data_4XDJ # _model_server_result.job_id 7nZA34GDgouhQhKDJeHlAw _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 17:31:33' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4xdj # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":401}' # _entry.id 4XDJ # _exptl.entry_id 4XDJ _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 184.361 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description TRIDECANE _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90.97 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4XDJ _cell.length_a 76.745 _cell.length_b 113.871 _cell.length_c 111.782 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4XDJ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M 1 1 C,D,N,O,P,Q,R 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 J N N ? 4 L N N ? 4 Q N N ? 4 R N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 58 A CYS 123 1_555 B SG CYS 58 B CYS 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? disulf ? disulf2 C SG CYS 58 C CYS 123 1_555 D SG CYS 58 D CYS 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? metalc ? metalc1 A O THR 107 A THR 172 1_555 F K K . A K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.617 ? metalc ? metalc2 A O THR 107 A THR 172 1_555 G K K . A K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.669 ? metalc ? metalc3 A OG1 THR 107 A THR 172 1_555 G K K . A K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? metalc ? metalc4 A O ILE 108 A ILE 173 1_555 E K K . A K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.841 ? metalc ? metalc5 A O ILE 108 A ILE 173 1_555 F K K . A K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.538 ? metalc ? metalc6 A O GLY 109 A GLY 174 1_555 E K K . A K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc7 A O THR 216 A THR 281 1_555 F K K . A K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.608 ? metalc ? metalc8 A O THR 216 A THR 281 1_555 G K K . A K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.816 ? metalc ? metalc9 A OG1 THR 216 A THR 281 1_555 G K K . A K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.052 ? metalc ? metalc10 A O VAL 217 A VAL 282 1_555 E K K . A K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.878 ? metalc ? metalc11 A O VAL 217 A VAL 282 1_555 F K K . A K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.686 ? metalc ? metalc12 A O GLY 218 A GLY 283 1_555 E K K . A K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc13 E K K . A K 601 1_555 B O ILE 108 B ILE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.883 ? metalc ? metalc14 E K K . A K 601 1_555 B O GLY 109 B GLY 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc15 E K K . A K 601 1_555 B O VAL 217 B VAL 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.971 ? metalc ? metalc16 E K K . A K 601 1_555 B O GLY 218 B GLY 283 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? metalc ? metalc17 F K K . A K 602 1_555 B O THR 107 B THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.711 ? metalc ? metalc18 F K K . A K 602 1_555 B O ILE 108 B ILE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? metalc ? metalc19 F K K . A K 602 1_555 B O THR 216 B THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.727 ? metalc ? metalc20 F K K . A K 602 1_555 B O VAL 217 B VAL 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.75 ? metalc ? metalc21 G K K . A K 603 1_555 B O THR 107 B THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.946 ? metalc ? metalc22 G K K . A K 603 1_555 B OG1 THR 107 B THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.888 ? metalc ? metalc23 G K K . A K 603 1_555 B O THR 216 B THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.847 ? metalc ? metalc24 G K K . A K 603 1_555 B OG1 THR 216 B THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.008 ? metalc ? metalc25 C O THR 107 C THR 172 1_555 O K K . C K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? metalc ? metalc26 C O THR 107 C THR 172 1_555 P K K . C K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? metalc ? metalc27 C OG1 THR 107 C THR 172 1_555 P K K . C K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.605 ? metalc ? metalc28 C O ILE 108 C ILE 173 1_555 N K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.873 ? metalc ? metalc29 C O ILE 108 C ILE 173 1_555 O K K . C K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? metalc ? metalc30 C O GLY 109 C GLY 174 1_555 N K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? metalc ? metalc31 C O THR 216 C THR 281 1_555 O K K . C K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? metalc ? metalc32 C O THR 216 C THR 281 1_555 P K K . C K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.83 ? metalc ? metalc33 C OG1 THR 216 C THR 281 1_555 P K K . C K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.094 ? metalc ? metalc34 C O VAL 217 C VAL 282 1_555 N K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.867 ? metalc ? metalc35 C O VAL 217 C VAL 282 1_555 O K K . C K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.683 ? metalc ? metalc36 C O GLY 218 C GLY 283 1_555 N K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc37 N K K . C K 601 1_555 D O ILE 108 D ILE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.866 ? metalc ? metalc38 N K K . C K 601 1_555 D O GLY 109 D GLY 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? metalc ? metalc39 N K K . C K 601 1_555 D O VAL 217 D VAL 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.95 ? metalc ? metalc40 N K K . C K 601 1_555 D O GLY 218 D GLY 283 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? metalc ? metalc41 O K K . C K 602 1_555 D O THR 107 D THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.768 ? metalc ? metalc42 O K K . C K 602 1_555 D O ILE 108 D ILE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.866 ? metalc ? metalc43 O K K . C K 602 1_555 D O THR 216 D THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.779 ? metalc ? metalc44 O K K . C K 602 1_555 D O VAL 217 D VAL 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.784 ? metalc ? metalc45 P K K . C K 603 1_555 D O THR 107 D THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.007 ? metalc ? metalc46 P K K . C K 603 1_555 D OG1 THR 107 D THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.965 ? metalc ? metalc47 P K K . C K 603 1_555 D O THR 216 D THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.885 ? metalc ? metalc48 P K K . C K 603 1_555 D OG1 THR 216 D THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.045 ? # _chem_comp.formula 'C13 H28' _chem_comp.formula_weight 184.361 _chem_comp.id TRD _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name TRIDECANE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'LIPID FRAGMENT' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 TRD sing 445 n n C1 H11 TRD sing 446 n n C1 H12 TRD sing 447 n n C1 H13 TRD sing 448 n n C2 C3 TRD sing 449 n n C2 H21 TRD sing 450 n n C2 H22 TRD sing 451 n n C3 C4 TRD sing 452 n n C3 H31 TRD sing 453 n n C3 H32 TRD sing 454 n n C4 C5 TRD sing 455 n n C4 H41 TRD sing 456 n n C4 H42 TRD sing 457 n n C5 C6 TRD sing 458 n n C5 H51 TRD sing 459 n n C5 H52 TRD sing 460 n n C6 C7 TRD sing 461 n n C6 H61 TRD sing 462 n n C6 H62 TRD sing 463 n n C7 C8 TRD sing 464 n n C7 H71 TRD sing 465 n n C7 H72 TRD sing 466 n n C8 C9 TRD sing 467 n n C8 H81 TRD sing 468 n n C8 H82 TRD sing 469 n n C9 C10 TRD sing 470 n n C9 H91 TRD sing 471 n n C9 H92 TRD sing 472 n n C10 C11 TRD sing 473 n n C10 H101 TRD sing 474 n n C10 H102 TRD sing 475 n n C11 C12 TRD sing 476 n n C11 H111 TRD sing 477 n n C11 H112 TRD sing 478 n n C12 C13 TRD sing 479 n n C12 H121 TRD sing 480 n n C12 H122 TRD sing 481 n n C13 H131 TRD sing 482 n n C13 H132 TRD sing 483 n n C13 H133 TRD sing 484 n n # _atom_sites.entry_id 4XDJ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.01303 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000221 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008782 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008947 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 K A 1 601 601 K K . F 2 K A 1 602 602 K K . G 2 K A 1 603 603 K K . H 3 PC1 A 1 604 800 PC1 PC1 . I 3 PC1 A 1 605 801 PC1 PC1 . J 4 TRD A 1 606 802 TRD TRD . K 3 PC1 B 1 801 801 PC1 PC1 . L 4 TRD B 1 802 802 TRD TRD . M 3 PC1 B 1 803 800 PC1 PC1 . N 2 K C 1 601 601 K K . O 2 K C 1 602 602 K K . P 2 K C 1 603 603 K K . Q 4 TRD C 1 604 802 TRD TRD . R 4 TRD D 1 401 802 TRD TRD . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 TRD . . . R 4 60.787 2.899 1.952 1 148.16 ? C1 TRD 401 D 1 HETATM 2 C C2 TRD . . . R 4 59.305 2.873 1.66 1 148.73 ? C2 TRD 401 D 1 HETATM 3 C C3 TRD . . . R 4 58.467 3.02 2.907 1 150.06 ? C3 TRD 401 D 1 HETATM 4 C C4 TRD . . . R 4 56.998 3.351 2.668 1 151.48 ? C4 TRD 401 D 1 HETATM 5 C C5 TRD . . . R 4 56.311 3.878 3.92 1 152.71 ? C5 TRD 401 D 1 HETATM 6 C C6 TRD . . . R 4 54.882 4.366 3.722 1 153.9 ? C6 TRD 401 D 1 HETATM 7 C C7 TRD . . . R 4 54.292 5.025 4.968 1 155.42 ? C7 TRD 401 D 1 HETATM 8 C C8 TRD . . . R 4 52.921 5.654 4.764 1 156.97 ? C8 TRD 401 D 1 HETATM 9 C C9 TRD . . . R 4 52.503 6.61 5.869 1 157.95 ? C9 TRD 401 D 1 HETATM 10 C C10 TRD . . . R 4 51.249 7.415 5.549 1 158.55 ? C10 TRD 401 D 1 HETATM 11 C C11 TRD . . . R 4 49.989 6.979 6.297 1 158.74 ? C11 TRD 401 D 1 HETATM 12 C C12 TRD . . . R 4 49.835 7.571 7.696 1 158.37 ? C12 TRD 401 D 1 HETATM 13 C C13 TRD . . . R 4 48.604 7.086 8.425 1 158.06 ? C13 TRD 401 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 26 _model_server_stats.parse_time_ms 34 _model_server_stats.create_model_time_ms 10 _model_server_stats.query_time_ms 313 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 13 #