data_4TO6
#
_model_server_result.job_id            H1mkwjqC2o8bNeRefVHZWg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-13 07:17:48' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4to6 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":702}' 
#
_entry.id    4TO6 
#
_exptl.entry_id    4TO6 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              491.182 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          114.94 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4TO6 
_cell.length_a            82.587 
_cell.length_b            140.808 
_cell.length_c            96.9 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4TO6 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 G N N 
? 4 L N N 
? 4 M N N 
? 4 R N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 F O1B DGT . A DGT 702 1_555 Q MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? 
metalc ? metalc2 F O1A DGT . A DGT 702 1_555 Q MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.966 ? 
metalc ? metalc3 G O3G DTP . A DTP 703 1_555 K MG MG . B MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.845 ? 
metalc ? metalc4 G O2B DTP . A DTP 703 1_555 K MG MG . B MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.88 ? 
metalc ? metalc5 H MG MG . A MG 704 1_555 L O1B DTP . B DTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? 
metalc ? metalc6 H MG MG . A MG 704 1_555 L O2G DTP . B DTP 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.887 ? 
metalc ? metalc7 H MG MG . A MG 704 1_555 V O HOH . B HOH 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.956 ? 
metalc ? metalc8 H MG MG . A MG 704 1_555 T O3G DGT . D DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.717 ? 
metalc ? metalc9 H MG MG . A MG 704 1_555 T O1B DGT . D DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 704 1_555 T O2A DGT . D DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.867 ? 
metalc ? metalc11 U O HOH . A HOH 808 1_555 K MG MG . B MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? 
metalc ? metalc12 J O2B DGT . B DGT 702 1_555 N MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.133 ? 
metalc ? metalc13 J O2A DGT . B DGT 702 1_555 N MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? 
metalc ? metalc14 K MG MG . B MG 703 1_555 P O2B DGT . C DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? 
metalc ? metalc15 K MG MG . B MG 703 1_555 P O3G DGT . C DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? 
metalc ? metalc16 K MG MG . B MG 703 1_555 P O1A DGT . C DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.771 ? 
metalc ? metalc17 M O3G DTP . C DTP 701 1_555 Q MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.942 ? 
metalc ? metalc18 M O2B DTP . C DTP 701 1_555 Q MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? 
metalc ? metalc19 N MG MG . C MG 702 1_555 R O1B DTP . D DTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.962 ? 
metalc ? metalc20 N MG MG . C MG 702 1_555 R O3G DTP . D DTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.897 ? 
metalc ? metalc21 N MG MG . C MG 702 1_555 X O HOH . D HOH 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.786 ? 
metalc ? metalc22 W O HOH . C HOH 802 1_555 Q MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.841 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O12 P3' 
_chem_comp.formula_weight    491.182 
_chem_comp.id                DTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G DTP doub 132 n n 
PG O2G DTP sing 133 n n 
PG O3G DTP sing 134 n n 
PG O3B DTP sing 135 n n 
O2G HOG2 DTP sing 136 n n 
O3G HOG3 DTP sing 137 n n 
PB O1B DTP doub 138 n n 
PB O2B DTP sing 139 n n 
PB O3B DTP sing 140 n n 
PB O3A DTP sing 141 n n 
O2B HOB2 DTP sing 142 n n 
PA O1A DTP doub 143 n n 
PA O2A DTP sing 144 n n 
PA O3A DTP sing 145 n n 
PA O5' DTP sing 146 n n 
O2A HOA2 DTP sing 147 n n 
O5' C5' DTP sing 148 n n 
C5' C4' DTP sing 149 n n 
C5' "H5'1" DTP sing 150 n n 
C5' "H5'2" DTP sing 151 n n 
C4' O4' DTP sing 152 n n 
C4' C3' DTP sing 153 n n 
C4' H4' DTP sing 154 n n 
O4' C1' DTP sing 155 n n 
C3' O3' DTP sing 156 n n 
C3' C2' DTP sing 157 n n 
C3' H3' DTP sing 158 n n 
O3' HO3' DTP sing 159 n n 
C2' C1' DTP sing 160 n n 
C2' "H2'1" DTP sing 161 n n 
C2' "H2'2" DTP sing 162 n n 
C1' N9 DTP sing 163 n n 
C1' H1' DTP sing 164 n n 
N9 C8 DTP sing 165 n y 
N9 C4 DTP sing 166 n y 
C8 N7 DTP doub 167 n y 
C8 H8 DTP sing 168 n n 
N7 C5 DTP sing 169 n y 
C5 C6 DTP sing 170 n y 
C5 C4 DTP doub 171 n y 
C6 N6 DTP sing 172 n n 
C6 N1 DTP doub 173 n y 
N6 HN61 DTP sing 174 n n 
N6 HN62 DTP sing 175 n n 
N1 C2 DTP sing 176 n y 
C2 N3 DTP doub 177 n y 
C2 H2 DTP sing 178 n n 
N3 C4 DTP sing 179 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     4TO6 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.012108 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.00563 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007102 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011381 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 TTP A 1 701 700 TTP TTP . 
F 3 DGT A 1 702 900 DGT DGT . 
G 4 DTP A 1 703 800 DTP DTP . 
H 5 MG A 1 704 850 MG MG . 
I 2 TTP B 1 701 700 TTP TTP . 
J 3 DGT B 1 702 900 DGT DGT . 
K 5 MG B 1 703 850 MG MG . 
L 4 DTP B 1 704 800 DTP DTP . 
M 4 DTP C 1 701 800 DTP DTP . 
N 5 MG C 1 702 850 MG MG . 
O 3 DGT C 1 703 700 DGT DGT . 
P 3 DGT C 1 704 900 DGT DGT . 
Q 5 MG D 1 701 850 MG MG . 
R 4 DTP D 1 702 800 DTP DTP . 
S 2 TTP D 1 703 700 TTP TTP . 
T 3 DGT D 1 704 900 DGT DGT . 
U 6 HOH A 1 801 2 HOH HOH . 
U 6 HOH A 2 802 38 HOH HOH . 
U 6 HOH A 3 803 40 HOH HOH . 
U 6 HOH A 4 804 49 HOH HOH . 
U 6 HOH A 5 805 52 HOH HOH . 
U 6 HOH A 6 806 71 HOH HOH . 
U 6 HOH A 7 807 73 HOH HOH . 
U 6 HOH A 8 808 74 HOH HOH . 
U 6 HOH A 9 809 75 HOH HOH . 
U 6 HOH A 10 810 76 HOH HOH . 
U 6 HOH A 11 811 81 HOH HOH . 
U 6 HOH A 12 812 82 HOH HOH . 
U 6 HOH A 13 813 83 HOH HOH . 
U 6 HOH A 14 814 84 HOH HOH . 
U 6 HOH A 15 815 85 HOH HOH . 
U 6 HOH A 16 816 87 HOH HOH . 
V 6 HOH B 1 801 4 HOH HOH . 
V 6 HOH B 2 802 37 HOH HOH . 
V 6 HOH B 3 803 78 HOH HOH . 
V 6 HOH B 4 804 80 HOH HOH . 
W 6 HOH C 1 801 3 HOH HOH . 
W 6 HOH C 2 802 10 HOH HOH . 
W 6 HOH C 3 803 12 HOH HOH . 
W 6 HOH C 4 804 72 HOH HOH . 
W 6 HOH C 5 805 77 HOH HOH . 
X 6 HOH D 1 801 36 HOH HOH . 
X 6 HOH D 2 802 29 HOH HOH . 
X 6 HOH D 3 803 34 HOH HOH . 
X 6 HOH D 4 804 48 HOH HOH . 
X 6 HOH D 5 805 63 HOH HOH . 
X 6 HOH D 6 806 79 HOH HOH . 
X 6 HOH D 7 807 86 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG DTP . . . R 4 59.425 20.982 167.055 1 42.56 ? PG DTP 702 D 1 
HETATM 2 O O1G DTP . . . R 4 60.908 20.803 167.305 1 44.02 ? O1G DTP 702 D 1 
HETATM 3 O O2G DTP . . . R 4 59.083 21.905 165.961 1 40.82 ? O2G DTP 702 D 1 
HETATM 4 O O3G DTP . . . R 4 58.612 21.101 168.315 1 41.42 ? O3G DTP 702 D 1 
HETATM 5 P PB DTP . . . R 4 57.943 18.58 166.926 1 38.69 ? PB DTP 702 D 1 
HETATM 6 O O1B DTP . . . R 4 57.084 19.263 167.927 1 39.91 ? O1B DTP 702 D 1 
HETATM 7 O O2B DTP . . . R 4 58.49 17.29 167.353 1 38.36 ? O2B DTP 702 D 1 
HETATM 8 O O3B DTP . . . R 4 59.078 19.547 166.374 1 40.58 ? O3B DTP 702 D 1 
HETATM 9 P PA DTP . . . R 4 57.471 17.473 164.305 1 41.39 ? PA DTP 702 D 1 
HETATM 10 O O1A DTP . . . R 4 57.411 18.36 163.126 1 40.57 ? O1A DTP 702 D 1 
HETATM 11 O O2A DTP . . . R 4 58.734 16.702 164.543 1 41.58 ? O2A DTP 702 D 1 
HETATM 12 O O3A DTP . . . R 4 57.065 18.364 165.607 1 40.86 ? O3A DTP 702 D 1 
HETATM 13 O O5' DTP . . . R 4 56.2 16.536 164.164 1 42.62 ? O5' DTP 702 D 1 
HETATM 14 C C5' DTP . . . R 4 54.882 17.148 164.076 1 42.31 ? C5' DTP 702 D 1 
HETATM 15 C C4' DTP . . . R 4 53.891 16.154 163.411 1 40.95 ? C4' DTP 702 D 1 
HETATM 16 O O4' DTP . . . R 4 54.384 15.715 162.155 1 39.51 ? O4' DTP 702 D 1 
HETATM 17 C C3' DTP . . . R 4 53.699 14.871 164.183 1 39.35 ? C3' DTP 702 D 1 
HETATM 18 O O3' DTP . . . R 4 52.286 14.499 164.122 1 40.1 ? O3' DTP 702 D 1 
HETATM 19 C C2' DTP . . . R 4 54.631 13.853 163.546 1 37.96 ? C2' DTP 702 D 1 
HETATM 20 C C1' DTP . . . R 4 54.74 14.33 162.131 1 37.46 ? C1' DTP 702 D 1 
HETATM 21 N N9 DTP . . . R 4 56.068 14.18 161.504 1 35.43 ? N9 DTP 702 D 1 
HETATM 22 C C8 DTP . . . R 4 57.224 14.393 162.072 1 35.3 ? C8 DTP 702 D 1 
HETATM 23 N N7 DTP . . . R 4 58.227 14.144 161.184 1 34.54 ? N7 DTP 702 D 1 
HETATM 24 C C5 DTP . . . R 4 57.696 13.814 160.018 1 33.24 ? C5 DTP 702 D 1 
HETATM 25 C C6 DTP . . . R 4 58.207 13.488 158.682 1 32.77 ? C6 DTP 702 D 1 
HETATM 26 N N6 DTP . . . R 4 59.517 13.467 158.416 1 32.95 ? N6 DTP 702 D 1 
HETATM 27 N N1 DTP . . . R 4 57.315 13.201 157.726 1 33.7 ? N1 DTP 702 D 1 
HETATM 28 C C2 DTP . . . R 4 55.98 13.217 157.98 1 35.06 ? C2 DTP 702 D 1 
HETATM 29 N N3 DTP . . . R 4 55.447 13.51 159.192 1 33.86 ? N3 DTP 702 D 1 
HETATM 30 C C4 DTP . . . R 4 56.264 13.833 160.225 1 34.18 ? C4 DTP 702 D 1 
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