 ? 
metalc ? metalc23 V O HOH . C HOH 801 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? 
#
_chem_comp.formula           'C9 H16 N3 O13 P3' 
_chem_comp.formula_weight    467.157 
_chem_comp.id                DCP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1 C2 DCP sing 83 n n 
N1 C6 DCP sing 84 n n 
N1 C1' DCP sing 85 n n 
C2 N3 DCP sing 86 n n 
C2 O2 DCP doub 87 n n 
N3 C4 DCP doub 88 n n 
C4 C5 DCP sing 89 n n 
C4 N4 DCP sing 90 n n 
C5 C6 DCP doub 91 n n 
C5 H5 DCP sing 92 n n 
C6 H6 DCP sing 93 n n 
N4 HN41 DCP sing 94 n n 
N4 HN42 DCP sing 95 n n 
C1' C2' DCP sing 96 n n 
C1' O4' DCP sing 97 n n 
C1' H1' DCP sing 98 n n 
C2' C3' DCP sing 99 n n 
C2' "H2'1" DCP sing 100 n n 
C2' "H2'2" DCP sing 101 n n 
C3' C4' DCP sing 102 n n 
C3' O3' DCP sing 103 n n 
C3' H3' DCP sing 104 n n 
C4' O4' DCP sing 105 n n 
C4' C5' DCP sing 106 n n 
C4' H4' DCP sing 107 n n 
O3' HO3' DCP sing 108 n n 
C5' O5' DCP sing 109 n n 
C5' "H5'1" DCP sing 110 n n 
C5' "H5'2" DCP sing 111 n n 
O5' PA DCP sing 112 n n 
PA O1A DCP doub 113 n n 
PA O2A DCP sing 114 n n 
PA O3A DCP sing 115 n n 
O2A HOA2 DCP sing 116 n n 
O3A PB DCP sing 117 n n 
PB O1B DCP doub 118 n n 
PB O2B DCP sing 119 n n 
PB O3B DCP sing 120 n n 
O2B HOB2 DCP sing 121 n n 
O3B PG DCP sing 122 n n 
PG O1G DCP doub 123 n n 
PG O2G DCP sing 124 n n 
PG O3G DCP sing 125 n n 
O2G HOG2 DCP sing 126 n n 
O3G HOG3 DCP sing 127 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4TO5 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011566 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.005182 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006891 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011155 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 DCP A 1 701 700 DCP DCP . 
F 3 GTP A 1 702 900 GTP GTP . 
G 4 TTP A 1 703 800 TTP TTP . 
H 5 MG A 1 704 850 MG MG . 
I 5 MG A 1 705 850 MG MG . 
J 4 TTP C 1 701 800 TTP TTP . 
K 2 DCP C 1 702 700 DCP DCP . 
L 5 MG C 1 703 850 MG MG . 
M 5 MG D 1 701 850 MG MG . 
N 2 DCP D 1 702 700 DCP DCP . 
O 3 GTP D 1 703 900 GTP GTP . 
P 4 TTP D 1 704 800 TTP TTP . 
Q 3 GTP B 1 701 900 GTP GTP . 
R 4 TTP B 1 702 800 TTP TTP . 
S 2 DCP B 1 703 700 DCP DCP . 
T 3 GTP B 1 704 900 GTP GTP . 
U 6 HOH A 1 801 3 HOH HOH . 
V 6 HOH C 1 801 2 HOH HOH . 
W 6 HOH D 1 801 1 HOH HOH . 
X 6 HOH B 1 801 4 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N1 DCP . . . K 2 -11.957 13.204 3.499 1 118.61 ? N1 DCP 702 C 1 
HETATM 2 C C2 DCP . . . K 2 -12.248 14.536 3.867 1 121.95 ? C2 DCP 702 C 1 
HETATM 3 N N3 DCP . . . K 2 -11.271 15.35 4.328 1 125 ? N3 DCP 702 C 1 
HETATM 4 C C4 DCP . . . K 2 -10.008 14.886 4.45 1 122.87 ? C4 DCP 702 C 1 
HETATM 5 C C5 DCP . . . K 2 -9.698 13.574 4.101 1 120.24 ? C5 DCP 702 C 1 
HETATM 6 C C6 DCP . . . K 2 -10.703 12.734 3.625 1 120.15 ? C6 DCP 702 C 1 
HETATM 7 O O2 DCP . . . K 2 -13.412 14.969 3.764 1 120.42 ? O2 DCP 702 C 1 
HETATM 8 N N4 DCP . . . K 2 -9.047 15.708 4.919 1 126.32 ? N4 DCP 702 C 1 
HETATM 9 C C1' DCP . . . K 2 -13.037 12.35 3.014 1 113.47 ? C1' DCP 702 C 1 
HETATM 10 C C2' DCP . . . K 2 -12.901 12.091 1.531 1 114.55 ? C2' DCP 702 C 1 
HETATM 11 C C3' DCP . . . K 2 -13.347 10.651 1.38 1 115.72 ? C3' DCP 702 C 1 
HETATM 12 C C4' DCP . . . K 2 -13.064 10.013 2.722 1 116.93 ? C4' DCP 702 C 1 
HETATM 13 O O4' DCP . . . K 2 -13.005 11.088 3.665 1 113.08 ? O4' DCP 702 C 1 
HETATM 14 O O3' DCP . . . K 2 -14.758 10.607 1.121 1 112.73 ? O3' DCP 702 C 1 
HETATM 15 C C5' DCP . . . K 2 -11.756 9.23 2.723 1 121.72 ? C5' DCP 702 C 1 
HETATM 16 O O5' DCP . . . K 2 -11.323 8.985 4.065 1 128.17 ? O5' DCP 702 C 1 
HETATM 17 P PA DCP . . . K 2 -11.83 7.671 4.87 1 137.79 ? PA DCP 702 C 1 
HETATM 18 O O1A DCP . . . K 2 -11.702 7.898 6.364 1 131.7 ? O1A DCP 702 C 1 
HETATM 19 O O2A DCP . . . K 2 -13.17 7.26 4.292 1 134.34 ? O2A DCP 702 C 1 
HETATM 20 O O3A DCP . . . K 2 -10.742 6.547 4.475 1 135.05 ? O3A DCP 702 C 1 
HETATM 21 P PB DCP . . . K 2 -9.166 6.876 4.364 1 131.21 ? PB DCP 702 C 1 
HETATM 22 O O1B DCP . . . K 2 -8.8 7.934 5.389 1 129.28 ? O1B DCP 702 C 1 
HETATM 23 O O2B DCP . . . K 2 -8.476 5.534 4.404 1 137.8 ? O2B DCP 702 C 1 
HETATM 24 O O3B DCP . . . K 2 -9.032 7.498 2.881 1 115.71 ? O3B DCP 702 C 1 
HETATM 25 P PG DCP . . . K 2 -7.817 7.101 1.928 1 116.33 ? PG DCP 702 C 1 
HETATM 26 O O1G DCP . . . K 2 -6.714 7.928 2.532 1 115.45 ? O1G DCP 702 C 1 
HETATM 27 O O2G DCP . . . K 2 -8.245 7.583 0.579 1 112.46 ? O2G DCP 702 C 1 
HETATM 28 O O3G DCP . . . K 2 -7.648 5.603 2.024 1 118.86 ? O3G DCP 702 C 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              37 
_model_server_stats.parse_time_ms           17 
_model_server_stats.create_model_time_ms    27 
_model_server_stats.query_time_ms           285 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           28 
#