data_4YJ3
#
_model_server_result.job_id            JTYvQNKCmuENLRFgDJcEKw 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-01-11 14:47:52' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4yj3 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":505}' 
#
_entry.id    4YJ3 
#
_exptl.entry_id    4YJ3 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              195.237 
_entity.id                          10 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4YJ3 
_cell.length_a            105.2 
_cell.length_b            157.69 
_cell.length_c            181.92 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4YJ3 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      10 
_struct_asym.id                             N 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? 
metalc ? metalc2 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.129 ? 
metalc ? metalc3 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? 
metalc ? metalc4 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? 
metalc ? metalc5 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 71 A GLU 71 1_555 G MG MG . A MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc7 G MG MG . A MG 501 1_555 H O2G GTP . A GTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.886 ? 
metalc ? metalc8 G MG MG . A MG 501 1_555 H O1B GTP . A GTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
metalc ? metalc9 G MG MG . A MG 501 1_555 V O HOH . A HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
metalc ? metalc10 G MG MG . A MG 501 1_555 V O HOH . A HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
metalc ? metalc11 G MG MG . A MG 501 1_555 V O HOH . A HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? 
metalc ? metalc12 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
metalc ? metalc13 B OE2 GLU 111 B GLU 113 1_555 M CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.07 ? 
metalc ? metalc14 J O1A GDP . B GDP 501 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? 
metalc ? metalc15 K MG MG . B MG 502 1_555 W O HOH . B HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? 
metalc ? metalc16 K MG MG . B MG 502 1_555 W O HOH . B HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? 
metalc ? metalc17 K MG MG . B MG 502 1_555 W O HOH . B HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? 
metalc ? metalc18 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc19 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? 
metalc ? metalc20 C O THR 41 C THR 41 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc21 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? 
metalc ? metalc22 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.545 ? 
metalc ? metalc23 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? 
metalc ? metalc24 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? 
metalc ? metalc25 O MG MG . C MG 501 1_555 P O3A GTP . C GTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.536 ? 
metalc ? metalc26 O MG MG . C MG 501 1_555 X O HOH . C HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? 
metalc ? metalc27 O MG MG . C MG 501 1_555 X O HOH . C HOH 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.09 ? 
metalc ? metalc28 O MG MG . C MG 501 1_555 X O HOH . C HOH 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? 
metalc ? metalc29 O MG MG . C MG 501 1_555 X O HOH . C HOH 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? 
metalc ? metalc30 Q CA CA . C CA 503 1_555 X O HOH . C HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? 
metalc ? metalc31 D OE1 GLN 11 D GLN 11 1_555 T MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.971 ? 
metalc ? metalc32 S O1A GDP . D GDP 501 1_555 T MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? 
metalc ? metalc33 T MG MG . D MG 502 1_555 Y O HOH . D HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? 
metalc ? metalc34 T MG MG . D MG 502 1_555 Y O HOH . D HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? 
#
_chem_comp.formula           'C6 H13 N O4 S' 
_chem_comp.formula_weight    195.237 
_chem_comp.id                MES 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O1 C2 MES sing 370 n n 
O1 C6 MES sing 371 n n 
C2 C3 MES sing 372 n n 
C2 H21 MES sing 373 n n 
C2 H22 MES sing 374 n n 
C3 N4 MES sing 375 n n 
C3 H31 MES sing 376 n n 
C3 H32 MES sing 377 n n 
N4 C5 MES sing 378 n n 
N4 C7 MES sing 379 n n 
N4 HN4 MES sing 380 n n 
C5 C6 MES sing 381 n n 
C5 H51 MES sing 382 n n 
C5 H52 MES sing 383 n n 
C6 H61 MES sing 384 n n 
C6 H62 MES sing 385 n n 
C7 C8 MES sing 386 n n 
C7 H71 MES sing 387 n n 
C7 H72 MES sing 388 n n 
C8 S MES sing 389 n n 
C8 H81 MES sing 390 n n 
C8 H82 MES sing 391 n n 
S O1S MES doub 392 n n 
S O2S MES doub 393 n n 
S O3S MES sing 394 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4YJ3 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009506 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006342 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005497 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 5 MG A 1 501 439 MG MG . 
H 6 GTP A 1 502 440 GTP GTP . 
I 7 CA A 1 503 441 CA CA . 
J 8 GDP B 1 501 439 GDP GDP . 
K 5 MG B 1 502 440 MG MG . 
L 9 4EE B 1 503 441 4EE LIG . 
M 7 CA B 1 504 442 CA CA . 
N 10 MES B 1 505 443 MES MES . 
O 5 MG C 1 501 441 MG MG . 
P 6 GTP C 1 502 442 GTP GTP . 
Q 7 CA C 1 503 443 CA CA . 
R 11 IMD C 1 504 444 IMD IMD . 
S 8 GDP D 1 501 442 GDP GDP . 
T 5 MG D 1 502 443 MG MG . 
U 9 4EE D 1 503 444 4EE LIG . 
V 12 HOH A 1 601 444 HOH HOH . 
V 12 HOH A 2 602 443 HOH HOH . 
V 12 HOH A 3 603 442 HOH HOH . 
W 12 HOH B 1 601 447 HOH HOH . 
W 12 HOH B 2 602 446 HOH HOH . 
W 12 HOH B 3 603 444 HOH HOH . 
W 12 HOH B 4 604 445 HOH HOH . 
X 12 HOH C 1 601 451 HOH HOH . 
X 12 HOH C 2 602 447 HOH HOH . 
X 12 HOH C 3 603 450 HOH HOH . 
X 12 HOH C 4 604 445 HOH HOH . 
X 12 HOH C 5 605 449 HOH HOH . 
X 12 HOH C 6 606 446 HOH HOH . 
X 12 HOH C 7 607 448 HOH HOH . 
Y 12 HOH D 1 601 446 HOH HOH . 
Y 12 HOH D 2 602 445 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 O O1 MES . . . N 10 31.248 214.648 33.643 1 96.14 ? O1 MES 505 B 1 
HETATM 2 C C2 MES . . . N 10 30.888 215.774 32.846 1 96.14 ? C2 MES 505 B 1 
HETATM 3 C C3 MES . . . N 10 31.765 216.984 33.157 1 96.14 ? C3 MES 505 B 1 
HETATM 4 N N4 MES . . . N 10 31.776 217.169 34.602 1 96.14 ? N4 MES 505 B 1 
HETATM 5 C C5 MES . . . N 10 32.13 216.027 35.434 1 96.14 ? C5 MES 505 B 1 
HETATM 6 C C6 MES . . . N 10 31.169 214.912 35.042 1 96.14 ? C6 MES 505 B 1 
HETATM 7 C C7 MES . . . N 10 32.174 218.483 35.09 1 96.14 ? C7 MES 505 B 1 
HETATM 8 C C8 MES . . . N 10 31.366 218.719 36.361 1 96.14 ? C8 MES 505 B 1 
HETATM 9 S S MES . . . N 10 31.948 220.06 37.156 1 96.14 ? S MES 505 B 1 
HETATM 10 O O1S MES . . . N 10 31.956 221.22 36.234 1 96.14 ? O1S MES 505 B 1 
HETATM 11 O O2S MES . . . N 10 33.327 219.791 37.626 1 96.14 ? O2S MES 505 B 1 
HETATM 12 O O3S MES . . . N 10 31.086 220.365 38.321 1 96.14 ? O3S MES 505 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              40 
_model_server_stats.parse_time_ms           159 
_model_server_stats.create_model_time_ms    179 
_model_server_stats.query_time_ms           266 
_model_server_stats.encode_time_ms          7 
_model_server_stats.element_count           12 
#