data_4TO6 # _model_server_result.job_id DT_-JjZrBiCO1DObkGBzMA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-28 18:23:33' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4to6 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":701}' # _entry.id 4TO6 # _exptl.entry_id 4TO6 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 482.168 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 114.94 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4TO6 _cell.length_a 82.587 _cell.length_b 140.808 _cell.length_c 96.9 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4TO6 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 I N N ? 2 S N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 F O1B DGT . A DGT 702 1_555 Q MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc2 F O1A DGT . A DGT 702 1_555 Q MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.966 ? metalc ? metalc3 G O3G DTP . A DTP 703 1_555 K MG MG . B MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.845 ? metalc ? metalc4 G O2B DTP . A DTP 703 1_555 K MG MG . B MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.88 ? metalc ? metalc5 H MG MG . A MG 704 1_555 L O1B DTP . B DTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? metalc ? metalc6 H MG MG . A MG 704 1_555 L O2G DTP . B DTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.887 ? metalc ? metalc7 H MG MG . A MG 704 1_555 V O HOH . B HOH 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.956 ? metalc ? metalc8 H MG MG . A MG 704 1_555 T O3G DGT . D DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.717 ? metalc ? metalc9 H MG MG . A MG 704 1_555 T O1B DGT . D DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 704 1_555 T O2A DGT . D DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.867 ? metalc ? metalc11 U O HOH . A HOH 808 1_555 K MG MG . B MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? metalc ? metalc12 J O2B DGT . B DGT 702 1_555 N MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.133 ? metalc ? metalc13 J O2A DGT . B DGT 702 1_555 N MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? metalc ? metalc14 K MG MG . B MG 703 1_555 P O2B DGT . C DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? metalc ? metalc15 K MG MG . B MG 703 1_555 P O3G DGT . C DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? metalc ? metalc16 K MG MG . B MG 703 1_555 P O1A DGT . C DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.771 ? metalc ? metalc17 M O3G DTP . C DTP 701 1_555 Q MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.942 ? metalc ? metalc18 M O2B DTP . C DTP 701 1_555 Q MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? metalc ? metalc19 N MG MG . C MG 702 1_555 R O1B DTP . D DTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.962 ? metalc ? metalc20 N MG MG . C MG 702 1_555 R O3G DTP . D DTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.897 ? metalc ? metalc21 N MG MG . C MG 702 1_555 X O HOH . D HOH 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.786 ? metalc ? metalc22 W O HOH . C HOH 802 1_555 Q MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.841 ? # _chem_comp.formula 'C10 H17 N2 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 482.168 _chem_comp.id TTP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PA O1A TTP doub 431 n n PA O2A TTP sing 432 n n PA O3A TTP sing 433 n n PA O5' TTP sing 434 n n O2A HOA2 TTP sing 435 n n O3A PB TTP sing 436 n n PB O1B TTP doub 437 n n PB O2B TTP sing 438 n n PB O3B TTP sing 439 n n O2B HOB2 TTP sing 440 n n O3B PG TTP sing 441 n n PG O1G TTP doub 442 n n PG O2G TTP sing 443 n n PG O3G TTP sing 444 n n O2G HOG2 TTP sing 445 n n O3G HOG3 TTP sing 446 n n O5' C5' TTP sing 447 n n C5' C4' TTP sing 448 n n C5' "H5'1" TTP sing 449 n n C5' "H5'2" TTP sing 450 n n C4' O4' TTP sing 451 n n C4' C3' TTP sing 452 n n C4' H4' TTP sing 453 n n O4' C1' TTP sing 454 n n C3' O3' TTP sing 455 n n C3' C2' TTP sing 456 n n C3' H3' TTP sing 457 n n O3' HO3' TTP sing 458 n n C2' C1' TTP sing 459 n n C2' "H2'1" TTP sing 460 n n C2' "H2'2" TTP sing 461 n n C1' N1 TTP sing 462 n n C1' H1' TTP sing 463 n n N1 C2 TTP sing 464 n n N1 C6 TTP sing 465 n n C2 O2 TTP doub 466 n n C2 N3 TTP sing 467 n n N3 C4 TTP sing 468 n n N3 HN3 TTP sing 469 n n C4 O4 TTP doub 470 n n C4 C5 TTP sing 471 n n C5 C5M TTP sing 472 n n C5 C6 TTP doub 473 n n C5M HM51 TTP sing 474 n n C5M HM52 TTP sing 475 n n C5M HM53 TTP sing 476 n n C6 H6 TTP sing 477 n n # _atom_sites.entry_id 4TO6 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.012108 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.00563 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007102 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011381 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 TTP A 1 701 700 TTP TTP . F 3 DGT A 1 702 900 DGT DGT . G 4 DTP A 1 703 800 DTP DTP . H 5 MG A 1 704 850 MG MG . I 2 TTP B 1 701 700 TTP TTP . J 3 DGT B 1 702 900 DGT DGT . K 5 MG B 1 703 850 MG MG . L 4 DTP B 1 704 800 DTP DTP . M 4 DTP C 1 701 800 DTP DTP . N 5 MG C 1 702 850 MG MG . O 3 DGT C 1 703 700 DGT DGT . P 3 DGT C 1 704 900 DGT DGT . Q 5 MG D 1 701 850 MG MG . R 4 DTP D 1 702 800 DTP DTP . S 2 TTP D 1 703 700 TTP TTP . T 3 DGT D 1 704 900 DGT DGT . U 6 HOH A 1 801 2 HOH HOH . U 6 HOH A 2 802 38 HOH HOH . U 6 HOH A 3 803 40 HOH HOH . U 6 HOH A 4 804 49 HOH HOH . U 6 HOH A 5 805 52 HOH HOH . U 6 HOH A 6 806 71 HOH HOH . U 6 HOH A 7 807 73 HOH HOH . U 6 HOH A 8 808 74 HOH HOH . U 6 HOH A 9 809 75 HOH HOH . U 6 HOH A 10 810 76 HOH HOH . U 6 HOH A 11 811 81 HOH HOH . U 6 HOH A 12 812 82 HOH HOH . U 6 HOH A 13 813 83 HOH HOH . U 6 HOH A 14 814 84 HOH HOH . U 6 HOH A 15 815 85 HOH HOH . U 6 HOH A 16 816 87 HOH HOH . V 6 HOH B 1 801 4 HOH HOH . V 6 HOH B 2 802 37 HOH HOH . V 6 HOH B 3 803 78 HOH HOH . V 6 HOH B 4 804 80 HOH HOH . W 6 HOH C 1 801 3 HOH HOH . W 6 HOH C 2 802 10 HOH HOH . W 6 HOH C 3 803 12 HOH HOH . W 6 HOH C 4 804 72 HOH HOH . W 6 HOH C 5 805 77 HOH HOH . X 6 HOH D 1 801 36 HOH HOH . X 6 HOH D 2 802 29 HOH HOH . X 6 HOH D 3 803 34 HOH HOH . X 6 HOH D 4 804 48 HOH HOH . X 6 HOH D 5 805 63 HOH HOH . X 6 HOH D 6 806 79 HOH HOH . X 6 HOH D 7 807 86 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PA TTP . . . I 2 59.28 -5.968 165.111 1 80.13 ? PA TTP 701 B 1 HETATM 2 O O1A TTP . . . I 2 57.984 -6.066 164.305 1 73.64 ? O1A TTP 701 B 1 HETATM 3 O O2A TTP . . . I 2 59.411 -6.537 166.5 1 71.62 ? O2A TTP 701 B 1 HETATM 4 O O3A TTP . . . I 2 60.499 -6.633 164.29 1 78.83 ? O3A TTP 701 B 1 HETATM 5 P PB TTP . . . I 2 62.02 -6.227 164.641 1 78.56 ? PB TTP 701 B 1 HETATM 6 O O1B TTP . . . I 2 62.164 -5.827 166.093 1 72.61 ? O1B TTP 701 B 1 HETATM 7 O O2B TTP . . . I 2 62.879 -7.339 164.078 1 79.4 ? O2B TTP 701 B 1 HETATM 8 O O3B TTP . . . I 2 62.286 -4.905 163.733 1 76.7 ? O3B TTP 701 B 1 HETATM 9 P PG TTP . . . I 2 62.984 -5.085 162.274 1 70.97 ? PG TTP 701 B 1 HETATM 10 O O1G TTP . . . I 2 64.462 -5.284 162.514 1 66.87 ? O1G TTP 701 B 1 HETATM 11 O O2G TTP . . . I 2 62.608 -3.795 161.601 1 68.69 ? O2G TTP 701 B 1 HETATM 12 O O3G TTP . . . I 2 62.313 -6.322 161.738 1 74.77 ? O3G TTP 701 B 1 HETATM 13 O O5' TTP . . . I 2 59.689 -4.387 165.111 1 81.82 ? O5' TTP 701 B 1 HETATM 14 C C5' TTP . . . I 2 59.296 -3.46 164.063 1 73.61 ? C5' TTP 701 B 1 HETATM 15 C C4' TTP . . . I 2 58.025 -2.661 164.409 1 65.79 ? C4' TTP 701 B 1 HETATM 16 O O4' TTP . . . I 2 58.128 -2.044 165.689 1 63.76 ? O4' TTP 701 B 1 HETATM 17 C C3' TTP . . . I 2 57.755 -1.509 163.467 1 64.49 ? C3' TTP 701 B 1 HETATM 18 O O3' TTP . . . I 2 56.369 -1.457 163.135 1 58.65 ? O3' TTP 701 B 1 HETATM 19 C C2' TTP . . . I 2 58.125 -0.234 164.191 1 65.69 ? C2' TTP 701 B 1 HETATM 20 C C1' TTP . . . I 2 58.047 -0.614 165.647 1 65.82 ? C1' TTP 701 B 1 HETATM 21 N N1 TTP . . . I 2 59.119 0.004 166.457 1 66.34 ? N1 TTP 701 B 1 HETATM 22 C C2 TTP . . . I 2 58.816 1.182 167.208 1 69.24 ? C2 TTP 701 B 1 HETATM 23 O O2 TTP . . . I 2 57.666 1.69 167.149 1 68.92 ? O2 TTP 701 B 1 HETATM 24 N N3 TTP . . . I 2 59.754 1.783 167.979 1 68.91 ? N3 TTP 701 B 1 HETATM 25 C C4 TTP . . . I 2 60.989 1.265 168.074 1 64.54 ? C4 TTP 701 B 1 HETATM 26 O O4 TTP . . . I 2 61.807 1.837 168.82 1 58.32 ? O4 TTP 701 B 1 HETATM 27 C C5 TTP . . . I 2 61.327 0.024 167.29 1 65.75 ? C5 TTP 701 B 1 HETATM 28 C C5M TTP . . . I 2 62.683 -0.637 167.312 1 71.66 ? C5M TTP 701 B 1 HETATM 29 C C6 TTP . . . I 2 60.35 -0.55 166.497 1 63.56 ? C6 TTP 701 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 38 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 42 _model_server_stats.query_time_ms 309 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 29 #