data_4YGE
#
_model_server_result.job_id            GyEUQxBir0pjgEYD299Ijw 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-01-02 20:32:58' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4yge 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    4YGE 
#
_exptl.entry_id    4YGE 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    9 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            4YGE 
_cell.length_a            113.128 
_cell.length_b            113.128 
_cell.length_c            157.602 
_cell.Z_PDB               18 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4YGE 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        152 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 31 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,G,H,I,J,K,S 1 1 
C,D,L,M,N,O,T 2 1 
E,F,P,Q,R,U,V 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 G N N 
? 3 H N N 
? 3 J N N 
? 3 K N N 
? 3 L N N 
? 3 N N N 
? 3 O N N 
? 3 Q N N 
? 3 R N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 167 A CYS 190 1_555 A SG CYS 207 A CYS 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? 
disulf ? disulf2 C SG CYS 167 C CYS 190 1_555 C SG CYS 207 C CYS 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? 
disulf ? disulf3 E SG CYS 167 E CYS 190 1_555 E SG CYS 207 E CYS 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 129 A ASP 152 1_555 G CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 129 A ASP 152 1_555 G CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.811 ? 
metalc ? metalc3 A O PHE 131 A PHE 154 1_555 G CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASP 132 A ASP 155 1_555 H CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.753 ? 
metalc ? metalc5 A OD1 ASN 133 A ASN 156 1_555 G CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? 
metalc ? metalc6 A OD1 ASP 134 A ASP 157 1_555 H CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASN 138 A ASN 161 1_555 H CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? 
metalc ? metalc8 A OD1 ASN 139 A ASN 162 1_555 H CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? 
metalc ? metalc9 A OD1 ASP 158 A ASP 181 1_555 G CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc10 A OD2 ASP 158 A ASP 181 1_555 H CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? 
metalc ? metalc11 B OD1 ASP 78 B ASP 81 1_555 K CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? 
metalc ? metalc12 B OD1 ASP 80 B ASP 83 1_555 K CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc13 B OD1 ASN 82 B ASN 85 1_555 K CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? 
metalc ? metalc14 B O LEU 84 B LEU 87 1_555 K CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc15 B OE1 GLU 89 B GLU 92 1_555 K CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? 
metalc ? metalc16 B OE2 GLU 89 B GLU 92 1_555 K CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? 
metalc ? metalc17 B OD1 ASP 126 B ASP 129 1_555 J CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? 
metalc ? metalc18 B OD1 ASN 128 B ASN 131 1_555 J CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? 
metalc ? metalc19 B OD1 ASP 130 B ASP 133 1_555 J CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? 
metalc ? metalc20 B O TYR 132 B TYR 135 1_555 J CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? 
metalc ? metalc21 B OE1 GLU 137 B GLU 140 1_555 J CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.665 ? 
metalc ? metalc22 D OD1 ASP 78 D ASP 81 1_555 N CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? 
metalc ? metalc23 D OD1 ASP 80 D ASP 83 1_555 N CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? 
metalc ? metalc24 D OD1 ASN 82 D ASN 85 1_555 N CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc25 D O LEU 84 D LEU 87 1_555 N CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
metalc ? metalc26 D OE1 GLU 89 D GLU 92 1_555 N CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? 
metalc ? metalc27 D OE2 GLU 89 D GLU 92 1_555 N CA CA . D CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? 
metalc ? metalc28 D OD1 ASP 126 D ASP 129 1_555 O CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? 
metalc ? metalc29 D OD1 ASN 128 D ASN 131 1_555 O CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? 
metalc ? metalc30 D OD1 ASP 130 D ASP 133 1_555 O CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? 
metalc ? metalc31 D O TYR 132 D TYR 135 1_555 O CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc32 D OE1 GLU 137 D GLU 140 1_555 O CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? 
metalc ? metalc33 D OE2 GLU 137 D GLU 140 1_555 O CA CA . D CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.056 ? 
metalc ? metalc34 F OD1 ASP 78 F ASP 81 1_555 Q CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? 
metalc ? metalc35 F OD1 ASP 80 F ASP 83 1_555 Q CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? 
metalc ? metalc36 F OD1 ASN 82 F ASN 85 1_555 Q CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? 
metalc ? metalc37 F O LEU 84 F LEU 87 1_555 Q CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? 
metalc ? metalc38 F OE1 GLU 89 F GLU 92 1_555 Q CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc39 F OE2 GLU 89 F GLU 92 1_555 Q CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.571 ? 
metalc ? metalc40 F OD1 ASP 126 F ASP 129 1_555 R CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
metalc ? metalc41 F OD1 ASN 128 F ASN 131 1_555 R CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc42 F OD1 ASP 130 F ASP 133 1_555 R CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? 
metalc ? metalc43 F O TYR 132 F TYR 135 1_555 R CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? 
metalc ? metalc44 F OE1 GLU 137 F GLU 140 1_555 R CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? 
metalc ? metalc45 F OE2 GLU 137 F GLU 140 1_555 R CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.19 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     4YGE 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.00884 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.005104 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.010207 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006345 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 3 CA A 1 501 501 CA CA . 
H 3 CA A 1 502 502 CA CA . 
I 4 CL A 1 503 503 CL CL . 
J 3 CA B 1 501 501 CA CA . 
K 3 CA B 1 502 502 CA CA . 
L 3 CA C 1 501 501 CA CA . 
M 4 CL C 1 502 502 CL CL . 
N 3 CA D 1 501 501 CA CA . 
O 3 CA D 1 502 502 CA CA . 
P 4 CL E 1 501 501 CL CL . 
Q 3 CA F 1 501 501 CA CA . 
R 3 CA F 1 502 502 CA CA . 
S 5 HOH A 1 601 10 HOH HOH . 
S 5 HOH A 2 602 3 HOH HOH . 
S 5 HOH A 3 603 4 HOH HOH . 
S 5 HOH A 4 604 5 HOH HOH . 
S 5 HOH A 5 605 6 HOH HOH . 
T 5 HOH C 1 601 9 HOH HOH . 
T 5 HOH C 2 602 8 HOH HOH . 
U 5 HOH E 1 601 1 HOH HOH . 
U 5 HOH E 2 602 2 HOH HOH . 
V 5 HOH F 1 601 7 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         Q 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               15.626 
_atom_site.Cartn_y               -9.548 
_atom_site.Cartn_z               21.935 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        22.36 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           501 
_atom_site.auth_asym_id          F 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              14 
_model_server_stats.parse_time_ms           20 
_model_server_stats.create_model_time_ms    30 
_model_server_stats.query_time_ms           328 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           1 
#