data_4XDK # _model_server_result.job_id uLN_JKj5UWBTaas-H9Mozg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-29 22:14:11' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4xdk # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":602}' # _entry.id 4XDK # _exptl.entry_id 4XDK _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 39.098 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'POTASSIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90.41 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4XDK _cell.length_a 75.19 _cell.length_b 113.03 _cell.length_c 112.5 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4XDK _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O 1 1 C,D,P,Q,R,S,T,U,V 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 P N N ? 2 Q N N ? 2 R N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 58 A CYS 123 1_555 B SG CYS 58 B CYS 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf2 C SG CYS 58 C CYS 123 1_555 D SG CYS 58 D CYS 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? metalc ? metalc1 A O THR 107 A THR 172 1_555 F K K . A K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.7 ? metalc ? metalc2 A O THR 107 A THR 172 1_555 G K K . A K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.936 ? metalc ? metalc3 A OG1 THR 107 A THR 172 1_555 G K K . A K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.758 ? metalc ? metalc4 A O ILE 108 A ILE 173 1_555 E K K . A K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.043 ? metalc ? metalc5 A O ILE 108 A ILE 173 1_555 F K K . A K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.803 ? metalc ? metalc6 A O GLY 109 A GLY 174 1_555 E K K . A K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? metalc ? metalc7 A O THR 216 A THR 281 1_555 F K K . A K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.538 ? metalc ? metalc8 A O THR 216 A THR 281 1_555 G K K . A K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.999 ? metalc ? metalc9 A OG1 THR 216 A THR 281 1_555 G K K . A K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.822 ? metalc ? metalc10 A O VAL 217 A VAL 282 1_555 E K K . A K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.02 ? metalc ? metalc11 A O VAL 217 A VAL 282 1_555 F K K . A K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.807 ? metalc ? metalc12 A O GLY 218 A GLY 283 1_555 E K K . A K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc13 E K K . A K 601 1_555 B O ILE 108 B ILE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.09 ? metalc ? metalc14 E K K . A K 601 1_555 B O GLY 109 B GLY 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? metalc ? metalc15 E K K . A K 601 1_555 B O VAL 217 B VAL 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.08 ? metalc ? metalc16 E K K . A K 601 1_555 B O GLY 218 B GLY 283 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc17 F K K . A K 602 1_555 B O THR 107 B THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.748 ? metalc ? metalc18 F K K . A K 602 1_555 B O ILE 108 B ILE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.785 ? metalc ? metalc19 F K K . A K 602 1_555 B O THR 216 B THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.699 ? metalc ? metalc20 F K K . A K 602 1_555 B O VAL 217 B VAL 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.84 ? metalc ? metalc21 G K K . A K 603 1_555 B O THR 107 B THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.008 ? metalc ? metalc22 G K K . A K 603 1_555 B OG1 THR 107 B THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.986 ? metalc ? metalc23 G K K . A K 603 1_555 B O THR 216 B THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.987 ? metalc ? metalc24 G K K . A K 603 1_555 B OG1 THR 216 B THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.975 ? metalc ? metalc25 C O THR 107 C THR 172 1_555 Q K K . C K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.665 ? metalc ? metalc26 C O THR 107 C THR 172 1_555 R K K . C K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.912 ? metalc ? metalc27 C OG1 THR 107 C THR 172 1_555 R K K . C K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.783 ? metalc ? metalc28 C O ILE 108 C ILE 173 1_555 P K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.038 ? metalc ? metalc29 C O ILE 108 C ILE 173 1_555 Q K K . C K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.813 ? metalc ? metalc30 C O GLY 109 C GLY 174 1_555 P K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc31 C O THR 216 C THR 281 1_555 Q K K . C K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? metalc ? metalc32 C O THR 216 C THR 281 1_555 R K K . C K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.99 ? metalc ? metalc33 C OG1 THR 216 C THR 281 1_555 R K K . C K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.874 ? metalc ? metalc34 C O VAL 217 C VAL 282 1_555 P K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.023 ? metalc ? metalc35 C O VAL 217 C VAL 282 1_555 Q K K . C K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.832 ? metalc ? metalc36 C O GLY 218 C GLY 283 1_555 P K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc37 P K K . C K 601 1_555 D O ILE 108 D ILE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.941 ? metalc ? metalc38 P K K . C K 601 1_555 D O GLY 109 D GLY 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? metalc ? metalc39 P K K . C K 601 1_555 D O VAL 217 D VAL 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.936 ? metalc ? metalc40 P K K . C K 601 1_555 D O GLY 218 D GLY 283 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc41 Q K K . C K 602 1_555 D O THR 107 D THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.598 ? metalc ? metalc42 Q K K . C K 602 1_555 D O ILE 108 D ILE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.929 ? metalc ? metalc43 Q K K . C K 602 1_555 D O THR 216 D THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? metalc ? metalc44 Q K K . C K 602 1_555 D O VAL 217 D VAL 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.992 ? metalc ? metalc45 R K K . C K 603 1_555 D O THR 107 D THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.08 ? metalc ? metalc46 R K K . C K 603 1_555 D OG1 THR 107 D THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.909 ? metalc ? metalc47 R K K . C K 603 1_555 D O THR 216 D THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.132 ? metalc ? metalc48 R K K . C K 603 1_555 D OG1 THR 216 D THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.994 ? # _chem_comp.formula 'K 1' _chem_comp.formula_weight 39.098 _chem_comp.id K _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'POTASSIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4XDK _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.0133 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000095 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008847 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008889 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 K A 1 601 601 K K . F 2 K A 1 602 602 K K . G 2 K A 1 603 603 K K . H 3 PC1 A 1 604 800 PC1 PC1 . I 3 PC1 A 1 605 801 PC1 PC1 . J 4 408 A 1 606 900 408 NFX . K 5 405 A 1 607 901 405 NFS . L 5 405 A 1 608 901 405 NFS . M 3 PC1 B 1 401 800 PC1 PC1 . N 3 PC1 B 1 402 801 PC1 PC1 . O 4 408 B 1 403 900 408 NFX . P 2 K C 1 601 601 K K . Q 2 K C 1 602 602 K K . R 2 K C 1 603 603 K K . S 4 408 C 1 604 900 408 NFX . T 5 405 C 1 605 901 405 NFS . U 4 408 C 1 606 900 408 NFX . V 5 405 C 1 607 901 405 NFS . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol K _atom_site.label_atom_id K _atom_site.label_comp_id K _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id Q _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 51.603 _atom_site.Cartn_y 14.777 _atom_site.Cartn_z 0.423 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 181.43 _atom_site.pdbx_formal_charge 1 _atom_site.auth_atom_id K _atom_site.auth_comp_id K _atom_site.auth_seq_id 602 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 23 _model_server_stats.parse_time_ms 17 _model_server_stats.create_model_time_ms 31 _model_server_stats.query_time_ms 295 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #