data_4V4L
#
_model_server_result.job_id            Z1BDTIDRxc88qM81Ymm19A 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-27 07:48:27' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4v4l 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"Z","auth_seq_id":1402}' 
#
_entry.id    4V4L 
#
_exptl.entry_id    4V4L 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              491.182 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    16 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4V4L 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               1 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4V4L 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexadecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      16 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 R N N 
? 3 T N N 
? 3 V N N 
? 3 X N N 
? 3 Z N N 
? 3 BA N N 
? 3 DA N N 
? 3 FA N N 
? 3 HA N N 
? 3 JA N N 
? 3 LA N N 
? 3 NA N N 
? 3 PA N N 
? 3 RA N N 
? 3 TA N N 
? 3 VA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OG1 THR 164 A THR 158 1_555 Q MG MG . A MG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
metalc ? metalc2 Q MG MG . A MG 1401 1_555 R O1B DTP . A DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc3 Q MG MG . A MG 1401 1_555 R O2G DTP . A DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc4 B OG1 THR 164 B THR 158 1_555 S MG MG . B MG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
metalc ? metalc5 S MG MG . B MG 1401 1_555 T O1B DTP . B DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc6 S MG MG . B MG 1401 1_555 T O2G DTP . B DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc7 C OG1 THR 164 C THR 158 1_555 U MG MG . C MG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
metalc ? metalc8 U MG MG . C MG 1401 1_555 V O1B DTP . C DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc9 U MG MG . C MG 1401 1_555 V O2G DTP . C DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc10 D OG1 THR 164 D THR 158 1_555 W MG MG . D MG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
metalc ? metalc11 W MG MG . D MG 1401 1_555 X O1B DTP . D DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc12 W MG MG . D MG 1401 1_555 X O2G DTP . D DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc13 E OG1 THR 164 E THR 158 1_555 Y MG MG . E MG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
metalc ? metalc14 Y MG MG . E MG 1401 1_555 Z O1B DTP . E DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc15 Y MG MG . E MG 1401 1_555 Z O2G DTP . E DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc16 F OG1 THR 164 F THR 158 1_555 AA MG MG . F MG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
metalc ? metalc17 AA MG MG . F MG 1401 1_555 BA O1B DTP . F DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc18 AA MG MG . F MG 1401 1_555 BA O2G DTP . F DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc19 G OG1 THR 164 G THR 158 1_555 CA MG MG . G MG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
metalc ? metalc20 CA MG MG . G MG 1401 1_555 DA O1B DTP . G DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc21 CA MG MG . G MG 1401 1_555 DA O2G DTP . G DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc22 H OG1 THR 164 H THR 158 1_555 EA MG MG . H MG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
metalc ? metalc23 EA MG MG . H MG 1401 1_555 FA O1B DTP . H DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc24 EA MG MG . H MG 1401 1_555 FA O2G DTP . H DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc25 I OG1 THR 164 I THR 158 1_555 GA MG MG . I MG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
metalc ? metalc26 GA MG MG . I MG 1401 1_555 HA O1B DTP . I DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc27 GA MG MG . I MG 1401 1_555 HA O2G DTP . I DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc28 J OG1 THR 164 J THR 158 1_555 IA MG MG . J MG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
metalc ? metalc29 IA MG MG . J MG 1401 1_555 JA O1B DTP . J DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc30 IA MG MG . J MG 1401 1_555 JA O2G DTP . J DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc31 K OG1 THR 164 K THR 158 1_555 KA MG MG . K MG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
metalc ? metalc32 KA MG MG . K MG 1401 1_555 LA O1B DTP . K DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc33 KA MG MG . K MG 1401 1_555 LA O2G DTP . K DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc34 L OG1 THR 164 L THR 158 1_555 MA MG MG . L MG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
metalc ? metalc35 MA MG MG . L MG 1401 1_555 NA O1B DTP . L DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc36 MA MG MG . L MG 1401 1_555 NA O2G DTP . L DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc37 M OG1 THR 164 M THR 158 1_555 OA MG MG . M MG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
metalc ? metalc38 OA MG MG . M MG 1401 1_555 PA O1B DTP . M DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc39 OA MG MG . M MG 1401 1_555 PA O2G DTP . M DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc40 N OG1 THR 164 N THR 158 1_555 QA MG MG . N MG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
metalc ? metalc41 QA MG MG . N MG 1401 1_555 RA O1B DTP . N DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc42 QA MG MG . N MG 1401 1_555 RA O2G DTP . N DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc43 O OG1 THR 164 O THR 158 1_555 SA MG MG . O MG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
metalc ? metalc44 SA MG MG . O MG 1401 1_555 TA O1B DTP . O DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc45 SA MG MG . O MG 1401 1_555 TA O2G DTP . O DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc46 P OG1 THR 164 P THR 158 1_555 UA MG MG . P MG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
metalc ? metalc47 UA MG MG . P MG 1401 1_555 VA O1B DTP . P DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc48 UA MG MG . P MG 1401 1_555 VA O2G DTP . P DTP 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O12 P3' 
_chem_comp.formula_weight    491.182 
_chem_comp.id                DTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G DTP doub 83 n n 
PG O2G DTP sing 84 n n 
PG O3G DTP sing 85 n n 
PG O3B DTP sing 86 n n 
O2G HOG2 DTP sing 87 n n 
O3G HOG3 DTP sing 88 n n 
PB O1B DTP doub 89 n n 
PB O2B DTP sing 90 n n 
PB O3B DTP sing 91 n n 
PB O3A DTP sing 92 n n 
O2B HOB2 DTP sing 93 n n 
PA O1A DTP doub 94 n n 
PA O2A DTP sing 95 n n 
PA O3A DTP sing 96 n n 
PA O5' DTP sing 97 n n 
O2A HOA2 DTP sing 98 n n 
O5' C5' DTP sing 99 n n 
C5' C4' DTP sing 100 n n 
C5' "H5'1" DTP sing 101 n n 
C5' "H5'2" DTP sing 102 n n 
C4' O4' DTP sing 103 n n 
C4' C3' DTP sing 104 n n 
C4' H4' DTP sing 105 n n 
O4' C1' DTP sing 106 n n 
C3' O3' DTP sing 107 n n 
C3' C2' DTP sing 108 n n 
C3' H3' DTP sing 109 n n 
O3' HO3' DTP sing 110 n n 
C2' C1' DTP sing 111 n n 
C2' "H2'1" DTP sing 112 n n 
C2' "H2'2" DTP sing 113 n n 
C1' N9 DTP sing 114 n n 
C1' H1' DTP sing 115 n n 
N9 C8 DTP sing 116 n y 
N9 C4 DTP sing 117 n y 
C8 N7 DTP doub 118 n y 
C8 H8 DTP sing 119 n n 
N7 C5 DTP sing 120 n y 
C5 C6 DTP sing 121 n y 
C5 C4 DTP doub 122 n y 
C6 N6 DTP sing 123 n n 
C6 N1 DTP doub 124 n y 
N6 HN61 DTP sing 125 n n 
N6 HN62 DTP sing 126 n n 
N1 C2 DTP sing 127 n y 
C2 N3 DTP doub 128 n y 
C2 H2 DTP sing 129 n n 
N3 C4 DTP sing 130 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     4V4L 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
Q 2 MG A 1 1401 1441 MG MG . 
R 3 DTP A 1 1402 1442 DTP DTP . 
S 2 MG B 1 1401 1441 MG MG . 
T 3 DTP B 1 1402 1442 DTP DTP . 
U 2 MG C 1 1401 1441 MG MG . 
V 3 DTP C 1 1402 1442 DTP DTP . 
W 2 MG D 1 1401 1441 MG MG . 
X 3 DTP D 1 1402 1442 DTP DTP . 
Y 2 MG E 1 1401 1441 MG MG . 
Z 3 DTP E 1 1402 1442 DTP DTP . 
AA 2 MG F 1 1401 1441 MG MG . 
BA 3 DTP F 1 1402 1442 DTP DTP . 
CA 2 MG G 1 1401 1441 MG MG . 
DA 3 DTP G 1 1402 1442 DTP DTP . 
EA 2 MG H 1 1401 1441 MG MG . 
FA 3 DTP H 1 1402 1442 DTP DTP . 
GA 2 MG I 1 1401 1441 MG MG . 
HA 3 DTP I 1 1402 1442 DTP DTP . 
IA 2 MG J 1 1401 1441 MG MG . 
JA 3 DTP J 1 1402 1442 DTP DTP . 
KA 2 MG K 1 1401 1441 MG MG . 
LA 3 DTP K 1 1402 1442 DTP DTP . 
MA 2 MG L 1 1401 1441 MG MG . 
NA 3 DTP L 1 1402 1442 DTP DTP . 
OA 2 MG M 1 1401 1441 MG MG . 
PA 3 DTP M 1 1402 1442 DTP DTP . 
QA 2 MG N 1 1401 1441 MG MG . 
RA 3 DTP N 1 1402 1442 DTP DTP . 
SA 2 MG O 1 1401 1441 MG MG . 
TA 3 DTP O 1 1402 1442 DTP DTP . 
UA 2 MG P 1 1401 1441 MG MG . 
VA 3 DTP P 1 1402 1442 DTP DTP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
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