data_4W9R
#
_model_server_result.job_id            Tu_TwefFXDLDcExauxBUEg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-22 06:15:53' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4w9r 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    4W9R 
#
_exptl.entry_id    4W9R 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              92.094 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            GLYCEROL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            4W9R 
_cell.length_a            145.229 
_cell.length_b            145.229 
_cell.length_c            138.391 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4W9R 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        169 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 61' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 D N N 
? 2 E N N 
? 2 H N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C LEU 46 A LEU 62 1_555 A N MSE 47 A MSE 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale2 A C MSE 47 A MSE 63 1_555 A N GLU 48 A GLU 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale3 A C SER 52 A SER 68 1_555 A N MSE 53 A MSE 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale4 A C MSE 53 A MSE 69 1_555 A N VAL 54 A VAL 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale5 A C GLU 62 A GLU 78 1_555 A N MSE 63 A MSE 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale6 A C MSE 63 A MSE 79 1_555 A N PRO 64 A PRO 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale7 A C TYR 132 A TYR 148 1_555 A N MSE 133 A MSE 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale8 A C MSE 133 A MSE 149 1_555 A N LEU 134 A LEU 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale9 A C ASN 142 A ASN 158 1_555 A N MSE 143 A MSE 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale10 A C MSE 143 A MSE 159 1_555 A N ILE 144 A ILE 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale11 A C ARG 154 A ARG 170 1_555 A N MSE 155 A MSE 171 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale12 A C MSE 155 A MSE 171 1_555 A N GLY 156 A GLY 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale13 A C TYR 174 A TYR 190 1_555 A N MSE 175 A MSE 191 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale14 A C MSE 175 A MSE 191 1_555 A N ALA 176 A ALA 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale15 A C ALA 195 A ALA 211 1_555 A N MSE 196 A MSE 212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale16 A C MSE 196 A MSE 212 1_555 A N ARG 197 A ARG 213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale17 A C ASP 230 A ASP 246 1_555 A N MSE 231 A MSE 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale18 A C MSE 231 A MSE 247 1_555 A N CYS 232 A CYS 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale19 A C GLN 247 A GLN 263 1_555 A N MSE 248 A MSE 264 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale20 A C MSE 248 A MSE 264 1_555 A N GLU 249 A GLU 265 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale21 A C VAL 281 A VAL 297 1_555 A N MSE 282 A MSE 298 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale22 A C MSE 282 A MSE 298 1_555 A N ALA 283 A ALA 299 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale23 A C ALA 313 A ALA 329 1_555 A N MSE 314 A MSE 330 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale24 A C MSE 314 A MSE 330 1_555 A N PRO 315 A PRO 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.351 ? 
covale ? covale25 B C LEU 46 B LEU 62 1_555 B N MSE 47 B MSE 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale26 B C MSE 47 B MSE 63 1_555 B N GLU 48 B GLU 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale27 B C SER 52 B SER 68 1_555 B N MSE 53 B MSE 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale28 B C MSE 53 B MSE 69 1_555 B N VAL 54 B VAL 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale29 B C GLU 62 B GLU 78 1_555 B N MSE 63 B MSE 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale30 B C MSE 63 B MSE 79 1_555 B N PRO 64 B PRO 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale31 B C TYR 132 B TYR 148 1_555 B N MSE 133 B MSE 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale32 B C MSE 133 B MSE 149 1_555 B N LEU 134 B LEU 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale33 B C ASN 142 B ASN 158 1_555 B N MSE 143 B MSE 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale34 B C MSE 143 B MSE 159 1_555 B N ILE 144 B ILE 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale35 B C ARG 154 B ARG 170 1_555 B N MSE 155 B MSE 171 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale36 B C MSE 155 B MSE 171 1_555 B N GLY 156 B GLY 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale37 B C TYR 174 B TYR 190 1_555 B N MSE 175 B MSE 191 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale38 B C MSE 175 B MSE 191 1_555 B N ALA 176 B ALA 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale39 B C ALA 195 B ALA 211 1_555 B N MSE 196 B MSE 212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale40 B C MSE 196 B MSE 212 1_555 B N ARG 197 B ARG 213 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale41 B C MSE 196 B MSE 212 1_555 B N ARG 197 B ARG 213 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale42 B C ASP 230 B ASP 246 1_555 B N MSE 231 B MSE 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale43 B C MSE 231 B MSE 247 1_555 B N CYS 232 B CYS 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale44 B C GLN 247 B GLN 263 1_555 B N MSE 248 B MSE 264 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale45 B C MSE 248 B MSE 264 1_555 B N GLU 249 B GLU 265 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale46 B C VAL 281 B VAL 297 1_555 B N MSE 282 B MSE 298 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale47 B C MSE 282 B MSE 298 1_555 B N ALA 283 B ALA 299 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale48 B C ALA 313 B ALA 329 1_555 B N MSE 314 B MSE 330 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale49 B C MSE 314 B MSE 330 1_555 B N PRO 315 B PRO 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.351 ? 
#
_chem_comp.formula           'C3 H8 O3' 
_chem_comp.formula_weight    92.094 
_chem_comp.id                GOL 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              GLYCEROL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 GOL sing 135 n n 
C1 C2 GOL sing 136 n n 
C1 H11 GOL sing 137 n n 
C1 H12 GOL sing 138 n n 
O1 HO1 GOL sing 139 n n 
C2 O2 GOL sing 140 n n 
C2 C3 GOL sing 141 n n 
C2 H2 GOL sing 142 n n 
O2 HO2 GOL sing 143 n n 
C3 O3 GOL sing 144 n n 
C3 H31 GOL sing 145 n n 
C3 H32 GOL sing 146 n n 
O3 HO3 GOL sing 147 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4W9R 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.006886 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.003975 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007951 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007226 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 GOL A 1 501 1 GOL GOL . 
D 2 GOL A 1 502 2 GOL GOL . 
E 2 GOL A 1 503 4 GOL GOL . 
F 3 ACT A 1 504 1 ACT ACT . 
G 3 ACT A 1 505 2 ACT ACT . 
H 2 GOL B 1 501 3 GOL GOL . 
I 3 ACT B 1 502 3 ACT ACT . 
J 4 HOH A 1 601 3 HOH HOH . 
J 4 HOH A 2 602 48 HOH HOH . 
J 4 HOH A 3 603 59 HOH HOH . 
J 4 HOH A 4 604 10 HOH HOH . 
J 4 HOH A 5 605 20 HOH HOH . 
J 4 HOH A 6 606 45 HOH HOH . 
J 4 HOH A 7 607 9 HOH HOH . 
J 4 HOH A 8 608 51 HOH HOH . 
J 4 HOH A 9 609 38 HOH HOH . 
J 4 HOH A 10 610 4 HOH HOH . 
J 4 HOH A 11 611 5 HOH HOH . 
J 4 HOH A 12 612 8 HOH HOH . 
J 4 HOH A 13 613 11 HOH HOH . 
J 4 HOH A 14 614 13 HOH HOH . 
J 4 HOH A 15 615 15 HOH HOH . 
J 4 HOH A 16 616 16 HOH HOH . 
J 4 HOH A 17 617 17 HOH HOH . 
J 4 HOH A 18 618 22 HOH HOH . 
J 4 HOH A 19 619 25 HOH HOH . 
J 4 HOH A 20 620 28 HOH HOH . 
J 4 HOH A 21 621 31 HOH HOH . 
J 4 HOH A 22 622 32 HOH HOH . 
J 4 HOH A 23 623 37 HOH HOH . 
J 4 HOH A 24 624 39 HOH HOH . 
J 4 HOH A 25 625 40 HOH HOH . 
J 4 HOH A 26 626 41 HOH HOH . 
J 4 HOH A 27 627 44 HOH HOH . 
J 4 HOH A 28 628 52 HOH HOH . 
J 4 HOH A 29 629 53 HOH HOH . 
J 4 HOH A 30 630 54 HOH HOH . 
J 4 HOH A 31 631 65 HOH HOH . 
J 4 HOH A 32 632 66 HOH HOH . 
J 4 HOH A 33 633 67 HOH HOH . 
J 4 HOH A 34 634 68 HOH HOH . 
J 4 HOH A 35 635 71 HOH HOH . 
J 4 HOH A 36 636 73 HOH HOH . 
J 4 HOH A 37 637 74 HOH HOH . 
J 4 HOH A 38 638 75 HOH HOH . 
J 4 HOH A 39 639 77 HOH HOH . 
J 4 HOH A 40 640 80 HOH HOH . 
J 4 HOH A 41 641 82 HOH HOH . 
K 4 HOH B 1 601 91 HOH HOH . 
K 4 HOH B 2 602 61 HOH HOH . 
K 4 HOH B 3 603 56 HOH HOH . 
K 4 HOH B 4 604 58 HOH HOH . 
K 4 HOH B 5 605 19 HOH HOH . 
K 4 HOH B 6 606 63 HOH HOH . 
K 4 HOH B 7 607 55 HOH HOH . 
K 4 HOH B 8 608 92 HOH HOH . 
K 4 HOH B 9 609 85 HOH HOH . 
K 4 HOH B 10 610 46 HOH HOH . 
K 4 HOH B 11 611 84 HOH HOH . 
K 4 HOH B 12 612 1 HOH HOH . 
K 4 HOH B 13 613 2 HOH HOH . 
K 4 HOH B 14 614 6 HOH HOH . 
K 4 HOH B 15 615 7 HOH HOH . 
K 4 HOH B 16 616 12 HOH HOH . 
K 4 HOH B 17 617 14 HOH HOH . 
K 4 HOH B 18 618 18 HOH HOH . 
K 4 HOH B 19 619 21 HOH HOH . 
K 4 HOH B 20 620 23 HOH HOH . 
K 4 HOH B 21 621 24 HOH HOH . 
K 4 HOH B 22 622 26 HOH HOH . 
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