data_4YO6
#
_model_server_result.job_id            Armyjwd_mzM8-Cz7hmF6gQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-27 09:48:07' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4yo6 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    4YO6 
#
_exptl.entry_id    4YO6 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              318.333 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            N-(3-methyl-1-phenyl-1H-pyrazol-5-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide 
_entity.pdbx_number_of_molecules    5 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          124.97 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4YO6 
_cell.length_a            142.71 
_cell.length_b            139.55 
_cell.length_c            87.62 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4YO6 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 3 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,E,J 1 1 
B,F,K 2 1 
C,G,L 3 1 
D,H,I,M 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C GLN 182 A GLN 341 1_555 A N TPO 183 A TPO 342 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.346 ? 
covale ? covale2 A C TPO 183 A TPO 342 1_555 A N VAL 184 A VAL 343 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale3 A C MET 185 A MET 344 1_555 A N TPO 186 A TPO 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale4 A C TPO 186 A TPO 345 1_555 A N SEP 187 A SEP 346 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale5 A C SEP 187 A SEP 346 1_555 A N ARG 188 A ARG 347 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.351 ? 
covale ? covale6 B C GLN 182 B GLN 341 1_555 B N TPO 183 B TPO 342 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? 
covale ? covale7 B C TPO 183 B TPO 342 1_555 B N VAL 184 B VAL 343 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale8 B C MET 185 B MET 344 1_555 B N TPO 186 B TPO 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale9 B C TPO 186 B TPO 345 1_555 B N SEP 187 B SEP 346 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale10 B C SEP 187 B SEP 346 1_555 B N ARG 188 B ARG 347 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.354 ? 
covale ? covale11 C C TPO 183 C TPO 342 1_555 C N VAL 184 C VAL 343 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? 
covale ? covale12 C C MET 185 C MET 344 1_555 C N TPO 186 C TPO 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? 
covale ? covale13 C C TPO 186 C TPO 345 1_555 C N SEP 187 C SEP 346 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale14 C C SEP 187 C SEP 346 1_555 C N ARG 188 C ARG 347 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.353 ? 
covale ? covale15 D C TPO 183 D TPO 342 1_555 D N VAL 184 D VAL 343 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? 
covale ? covale16 D C MET 185 D MET 344 1_555 D N TPO 186 D TPO 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? 
covale ? covale17 D C TPO 186 D TPO 345 1_555 D N SEP 187 D SEP 346 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale18 D C SEP 187 D SEP 346 1_555 D N ARG 188 D ARG 347 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.355 ? 
#
_chem_comp.formula           'C17 H14 N6 O' 
_chem_comp.formula_weight    318.333 
_chem_comp.id                4GD 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              N-(3-methyl-1-phenyl-1H-pyrazol-5-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C12 C11 4GD doub 1 n y 
C12 N07 4GD sing 2 n y 
C11 C10 4GD sing 3 n y 
N06 N07 4GD sing 4 n y 
N06 C05 4GD doub 5 n y 
N07 C08 4GD sing 6 n y 
C10 N09 4GD doub 7 n y 
C05 C04 4GD sing 8 n y 
C08 N09 4GD sing 9 n y 
C08 C04 4GD doub 10 n y 
C04 C02 4GD sing 11 n n 
C02 O03 4GD doub 12 n n 
C02 N01 4GD sing 13 n n 
C23 C24 4GD doub 14 n y 
C23 C22 4GD sing 15 n y 
N01 C13 4GD sing 16 n n 
C24 C19 4GD sing 17 n y 
C22 C21 4GD doub 18 n y 
C13 N17 4GD sing 19 n y 
C13 C14 4GD doub 20 n y 
C19 N17 4GD sing 21 n n 
C19 C20 4GD doub 22 n y 
N17 N16 4GD sing 23 n y 
C14 C15 4GD sing 24 n y 
C21 C20 4GD sing 25 n y 
N16 C15 4GD doub 26 n y 
C15 C18 4GD sing 27 n n 
N01 H1 4GD sing 28 n n 
C05 H2 4GD sing 29 n n 
C10 H3 4GD sing 30 n n 
C11 H4 4GD sing 31 n n 
C12 H5 4GD sing 32 n n 
C14 H6 4GD sing 33 n n 
C18 H7 4GD sing 34 n n 
C18 H8 4GD sing 35 n n 
C18 H9 4GD sing 36 n n 
C20 H10 4GD sing 37 n n 
C21 H11 4GD sing 38 n n 
C22 H12 4GD sing 39 n n 
C23 H13 4GD sing 40 n n 
C24 H14 4GD sing 41 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4YO6 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.007007 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.004901 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007166 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.013927 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 4GD A 1 501 1 4GD SCH . 
F 2 4GD B 1 501 2 4GD SCH . 
G 2 4GD C 1 501 3 4GD SCH . 
H 2 4GD D 1 501 4 4GD SCH . 
I 2 4GD D 1 502 5 4GD SCH . 
J 3 HOH A 1 601 11 HOH WAT . 
J 3 HOH A 2 602 13 HOH WAT . 
J 3 HOH A 3 603 14 HOH WAT . 
J 3 HOH A 4 604 18 HOH WAT . 
J 3 HOH A 5 605 20 HOH WAT . 
J 3 HOH A 6 606 31 HOH WAT . 
J 3 HOH A 7 607 38 HOH WAT . 
J 3 HOH A 8 608 42 HOH WAT . 
J 3 HOH A 9 609 50 HOH WAT . 
J 3 HOH A 10 610 51 HOH WAT . 
J 3 HOH A 11 611 52 HOH WAT . 
J 3 HOH A 12 612 63 HOH WAT . 
J 3 HOH A 13 613 66 HOH WAT . 
J 3 HOH A 14 614 73 HOH WAT . 
J 3 HOH A 15 615 77 HOH WAT . 
J 3 HOH A 16 616 78 HOH WAT . 
J 3 HOH A 17 617 81 HOH WAT . 
J 3 HOH A 18 618 82 HOH WAT . 
J 3 HOH A 19 619 83 HOH WAT . 
J 3 HOH A 20 620 88 HOH WAT . 
J 3 HOH A 21 621 89 HOH WAT . 
J 3 HOH A 22 622 94 HOH WAT . 
J 3 HOH A 23 623 97 HOH WAT . 
J 3 HOH A 24 624 103 HOH WAT . 
J 3 HOH A 25 625 108 HOH WAT . 
J 3 HOH A 26 626 109 HOH WAT . 
J 3 HOH A 27 627 120 HOH WAT . 
J 3 HOH A 28 628 122 HOH WAT . 
J 3 HOH A 29 629 136 HOH WAT . 
J 3 HOH A 30 630 143 HOH WAT . 
J 3 HOH A 31 631 155 HOH WAT . 
J 3 HOH A 32 632 160 HOH WAT . 
J 3 HOH A 33 633 195 HOH WAT . 
J 3 HOH A 34 634 199 HOH WAT . 
J 3 HOH A 35 635 202 HOH WAT . 
K 3 HOH B 1 601 71 HOH WAT . 
K 3 HOH B 2 602 101 HOH WAT . 
K 3 HOH B 3 603 127 HOH WAT . 
K 3 HOH B 4 604 115 HOH WAT . 
K 3 HOH B 5 605 4 HOH WAT . 
K 3 HOH B 6 606 9 HOH WAT . 
K 3 HOH B 7 607 10 HOH WAT . 
K 3 HOH B 8 608 16 HOH WAT . 
K 3 HOH B 9 609 17 HOH WAT . 
K 3 HOH B 10 610 21 HOH WAT . 
K 3 HOH B 11 611 33 HOH WAT . 
K 3 HOH B 12 612 49 HOH WAT . 
K 3 HOH B 13 613 54 HOH WAT . 
K 3 HOH B 14 614 55 HOH WAT . 
K 3 HOH B 15 615 56 HOH WAT . 
K 3 HOH B 16 616 57 HOH WAT . 
K 3 HOH B 17 617 58 HOH WAT . 
K 3 HOH B 18 618 61 HOH WAT . 
K 3 HOH B 19 619 67 HOH WAT . 
K 3 HOH B 20 620 74 HOH WAT . 
K 3 HOH B 21 621 75 HOH WAT . 
K 3 HOH B 22 622 76 HOH WAT . 
K 3 HOH B 23 623 80 HOH WAT . 
K 3 HOH B 24 624 85 HOH WAT . 
K 3 HOH B 25 625 93 HOH WAT . 
K 3 HOH B 26 626 102 HOH WAT . 
K 3 HOH B 27 627 104 HOH WAT . 
K 3 HOH B 28 628 106 HOH WAT . 
K 3 HOH B 29 629 116 HOH WAT . 
K 3 HOH B 30 630 130 HOH WAT . 
K 3 HOH B 31 631 132 HOH WAT . 
K 3 HOH B 32 632 142 HOH WAT . 
K 3 HOH B 33 633 162 HOH WAT . 
K 3 HOH B 34 634 166 HOH WAT . 
K 3 HOH B 35 635 171 HOH WAT . 
K 3 HOH B 36 636 174 HOH WAT . 
K 3 HOH B 37 637 176 HOH WAT . 
K 3 HOH B 38 638 177 HOH WAT . 
K 3 HOH B 39 639 178 HOH WAT . 
K 3 HOH B 40 640 183 HOH WAT . 
K 3 HOH B 41 641 190 HOH WAT . 
K 3 HOH B 42 642 191 HOH WAT . 
K 3 HOH B 43 643 193 HOH WAT . 
K 3 HOH B 44 644 197 HOH WAT . 
L 3 HOH C 1 601 6 HOH WAT . 
L 3 HOH C 2 602 112 HOH WAT . 
L 3 HOH C 3 603 159 HOH WAT . 
L 3 HOH C 4 604 163 HOH WAT . 
L 3 HOH C 5 605 200 HOH WAT . 
L 3 HOH C 6 606 129 HOH WAT . 
L 3 HOH C 7 607 149 HOH WAT . 
L 3 HOH C 8 608 133 HOH WAT . 
L 3 HOH C 9 609 186 HOH WAT . 
L 3 HOH C 10 610 173 HOH WAT . 
L 3 HOH C 11 611 121 HOH WAT . 
L 3 HOH C 12 612 169 HOH WAT . 
L 3 HOH C 13 613 1 HOH WAT . 
L 3 HOH C 14 614 3 HOH WAT . 
L 3 HOH C 15 615 5 HOH WAT . 
L 3 HOH C 16 616 7 HOH WAT . 
L 3 HOH C 17 617 19 HOH WAT . 
L 3 HOH C 18 618 24 HOH WAT . 
L 3 HOH C 19 619 25 HOH WAT . 
L 3 HOH C 20 620 26 HOH WAT . 
L 3 HOH C 21 621 29 HOH WAT . 
L 3 HOH C 22 622 30 HOH WAT . 
L 3 HOH C 23 623 32 HOH WAT . 
L 3 HOH C 24 624 34 HOH WAT . 
L 3 HOH C 25 625 40 HOH WAT . 
L 3 HOH C 26 626 41 HOH WAT . 
L 3 HOH C 27 627 44 HOH WAT . 
L 3 HOH C 28 628 46 HOH WAT . 
L 3 HOH C 29 629 47 HOH WAT . 
L 3 HOH C 30 630 48 HOH WAT . 
L 3 HOH C 31 631 53 HOH WAT . 
L 3 HOH C 32 632 60 HOH WAT . 
L 3 HOH C 33 633 64 HOH WAT . 
L 3 HOH C 34 634 69 HOH WAT . 
L 3 HOH C 35 635 70 HOH WAT . 
L 3 HOH C 36 636 72 HOH WAT . 
L 3 HOH C 37 637 79 HOH WAT . 
L 3 HOH C 38 638 87 HOH WAT . 
L 3 HOH C 39 639 90 HOH WAT . 
L 3 HOH C 40 640 91 HOH WAT . 
L 3 HOH C 41 641 92 HOH WAT . 
L 3 HOH C 42 642 95 HOH WAT . 
L 3 HOH C 43 643 96 HOH WAT . 
L 3 HOH C 44 644 98 HOH WAT . 
L 3 HOH C 45 645 99 HOH WAT . 
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