data_4TO6
#
_model_server_result.job_id            Z3aa7uRwP_FbmVrhcmwr9w 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-13 07:16:53' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4to6 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":702}' 
#
_entry.id    4TO6 
#
_exptl.entry_id    4TO6 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              507.181 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    5 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          114.94 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4TO6 
_cell.length_a            82.587 
_cell.length_b            140.808 
_cell.length_c            96.9 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4TO6 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 J N N 
? 3 O N N 
? 3 P N N 
? 3 T N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 F O1B DGT . A DGT 702 1_555 Q MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? 
metalc ? metalc2 F O1A DGT . A DGT 702 1_555 Q MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.966 ? 
metalc ? metalc3 G O3G DTP . A DTP 703 1_555 K MG MG . B MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.845 ? 
metalc ? metalc4 G O2B DTP . A DTP 703 1_555 K MG MG . B MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.88 ? 
metalc ? metalc5 H MG MG . A MG 704 1_555 L O1B DTP . B DTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? 
metalc ? metalc6 H MG MG . A MG 704 1_555 L O2G DTP . B DTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.887 ? 
metalc ? metalc7 H MG MG . A MG 704 1_555 V O HOH . B HOH 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.956 ? 
metalc ? metalc8 H MG MG . A MG 704 1_555 T O3G DGT . D DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.717 ? 
metalc ? metalc9 H MG MG . A MG 704 1_555 T O1B DGT . D DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 704 1_555 T O2A DGT . D DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.867 ? 
metalc ? metalc11 U O HOH . A HOH 808 1_555 K MG MG . B MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? 
metalc ? metalc12 J O2B DGT . B DGT 702 1_555 N MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.133 ? 
metalc ? metalc13 J O2A DGT . B DGT 702 1_555 N MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? 
metalc ? metalc14 K MG MG . B MG 703 1_555 P O2B DGT . C DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? 
metalc ? metalc15 K MG MG . B MG 703 1_555 P O3G DGT . C DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? 
metalc ? metalc16 K MG MG . B MG 703 1_555 P O1A DGT . C DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.771 ? 
metalc ? metalc17 M O3G DTP . C DTP 701 1_555 Q MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.942 ? 
metalc ? metalc18 M O2B DTP . C DTP 701 1_555 Q MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? 
metalc ? metalc19 N MG MG . C MG 702 1_555 R O1B DTP . D DTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.962 ? 
metalc ? metalc20 N MG MG . C MG 702 1_555 R O3G DTP . D DTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.897 ? 
metalc ? metalc21 N MG MG . C MG 702 1_555 X O HOH . D HOH 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.786 ? 
metalc ? metalc22 W O HOH . C HOH 802 1_555 Q MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.841 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O13 P3' 
_chem_comp.formula_weight    507.181 
_chem_comp.id                DGT 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G DGT sing 83 n n 
PG O2G DGT sing 84 n n 
O1G HO1G DGT sing 85 n n 
O2G HO2G DGT sing 86 n n 
O3G PG DGT doub 87 n n 
O3B PG DGT sing 88 n n 
PB O3B DGT sing 89 n n 
PB O1B DGT sing 90 n n 
PB O3A DGT sing 91 n n 
O1B HO1B DGT sing 92 n n 
O2B PB DGT doub 93 n n 
PA O3A DGT sing 94 n n 
PA O1A DGT sing 95 n n 
O1A HO1A DGT sing 96 n n 
O2A PA DGT doub 97 n n 
O5' PA DGT sing 98 n n 
O5' C5' DGT sing 99 n n 
C5' H5' DGT sing 100 n n 
C5' "H5'A" DGT sing 101 n n 
C4' C5' DGT sing 102 n n 
C4' H4' DGT sing 103 n n 
O4' C4' DGT sing 104 n n 
C3' C4' DGT sing 105 n n 
C3' O3' DGT sing 106 n n 
C3' H3' DGT sing 107 n n 
O3' HO3' DGT sing 108 n n 
C2' C3' DGT sing 109 n n 
C2' C1' DGT sing 110 n n 
C2' H2' DGT sing 111 n n 
C2' "H2'A" DGT sing 112 n n 
C1' O4' DGT sing 113 n n 
C1' H1' DGT sing 114 n n 
N9 C1' DGT sing 115 n n 
N9 C4 DGT sing 116 n y 
C8 N9 DGT sing 117 n y 
C8 H8 DGT sing 118 n n 
N7 C8 DGT doub 119 n y 
N7 C5 DGT sing 120 n y 
C5 C6 DGT sing 121 n n 
C5 C4 DGT doub 122 n y 
C6 N1 DGT sing 123 n n 
O6 C6 DGT doub 124 n n 
N1 C2 DGT sing 125 n n 
C2 N3 DGT doub 126 n n 
C2 N2 DGT sing 127 n n 
N2 HN2 DGT sing 128 n n 
N2 HN2A DGT sing 129 n n 
C4 N3 DGT sing 130 n n 
N1 H16 DGT sing 131 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4TO6 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.012108 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.00563 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007102 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011381 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 TTP A 1 701 700 TTP TTP . 
F 3 DGT A 1 702 900 DGT DGT . 
G 4 DTP A 1 703 800 DTP DTP . 
H 5 MG A 1 704 850 MG MG . 
I 2 TTP B 1 701 700 TTP TTP . 
J 3 DGT B 1 702 900 DGT DGT . 
K 5 MG B 1 703 850 MG MG . 
L 4 DTP B 1 704 800 DTP DTP . 
M 4 DTP C 1 701 800 DTP DTP . 
N 5 MG C 1 702 850 MG MG . 
O 3 DGT C 1 703 700 DGT DGT . 
P 3 DGT C 1 704 900 DGT DGT . 
Q 5 MG D 1 701 850 MG MG . 
R 4 DTP D 1 702 800 DTP DTP . 
S 2 TTP D 1 703 700 TTP TTP . 
T 3 DGT D 1 704 900 DGT DGT . 
U 6 HOH A 1 801 2 HOH HOH . 
U 6 HOH A 2 802 38 HOH HOH . 
U 6 HOH A 3 803 40 HOH HOH . 
U 6 HOH A 4 804 49 HOH HOH . 
U 6 HOH A 5 805 52 HOH HOH . 
U 6 HOH A 6 806 71 HOH HOH . 
U 6 HOH A 7 807 73 HOH HOH . 
U 6 HOH A 8 808 74 HOH HOH . 
U 6 HOH A 9 809 75 HOH HOH . 
U 6 HOH A 10 810 76 HOH HOH . 
U 6 HOH A 11 811 81 HOH HOH . 
U 6 HOH A 12 812 82 HOH HOH . 
U 6 HOH A 13 813 83 HOH HOH . 
U 6 HOH A 14 814 84 HOH HOH . 
U 6 HOH A 15 815 85 HOH HOH . 
U 6 HOH A 16 816 87 HOH HOH . 
V 6 HOH B 1 801 4 HOH HOH . 
V 6 HOH B 2 802 37 HOH HOH . 
V 6 HOH B 3 803 78 HOH HOH . 
V 6 HOH B 4 804 80 HOH HOH . 
W 6 HOH C 1 801 3 HOH HOH . 
W 6 HOH C 2 802 10 HOH HOH . 
W 6 HOH C 3 803 12 HOH HOH . 
W 6 HOH C 4 804 72 HOH HOH . 
W 6 HOH C 5 805 77 HOH HOH . 
X 6 HOH D 1 801 36 HOH HOH . 
X 6 HOH D 2 802 29 HOH HOH . 
X 6 HOH D 3 803 34 HOH HOH . 
X 6 HOH D 4 804 48 HOH HOH . 
X 6 HOH D 5 805 63 HOH HOH . 
X 6 HOH D 6 806 79 HOH HOH . 
X 6 HOH D 7 807 86 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG DGT . . . F 3 32.646 28.548 130.942 1 49.92 ? PG DGT 702 A 1 
HETATM 2 O O1G DGT . . . F 3 31.246 29.023 130.74 1 46.88 ? O1G DGT 702 A 1 
HETATM 3 O O2G DGT . . . F 3 32.853 27.856 132.265 1 52.58 ? O2G DGT 702 A 1 
HETATM 4 O O3G DGT . . . F 3 33.867 29.322 130.527 1 49.83 ? O3G DGT 702 A 1 
HETATM 5 O O3B DGT . . . F 3 32.674 27.359 129.842 1 49.74 ? O3B DGT 702 A 1 
HETATM 6 P PB DGT . . . F 3 32.162 25.84 130.194 1 50.65 ? PB DGT 702 A 1 
HETATM 7 O O1B DGT . . . F 3 31.809 25.672 131.673 1 46.35 ? O1B DGT 702 A 1 
HETATM 8 O O2B DGT . . . F 3 31.074 25.369 129.288 1 46.72 ? O2B DGT 702 A 1 
HETATM 9 O O3A DGT . . . F 3 33.576 25.278 129.659 1 45.12 ? O3A DGT 702 A 1 
HETATM 10 P PA DGT . . . F 3 34.84 25.46 130.613 1 44.37 ? PA DGT 702 A 1 
HETATM 11 O O1A DGT . . . F 3 34.284 25.89 131.946 1 43.69 ? O1A DGT 702 A 1 
HETATM 12 O O2A DGT . . . F 3 36.091 26.014 129.995 1 43.27 ? O2A DGT 702 A 1 
HETATM 13 O O5' DGT . . . F 3 35.35 23.917 130.675 1 47.2 ? O5' DGT 702 A 1 
HETATM 14 C C5' DGT . . . F 3 34.75 22.965 131.567 1 43.52 ? C5' DGT 702 A 1 
HETATM 15 C C4' DGT . . . F 3 35.764 22.617 132.651 1 42.75 ? C4' DGT 702 A 1 
HETATM 16 O O4' DGT . . . F 3 36.978 21.986 132.166 1 40.93 ? O4' DGT 702 A 1 
HETATM 17 C C3' DGT . . . F 3 36.215 23.849 133.42 1 41.94 ? C3' DGT 702 A 1 
HETATM 18 O O3' DGT . . . F 3 35.377 23.914 134.55 1 42.81 ? O3' DGT 702 A 1 
HETATM 19 C C2' DGT . . . F 3 37.666 23.616 133.757 1 42.1 ? C2' DGT 702 A 1 
HETATM 20 C C1' DGT . . . F 3 38.033 22.267 133.109 1 40.06 ? C1' DGT 702 A 1 
HETATM 21 N N9 DGT . . . F 3 39.257 22.247 132.309 1 39.45 ? N9 DGT 702 A 1 
HETATM 22 C C8 DGT . . . F 3 40.073 21.208 132.143 1 39.55 ? C8 DGT 702 A 1 
HETATM 23 N N7 DGT . . . F 3 41.079 21.504 131.284 1 38.52 ? N7 DGT 702 A 1 
HETATM 24 C C5 DGT . . . F 3 40.908 22.723 130.855 1 38.76 ? C5 DGT 702 A 1 
HETATM 25 C C6 DGT . . . F 3 41.608 23.598 129.912 1 40.67 ? C6 DGT 702 A 1 
HETATM 26 O O6 DGT . . . F 3 42.652 23.299 129.282 1 41.65 ? O6 DGT 702 A 1 
HETATM 27 N N1 DGT . . . F 3 41.072 24.788 129.727 1 43.11 ? N1 DGT 702 A 1 
HETATM 28 C C2 DGT . . . F 3 39.963 25.21 130.371 1 43.63 ? C2 DGT 702 A 1 
HETATM 29 N N2 DGT . . . F 3 39.533 26.469 130.092 1 44.65 ? N2 DGT 702 A 1 
HETATM 30 N N3 DGT . . . F 3 39.25 24.426 131.243 1 41.28 ? N3 DGT 702 A 1 
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