data_4YO7
#
_model_server_result.job_id            RkxXvHb-A5HlDNNISbv-wg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-14 10:35:28' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4yo7 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":405}' 
#
_entry.id    4YO7 
#
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_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              180.156 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2,3,4,5,6-HEXAHYDROXY-CYCLOHEXANE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4YO7 
_cell.length_a            68.155 
_cell.length_b            79.845 
_cell.length_c            118.337 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4YO7 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        23 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'I 2 2 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    monomeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      1 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      4 
_struct_asym.id                             F 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C TYR 61 A TYR 58 1_555 A N MSE 62 A MSE 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale2 A C MSE 62 A MSE 59 1_555 A N GLN 63 A GLN 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale3 A C ALA 65 A ALA 62 1_555 A N MSE 66 A MSE 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale4 A C MSE 66 A MSE 63 1_555 A N LYS 67 A LYS 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale5 A C GLN 90 A GLN 87 1_555 A N MSE 91 A MSE 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale6 A C MSE 91 A MSE 88 1_555 A N ALA 92 A ALA 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale7 A C ASN 120 A ASN 117 1_555 A N MSE 121 A MSE 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale8 A C MSE 121 A MSE 118 1_555 A N VAL 122 A VAL 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale9 A C GLN 157 A GLN 154 1_555 A N MSE 158 A MSE 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale10 A C MSE 158 A MSE 155 1_555 A N GLU 159 A GLU 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale11 A C ILE 173 A ILE 170 1_555 A N MSE 174 A MSE 171 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale12 A C MSE 174 A MSE 171 1_555 A N ASP 175 A ASP 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale13 A C ILE 184 A ILE 181 1_555 A N MSE 185 A MSE 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale14 A C MSE 185 A MSE 182 1_555 A N ARG 186 A ARG 183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale15 A C GLY 215 A GLY 212 1_555 A N MSE 216 A MSE 213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale16 A C MSE 216 A MSE 213 1_555 A N ARG 217 A ARG 214 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale17 A C LEU 218 A LEU 215 1_555 A N MSE 219 A MSE 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale18 A C MSE 219 A MSE 216 1_555 A N GLU 220 A GLU 217 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale19 A C GLU 238 A GLU 235 1_555 A N MSE 239 A MSE 236 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale20 A C MSE 239 A MSE 236 1_555 A N ALA 240 A ALA 237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale21 A C ALA 270 A ALA 267 1_555 A N MSE 271 A MSE 268 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale22 A C MSE 271 A MSE 268 1_555 A N LYS 272 A LYS 269 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale23 A C ALA 307 A ALA 304 1_555 A N MSE 308 A MSE 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale24 A C MSE 308 A MSE 305 1_555 A N ILE 309 A ILE 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
metalc ? metalc1 A O GLY 41 A GLY 38 1_555 B MG MG . A MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? 
metalc ? metalc2 A O ILE 194 A ILE 191 1_555 G NA NA . A NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? 
metalc ? metalc3 A O HIS 197 A HIS 194 1_555 G NA NA . A NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? 
metalc ? metalc4 A O LEU 200 A LEU 197 1_555 G NA NA . A NA 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? 
metalc ? metalc5 A O LEU 253 A LEU 250 1_555 C MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? 
metalc ? metalc6 A O VAL 256 A VAL 253 1_555 C MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc7 B MG MG . A MG 401 1_555 H O HOH . A HOH 501 7_645 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? 
metalc ? metalc8 B MG MG . A MG 401 1_555 H O HOH . A HOH 513 7_645 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? 
metalc ? metalc9 B MG MG . A MG 401 1_555 H O HOH . A HOH 521 7_645 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
metalc ? metalc10 B MG MG . A MG 401 1_555 H O HOH . A HOH 559 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? 
metalc ? metalc11 B MG MG . A MG 401 1_555 H O HOH . A HOH 567 7_645 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? 
metalc ? metalc12 B MG MG . A MG 401 1_555 H O HOH . A HOH 568 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
metalc ? metalc13 C MG MG . A MG 402 1_555 H O HOH . A HOH 730 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc14 C MG MG . A MG 402 1_555 H O HOH . A HOH 743 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? 
metalc ? metalc15 C MG MG . A MG 402 1_555 H O HOH . A HOH 790 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? 
metalc ? metalc16 D MG MG . A MG 403 1_555 H O HOH . A HOH 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
metalc ? metalc17 D MG MG . A MG 403 1_555 H O HOH . A HOH 522 2_655 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
metalc ? metalc18 D MG MG . A MG 403 1_555 H O HOH . A HOH 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? 
metalc ? metalc19 D MG MG . A MG 403 1_555 H O HOH . A HOH 532 2_655 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? 
metalc ? metalc20 D MG MG . A MG 403 1_555 H O HOH . A HOH 572 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? 
metalc ? metalc21 D MG MG . A MG 403 1_555 H O HOH . A HOH 572 2_655 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? 
metalc ? metalc22 D MG MG . A MG 403 1_555 H O HOH . A HOH 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
metalc ? metalc23 D MG MG . A MG 403 1_555 H O HOH . A HOH 586 2_655 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
metalc ? metalc24 G NA NA . A NA 406 1_555 H O HOH . A HOH 653 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc25 G NA NA . A NA 406 1_555 H O HOH . A HOH 656 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? 
metalc ? metalc26 G NA NA . A NA 406 1_555 H O HOH . A HOH 682 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? 
#
_chem_comp.formula           'C6 H12 O6' 
_chem_comp.formula_weight    180.156 
_chem_comp.id                INS 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2,3,4,5,6-HEXAHYDROXY-CYCLOHEXANE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     MYO-INOSITOL 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 INS sing 173 n n 
C1 C6 INS sing 174 n n 
C1 O1 INS sing 175 n n 
C1 H1 INS sing 176 n n 
C2 C3 INS sing 177 n n 
C2 O2 INS sing 178 n n 
C2 H2 INS sing 179 n n 
C3 C4 INS sing 180 n n 
C3 O3 INS sing 181 n n 
C3 H3 INS sing 182 n n 
C4 C5 INS sing 183 n n 
C4 O4 INS sing 184 n n 
C4 H4 INS sing 185 n n 
C5 C6 INS sing 186 n n 
C5 O5 INS sing 187 n n 
C5 H5 INS sing 188 n n 
C6 O6 INS sing 189 n n 
C6 H6 INS sing 190 n n 
O1 HO1 INS sing 191 n n 
O2 HO2 INS sing 192 n n 
O3 HO3 INS sing 193 n n 
O4 HO4 INS sing 194 n n 
O5 HO5 INS sing 195 n n 
O6 HO6 INS sing 196 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4YO7 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014672 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.012524 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00845 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
B 2 MG A 1 401 3 MG MG . 
C 2 MG A 1 402 4 MG MG . 
D 2 MG A 1 403 5 MG MG . 
E 3 CL A 1 404 1 CL CL . 
F 4 INS A 1 405 401 INS INS . 
G 5 NA A 1 406 1 NA NA . 
H 6 HOH A 1 501 99 HOH HOH . 
H 6 HOH A 2 502 59 HOH HOH . 
H 6 HOH A 3 503 299 HOH HOH . 
H 6 HOH A 4 504 36 HOH HOH . 
H 6 HOH A 5 505 255 HOH HOH . 
H 6 HOH A 6 506 166 HOH HOH . 
H 6 HOH A 7 507 74 HOH HOH . 
H 6 HOH A 8 508 96 HOH HOH . 
H 6 HOH A 9 509 161 HOH HOH . 
H 6 HOH A 10 510 104 HOH HOH . 
H 6 HOH A 11 511 174 HOH HOH . 
H 6 HOH A 12 512 29 HOH HOH . 
H 6 HOH A 13 513 13 HOH HOH . 
H 6 HOH A 14 514 71 HOH HOH . 
H 6 HOH A 15 515 77 HOH HOH . 
H 6 HOH A 16 516 134 HOH HOH . 
H 6 HOH A 17 517 294 HOH HOH . 
H 6 HOH A 18 518 127 HOH HOH . 
H 6 HOH A 19 519 312 HOH HOH . 
H 6 HOH A 20 520 118 HOH HOH . 
H 6 HOH A 21 521 17 HOH HOH . 
H 6 HOH A 22 522 273 HOH HOH . 
H 6 HOH A 23 523 243 HOH HOH . 
H 6 HOH A 24 524 128 HOH HOH . 
H 6 HOH A 25 525 54 HOH HOH . 
H 6 HOH A 26 526 22 HOH HOH . 
H 6 HOH A 27 527 47 HOH HOH . 
H 6 HOH A 28 528 222 HOH HOH . 
H 6 HOH A 29 529 60 HOH HOH . 
H 6 HOH A 30 530 122 HOH HOH . 
H 6 HOH A 31 531 61 HOH HOH . 
H 6 HOH A 32 532 271 HOH HOH . 
H 6 HOH A 33 533 38 HOH HOH . 
H 6 HOH A 34 534 85 HOH HOH . 
H 6 HOH A 35 535 21 HOH HOH . 
H 6 HOH A 36 536 200 HOH HOH . 
H 6 HOH A 37 537 30 HOH HOH . 
H 6 HOH A 38 538 33 HOH HOH . 
H 6 HOH A 39 539 216 HOH HOH . 
H 6 HOH A 40 540 113 HOH HOH . 
H 6 HOH A 41 541 7 HOH HOH . 
H 6 HOH A 42 542 81 HOH HOH . 
H 6 HOH A 43 543 308 HOH HOH . 
H 6 HOH A 44 544 69 HOH HOH . 
H 6 HOH A 45 545 115 HOH HOH . 
H 6 HOH A 46 546 16 HOH HOH . 
H 6 HOH A 47 547 146 HOH HOH . 
H 6 HOH A 48 548 275 HOH HOH . 
H 6 HOH A 49 549 35 HOH HOH . 
H 6 HOH A 50 550 97 HOH HOH . 
H 6 HOH A 51 551 63 HOH HOH . 
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