data_4XYN
#
_model_server_result.job_id            abMe5Dt7hDzLT8cJLIq9rA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-15 12:03:49' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4xyn 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    4XYN 
#
_exptl.entry_id    4XYN 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4XYN 
_cell.length_a            68.785 
_cell.length_b            86.684 
_cell.length_c            66.534 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4XYN 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        18 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 2' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,F,G,H,I,N,O,P 1 1 
D,E,J,K,L,M,Q,R 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 G N N 
? 3 H N N 
? 3 I N N 
? 3 J N N 
? 3 K N N 
? 3 L N N 
? 3 M N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 B O SER 19 A SER 19 1_555 G CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? 
metalc ? metalc2 B O GLU 22 A GLU 22 1_555 G CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.65 ? 
metalc ? metalc3 B O ASP 24 A ASP 24 1_555 G CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? 
metalc ? metalc4 B O LYS 27 A LYS 27 1_555 G CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.636 ? 
metalc ? metalc5 B OE1 GLU 32 A GLU 32 1_555 G CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? 
metalc ? metalc6 B OE2 GLU 32 A GLU 32 1_555 G CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? 
metalc ? metalc7 B OD1 ASP 62 A ASP 62 1_555 F CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.536 ? 
metalc ? metalc8 B OD1 ASP 64 A ASP 64 1_555 F CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? 
metalc ? metalc9 B OD1 ASP 66 A ASP 66 1_555 F CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? 
metalc ? metalc10 B O GLU 68 A GLU 68 1_555 F CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? 
metalc ? metalc11 B OE1 GLU 73 A GLU 73 1_555 F CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? 
metalc ? metalc12 B OE2 GLU 73 A GLU 73 1_555 F CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? 
metalc ? metalc13 F CA CA . A CA 501 1_555 O O HOH . A HOH 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? 
metalc ? metalc14 G CA CA . A CA 502 1_555 O O HOH . A HOH 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.13 ? 
metalc ? metalc15 C O SER 19 B SER 19 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc16 C O GLU 22 B GLU 22 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? 
metalc ? metalc17 C O ASP 24 B ASP 24 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc18 C O LYS 27 B LYS 27 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.485 ? 
metalc ? metalc19 C OE1 GLU 32 B GLU 32 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
metalc ? metalc20 C OE2 GLU 32 B GLU 32 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.696 ? 
metalc ? metalc21 C OD1 ASP 62 B ASP 62 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? 
metalc ? metalc22 C OD1 ASP 64 B ASP 64 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? 
metalc ? metalc23 C OD1 ASP 66 B ASP 66 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.526 ? 
metalc ? metalc24 C O GLU 68 B GLU 68 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? 
metalc ? metalc25 C OE1 GLU 73 B GLU 73 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.757 ? 
metalc ? metalc26 C OE2 GLU 73 B GLU 73 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.726 ? 
metalc ? metalc27 H CA CA . B CA 501 1_555 P O HOH . B HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
metalc ? metalc28 I CA CA . B CA 502 1_555 P O HOH . B HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc29 D O SER 19 C SER 19 1_555 J CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? 
metalc ? metalc30 D O GLU 22 C GLU 22 1_555 J CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.709 ? 
metalc ? metalc31 D O ASP 24 C ASP 24 1_555 J CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? 
metalc ? metalc32 D O LYS 27 C LYS 27 1_555 J CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? 
metalc ? metalc33 D OE1 GLU 32 C GLU 32 1_555 J CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? 
metalc ? metalc34 D OE2 GLU 32 C GLU 32 1_555 J CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.879 ? 
metalc ? metalc35 D OD1 ASP 62 C ASP 62 1_555 K CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.753 ? 
metalc ? metalc36 D OD1 ASP 64 C ASP 64 1_555 K CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.731 ? 
metalc ? metalc37 D OD2 ASP 64 C ASP 64 1_555 K CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.795 ? 
metalc ? metalc38 D OD1 ASP 66 C ASP 66 1_555 K CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.68 ? 
metalc ? metalc39 D O GLU 68 C GLU 68 1_555 K CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? 
metalc ? metalc40 D OE1 GLU 73 C GLU 73 1_555 K CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? 
metalc ? metalc41 D OE2 GLU 73 C GLU 73 1_555 K CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.444 ? 
metalc ? metalc42 J CA CA . C CA 501 1_555 Q O HOH . C HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? 
metalc ? metalc43 K CA CA . C CA 502 1_555 Q O HOH . C HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? 
metalc ? metalc44 E O SER 19 D SER 19 1_555 L CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? 
metalc ? metalc45 E O GLU 22 D GLU 22 1_555 L CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.6 ? 
metalc ? metalc46 E O ASP 24 D ASP 24 1_555 L CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? 
metalc ? metalc47 E O LYS 27 D LYS 27 1_555 L CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? 
metalc ? metalc48 E OE1 GLU 32 D GLU 32 1_555 L CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc49 E OE2 GLU 32 D GLU 32 1_555 L CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? 
metalc ? metalc50 E OD1 ASP 62 D ASP 62 1_555 M CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.593 ? 
metalc ? metalc51 E OD1 ASP 64 D ASP 64 1_555 M CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.778 ? 
metalc ? metalc52 E OD1 ASP 66 D ASP 66 1_555 M CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? 
metalc ? metalc53 E O GLU 68 D GLU 68 1_555 M CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc54 E OE1 GLU 73 D GLU 73 1_555 M CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.027 ? 
metalc ? metalc55 E OE2 GLU 73 D GLU 73 1_555 M CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.787 ? 
metalc ? metalc56 L CA CA . D CA 501 1_555 R O HOH . D HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc57 M CA CA . D CA 502 1_555 R O HOH . D HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     4XYN 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014538 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.011536 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.01503 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
F 3 CA A 1 501 501 CA CA . 
G 3 CA A 1 502 502 CA CA . 
H 3 CA B 1 501 501 CA CA . 
I 3 CA B 1 502 502 CA CA . 
J 3 CA C 1 501 501 CA CA . 
K 3 CA C 1 502 502 CA CA . 
L 3 CA D 1 501 501 CA CA . 
M 3 CA D 1 502 502 CA CA . 
N 4 HOH P 1 101 35 HOH HOH . 
O 4 HOH A 1 601 34 HOH HOH . 
O 4 HOH A 2 602 11 HOH HOH . 
O 4 HOH A 3 603 18 HOH HOH . 
O 4 HOH A 4 604 23 HOH HOH . 
O 4 HOH A 5 605 1 HOH HOH . 
O 4 HOH A 6 606 2 HOH HOH . 
O 4 HOH A 7 607 9 HOH HOH . 
O 4 HOH A 8 608 10 HOH HOH . 
O 4 HOH A 9 609 12 HOH HOH . 
O 4 HOH A 10 610 17 HOH HOH . 
O 4 HOH A 11 611 26 HOH HOH . 
O 4 HOH A 12 612 31 HOH HOH . 
O 4 HOH A 13 613 32 HOH HOH . 
O 4 HOH A 14 614 33 HOH HOH . 
P 4 HOH B 1 601 28 HOH HOH . 
P 4 HOH B 2 602 29 HOH HOH . 
P 4 HOH B 3 603 4 HOH HOH . 
P 4 HOH B 4 604 3 HOH HOH . 
P 4 HOH B 5 605 14 HOH HOH . 
P 4 HOH B 6 606 15 HOH HOH . 
P 4 HOH B 7 607 19 HOH HOH . 
P 4 HOH B 8 608 20 HOH HOH . 
P 4 HOH B 9 609 21 HOH HOH . 
P 4 HOH B 10 610 25 HOH HOH . 
Q 4 HOH C 1 601 5 HOH HOH . 
Q 4 HOH C 2 602 6 HOH HOH . 
Q 4 HOH C 3 603 13 HOH HOH . 
R 4 HOH D 1 601 16 HOH HOH . 
R 4 HOH D 2 602 7 HOH HOH . 
R 4 HOH D 3 603 8 HOH HOH . 
R 4 HOH D 4 604 22 HOH HOH . 
R 4 HOH D 5 605 24 HOH HOH . 
R 4 HOH D 6 606 27 HOH HOH . 
R 4 HOH D 7 607 30 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         H 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               -18.549 
_atom_site.Cartn_y               20.909 
_atom_site.Cartn_z               -2.856 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        38.94 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           501 
_atom_site.auth_asym_id          B 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              11 
_model_server_stats.parse_time_ms           11 
_model_server_stats.create_model_time_ms    13 
_model_server_stats.query_time_ms           262 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           1 
#