data_4UX8 # _model_server_result.job_id FYbmzDD5EZ2wagyB7xnQLw _model_server_result.datetime_utc '2024-12-21 13:25:40' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4ux8 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":1604}' # _entry.id 4UX8 # _exptl.entry_id 4UX8 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4UX8 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4UX8 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 I N N ? 5 J N N ? 5 K N N ? 5 L N N ? 5 M N N ? 5 N N N # _pdbx_entity_branch.entity_id 4 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.details ? _pdbx_entity_branch_link.entity_id 4 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 . _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O4 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO4 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 . _pdbx_entity_branch_link.value_order sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 4 n G NAG 1 G 1 NAG D 1135 NAG 4 n G NAG 2 G 2 NAG D 1136 NAG 4 n H NAG 1 H 1 NAG F 1135 NAG 4 n H NAG 2 H 2 NAG F 1136 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 109 A CYS 137 1_555 A SG CYS 114 A CYS 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 129 A CYS 157 1_555 A SG CYS 169 A CYS 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 138 A CYS 166 1_555 A SG CYS 215 A CYS 243 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 109 B CYS 137 1_555 B SG CYS 114 B CYS 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf5 B SG CYS 129 B CYS 157 1_555 B SG CYS 169 B CYS 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 138 B CYS 166 1_555 B SG CYS 215 B CYS 243 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf7 C SG CYS 36 C CYS 17 1_555 C SG CYS 42 C CYS 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf8 C SG CYS 149 C CYS 154 1_555 C SG CYS 209 C CYS 214 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf9 C SG CYS 156 C CYS 161 1_555 C SG CYS 162 C CYS 167 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf10 C SG CYS 173 C CYS 178 1_555 C SG CYS 187 C CYS 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf11 C SG CYS 182 C CYS 187 1_555 C SG CYS 228 C CYS 233 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf12 C SG CYS 211 C CYS 216 1_555 C SG CYS 216 C CYS 221 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? disulf ? disulf13 C SG CYS 238 C CYS 243 1_555 C SG CYS 308 C CYS 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf14 C SG CYS 245 C CYS 250 1_555 C SG CYS 251 C CYS 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? disulf ? disulf15 C SG CYS 262 C CYS 267 1_555 C SG CYS 280 C CYS 285 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? disulf ? disulf16 C SG CYS 272 C CYS 277 1_555 C SG CYS 332 C CYS 337 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf17 C SG CYS 310 C CYS 315 1_555 C SG CYS 320 C CYS 325 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? disulf ? disulf18 D SG CYS 68 D CYS 68 1_555 D SG CYS 131 D CYS 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf19 D SG CYS 72 D CYS 72 1_555 D SG CYS 133 D CYS 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf20 D SG CYS 101 D CYS 101 1_555 F SG CYS 101 F CYS 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? disulf ? disulf21 E SG CYS 36 E CYS 17 1_555 E SG CYS 42 E CYS 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf22 E SG CYS 149 E CYS 154 1_555 E SG CYS 209 E CYS 214 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf23 E SG CYS 156 E CYS 161 1_555 E SG CYS 162 E CYS 167 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf24 E SG CYS 173 E CYS 178 1_555 E SG CYS 187 E CYS 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf25 E SG CYS 182 E CYS 187 1_555 E SG CYS 228 E CYS 233 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf26 E SG CYS 211 E CYS 216 1_555 E SG CYS 216 E CYS 221 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? disulf ? disulf27 E SG CYS 238 E CYS 243 1_555 E SG CYS 308 E CYS 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf28 E SG CYS 245 E CYS 250 1_555 E SG CYS 251 E CYS 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? disulf ? disulf29 E SG CYS 262 E CYS 267 1_555 E SG CYS 280 E CYS 285 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? disulf ? disulf30 E SG CYS 272 E CYS 277 1_555 E SG CYS 332 E CYS 337 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf31 E SG CYS 310 E CYS 315 1_555 E SG CYS 320 E CYS 325 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? disulf ? disulf32 F SG CYS 68 F CYS 68 1_555 F SG CYS 131 F CYS 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf33 F SG CYS 72 F CYS 72 1_555 F SG CYS 133 F CYS 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? covale ? covale1 D ND2 ASN 49 D ASN 49 1_555 G C1 NAG . G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale2 F ND2 ASN 49 F ASN 49 1_555 H C1 NAG . H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale3 G O4 NAG . G NAG 1 1_555 G C1 NAG . G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? covale ? covale4 H O4 NAG . H NAG 1 1_555 H C1 NAG . H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? metalc ? metalc1 A OE2 GLU 150 A GLU 178 1_555 I CA CA . A CA 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.558 ? metalc ? metalc2 A OE1 GLU 150 A GLU 178 1_555 J CA CA . A CA 1604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.172 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 202 A ASP 230 1_555 J CA CA . A CA 1604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 236 A ASP 264 1_555 I CA CA . A CA 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.9 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 236 A ASP 264 1_555 I CA CA . A CA 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? metalc ? metalc6 A O GLU 237 A GLU 265 1_555 I CA CA . A CA 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 238 A ASP 266 1_555 K CA CA . A CA 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 239 A ASP 267 1_555 I CA CA . A CA 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 239 A ASP 267 1_555 J CA CA . A CA 1604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc10 A O SER 240 A SER 268 1_555 K CA CA . A CA 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 272 A ASP 300 1_555 K CA CA . A CA 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.012 ? metalc ? metalc12 A OD2 ASP 274 A ASP 302 1_555 K CA CA . A CA 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.854 ? metalc ? metalc13 A O GLY 280 A GLY 308 1_555 K CA CA . A CA 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.818 ? metalc ? metalc14 A NH1 ARG 332 A ARG 360 1_555 K CA CA . A CA 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? metalc ? metalc15 B OE2 GLU 150 B GLU 178 1_555 L CA CA . B CA 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.557 ? metalc ? metalc16 B OE1 GLU 150 B GLU 178 1_555 M CA CA . B CA 1604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.171 ? metalc ? metalc17 B OD1 ASP 202 B ASP 230 1_555 M CA CA . B CA 1604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? metalc ? metalc18 B OD2 ASP 236 B ASP 264 1_555 L CA CA . B CA 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? metalc ? metalc19 B OD1 ASP 236 B ASP 264 1_555 L CA CA . B CA 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.9 ? metalc ? metalc20 B O GLU 237 B GLU 265 1_555 L CA CA . B CA 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc21 B OD1 ASP 238 B ASP 266 1_555 N CA CA . B CA 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.615 ? metalc ? metalc22 B OD1 ASP 239 B ASP 267 1_555 L CA CA . B CA 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? metalc ? metalc23 B OD2 ASP 239 B ASP 267 1_555 M CA CA . B CA 1604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc24 B O SER 240 B SER 268 1_555 N CA CA . B CA 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc25 B OD2 ASP 272 B ASP 300 1_555 N CA CA . B CA 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.012 ? metalc ? metalc26 B OD2 ASP 274 B ASP 302 1_555 N CA CA . B CA 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.854 ? metalc ? metalc27 B O GLY 280 B GLY 308 1_555 N CA CA . B CA 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.819 ? metalc ? metalc28 B NH1 ARG 332 B ARG 360 1_555 N CA CA . B CA 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4UX8 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 5 CA A 1 1603 1603 CA CA . J 5 CA A 1 1604 1604 CA CA . K 5 CA A 1 1605 1605 CA CA . L 5 CA B 1 1603 1603 CA CA . M 5 CA B 1 1604 1604 CA CA . N 5 CA B 1 1605 1605 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id M _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 36.122 _atom_site.Cartn_y 63.779 _atom_site.Cartn_z -30.282 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 12.88 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 1604 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 27 _model_server_stats.query_time_ms 297 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #