data_4XUP
#
_model_server_result.job_id            uF2TYiCMXrFbU8p74DKimg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-04 22:59:03' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4xup 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":1001}' 
#
_entry.id    4XUP 
#
_exptl.entry_id    4XUP 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  man 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    10 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90.63 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4XUP 
_cell.length_a            84.17 
_cell.length_b            110.359 
_cell.length_c            118.522 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4XUP 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
? monomeric 1 author_defined_assembly 3 
? monomeric 1 author_defined_assembly 4 
? monomeric 1 author_defined_assembly 5 
? monomeric 1 author_defined_assembly 6 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,G,H,S 1 1 
B,I,J,K,T 2 1 
C,L,U 3 1 
D,M,N,O,V 4 1 
E,P,W 5 1 
F,Q,R,X 6 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 L N N 
? 2 M N N 
? 2 N N N 
? 2 P N N 
? 2 Q N N 
? 2 R N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O SER 15 A SER 15 1_555 G CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 17 A GLU 17 1_555 G CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? 
metalc ? metalc3 A O GLN 41 A GLN 41 1_555 G CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc4 A O GLN 44 A GLN 44 1_555 G CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? 
metalc ? metalc5 A OD1 ASP 149 A ASP 149 1_555 G CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? 
metalc ? metalc6 A OD2 ASP 149 A ASP 149 1_555 G CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? 
metalc ? metalc7 A O ASP 177 A ASP 177 1_555 H CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? 
metalc ? metalc8 A OE2 GLU 179 A GLU 179 1_555 H CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc9 A OG SER 204 A SER 204 1_555 H CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.667 ? 
metalc ? metalc10 A O ARG 206 A ARG 206 1_555 H CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? 
metalc ? metalc11 A OD1 ASP 325 A ASP 325 1_555 H CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? 
metalc ? metalc12 A OD2 ASP 325 A ASP 325 1_555 H CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? 
metalc ? metalc13 G CA CA . A CA 1001 1_555 S O HOH . A HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? 
metalc ? metalc14 B O SER 15 B SER 15 1_555 I CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? 
metalc ? metalc15 B OE2 GLU 17 B GLU 17 1_555 I CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? 
metalc ? metalc16 B O GLN 41 B GLN 41 1_555 I CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
metalc ? metalc17 B O GLN 44 B GLN 44 1_555 I CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? 
metalc ? metalc18 B OD1 ASP 149 B ASP 149 1_555 I CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? 
metalc ? metalc19 B OD2 ASP 149 B ASP 149 1_555 I CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.637 ? 
metalc ? metalc20 B O ASP 177 B ASP 177 1_555 J CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? 
metalc ? metalc21 B OE2 GLU 179 B GLU 179 1_555 J CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? 
metalc ? metalc22 B OG SER 204 B SER 204 1_555 J CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.755 ? 
metalc ? metalc23 B O ARG 206 B ARG 206 1_555 J CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.883 ? 
metalc ? metalc24 B OD1 ASP 325 B ASP 325 1_555 J CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? 
metalc ? metalc25 B OD2 ASP 325 B ASP 325 1_555 J CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? 
metalc ? metalc26 I CA CA . B CA 401 1_555 T O HOH . B HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.858 ? 
metalc ? metalc27 J CA CA . B CA 402 1_555 T O HOH . B HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? 
metalc ? metalc28 C O SER 15 C SER 15 1_555 L CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? 
metalc ? metalc29 C OE2 GLU 17 C GLU 17 1_555 L CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? 
metalc ? metalc30 C O GLN 41 C GLN 41 1_555 L CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? 
metalc ? metalc31 C O GLN 44 C GLN 44 1_555 L CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? 
metalc ? metalc32 C OD1 ASP 149 C ASP 149 1_555 L CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? 
metalc ? metalc33 C OD2 ASP 149 C ASP 149 1_555 L CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.545 ? 
metalc ? metalc34 L CA CA . C CA 401 1_555 U O HOH . C HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? 
metalc ? metalc35 D O SER 15 D SER 15 1_555 M CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? 
metalc ? metalc36 D OE2 GLU 17 D GLU 17 1_555 M CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.905 ? 
metalc ? metalc37 D O GLN 41 D GLN 41 1_555 M CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? 
metalc ? metalc38 D O GLN 44 D GLN 44 1_555 M CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
metalc ? metalc39 D OD1 ASP 149 D ASP 149 1_555 M CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? 
metalc ? metalc40 D OD2 ASP 149 D ASP 149 1_555 M CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? 
metalc ? metalc41 D O ASP 177 D ASP 177 1_555 N CA CA . D CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? 
metalc ? metalc42 D OE1 GLU 179 D GLU 179 1_555 N CA CA . D CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? 
metalc ? metalc43 D OG SER 204 D SER 204 1_555 N CA CA . D CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? 
metalc ? metalc44 D O ARG 206 D ARG 206 1_555 N CA CA . D CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? 
metalc ? metalc45 D OD1 ASP 325 D ASP 325 1_555 N CA CA . D CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.615 ? 
metalc ? metalc46 D OD2 ASP 325 D ASP 325 1_555 N CA CA . D CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? 
metalc ? metalc47 N CA CA . D CA 402 1_555 V O HOH . D HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? 
metalc ? metalc48 E O SER 15 E SER 15 1_555 P CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc49 E OG SER 15 E SER 15 1_555 P CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? 
metalc ? metalc50 E OE2 GLU 17 E GLU 17 1_555 P CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? 
metalc ? metalc51 E O GLN 41 E GLN 41 1_555 P CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? 
metalc ? metalc52 E O GLN 44 E GLN 44 1_555 P CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc53 E OD1 ASP 149 E ASP 149 1_555 P CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? 
metalc ? metalc54 E OD2 ASP 149 E ASP 149 1_555 P CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.644 ? 
metalc ? metalc55 F O SER 15 F SER 15 1_555 Q CA CA . F CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc56 F OE2 GLU 17 F GLU 17 1_555 Q CA CA . F CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? 
metalc ? metalc57 F O GLN 41 F GLN 41 1_555 Q CA CA . F CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? 
metalc ? metalc58 F O GLN 44 F GLN 44 1_555 Q CA CA . F CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? 
metalc ? metalc59 F OD1 ASP 149 F ASP 149 1_555 Q CA CA . F CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? 
metalc ? metalc60 F OD2 ASP 149 F ASP 149 1_555 Q CA CA . F CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? 
metalc ? metalc61 F O ASP 177 F ASP 177 1_555 R CA CA . F CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? 
metalc ? metalc62 F OE2 GLU 179 F GLU 179 1_555 R CA CA . F CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc63 F OG SER 204 F SER 204 1_555 R CA CA . F CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? 
metalc ? metalc64 F O ARG 206 F ARG 206 1_555 R CA CA . F CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? 
metalc ? metalc65 F OD1 ASP 325 F ASP 325 1_555 R CA CA . F CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? 
metalc ? metalc66 F OD2 ASP 325 F ASP 325 1_555 R CA CA . F CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? 
metalc ? metalc67 Q CA CA . F CA 401 1_555 X O HOH . F HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     4XUP 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011881 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000131 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009061 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008438 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 CA A 1 1001 1001 CA CA . 
H 2 CA A 1 1002 1002 CA CA . 
I 2 CA B 1 401 1003 CA CA . 
J 2 CA B 1 402 1004 CA CA . 
K 3 GOL B 1 403 2 GOL GOL . 
L 2 CA C 1 401 1005 CA CA . 
M 2 CA D 1 401 1006 CA CA . 
N 2 CA D 1 402 1007 CA CA . 
O 3 GOL D 1 403 1 GOL GOL . 
P 2 CA E 1 401 1008 CA CA . 
Q 2 CA F 1 401 1009 CA CA . 
R 2 CA F 1 402 1010 CA CA . 
S 4 HOH A 1 1101 24 HOH HOH . 
S 4 HOH A 2 1102 23 HOH HOH . 
S 4 HOH A 3 1103 1 HOH HOH . 
S 4 HOH A 4 1104 16 HOH HOH . 
S 4 HOH A 5 1105 9 HOH HOH . 
S 4 HOH A 6 1106 17 HOH HOH . 
S 4 HOH A 7 1107 14 HOH HOH . 
S 4 HOH A 8 1108 3 HOH HOH . 
T 4 HOH B 1 501 26 HOH HOH . 
T 4 HOH B 2 502 27 HOH HOH . 
T 4 HOH B 3 503 29 HOH HOH . 
T 4 HOH B 4 504 7 HOH HOH . 
T 4 HOH B 5 505 6 HOH HOH . 
T 4 HOH B 6 506 19 HOH HOH . 
U 4 HOH C 1 501 31 HOH HOH . 
U 4 HOH C 2 502 10 HOH HOH . 
V 4 HOH D 1 501 32 HOH HOH . 
V 4 HOH D 2 502 30 HOH HOH . 
V 4 HOH D 3 503 22 HOH HOH . 
V 4 HOH D 4 504 18 HOH HOH . 
V 4 HOH D 5 505 21 HOH HOH . 
V 4 HOH D 6 506 2 HOH HOH . 
V 4 HOH D 7 507 13 HOH HOH . 
V 4 HOH D 8 508 12 HOH HOH . 
W 4 HOH E 1 501 4 HOH HOH . 
W 4 HOH E 2 502 11 HOH HOH . 
X 4 HOH F 1 501 25 HOH HOH . 
X 4 HOH F 2 502 20 HOH HOH . 
X 4 HOH F 3 503 15 HOH HOH . 
X 4 HOH F 4 504 8 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         G 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               51.822 
_atom_site.Cartn_y               130.557 
_atom_site.Cartn_z               6.632 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        38.38 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           1001 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              0 
_model_server_stats.parse_time_ms           21 
_model_server_stats.create_model_time_ms    13 
_model_server_stats.query_time_ms           270 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#