data_4YJ2 # _model_server_result.job_id 1O9UxngCsVIAk3FZBXNhRw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-12 20:43:44' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4yj2 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"AA","auth_seq_id":504}' # _entry.id 4YJ2 # _exptl.entry_id 4YJ2 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 8 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4YJ2 _cell.length_a 104.83 _cell.length_b 157.65 _cell.length_c 181.03 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4YJ2 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 8 J N N ? 8 K N N ? 8 R N N ? 8 U N N ? 8 AA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc8 G O2G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? metalc ? metalc9 G O2B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 502 1_555 BA O HOH . A HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc11 H MG MG . A MG 502 1_555 BA O HOH . A HOH 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc12 H MG MG . A MG 502 1_555 BA O HOH . A HOH 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? metalc ? metalc13 H MG MG . A MG 502 1_555 BA O HOH . A HOH 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? metalc ? metalc14 I CA CA . A CA 503 1_555 BA O HOH . A HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc15 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 M MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? metalc ? metalc16 B OE1 GLU 111 B GLU 113 1_555 N CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.078 ? metalc ? metalc17 B OE2 GLU 111 B GLU 113 1_555 N CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? metalc ? metalc18 L O2A GDP . B GDP 501 1_555 M MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc19 M MG MG . B MG 502 1_555 CA O HOH . B HOH 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? metalc ? metalc20 M MG MG . B MG 502 1_555 CA O HOH . B HOH 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? metalc ? metalc21 M MG MG . B MG 502 1_555 CA O HOH . B HOH 626 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? metalc ? metalc22 M MG MG . B MG 502 1_555 DA O HOH . C HOH 632 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc23 N CA CA . B CA 503 1_555 CA O HOH . B HOH 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? metalc ? metalc24 N CA CA . B CA 503 1_555 DA O HOH . C HOH 635 4_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? metalc ? metalc25 N CA CA . B CA 503 1_555 DA O HOH . C HOH 647 4_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.55 ? metalc ? metalc26 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 T CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? metalc ? metalc27 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 T CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc28 C O THR 41 C THR 41 1_555 T CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc29 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 T CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc30 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 T CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc31 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 T CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? metalc ? metalc32 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 T CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? metalc ? metalc33 S O2G GTP . C GTP 501 1_555 W MG MG . C MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? metalc ? metalc34 S O2B GTP . C GTP 501 1_555 W MG MG . C MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? metalc ? metalc35 T CA CA . C CA 502 1_555 DA O HOH . C HOH 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? metalc ? metalc36 W MG MG . C MG 505 1_555 DA O HOH . C HOH 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? metalc ? metalc37 W MG MG . C MG 505 1_555 DA O HOH . C HOH 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? metalc ? metalc38 W MG MG . C MG 505 1_555 DA O HOH . C HOH 629 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? metalc ? metalc39 W MG MG . C MG 505 1_555 DA O HOH . C HOH 637 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc40 D OE1 GLN 11 D GLN 11 1_555 Y MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? metalc ? metalc41 X O2A GDP . D GDP 501 1_555 Y MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc42 Y MG MG . D MG 502 1_555 EA O HOH . D HOH 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 209 n n C1 C2 GOL sing 210 n n C1 H11 GOL sing 211 n n C1 H12 GOL sing 212 n n O1 HO1 GOL sing 213 n n C2 O2 GOL sing 214 n n C2 C3 GOL sing 215 n n C2 H2 GOL sing 216 n n O2 HO2 GOL sing 217 n n C3 O3 GOL sing 218 n n C3 H31 GOL sing 219 n n C3 H32 GOL sing 220 n n O3 HO3 GOL sing 221 n n # _atom_sites.entry_id 4YJ2 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009539 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006343 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005524 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 5 GTP A 1 501 438 GTP GTP . H 6 MG A 1 502 439 MG MG . I 7 CA A 1 503 440 CA CA . J 8 GOL A 1 504 441 GOL GOL . K 8 GOL A 1 505 379 GOL GOL . L 9 GDP B 1 501 439 GDP GDP . M 6 MG B 1 502 440 MG MG . N 7 CA B 1 503 441 CA CA . O 10 4ED B 1 504 442 4ED LIG . P 11 MES B 1 505 443 MES MES . Q 11 MES B 1 506 444 MES MES . R 8 GOL B 1 507 445 GOL GOL . S 5 GTP C 1 501 441 GTP GTP . T 7 CA C 1 502 442 CA CA . U 8 GOL C 1 503 443 GOL GOL . V 12 IMD C 1 504 444 IMD IMD . W 6 MG C 1 505 443 MG MG . X 9 GDP D 1 501 442 GDP GDP . Y 6 MG D 1 502 444 MG MG . Z 10 4ED D 1 503 445 4ED LIG . AA 8 GOL D 1 504 446 GOL GOL . BA 13 HOH A 1 601 464 HOH HOH . BA 13 HOH A 2 602 461 HOH HOH . BA 13 HOH A 3 603 450 HOH HOH . BA 13 HOH A 4 604 443 HOH HOH . BA 13 HOH A 5 605 455 HOH HOH . BA 13 HOH A 6 606 457 HOH HOH . BA 13 HOH A 7 607 460 HOH HOH . BA 13 HOH A 8 608 462 HOH HOH . BA 13 HOH A 9 609 452 HOH HOH . BA 13 HOH A 10 610 444 HOH HOH . BA 13 HOH A 11 611 453 HOH HOH . BA 13 HOH A 12 612 459 HOH HOH . BA 13 HOH A 13 613 463 HOH HOH . BA 13 HOH A 14 614 446 HOH HOH . BA 13 HOH A 15 615 445 HOH HOH . BA 13 HOH A 16 616 458 HOH HOH . BA 13 HOH A 17 617 442 HOH HOH . BA 13 HOH A 18 618 447 HOH HOH . BA 13 HOH A 19 619 449 HOH HOH . BA 13 HOH A 20 620 448 HOH HOH . BA 13 HOH A 21 621 454 HOH HOH . BA 13 HOH A 22 622 456 HOH HOH . BA 13 HOH A 23 623 451 HOH HOH . CA 13 HOH B 1 601 467 HOH HOH . CA 13 HOH B 2 602 464 HOH HOH . CA 13 HOH B 3 603 447 HOH HOH . CA 13 HOH B 4 604 457 HOH HOH . CA 13 HOH B 5 605 474 HOH HOH . CA 13 HOH B 6 606 450 HOH HOH . CA 13 HOH B 7 607 458 HOH HOH . CA 13 HOH B 8 608 448 HOH HOH . CA 13 HOH B 9 609 452 HOH HOH . CA 13 HOH B 10 610 472 HOH HOH . CA 13 HOH B 11 611 460 HOH HOH . CA 13 HOH B 12 612 466 HOH HOH . CA 13 HOH B 13 613 471 HOH HOH . CA 13 HOH B 14 614 462 HOH HOH . CA 13 HOH B 15 615 456 HOH HOH . CA 13 HOH B 16 616 475 HOH HOH . CA 13 HOH B 17 617 473 HOH HOH . CA 13 HOH B 18 618 454 HOH HOH . CA 13 HOH B 19 619 453 HOH HOH . CA 13 HOH B 20 620 446 HOH HOH . CA 13 HOH B 21 621 449 HOH HOH . CA 13 HOH B 22 622 451 HOH HOH . CA 13 HOH B 23 623 461 HOH HOH . CA 13 HOH B 24 624 465 HOH HOH . CA 13 HOH B 25 625 468 HOH HOH . CA 13 HOH B 26 626 455 HOH HOH . CA 13 HOH B 27 627 463 HOH HOH . CA 13 HOH B 28 628 470 HOH HOH . CA 13 HOH B 29 629 459 HOH HOH . CA 13 HOH B 30 630 469 HOH HOH . DA 13 HOH C 1 601 474 HOH HOH . DA 13 HOH C 2 602 470 HOH HOH . DA 13 HOH C 3 603 465 HOH HOH . DA 13 HOH C 4 604 457 HOH HOH . DA 13 HOH C 5 605 482 HOH HOH . DA 13 HOH C 6 606 481 HOH HOH . DA 13 HOH C 7 607 490 HOH HOH . DA 13 HOH C 8 608 473 HOH HOH . DA 13 HOH C 9 609 488 HOH HOH . DA 13 HOH C 10 610 461 HOH HOH . DA 13 HOH C 11 611 445 HOH HOH . DA 13 HOH C 12 612 447 HOH HOH . DA 13 HOH C 13 613 449 HOH HOH . DA 13 HOH C 14 614 463 HOH HOH . DA 13 HOH C 15 615 462 HOH HOH . DA 13 HOH C 16 616 464 HOH HOH . DA 13 HOH C 17 617 458 HOH HOH . DA 13 HOH C 18 618 468 HOH HOH . DA 13 HOH C 19 619 483 HOH HOH . DA 13 HOH C 20 620 469 HOH HOH . DA 13 HOH C 21 621 452 HOH HOH . DA 13 HOH C 22 622 456 HOH HOH . DA 13 HOH C 23 623 467 HOH HOH . DA 13 HOH C 24 624 489 HOH HOH . DA 13 HOH C 25 625 477 HOH HOH . DA 13 HOH C 26 626 455 HOH HOH . DA 13 HOH C 27 627 460 HOH HOH . DA 13 HOH C 28 628 479 HOH HOH . DA 13 HOH C 29 629 454 HOH HOH . DA 13 HOH C 30 630 448 HOH HOH . DA 13 HOH C 31 631 451 HOH HOH . DA 13 HOH C 32 632 459 HOH HOH . DA 13 HOH C 33 633 446 HOH HOH . DA 13 HOH C 34 634 487 HOH HOH . DA 13 HOH C 35 635 484 HOH HOH . DA 13 HOH C 36 636 471 HOH HOH . DA 13 HOH C 37 637 450 HOH HOH . DA 13 HOH C 38 638 475 HOH HOH . DA 13 HOH C 39 639 486 HOH HOH . DA 13 HOH C 40 640 466 HOH HOH . DA 13 HOH C 41 641 485 HOH HOH . DA 13 HOH C 42 642 478 HOH HOH . DA 13 HOH C 43 643 453 HOH HOH . DA 13 HOH C 44 644 480 HOH HOH . DA 13 HOH C 45 645 476 HOH HOH . DA 13 HOH C 46 646 472 HOH HOH . DA 13 HOH C 47 647 491 HOH HOH . EA 13 HOH D 1 601 449 HOH HOH . EA 13 HOH D 2 602 453 HOH HOH . EA 13 HOH D 3 603 448 HOH HOH . EA 13 HOH D 4 604 447 HOH HOH . EA 13 HOH D 5 605 452 HOH HOH . EA 13 HOH D 6 606 450 HOH HOH . EA 13 HOH D 7 607 451 HOH HOH . EA 13 HOH D 8 608 454 HOH HOH . EA 13 HOH D 9 609 455 HOH HOH . FA 13 HOH F 1 401 380 HOH HOH . FA 13 HOH F 2 402 381 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . AA 8 -29.748 7.573 23.699 1 76.12 ? C1 GOL 504 D 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . AA 8 -30.047 6.196 23.656 1 77.47 ? O1 GOL 504 D 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . AA 8 -30.15 8.228 22.383 1 72.25 ? C2 GOL 504 D 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . AA 8 -30.859 9.415 22.654 1 73.37 ? O2 GOL 504 D 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . AA 8 -28.9 8.569 21.583 1 72.43 ? C3 GOL 504 D 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . AA 8 -28.219 9.631 22.212 1 70.61 ? O3 GOL 504 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 37 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 19 _model_server_stats.query_time_ms 328 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 6 #