data_4XDS # _model_server_result.job_id xqGNXRmceYnmEEyoX5wwSg _model_server_result.datetime_utc '2025-09-14 10:38:51' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4xds # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"VB","auth_seq_id":603}' # _entry.id 4XDS # _exptl.entry_id 4XDS _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 96.063 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SULFATE ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 79 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4XDS _cell.length_a 189.8 _cell.length_b 189.8 _cell.length_c 296.8 _cell.Z_PDB 48 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4XDS _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 96 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 H N N ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 K N N ? 3 L N N ? 3 M N N ? 3 N N N ? 3 O N N ? 3 P N N ? 3 Q N N ? 3 S N N ? 3 T N N ? 3 U N N ? 3 V N N ? 3 W N N ? 3 X N N ? 3 Y N N ? 3 Z N N ? 3 BA N N ? 3 CA N N ? 3 DA N N ? 3 EA N N ? 3 FA N N ? 3 GA N N ? 3 HA N N ? 3 IA N N ? 3 JA N N ? 3 KA N N ? 3 LA N N ? 3 MA N N ? 3 NA N N ? 3 OA N N ? 3 PA N N ? 3 RA N N ? 3 SA N N ? 3 TA N N ? 3 UA N N ? 3 VA N N ? 3 WA N N ? 3 XA N N ? 3 YA N N ? 3 ZA N N ? 3 AB N N ? 3 BB N N ? 3 CB N N ? 3 EB N N ? 3 FB N N ? 3 GB N N ? 3 HB N N ? 3 IB N N ? 3 JB N N ? 3 KB N N ? 3 LB N N ? 3 MB N N ? 3 NB N N ? 3 OB N N ? 3 PB N N ? 3 QB N N ? 3 RB N N ? 3 SB N N ? 3 TB N N ? 3 VB N N ? 3 WB N N ? 3 XB N N ? 3 YB N N ? 3 ZB N N ? 3 AC N N ? 3 BC N N ? 3 CC N N ? 3 DC N N ? 3 EC N N ? 3 FC N N ? 3 GC N N ? 3 HC N N ? 3 IC N N ? 3 JC N N ? 3 KC N N ? 3 LC N N ? 3 MC N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A NE2 HIS 69 A HIS 69 1_555 G NI NI . A NI 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc2 A NE2 HIS 117 A HIS 117 1_555 G NI NI . A NI 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 268 A ASP 268 1_555 G NI NI . A NI 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? metalc ? metalc4 G NI NI . A NI 601 1_555 NC O HOH . A HOH 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.935 ? metalc ? metalc5 G NI NI . A NI 601 1_555 NC O HOH . A HOH 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc6 G NI NI . A NI 601 1_555 NC O HOH . A HOH 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.973 ? metalc ? metalc7 B NE2 HIS 69 B HIS 69 1_555 R NI NI . B NI 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc8 B NE2 HIS 117 B HIS 117 1_555 R NI NI . B NI 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? metalc ? metalc9 B OD2 ASP 268 B ASP 268 1_555 R NI NI . B NI 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc10 R NI NI . B NI 601 1_555 OC O HOH . B HOH 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.9 ? metalc ? metalc11 R NI NI . B NI 601 1_555 OC O HOH . B HOH 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? metalc ? metalc12 R NI NI . B NI 601 1_555 OC O HOH . B HOH 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.953 ? metalc ? metalc13 C NE2 HIS 69 C HIS 69 1_555 AA NI NI . C NI 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc14 C NE2 HIS 117 C HIS 117 1_555 AA NI NI . C NI 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? metalc ? metalc15 C OD2 ASP 268 C ASP 268 1_555 AA NI NI . C NI 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? metalc ? metalc16 AA NI NI . C NI 601 1_555 PC O HOH . C HOH 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.927 ? metalc ? metalc17 AA NI NI . C NI 601 1_555 PC O HOH . C HOH 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? metalc ? metalc18 AA NI NI . C NI 601 1_555 PC O HOH . C HOH 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.956 ? metalc ? metalc19 D NE2 HIS 69 D HIS 69 1_555 QA NI NI . D NI 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? metalc ? metalc20 D NE2 HIS 117 D HIS 117 1_555 QA NI NI . D NI 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? metalc ? metalc21 D OD2 ASP 268 D ASP 268 1_555 QA NI NI . D NI 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? metalc ? metalc22 QA NI NI . D NI 602 1_555 QC O HOH . D HOH 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.776 ? metalc ? metalc23 QA NI NI . D NI 602 1_555 QC O HOH . D HOH 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.909 ? metalc ? metalc24 QA NI NI . D NI 602 1_555 QC O HOH . D HOH 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.9 ? metalc ? metalc25 E NE2 HIS 69 E HIS 69 1_555 DB NI NI . E NI 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? metalc ? metalc26 E NE2 HIS 117 E HIS 117 1_555 DB NI NI . E NI 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? metalc ? metalc27 E OD2 ASP 268 E ASP 268 1_555 DB NI NI . E NI 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? metalc ? metalc28 DB NI NI . E NI 601 1_555 RC O HOH . E HOH 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.941 ? metalc ? metalc29 DB NI NI . E NI 601 1_555 RC O HOH . E HOH 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? metalc ? metalc30 DB NI NI . E NI 601 1_555 RC O HOH . E HOH 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? metalc ? metalc31 F NE2 HIS 69 F HIS 69 1_555 UB NI NI . F NI 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? metalc ? metalc32 F NE2 HIS 117 F HIS 117 1_555 UB NI NI . F NI 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? metalc ? metalc33 F OD2 ASP 268 F ASP 268 1_555 UB NI NI . F NI 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? metalc ? metalc34 UB NI NI . F NI 602 1_555 SC O HOH . F HOH 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.773 ? metalc ? metalc35 UB NI NI . F NI 602 1_555 SC O HOH . F HOH 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.834 ? metalc ? metalc36 UB NI NI . F NI 602 1_555 SC O HOH . F HOH 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.887 ? # _chem_comp.formula 'O4 S -2' _chem_comp.formula_weight 96.063 _chem_comp.id SO4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SULFATE ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag S O1 SO4 doub 290 n n S O2 SO4 doub 291 n n S O3 SO4 sing 292 n n S O4 SO4 sing 293 n n # _atom_sites.entry_id 4XDS _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005269 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.005269 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003369 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 2 NI A 1 601 1000 NI NI . H 3 SO4 A 1 602 1004 SO4 SO4 . I 3 SO4 A 1 603 1005 SO4 SO4 . J 3 SO4 A 1 604 1006 SO4 SO4 . K 3 SO4 A 1 605 1007 SO4 SO4 . L 3 SO4 A 1 606 1008 SO4 SO4 . M 3 SO4 A 1 607 1009 SO4 SO4 . N 3 SO4 A 1 608 1010 SO4 SO4 . O 3 SO4 A 1 609 1007 SO4 SO4 . P 3 SO4 A 1 610 19 SO4 SO4 . Q 3 SO4 A 1 611 25 SO4 SO4 . R 2 NI B 1 601 1000 NI NI . S 3 SO4 B 1 602 1004 SO4 SO4 . T 3 SO4 B 1 603 1005 SO4 SO4 . U 3 SO4 B 1 604 1006 SO4 SO4 . V 3 SO4 B 1 605 1008 SO4 SO4 . W 3 SO4 B 1 606 1009 SO4 SO4 . X 3 SO4 B 1 607 1010 SO4 SO4 . Y 3 SO4 B 1 608 21 SO4 SO4 . Z 3 SO4 B 1 609 24 SO4 SO4 . AA 2 NI C 1 601 1000 NI NI . BA 3 SO4 C 1 602 1004 SO4 SO4 . CA 3 SO4 C 1 603 1005 SO4 SO4 . DA 3 SO4 C 1 604 1006 SO4 SO4 . EA 3 SO4 C 1 605 1008 SO4 SO4 . FA 3 SO4 C 1 606 1009 SO4 SO4 . GA 3 SO4 C 1 607 1007 SO4 SO4 . HA 3 SO4 C 1 608 5 SO4 SO4 . IA 3 SO4 C 1 609 10 SO4 SO4 . JA 3 SO4 C 1 610 12 SO4 SO4 . KA 3 SO4 C 1 611 16 SO4 SO4 . LA 3 SO4 C 1 612 26 SO4 SO4 . MA 3 SO4 C 1 613 28 SO4 SO4 . NA 3 SO4 C 1 614 35 SO4 SO4 . OA 3 SO4 C 1 615 38 SO4 SO4 . PA 3 SO4 D 1 601 1007 SO4 SO4 . QA 2 NI D 1 602 1000 NI NI . RA 3 SO4 D 1 603 1004 SO4 SO4 . SA 3 SO4 D 1 604 1005 SO4 SO4 . TA 3 SO4 D 1 605 1006 SO4 SO4 . UA 3 SO4 D 1 606 1008 SO4 SO4 . VA 3 SO4 D 1 607 1009 SO4 SO4 . WA 3 SO4 D 1 608 1010 SO4 SO4 . XA 3 SO4 D 1 609 1 SO4 SO4 . YA 3 SO4 D 1 610 7 SO4 SO4 . ZA 3 SO4 D 1 611 11 SO4 SO4 . AB 3 SO4 D 1 612 29 SO4 SO4 . BB 3 SO4 D 1 613 34 SO4 SO4 . CB 3 SO4 D 1 614 36 SO4 SO4 . DB 2 NI E 1 601 1000 NI NI . EB 3 SO4 E 1 602 1004 SO4 SO4 . FB 3 SO4 E 1 603 1005 SO4 SO4 . GB 3 SO4 E 1 604 1006 SO4 SO4 . HB 3 SO4 E 1 605 1008 SO4 SO4 . IB 3 SO4 E 1 606 1009 SO4 SO4 . JB 3 SO4 E 1 607 1010 SO4 SO4 . KB 3 SO4 E 1 608 1007 SO4 SO4 . LB 3 SO4 E 1 609 2 SO4 SO4 . MB 3 SO4 E 1 610 3 SO4 SO4 . NB 3 SO4 E 1 611 4 SO4 SO4 . OB 3 SO4 E 1 612 14 SO4 SO4 . PB 3 SO4 E 1 613 18 SO4 SO4 . QB 3 SO4 E 1 614 30 SO4 SO4 . RB 3 SO4 E 1 615 31 SO4 SO4 . SB 3 SO4 E 1 616 37 SO4 SO4 . TB 3 SO4 F 1 601 1007 SO4 SO4 . UB 2 NI F 1 602 1000 NI NI . VB 3 SO4 F 1 603 1004 SO4 SO4 . WB 3 SO4 F 1 604 1005 SO4 SO4 . XB 3 SO4 F 1 605 1006 SO4 SO4 . YB 3 SO4 F 1 606 1008 SO4 SO4 . ZB 3 SO4 F 1 607 1009 SO4 SO4 . AC 3 SO4 F 1 608 1010 SO4 SO4 . BC 3 SO4 F 1 609 6 SO4 SO4 . CC 3 SO4 F 1 610 8 SO4 SO4 . DC 3 SO4 F 1 611 9 SO4 SO4 . EC 3 SO4 F 1 612 13 SO4 SO4 . FC 3 SO4 F 1 613 15 SO4 SO4 . GC 3 SO4 F 1 614 17 SO4 SO4 . HC 3 SO4 F 1 615 20 SO4 SO4 . IC 3 SO4 F 1 616 22 SO4 SO4 . JC 3 SO4 F 1 617 23 SO4 SO4 . KC 3 SO4 F 1 618 27 SO4 SO4 . LC 3 SO4 F 1 619 32 SO4 SO4 . MC 3 SO4 F 1 620 33 SO4 SO4 . NC 4 HOH A 1 1001 1001 HOH HOH . NC 4 HOH A 2 1002 1002 HOH HOH . NC 4 HOH A 3 1003 1003 HOH HOH . OC 4 HOH B 1 1001 1001 HOH HOH . OC 4 HOH B 2 1002 1002 HOH HOH . OC 4 HOH B 3 1003 1003 HOH HOH . PC 4 HOH C 1 1001 1001 HOH HOH . PC 4 HOH C 2 1002 1002 HOH HOH . PC 4 HOH C 3 1003 1003 HOH HOH . QC 4 HOH D 1 1001 1001 HOH HOH . QC 4 HOH D 2 1002 1002 HOH HOH . QC 4 HOH D 3 1003 1003 HOH HOH . RC 4 HOH E 1 1001 1001 HOH HOH . RC 4 HOH E 2 1002 1002 HOH HOH . RC 4 HOH E 3 1003 1003 HOH HOH . SC 4 HOH F 1 1001 1001 HOH HOH . SC 4 HOH F 2 1002 1002 HOH HOH . SC 4 HOH F 3 1003 1003 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 S S SO4 . . . VB 3 63.958 -32.726 47.606 1 119.79 ? S SO4 603 F 1 HETATM 2 O O1 SO4 . . . VB 3 64.674 -33.402 46.533 1 125.35 ? O1 SO4 603 F 1 HETATM 3 O O2 SO4 . . . VB 3 62.72 -32.177 47.081 1 124.69 ? O2 SO4 603 F 1 HETATM 4 O O3 SO4 . . . VB 3 63.677 -33.673 48.68 1 125.44 ? O3 SO4 603 F 1 HETATM 5 O O4 SO4 . . . VB 3 64.774 -31.639 48.13 1 129.12 ? O4 SO4 603 F 1 # _model_server_stats.io_time_ms 44 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 21 _model_server_stats.query_time_ms 221 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 5 #