data_4XDK
#
_model_server_result.job_id            4KD5r09jCrYDcocK2ryvhA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 17:23:05' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4xdk 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"S","auth_seq_id":604}' 
#
_entry.id    4XDK 
#
_exptl.entry_id    4XDK 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              295.3 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            (3R)-3-phenyl-3-[4-(trifluoromethyl)phenoxy]propan-1-amine 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90.41 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4XDK 
_cell.length_a            75.19 
_cell.length_b            113.03 
_cell.length_c            112.5 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4XDK 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O 1 1 
C,D,P,Q,R,S,T,U,V 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 J N N 
? 4 O N N 
? 4 S N N 
? 4 U N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 58 A CYS 123 1_555 B SG CYS 58 B CYS 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf2 C SG CYS 58 C CYS 123 1_555 D SG CYS 58 D CYS 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
metalc ? metalc1 A O THR 107 A THR 172 1_555 F K K . A K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.7 ? 
metalc ? metalc2 A O THR 107 A THR 172 1_555 G K K . A K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.936 ? 
metalc ? metalc3 A OG1 THR 107 A THR 172 1_555 G K K . A K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.758 ? 
metalc ? metalc4 A O ILE 108 A ILE 173 1_555 E K K . A K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.043 ? 
metalc ? metalc5 A O ILE 108 A ILE 173 1_555 F K K . A K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.803 ? 
metalc ? metalc6 A O GLY 109 A GLY 174 1_555 E K K . A K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? 
metalc ? metalc7 A O THR 216 A THR 281 1_555 F K K . A K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.538 ? 
metalc ? metalc8 A O THR 216 A THR 281 1_555 G K K . A K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.999 ? 
metalc ? metalc9 A OG1 THR 216 A THR 281 1_555 G K K . A K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.822 ? 
metalc ? metalc10 A O VAL 217 A VAL 282 1_555 E K K . A K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.02 ? 
metalc ? metalc11 A O VAL 217 A VAL 282 1_555 F K K . A K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.807 ? 
metalc ? metalc12 A O GLY 218 A GLY 283 1_555 E K K . A K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? 
metalc ? metalc13 E K K . A K 601 1_555 B O ILE 108 B ILE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.09 ? 
metalc ? metalc14 E K K . A K 601 1_555 B O GLY 109 B GLY 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? 
metalc ? metalc15 E K K . A K 601 1_555 B O VAL 217 B VAL 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.08 ? 
metalc ? metalc16 E K K . A K 601 1_555 B O GLY 218 B GLY 283 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc17 F K K . A K 602 1_555 B O THR 107 B THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.748 ? 
metalc ? metalc18 F K K . A K 602 1_555 B O ILE 108 B ILE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.785 ? 
metalc ? metalc19 F K K . A K 602 1_555 B O THR 216 B THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.699 ? 
metalc ? metalc20 F K K . A K 602 1_555 B O VAL 217 B VAL 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.84 ? 
metalc ? metalc21 G K K . A K 603 1_555 B O THR 107 B THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.008 ? 
metalc ? metalc22 G K K . A K 603 1_555 B OG1 THR 107 B THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.986 ? 
metalc ? metalc23 G K K . A K 603 1_555 B O THR 216 B THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.987 ? 
metalc ? metalc24 G K K . A K 603 1_555 B OG1 THR 216 B THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.975 ? 
metalc ? metalc25 C O THR 107 C THR 172 1_555 Q K K . C K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.665 ? 
metalc ? metalc26 C O THR 107 C THR 172 1_555 R K K . C K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.912 ? 
metalc ? metalc27 C OG1 THR 107 C THR 172 1_555 R K K . C K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.783 ? 
metalc ? metalc28 C O ILE 108 C ILE 173 1_555 P K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.038 ? 
metalc ? metalc29 C O ILE 108 C ILE 173 1_555 Q K K . C K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.813 ? 
metalc ? metalc30 C O GLY 109 C GLY 174 1_555 P K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? 
metalc ? metalc31 C O THR 216 C THR 281 1_555 Q K K . C K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? 
metalc ? metalc32 C O THR 216 C THR 281 1_555 R K K . C K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.99 ? 
metalc ? metalc33 C OG1 THR 216 C THR 281 1_555 R K K . C K 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.874 ? 
metalc ? metalc34 C O VAL 217 C VAL 282 1_555 P K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.023 ? 
metalc ? metalc35 C O VAL 217 C VAL 282 1_555 Q K K . C K 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.832 ? 
metalc ? metalc36 C O GLY 218 C GLY 283 1_555 P K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? 
metalc ? metalc37 P K K . C K 601 1_555 D O ILE 108 D ILE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.941 ? 
metalc ? metalc38 P K K . C K 601 1_555 D O GLY 109 D GLY 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? 
metalc ? metalc39 P K K . C K 601 1_555 D O VAL 217 D VAL 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.936 ? 
metalc ? metalc40 P K K . C K 601 1_555 D O GLY 218 D GLY 283 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc41 Q K K . C K 602 1_555 D O THR 107 D THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.598 ? 
metalc ? metalc42 Q K K . C K 602 1_555 D O ILE 108 D ILE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.929 ? 
metalc ? metalc43 Q K K . C K 602 1_555 D O THR 216 D THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? 
metalc ? metalc44 Q K K . C K 602 1_555 D O VAL 217 D VAL 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.992 ? 
metalc ? metalc45 R K K . C K 603 1_555 D O THR 107 D THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.08 ? 
metalc ? metalc46 R K K . C K 603 1_555 D OG1 THR 107 D THR 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.909 ? 
metalc ? metalc47 R K K . C K 603 1_555 D O THR 216 D THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.132 ? 
metalc ? metalc48 R K K . C K 603 1_555 D OG1 THR 216 D THR 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.994 ? 
#
_chem_comp.formula           'C16 H16 F3 N O' 
_chem_comp.formula_weight    295.3 
_chem_comp.id                408 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              (3R)-3-phenyl-3-[4-(trifluoromethyl)phenoxy]propan-1-amine 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     (R)-Norfluoxetine 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N C 408 sing 39 n n 
C14 C13 408 doub 40 n y 
C14 C9 408 sing 41 n y 
C13 C12 408 sing 42 n y 
C C1 408 sing 43 n n 
F1 C15 408 sing 44 n n 
O C9 408 sing 45 n n 
O C2 408 sing 46 n n 
C1 C2 408 sing 47 n n 
C9 C10 408 doub 48 n y 
C12 C15 408 sing 49 n n 
C12 C11 408 doub 50 n y 
C15 F2 408 sing 51 n n 
C15 F 408 sing 52 n n 
C2 C3 408 sing 53 n n 
C8 C3 408 doub 54 n y 
C8 C7 408 sing 55 n y 
C10 C11 408 sing 56 n y 
C3 C4 408 sing 57 n y 
C7 C6 408 doub 58 n y 
C4 C5 408 doub 59 n y 
C6 C5 408 sing 60 n y 
N H1 408 sing 61 n n 
N H2 408 sing 62 n n 
C11 H4 408 sing 63 n n 
C13 H5 408 sing 64 n n 
C14 H6 408 sing 65 n n 
C10 H7 408 sing 66 n n 
C2 H8 408 sing 67 n n 
C1 H9 408 sing 68 n n 
C1 H10 408 sing 69 n n 
C H11 408 sing 70 n n 
C H12 408 sing 71 n n 
C8 H13 408 sing 72 n n 
C7 H14 408 sing 73 n n 
C6 H15 408 sing 74 n n 
C5 H16 408 sing 75 n n 
C4 H17 408 sing 76 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4XDK 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.0133 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000095 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008847 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008889 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 K A 1 601 601 K K . 
F 2 K A 1 602 602 K K . 
G 2 K A 1 603 603 K K . 
H 3 PC1 A 1 604 800 PC1 PC1 . 
I 3 PC1 A 1 605 801 PC1 PC1 . 
J 4 408 A 1 606 900 408 NFX . 
K 5 405 A 1 607 901 405 NFS . 
L 5 405 A 1 608 901 405 NFS . 
M 3 PC1 B 1 401 800 PC1 PC1 . 
N 3 PC1 B 1 402 801 PC1 PC1 . 
O 4 408 B 1 403 900 408 NFX . 
P 2 K C 1 601 601 K K . 
Q 2 K C 1 602 602 K K . 
R 2 K C 1 603 603 K K . 
S 4 408 C 1 604 900 408 NFX . 
T 5 405 C 1 605 901 405 NFS . 
U 4 408 C 1 606 900 408 NFX . 
V 5 405 C 1 607 901 405 NFS . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 F F 408 . A . S 4 59.584 0.926 -3.946 0.5 255.33 ? F 408 604 C 1 
HETATM 2 O O 408 . A . S 4 55.8 3.739 0.29 0.5 243.42 ? O 408 604 C 1 
HETATM 3 N N 408 . A . S 4 52.584 4.384 3.077 0.5 242.25 ? N 408 604 C 1 
HETATM 4 C C11 408 . A . S 4 58.139 1.669 -1.696 0.5 253.12 ? C11 408 604 C 1 
HETATM 5 C C12 408 . A . S 4 58.531 2.601 -2.65 0.5 251.71 ? C12 408 604 C 1 
HETATM 6 C C13 408 . A . S 4 58.006 3.886 -2.574 0.5 246.68 ? C13 408 604 C 1 
HETATM 7 C C14 408 . A . S 4 57.099 4.231 -1.586 0.5 244.08 ? C14 408 604 C 1 
HETATM 8 C C15 408 . A . S 4 59.515 2.238 -3.719 0.5 253.42 ? C15 408 604 C 1 
HETATM 9 F F2 408 . A . S 4 60.755 2.619 -3.427 0.5 253.03 ? F2 408 604 C 1 
HETATM 10 F F1 408 . A . S 4 59.231 2.79 -4.898 0.5 253.15 ? F1 408 604 C 1 
HETATM 11 C C10 408 . A . S 4 57.232 2.001 -0.703 0.5 250.25 ? C10 408 604 C 1 
HETATM 12 C C9 408 . A . S 4 56.718 3.289 -0.641 0.5 245.79 ? C9 408 604 C 1 
HETATM 13 C C2 408 . A . S 4 56.072 3.549 1.692 0.5 243.92 ? C2 408 604 C 1 
HETATM 14 C C1 408 . A . S 4 54.988 4.319 2.457 0.5 241.92 ? C1 408 604 C 1 
HETATM 15 C C 408 . A . S 4 53.646 3.615 2.424 0.5 242.64 ? C 408 604 C 1 
HETATM 16 C C3 408 . A . S 4 57.452 4.04 2.048 0.5 244.43 ? C3 408 604 C 1 
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