data_4YMD # _model_server_result.job_id o1twh_C3HYMJDmhU0uPu6w _model_server_result.datetime_utc '2024-12-26 14:52:01' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4ymd # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Y","auth_seq_id":305}' # _entry.id 4YMD # _exptl.entry_id 4YMD _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 18 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 92.17 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4YMD _cell.length_a 71.85 _cell.length_b 106.65 _cell.length_c 78.39 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4YMD _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,G,H,K,L,M,N,O,P,Q,R,AA,BA,CA,DA,EA,JA,KA,NA 1 1 C,D,F,I,J,S,T,U,V,W,X,Y,Z,FA,GA,HA,IA,LA,MA,OA 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 K N N ? 3 L N N ? 3 M N N ? 3 O N N ? 3 P N N ? 3 Q N N ? 3 S N N ? 3 T N N ? 3 U N N ? 3 W N N ? 3 X N N ? 3 Y N N ? 3 BA N N ? 3 CA N N ? 3 DA N N ? 3 FA N N ? 3 GA N N ? 3 HA N N # _pdbx_entity_branch.entity_id 2 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.details ? _pdbx_entity_branch_link.entity_id 2 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 MAN _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 MAN _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 . _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 . _pdbx_entity_branch_link.value_order sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 2 n G MAN 1 G 1 MAN A 281 MAN 2 n G MAN 2 G 2 MAN A 280 MAN 2 n H MAN 1 H 1 MAN B 281 MAN 2 n H MAN 2 H 2 MAN B 280 MAN 2 n I MAN 1 I 1 MAN D 281 MAN 2 n I MAN 2 I 2 MAN D 280 MAN 2 n J MAN 1 J 1 MAN F 281 MAN 2 n J MAN 2 J 2 MAN F 280 MAN # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 55 A CYS 170 1_555 A SG CYS 149 A CYS 264 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 127 A CYS 242 1_555 A SG CYS 141 A CYS 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf3 B SG CYS 55 B CYS 170 1_555 B SG CYS 149 B CYS 264 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 127 B CYS 242 1_555 B SG CYS 141 B CYS 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf5 C SG CYS 55 D CYS 170 1_555 C SG CYS 149 D CYS 264 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf6 C SG CYS 127 D CYS 242 1_555 C SG CYS 141 D CYS 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf7 D SG CYS 55 F CYS 170 1_555 D SG CYS 149 F CYS 264 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf8 D SG CYS 127 F CYS 242 1_555 D SG CYS 141 F CYS 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf9 E SG CYS 55 C CYS 170 1_555 E SG CYS 149 C CYS 264 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf10 E SG CYS 127 C CYS 242 1_555 E SG CYS 141 C CYS 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf11 F SG CYS 55 E CYS 170 1_555 F SG CYS 149 E CYS 264 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf12 F SG CYS 127 E CYS 242 1_555 F SG CYS 141 E CYS 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? covale ? covale1 G O2 MAN . G MAN 1 1_555 G C1 MAN . G MAN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale2 H O2 MAN . H MAN 1 1_555 H C1 MAN . H MAN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale3 I O2 MAN . I MAN 1 1_555 I C1 MAN . I MAN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? covale ? covale4 J O2 MAN . J MAN 1 1_555 J C1 MAN . J MAN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 92 A ASP 207 1_555 K CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.016 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 92 A ASP 207 1_555 K CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.546 ? metalc ? metalc3 A OE1 GLU 96 A GLU 211 1_555 K CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.58 ? metalc ? metalc4 A OE2 GLU 96 A GLU 211 1_555 K CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 117 A GLU 232 1_555 L CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.67 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASN 119 A ASN 234 1_555 L CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASN 120 A ASN 235 1_555 K CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? metalc ? metalc8 A O GLU 125 A GLU 240 1_555 K CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc ? metalc9 A OE1 GLU 125 A GLU 240 1_555 L CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 126 A ASP 241 1_555 K CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASP 126 A ASP 241 1_555 M CA CA . A CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? metalc ? metalc12 A OD2 ASP 126 A ASP 241 1_555 M CA CA . A CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASN 137 A ASN 252 1_555 L CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc14 A O ASP 138 A ASP 253 1_555 L CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.678 ? metalc ? metalc15 A OD1 ASP 138 A ASP 253 1_555 L CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? metalc ? metalc16 K CA CA . A CA 303 1_555 JA O HOH . A HOH 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? metalc ? metalc17 L CA CA . A CA 304 1_555 G O3 MAN . G MAN 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc18 L CA CA . A CA 304 1_555 G O4 MAN . G MAN 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? metalc ? metalc19 M CA CA . A CA 305 1_555 N O3 GOL . A GOL 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? metalc ? metalc20 M CA CA . A CA 305 1_555 N O2 GOL . A GOL 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.107 ? metalc ? metalc21 M CA CA . A CA 305 1_555 JA O HOH . A HOH 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc22 B OD1 ASP 92 B ASP 207 1_555 O CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.778 ? metalc ? metalc23 B OD2 ASP 92 B ASP 207 1_555 O CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? metalc ? metalc24 B OE1 GLU 96 B GLU 211 1_555 O CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.793 ? metalc ? metalc25 B OE2 GLU 96 B GLU 211 1_555 O CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? metalc ? metalc26 B OE2 GLU 96 B GLU 211 1_555 Q CA CA . B CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.843 ? metalc ? metalc27 B OE1 GLU 117 B GLU 232 1_555 P CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? metalc ? metalc28 B OD1 ASN 119 B ASN 234 1_555 P CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? metalc ? metalc29 B OD1 ASN 120 B ASN 235 1_555 O CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.753 ? metalc ? metalc30 B OD1 ASN 120 B ASN 235 1_555 Q CA CA . B CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.125 ? metalc ? metalc31 B OD1 ASP 123 B ASP 238 1_555 Q CA CA . B CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.981 ? metalc ? metalc32 B O GLU 125 B GLU 240 1_555 O CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? metalc ? metalc33 B OE1 GLU 125 B GLU 240 1_555 P CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc34 B OD1 ASP 126 B ASP 241 1_555 O CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc35 B OD1 ASP 126 B ASP 241 1_555 Q CA CA . B CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.859 ? metalc ? metalc36 B OD1 ASN 137 B ASN 252 1_555 P CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc37 B O ASP 138 B ASP 253 1_555 P CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.646 ? metalc ? metalc38 B OD1 ASP 138 B ASP 253 1_555 P CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc39 O CA CA . B CA 303 1_555 KA O HOH . B HOH 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc40 P CA CA . B CA 304 1_555 H O3 MAN . H MAN 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc41 P CA CA . B CA 304 1_555 H O4 MAN . H MAN 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? metalc ? metalc42 Q CA CA . B CA 305 1_555 R O2 GOL . B GOL 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc43 Q CA CA . B CA 305 1_555 R O3 GOL . B GOL 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc44 C OD1 ASP 92 D ASP 207 1_555 S CA CA . D CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.755 ? metalc ? metalc45 C OD2 ASP 92 D ASP 207 1_555 S CA CA . D CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc46 C OE1 GLU 96 D GLU 211 1_555 S CA CA . D CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? metalc ? metalc47 C OE2 GLU 96 D GLU 211 1_555 S CA CA . D CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.709 ? metalc ? metalc48 C OE1 GLU 96 D GLU 211 1_555 U CA CA . D CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? metalc ? metalc49 C OE1 GLU 117 D GLU 232 1_555 T CA CA . D CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.664 ? metalc ? metalc50 C OD1 ASN 119 D ASN 234 1_555 T CA CA . D CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc51 C OD1 ASN 120 D ASN 235 1_555 S CA CA . D CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.717 ? metalc ? metalc52 C O GLU 125 D GLU 240 1_555 S CA CA . D CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? metalc ? metalc53 C OE1 GLU 125 D GLU 240 1_555 T CA CA . D CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? metalc ? metalc54 C OD1 ASP 126 D ASP 241 1_555 S CA CA . D CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? metalc ? metalc55 C OD1 ASP 126 D ASP 241 1_555 U CA CA . D CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? metalc ? metalc56 C OD2 ASP 126 D ASP 241 1_555 U CA CA . D CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.641 ? metalc ? metalc57 C OD1 ASN 137 D ASN 252 1_555 T CA CA . D CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? metalc ? metalc58 C O ASP 138 D ASP 253 1_555 T CA CA . D CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.666 ? metalc ? metalc59 C OD1 ASP 138 D ASP 253 1_555 T CA CA . D CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? metalc ? metalc60 T CA CA . D CA 304 1_555 I O3 MAN . I MAN 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc61 T CA CA . D CA 304 1_555 I O4 MAN . I MAN 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? metalc ? metalc62 U CA CA . D CA 305 1_555 V O2 GOL . D GOL 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? metalc ? metalc63 U CA CA . D CA 305 1_555 V O3 GOL . D GOL 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc64 D OD1 ASP 92 F ASP 207 1_555 W CA CA . F CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.883 ? metalc ? metalc65 D OD2 ASP 92 F ASP 207 1_555 W CA CA . F CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc66 D OE1 GLU 96 F GLU 211 1_555 W CA CA . F CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? metalc ? metalc67 D OE2 GLU 96 F GLU 211 1_555 W CA CA . F CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? metalc ? metalc68 D OE1 GLU 96 F GLU 211 1_555 Y CA CA . F CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? metalc ? metalc69 D OE1 GLU 117 F GLU 232 1_555 X CA CA . F CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.816 ? metalc ? metalc70 D OD1 ASN 119 F ASN 234 1_555 X CA CA . F CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? metalc ? metalc71 D OD1 ASN 120 F ASN 235 1_555 W CA CA . F CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.684 ? metalc ? metalc72 D O GLU 125 F GLU 240 1_555 W CA CA . F CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? metalc ? metalc73 D OE1 GLU 125 F GLU 240 1_555 X CA CA . F CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? metalc ? metalc74 D OD1 ASP 126 F ASP 241 1_555 W CA CA . F CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.74 ? metalc ? metalc75 D OD1 ASP 126 F ASP 241 1_555 Y CA CA . F CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? metalc ? metalc76 D OD2 ASP 126 F ASP 241 1_555 Y CA CA . F CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.698 ? metalc ? metalc77 D OD1 ASN 137 F ASN 252 1_555 X CA CA . F CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc ? metalc78 D O ASP 138 F ASP 253 1_555 X CA CA . F CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? metalc ? metalc79 D OD1 ASP 138 F ASP 253 1_555 X CA CA . F CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc80 X CA CA . F CA 304 1_555 J O3 MAN . J MAN 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? metalc ? metalc81 X CA CA . F CA 304 1_555 J O4 MAN . J MAN 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.49 ? metalc ? metalc82 Y CA CA . F CA 305 1_555 Z O1 GOL . F GOL 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc83 Y CA CA . F CA 305 1_555 Z O2 GOL . F GOL 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.793 ? metalc ? metalc84 E OD1 ASP 92 C ASP 207 1_555 BA CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.982 ? metalc ? metalc85 E OD2 ASP 92 C ASP 207 1_555 BA CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? metalc ? metalc86 E OE1 GLU 96 C GLU 211 1_555 BA CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.543 ? metalc ? metalc87 E OE2 GLU 96 C GLU 211 1_555 BA CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? metalc ? metalc88 E OE1 GLU 96 C GLU 211 1_555 DA CA CA . C CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? metalc ? metalc89 E OE1 GLU 117 C GLU 232 1_555 CA CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.558 ? metalc ? metalc90 E OD1 ASN 119 C ASN 234 1_555 CA CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc91 E OD1 ASN 120 C ASN 235 1_555 BA CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.661 ? metalc ? metalc92 E OD1 ASN 120 C ASN 235 1_555 DA CA CA . C CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.04 ? metalc ? metalc93 E O GLU 125 C GLU 240 1_555 BA CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? metalc ? metalc94 E OE1 GLU 125 C GLU 240 1_555 CA CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? metalc ? metalc95 E OD1 ASP 126 C ASP 241 1_555 BA CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.662 ? metalc ? metalc96 E OD1 ASP 126 C ASP 241 1_555 DA CA CA . C CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? metalc ? metalc97 E OD2 ASP 126 C ASP 241 1_555 DA CA CA . C CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.012 ? metalc ? metalc98 E OD1 ASN 137 C ASN 252 1_555 CA CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? metalc ? metalc99 E O ASP 138 C ASP 253 1_555 CA CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.878 ? metalc ? metalc100 E OD1 ASP 138 C ASP 253 1_555 CA CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc101 AA O1 GOL . C GOL 301 1_555 CA CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? metalc ? metalc102 AA O2 GOL . C GOL 301 1_555 CA CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? metalc ? metalc103 DA CA CA . C CA 304 1_555 EA O1 GOL . C GOL 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? metalc ? metalc104 F OD2 ASP 92 E ASP 207 1_555 FA CA CA . E CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.05 ? metalc ? metalc105 F OE2 GLU 96 E GLU 211 1_555 FA CA CA . E CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? metalc ? metalc106 F OE1 GLU 96 E GLU 211 1_555 HA CA CA . E CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.592 ? metalc ? metalc107 F OE1 GLU 117 E GLU 232 1_555 GA CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.868 ? metalc ? metalc108 F OD1 ASN 119 E ASN 234 1_555 GA CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? metalc ? metalc109 F OD1 ASN 120 E ASN 235 1_555 HA CA CA . E CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? metalc ? metalc110 F OE1 GLU 125 E GLU 240 1_555 GA CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc111 F OD1 ASP 126 E ASP 241 1_555 HA CA CA . E CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? metalc ? metalc112 F OD2 ASP 126 E ASP 241 1_555 HA CA CA . E CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.173 ? metalc ? metalc113 F OD1 ASN 137 E ASN 252 1_555 GA CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.646 ? metalc ? metalc114 F O ASP 138 E ASP 253 1_555 GA CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.969 ? metalc ? metalc115 F OD1 ASP 138 E ASP 253 1_555 GA CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? metalc ? metalc116 HA CA CA . E CA 303 1_555 IA O2 GOL . E GOL 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.167 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4YMD _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.013918 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000527 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009376 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.012766 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code K 3 CA A 1 303 300 CA CA . L 3 CA A 1 304 301 CA CA . M 3 CA A 1 305 302 CA CA . N 4 GOL A 1 306 306 GOL GOL . O 3 CA B 1 303 300 CA CA . P 3 CA B 1 304 301 CA CA . Q 3 CA B 1 305 302 CA CA . R 4 GOL B 1 306 306 GOL GOL . S 3 CA D 1 303 300 CA CA . T 3 CA D 1 304 301 CA CA . U 3 CA D 1 305 302 CA CA . V 4 GOL D 1 306 306 GOL GOL . W 3 CA F 1 303 300 CA CA . X 3 CA F 1 304 301 CA CA . Y 3 CA F 1 305 302 CA CA . Z 4 GOL F 1 306 306 GOL GOL . AA 4 GOL C 1 301 305 GOL GOL . BA 3 CA C 1 302 300 CA CA . CA 3 CA C 1 303 301 CA CA . DA 3 CA C 1 304 302 CA CA . EA 4 GOL C 1 305 306 GOL GOL . FA 3 CA E 1 301 300 CA CA . GA 3 CA E 1 302 301 CA CA . HA 3 CA E 1 303 302 CA CA . IA 4 GOL E 1 304 306 GOL GOL . JA 5 HOH A 1 401 7 HOH HOH . JA 5 HOH A 2 402 4 HOH HOH . JA 5 HOH A 3 403 15 HOH HOH . JA 5 HOH A 4 404 11 HOH HOH . KA 5 HOH B 1 401 13 HOH HOH . KA 5 HOH B 2 402 6 HOH HOH . KA 5 HOH B 3 403 10 HOH HOH . LA 5 HOH D 1 401 9 HOH HOH . LA 5 HOH D 2 402 3 HOH HOH . MA 5 HOH F 1 401 2 HOH HOH . MA 5 HOH F 2 402 12 HOH HOH . MA 5 HOH F 3 403 1 HOH HOH . NA 5 HOH C 1 401 14 HOH HOH . OA 5 HOH E 1 401 8 HOH HOH . OA 5 HOH E 2 402 5 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id Y _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -25.763 _atom_site.Cartn_y -12.572 _atom_site.Cartn_z 52.161 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 105.88 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 305 _atom_site.auth_asym_id F _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 21 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 18 _model_server_stats.query_time_ms 245 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 1 #