data_4XUP # _model_server_result.job_id mlYfYKZoCDiF-a9nkqCCfQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-04 22:58:54' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4xup # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":403}' # _entry.id 4XUP # _exptl.entry_id 4XUP _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90.63 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4XUP _cell.length_a 84.17 _cell.length_b 110.359 _cell.length_c 118.522 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4XUP _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 ? monomeric 1 author_defined_assembly 3 ? monomeric 1 author_defined_assembly 4 ? monomeric 1 author_defined_assembly 5 ? monomeric 1 author_defined_assembly 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,G,H,S 1 1 B,I,J,K,T 2 1 C,L,U 3 1 D,M,N,O,V 4 1 E,P,W 5 1 F,Q,R,X 6 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 K N N ? 3 O N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O SER 15 A SER 15 1_555 G CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 17 A GLU 17 1_555 G CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? metalc ? metalc3 A O GLN 41 A GLN 41 1_555 G CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc4 A O GLN 44 A GLN 44 1_555 G CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 149 A ASP 149 1_555 G CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 149 A ASP 149 1_555 G CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? metalc ? metalc7 A O ASP 177 A ASP 177 1_555 H CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc8 A OE2 GLU 179 A GLU 179 1_555 H CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc9 A OG SER 204 A SER 204 1_555 H CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.667 ? metalc ? metalc10 A O ARG 206 A ARG 206 1_555 H CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASP 325 A ASP 325 1_555 H CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? metalc ? metalc12 A OD2 ASP 325 A ASP 325 1_555 H CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? metalc ? metalc13 G CA CA . A CA 1001 1_555 S O HOH . A HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? metalc ? metalc14 B O SER 15 B SER 15 1_555 I CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc15 B OE2 GLU 17 B GLU 17 1_555 I CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? metalc ? metalc16 B O GLN 41 B GLN 41 1_555 I CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? metalc ? metalc17 B O GLN 44 B GLN 44 1_555 I CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc18 B OD1 ASP 149 B ASP 149 1_555 I CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc19 B OD2 ASP 149 B ASP 149 1_555 I CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.637 ? metalc ? metalc20 B O ASP 177 B ASP 177 1_555 J CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? metalc ? metalc21 B OE2 GLU 179 B GLU 179 1_555 J CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? metalc ? metalc22 B OG SER 204 B SER 204 1_555 J CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.755 ? metalc ? metalc23 B O ARG 206 B ARG 206 1_555 J CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.883 ? metalc ? metalc24 B OD1 ASP 325 B ASP 325 1_555 J CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? metalc ? metalc25 B OD2 ASP 325 B ASP 325 1_555 J CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? metalc ? metalc26 I CA CA . B CA 401 1_555 T O HOH . B HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.858 ? metalc ? metalc27 J CA CA . B CA 402 1_555 T O HOH . B HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? metalc ? metalc28 C O SER 15 C SER 15 1_555 L CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? metalc ? metalc29 C OE2 GLU 17 C GLU 17 1_555 L CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? metalc ? metalc30 C O GLN 41 C GLN 41 1_555 L CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc31 C O GLN 44 C GLN 44 1_555 L CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? metalc ? metalc32 C OD1 ASP 149 C ASP 149 1_555 L CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? metalc ? metalc33 C OD2 ASP 149 C ASP 149 1_555 L CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.545 ? metalc ? metalc34 L CA CA . C CA 401 1_555 U O HOH . C HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? metalc ? metalc35 D O SER 15 D SER 15 1_555 M CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? metalc ? metalc36 D OE2 GLU 17 D GLU 17 1_555 M CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.905 ? metalc ? metalc37 D O GLN 41 D GLN 41 1_555 M CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc38 D O GLN 44 D GLN 44 1_555 M CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? metalc ? metalc39 D OD1 ASP 149 D ASP 149 1_555 M CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc40 D OD2 ASP 149 D ASP 149 1_555 M CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc41 D O ASP 177 D ASP 177 1_555 N CA CA . D CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? metalc ? metalc42 D OE1 GLU 179 D GLU 179 1_555 N CA CA . D CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc43 D OG SER 204 D SER 204 1_555 N CA CA . D CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? metalc ? metalc44 D O ARG 206 D ARG 206 1_555 N CA CA . D CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? metalc ? metalc45 D OD1 ASP 325 D ASP 325 1_555 N CA CA . D CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.615 ? metalc ? metalc46 D OD2 ASP 325 D ASP 325 1_555 N CA CA . D CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? metalc ? metalc47 N CA CA . D CA 402 1_555 V O HOH . D HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? metalc ? metalc48 E O SER 15 E SER 15 1_555 P CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc49 E OG SER 15 E SER 15 1_555 P CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? metalc ? metalc50 E OE2 GLU 17 E GLU 17 1_555 P CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc51 E O GLN 41 E GLN 41 1_555 P CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc52 E O GLN 44 E GLN 44 1_555 P CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc53 E OD1 ASP 149 E ASP 149 1_555 P CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc54 E OD2 ASP 149 E ASP 149 1_555 P CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.644 ? metalc ? metalc55 F O SER 15 F SER 15 1_555 Q CA CA . F CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc56 F OE2 GLU 17 F GLU 17 1_555 Q CA CA . F CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc57 F O GLN 41 F GLN 41 1_555 Q CA CA . F CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? metalc ? metalc58 F O GLN 44 F GLN 44 1_555 Q CA CA . F CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? metalc ? metalc59 F OD1 ASP 149 F ASP 149 1_555 Q CA CA . F CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? metalc ? metalc60 F OD2 ASP 149 F ASP 149 1_555 Q CA CA . F CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? metalc ? metalc61 F O ASP 177 F ASP 177 1_555 R CA CA . F CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc62 F OE2 GLU 179 F GLU 179 1_555 R CA CA . F CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc63 F OG SER 204 F SER 204 1_555 R CA CA . F CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? metalc ? metalc64 F O ARG 206 F ARG 206 1_555 R CA CA . F CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? metalc ? metalc65 F OD1 ASP 325 F ASP 325 1_555 R CA CA . F CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? metalc ? metalc66 F OD2 ASP 325 F ASP 325 1_555 R CA CA . F CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? metalc ? metalc67 Q CA CA . F CA 401 1_555 X O HOH . F HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 116 n n C1 C2 GOL sing 117 n n C1 H11 GOL sing 118 n n C1 H12 GOL sing 119 n n O1 HO1 GOL sing 120 n n C2 O2 GOL sing 121 n n C2 C3 GOL sing 122 n n C2 H2 GOL sing 123 n n O2 HO2 GOL sing 124 n n C3 O3 GOL sing 125 n n C3 H31 GOL sing 126 n n C3 H32 GOL sing 127 n n O3 HO3 GOL sing 128 n n # _atom_sites.entry_id 4XUP _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011881 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000131 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009061 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008438 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 2 CA A 1 1001 1001 CA CA . H 2 CA A 1 1002 1002 CA CA . I 2 CA B 1 401 1003 CA CA . J 2 CA B 1 402 1004 CA CA . K 3 GOL B 1 403 2 GOL GOL . L 2 CA C 1 401 1005 CA CA . M 2 CA D 1 401 1006 CA CA . N 2 CA D 1 402 1007 CA CA . O 3 GOL D 1 403 1 GOL GOL . P 2 CA E 1 401 1008 CA CA . Q 2 CA F 1 401 1009 CA CA . R 2 CA F 1 402 1010 CA CA . S 4 HOH A 1 1101 24 HOH HOH . S 4 HOH A 2 1102 23 HOH HOH . S 4 HOH A 3 1103 1 HOH HOH . S 4 HOH A 4 1104 16 HOH HOH . S 4 HOH A 5 1105 9 HOH HOH . S 4 HOH A 6 1106 17 HOH HOH . S 4 HOH A 7 1107 14 HOH HOH . S 4 HOH A 8 1108 3 HOH HOH . T 4 HOH B 1 501 26 HOH HOH . T 4 HOH B 2 502 27 HOH HOH . T 4 HOH B 3 503 29 HOH HOH . T 4 HOH B 4 504 7 HOH HOH . T 4 HOH B 5 505 6 HOH HOH . T 4 HOH B 6 506 19 HOH HOH . U 4 HOH C 1 501 31 HOH HOH . U 4 HOH C 2 502 10 HOH HOH . V 4 HOH D 1 501 32 HOH HOH . V 4 HOH D 2 502 30 HOH HOH . V 4 HOH D 3 503 22 HOH HOH . V 4 HOH D 4 504 18 HOH HOH . V 4 HOH D 5 505 21 HOH HOH . V 4 HOH D 6 506 2 HOH HOH . V 4 HOH D 7 507 13 HOH HOH . V 4 HOH D 8 508 12 HOH HOH . W 4 HOH E 1 501 4 HOH HOH . W 4 HOH E 2 502 11 HOH HOH . X 4 HOH F 1 501 25 HOH HOH . X 4 HOH F 2 502 20 HOH HOH . X 4 HOH F 3 503 15 HOH HOH . X 4 HOH F 4 504 8 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . O 3 64.267 160.166 -22.516 1 52.26 ? C1 GOL 403 D 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . O 3 63.602 159.596 -21.337 1 51.37 ? O1 GOL 403 D 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . O 3 64.489 159.083 -23.632 1 51.23 ? C2 GOL 403 D 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . O 3 65.613 159.381 -24.502 1 44.6 ? O2 GOL 403 D 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . O 3 63.18 158.689 -24.353 1 48.03 ? C3 GOL 403 D 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . O 3 63.391 158.02 -25.613 1 50.93 ? O3 GOL 403 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 17 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 27 _model_server_stats.query_time_ms 293 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 6 #