data_4YUQ # _model_server_result.job_id k513Jh3UB0eEd7iBIqhwQQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-14 05:55:54' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4yuq # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":502}' # _entry.id 4YUQ # _exptl.entry_id 4YUQ _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 93.06 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4YUQ _cell.length_a 68.701 _cell.length_b 94.253 _cell.length_c 87.395 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4YUQ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,F,G 1 1 B,H,I,J,K,L 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 H N N ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 K N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 B NZ LYS 65 B LYS 61 1_555 B O ASP 101 B ASP 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.43 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 349 A ASP 345 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASN 351 A ASN 347 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 353 A ASP 349 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc4 A O GLN 355 A GLN 351 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 360 A GLU 356 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 360 A GLU 356 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 396 A ASP 392 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 398 A ASP 394 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASN 400 A ASN 396 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc10 A O PHE 402 A PHE 398 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc11 A OE2 GLU 404 A GLU 400 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc12 A OE1 GLU 407 A GLU 403 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc13 A OE2 GLU 407 A GLU 403 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASP 432 A ASP 428 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc15 A OD1 ASP 434 A ASP 430 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc16 A OG SER 436 A SER 432 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc17 A O LYS 438 A LYS 434 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc18 A OE1 GLU 443 A GLU 439 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc19 A OE2 GLU 443 A GLU 439 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc20 A OD2 ASP 466 A ASP 462 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc21 A OD1 ASN 468 A ASN 464 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc22 A OD1 ASP 470 A ASP 466 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc23 A O GLU 472 A GLU 468 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc24 A OE1 GLU 477 A GLU 473 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc25 A OE2 GLU 477 A GLU 473 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc26 B OD1 ASP 349 B ASP 345 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? metalc ? metalc27 B OD1 ASN 351 B ASN 347 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc28 B OD2 ASP 353 B ASP 349 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc29 B O GLN 355 B GLN 351 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc30 B OE1 GLU 360 B GLU 356 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc31 B OE2 GLU 360 B GLU 356 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc32 B OD1 ASP 396 B ASP 392 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc33 B OD1 ASP 398 B ASP 394 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc34 B OD1 ASN 400 B ASN 396 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc35 B O PHE 402 B PHE 398 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc36 B OE2 GLU 404 B GLU 400 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc37 B OE1 GLU 407 B GLU 403 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc38 B OE2 GLU 407 B GLU 403 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc39 B OD1 ASP 434 B ASP 430 1_555 J CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc40 B OD2 ASP 434 B ASP 430 1_555 J CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc41 B OG SER 436 B SER 432 1_555 J CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc42 B OE1 GLU 443 B GLU 439 1_555 J CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.165 ? metalc ? metalc43 B OE2 GLU 443 B GLU 439 1_555 J CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc44 B OD2 ASP 466 B ASP 462 1_555 K CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc45 B OD1 ASN 468 B ASN 464 1_555 K CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc46 B OD1 ASP 470 B ASP 466 1_555 K CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc47 B O GLU 472 B GLU 468 1_555 K CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc48 B OE1 GLU 477 B GLU 473 1_555 K CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc49 B OE2 GLU 477 B GLU 473 1_555 K CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4YUQ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014556 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000778 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.01061 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011459 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 CA A 1 501 501 CA CA . D 2 CA A 1 502 502 CA CA . E 2 CA A 1 503 503 CA CA . F 2 CA A 1 504 504 CA CA . G 3 KS1 A 1 505 510 KS1 N54 . H 2 CA B 1 501 501 CA CA . I 2 CA B 1 502 502 CA CA . J 2 CA B 1 503 503 CA CA . K 2 CA B 1 504 504 CA CA . L 3 KS1 B 1 505 510 KS1 N54 . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x -16.327 _atom_site.Cartn_y -4.466 _atom_site.Cartn_z -20.994 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 56.55 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 502 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 23 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 23 _model_server_stats.query_time_ms 344 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #