data_4YSJ # _model_server_result.job_id I11Ws1XwYzmLC2C3NrRPtA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-14 16:47:50' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4ysj # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":502}' # _entry.id 4YSJ # _exptl.entry_id 4YSJ _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4YSJ _cell.length_a 93.536 _cell.length_b 108.415 _cell.length_c 109.8 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4YSJ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,F,G,H,O 1 1 B,I,J,K,L,M,N,P 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 K N N ? 2 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASN 160 A ASN 156 1_555 G MG MG . A MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 176 A ASP 172 1_555 G MG MG . A MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.202 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 349 A ASP 345 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASN 351 A ASN 347 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 353 A ASP 349 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc6 A O GLN 355 A GLN 351 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc7 A OE1 GLU 360 A GLU 356 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc8 A OE2 GLU 360 A GLU 356 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 396 A ASP 392 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 398 A ASP 394 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASN 400 A ASN 396 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc12 A O PHE 402 A PHE 398 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc13 A OE2 GLU 404 A GLU 400 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? metalc ? metalc14 A OE1 GLU 407 A GLU 403 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc15 A OE2 GLU 407 A GLU 403 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 432 A ASP 428 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASP 434 A ASP 430 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc18 A OG SER 436 A SER 432 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc19 A O LYS 438 A LYS 434 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc20 A OE1 GLU 443 A GLU 439 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc21 A OE2 GLU 443 A GLU 439 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc22 A OD2 ASP 466 A ASP 462 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc23 A OD1 ASN 468 A ASN 464 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? metalc ? metalc24 A OD1 ASP 470 A ASP 466 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc25 A O GLU 472 A GLU 468 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc26 A OE1 GLU 477 A GLU 473 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc27 A OE2 GLU 477 A GLU 473 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc28 G MG MG . A MG 505 1_555 H O1A ADP . A ADP 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? metalc ? metalc29 G MG MG . A MG 505 1_555 H O1B ADP . A ADP 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? metalc ? metalc30 G MG MG . A MG 505 1_555 O O HOH . A HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? metalc ? metalc31 B OD1 ASN 160 B ASN 156 1_555 M MG MG . B MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? metalc ? metalc32 B OD2 ASP 176 B ASP 172 1_555 M MG MG . B MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? metalc ? metalc33 B OD1 ASP 349 B ASP 345 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc34 B OD1 ASN 351 B ASN 347 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc35 B OD2 ASP 353 B ASP 349 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc36 B O GLN 355 B GLN 351 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc37 B OE1 GLU 360 B GLU 356 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc38 B OE2 GLU 360 B GLU 356 1_555 I CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc39 B OD1 ASP 396 B ASP 392 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc40 B OD1 ASP 398 B ASP 394 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc41 B OD1 ASN 400 B ASN 396 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc42 B O PHE 402 B PHE 398 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc43 B OE2 GLU 404 B GLU 400 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc44 B OE1 GLU 407 B GLU 403 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc45 B OE2 GLU 407 B GLU 403 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc46 B OD1 ASP 432 B ASP 428 1_555 K CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.923 ? metalc ? metalc47 B OD1 ASP 434 B ASP 430 1_555 K CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc48 B OD2 ASP 434 B ASP 430 1_555 K CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc49 B OG SER 436 B SER 432 1_555 K CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc50 B O LYS 438 B LYS 434 1_555 K CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.614 ? metalc ? metalc51 B OE1 GLU 443 B GLU 439 1_555 K CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? metalc ? metalc52 B OE2 GLU 443 B GLU 439 1_555 K CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc53 B OD2 ASP 466 B ASP 462 1_555 L CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc54 B OD1 ASN 468 B ASN 464 1_555 L CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc55 B OD1 ASP 470 B ASP 466 1_555 L CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc56 B O GLU 472 B GLU 468 1_555 L CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc57 B OE1 GLU 477 B GLU 473 1_555 L CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc58 B OE2 GLU 477 B GLU 473 1_555 L CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc59 M MG MG . B MG 505 1_555 N O1A ADP . B ADP 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? metalc ? metalc60 M MG MG . B MG 505 1_555 N O1B ADP . B ADP 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? metalc ? metalc61 M MG MG . B MG 505 1_555 P O HOH . B HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4YSJ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010691 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009224 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.009107 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 CA A 1 501 501 CA CA . D 2 CA A 1 502 502 CA CA . E 2 CA A 1 503 503 CA CA . F 2 CA A 1 504 504 CA CA . G 3 MG A 1 505 508 MG MG . H 4 ADP A 1 506 510 ADP ADP . I 2 CA B 1 501 501 CA CA . J 2 CA B 1 502 502 CA CA . K 2 CA B 1 503 503 CA CA . L 2 CA B 1 504 504 CA CA . M 3 MG B 1 505 508 MG MG . N 4 ADP B 1 506 510 ADP ADP . O 5 HOH A 1 601 509 HOH HOH . P 5 HOH B 1 601 509 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 40.63 _atom_site.Cartn_y 35.385 _atom_site.Cartn_z 137.242 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 63.99 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 502 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 23 _model_server_stats.parse_time_ms 32 _model_server_stats.create_model_time_ms 10 _model_server_stats.query_time_ms 303 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #