data_4XDJ
#
_model_server_result.job_id            E1mPDXYP75b6JIer5D2lZA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-29 21:49:29' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4xdj 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":606}' 
#
_entry.id    4XDJ 
#
_exptl.entry_id    4XDJ 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              184.361 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            TRIDECANE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90.97 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4XDJ 
_cell.length_a            76.745 
_cell.length_b            113.871 
_cell.length_c            111.782 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4XDJ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M 1 1 
C,D,N,O,P,Q,R 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 J N N 
? 4 L N N 
? 4 Q N N 
? 4 R N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 58 A CYS 123 1_555 B SG CYS 58 B CYS 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? 
disulf ? disulf2 C SG CYS 58 C CYS 123 1_555 D SG CYS 58 D CYS 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
metalc ? metalc1 A O THR 107 A THR 172 1_555 F K K . A K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.617 ? 
metalc ? metalc2 A O THR 107 A THR 172 1_555 G K K . A K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.669 ? 
metalc ? metalc3 A OG1 THR 107 A THR 172 1_555 G K K . A K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? 
metalc ? metalc4 A O ILE 108 A ILE 173 1_555 E K K . A K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.841 ? 
metalc ? metalc5 A O ILE 108 A ILE 173 1_555 F K K . A K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.538 ? 
metalc ? metalc6 A O GLY 109 A GLY 174 1_555 E K K . A K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? 
metalc ? metalc7 A O THR 216 A THR 281 1_555 F K K . A K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.608 ? 
metalc ? metalc8 A O THR 216 A THR 281 1_555 G K K . A K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.816 ? 
metalc ? metalc9 A OG1 THR 216 A THR 281 1_555 G K K . A K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.052 ? 
metalc ? metalc10 A O VAL 217 A VAL 282 1_555 E K K . A K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.878 ? 
metalc ? metalc11 A O VAL 217 A VAL 282 1_555 F K K . A K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.686 ? 
metalc ? metalc12 A O GLY 218 A GLY 283 1_555 E K K . A K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc13 E K K . A K 601 1_555 B O ILE 108 B ILE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.883 ? 
metalc ? metalc14 E K K . A K 601 1_555 B O GLY 109 B GLY 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc15 E K K . A K 601 1_555 B O VAL 217 B VAL 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.971 ? 
metalc ? metalc16 E K K . A K 601 1_555 B O GLY 218 B GLY 283 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? 
metalc ? metalc17 F K K . A K 602 1_555 B O THR 107 B THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.711 ? 
metalc ? metalc18 F K K . A K 602 1_555 B O ILE 108 B ILE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? 
metalc ? metalc19 F K K . A K 602 1_555 B O THR 216 B THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.727 ? 
metalc ? metalc20 F K K . A K 602 1_555 B O VAL 217 B VAL 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.75 ? 
metalc ? metalc21 G K K . A K 603 1_555 B O THR 107 B THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.946 ? 
metalc ? metalc22 G K K . A K 603 1_555 B OG1 THR 107 B THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.888 ? 
metalc ? metalc23 G K K . A K 603 1_555 B O THR 216 B THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.847 ? 
metalc ? metalc24 G K K . A K 603 1_555 B OG1 THR 216 B THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.008 ? 
metalc ? metalc25 C O THR 107 C THR 172 1_555 O K K . C K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? 
metalc ? metalc26 C O THR 107 C THR 172 1_555 P K K . C K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? 
metalc ? metalc27 C OG1 THR 107 C THR 172 1_555 P K K . C K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.605 ? 
metalc ? metalc28 C O ILE 108 C ILE 173 1_555 N K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.873 ? 
metalc ? metalc29 C O ILE 108 C ILE 173 1_555 O K K . C K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? 
metalc ? metalc30 C O GLY 109 C GLY 174 1_555 N K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? 
metalc ? metalc31 C O THR 216 C THR 281 1_555 O K K . C K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? 
metalc ? metalc32 C O THR 216 C THR 281 1_555 P K K . C K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.83 ? 
metalc ? metalc33 C OG1 THR 216 C THR 281 1_555 P K K . C K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.094 ? 
metalc ? metalc34 C O VAL 217 C VAL 282 1_555 N K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.867 ? 
metalc ? metalc35 C O VAL 217 C VAL 282 1_555 O K K . C K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.683 ? 
metalc ? metalc36 C O GLY 218 C GLY 283 1_555 N K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? 
metalc ? metalc37 N K K . C K 601 1_555 D O ILE 108 D ILE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.866 ? 
metalc ? metalc38 N K K . C K 601 1_555 D O GLY 109 D GLY 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? 
metalc ? metalc39 N K K . C K 601 1_555 D O VAL 217 D VAL 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.95 ? 
metalc ? metalc40 N K K . C K 601 1_555 D O GLY 218 D GLY 283 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? 
metalc ? metalc41 O K K . C K 602 1_555 D O THR 107 D THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.768 ? 
metalc ? metalc42 O K K . C K 602 1_555 D O ILE 108 D ILE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.866 ? 
metalc ? metalc43 O K K . C K 602 1_555 D O THR 216 D THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.779 ? 
metalc ? metalc44 O K K . C K 602 1_555 D O VAL 217 D VAL 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.784 ? 
metalc ? metalc45 P K K . C K 603 1_555 D O THR 107 D THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.007 ? 
metalc ? metalc46 P K K . C K 603 1_555 D OG1 THR 107 D THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.965 ? 
metalc ? metalc47 P K K . C K 603 1_555 D O THR 216 D THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.885 ? 
metalc ? metalc48 P K K . C K 603 1_555 D OG1 THR 216 D THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.045 ? 
#
_chem_comp.formula           'C13 H28' 
_chem_comp.formula_weight    184.361 
_chem_comp.id                TRD 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              TRIDECANE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'LIPID FRAGMENT' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 TRD sing 445 n n 
C1 H11 TRD sing 446 n n 
C1 H12 TRD sing 447 n n 
C1 H13 TRD sing 448 n n 
C2 C3 TRD sing 449 n n 
C2 H21 TRD sing 450 n n 
C2 H22 TRD sing 451 n n 
C3 C4 TRD sing 452 n n 
C3 H31 TRD sing 453 n n 
C3 H32 TRD sing 454 n n 
C4 C5 TRD sing 455 n n 
C4 H41 TRD sing 456 n n 
C4 H42 TRD sing 457 n n 
C5 C6 TRD sing 458 n n 
C5 H51 TRD sing 459 n n 
C5 H52 TRD sing 460 n n 
C6 C7 TRD sing 461 n n 
C6 H61 TRD sing 462 n n 
C6 H62 TRD sing 463 n n 
C7 C8 TRD sing 464 n n 
C7 H71 TRD sing 465 n n 
C7 H72 TRD sing 466 n n 
C8 C9 TRD sing 467 n n 
C8 H81 TRD sing 468 n n 
C8 H82 TRD sing 469 n n 
C9 C10 TRD sing 470 n n 
C9 H91 TRD sing 471 n n 
C9 H92 TRD sing 472 n n 
C10 C11 TRD sing 473 n n 
C10 H101 TRD sing 474 n n 
C10 H102 TRD sing 475 n n 
C11 C12 TRD sing 476 n n 
C11 H111 TRD sing 477 n n 
C11 H112 TRD sing 478 n n 
C12 C13 TRD sing 479 n n 
C12 H121 TRD sing 480 n n 
C12 H122 TRD sing 481 n n 
C13 H131 TRD sing 482 n n 
C13 H132 TRD sing 483 n n 
C13 H133 TRD sing 484 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4XDJ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.01303 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000221 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008782 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008947 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 K A 1 601 601 K K . 
F 2 K A 1 602 602 K K . 
G 2 K A 1 603 603 K K . 
H 3 PC1 A 1 604 800 PC1 PC1 . 
I 3 PC1 A 1 605 801 PC1 PC1 . 
J 4 TRD A 1 606 802 TRD TRD . 
K 3 PC1 B 1 801 801 PC1 PC1 . 
L 4 TRD B 1 802 802 TRD TRD . 
M 3 PC1 B 1 803 800 PC1 PC1 . 
N 2 K C 1 601 601 K K . 
O 2 K C 1 602 602 K K . 
P 2 K C 1 603 603 K K . 
Q 4 TRD C 1 604 802 TRD TRD . 
R 4 TRD D 1 401 802 TRD TRD . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 TRD . . . J 4 17.081 26.169 67.62 1 92.89 ? C1 TRD 606 A 1 
HETATM 2 C C2 TRD . . . J 4 17.75 25.978 66.268 1 93.86 ? C2 TRD 606 A 1 
HETATM 3 C C3 TRD . . . J 4 17.723 27.25 65.414 1 93.63 ? C3 TRD 606 A 1 
HETATM 4 C C4 TRD . . . J 4 18.319 27.115 64.007 1 90.5 ? C4 TRD 606 A 1 
HETATM 5 C C5 TRD . . . J 4 18.122 28.349 63.112 1 87.47 ? C5 TRD 606 A 1 
HETATM 6 C C6 TRD . . . J 4 19.241 29.375 63.189 1 85.9 ? C6 TRD 606 A 1 
HETATM 7 C C7 TRD . . . J 4 19.387 30.23 61.932 1 85.27 ? C7 TRD 606 A 1 
HETATM 8 C C8 TRD . . . J 4 20.754 30.912 61.807 1 83.93 ? C8 TRD 606 A 1 
HETATM 9 C C9 TRD . . . J 4 20.912 31.81 60.585 1 81.1 ? C9 TRD 606 A 1 
HETATM 10 C C10 TRD . . . J 4 22.204 32.612 60.582 1 79.07 ? C10 TRD 606 A 1 
HETATM 11 C C11 TRD . . . J 4 22.25 33.715 59.541 1 78.79 ? C11 TRD 606 A 1 
HETATM 12 C C12 TRD . . . J 4 22.855 33.306 58.198 1 79.1 ? C12 TRD 606 A 1 
HETATM 13 C C13 TRD . . . J 4 22.729 34.361 57.098 1 78.3 ? C13 TRD 606 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              20 
_model_server_stats.parse_time_ms           34 
_model_server_stats.create_model_time_ms    9 
_model_server_stats.query_time_ms           282 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           13 
#