data_4YUQ # _model_server_result.job_id yOv9fvHPCn3owE3WQGXhcA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-14 05:39:35' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4yuq # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":505}' # _entry.id 4YUQ # _exptl.entry_id 4YUQ _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 319.364 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 1-cyclopentyl-3-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 93.06 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4YUQ _cell.length_a 68.701 _cell.length_b 94.253 _cell.length_c 87.395 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4YUQ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,F,G 1 1 B,H,I,J,K,L 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 G N N ? 3 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 B NZ LYS 65 B LYS 61 1_555 B O ASP 101 B ASP 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.43 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 349 A ASP 345 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASN 351 A ASN 347 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 353 A ASP 349 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc4 A O GLN 355 A GLN 351 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 360 A GLU 356 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 360 A GLU 356 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 396 A ASP 392 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 398 A ASP 394 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASN 400 A ASN 396 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc10 A O PHE 402 A PHE 398 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc11 A OE2 GLU 404 A GLU 400 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc12 A OE1 GLU 407 A GLU 403 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc13 A OE2 GLU 407 A GLU 403 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASP 432 A ASP 428 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc15 A OD1 ASP 434 A ASP 430 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc16 A OG SER 436 A SER 432 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc17 A O LYS 438 A LYS 434 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc18 A OE1 GLU 443 A GLU 439 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc19 A OE2 GLU 443 A GLU 439 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc20 A OD2 ASP 466 A ASP 462 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc21 A OD1 ASN 468 A ASN 464 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc22 A OD1 ASP 470 A ASP 466 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc23 A O GLU 472 A GLU 468 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc24 A OE1 GLU 477 A GLU 473 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc25 A OE2 GLU 477 A GLU 473 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc26 B OD1 ASP 349 B ASP 345 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? metalc ? metalc27 B OD1 ASN 351 B ASN 347 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc28 B OD2 ASP 353 B ASP 349 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc29 B O GLN 355 B GLN 351 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc30 B OE1 GLU 360 B GLU 356 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc31 B OE2 GLU 360 B GLU 356 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc32 B OD1 ASP 396 B ASP 392 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc33 B OD1 ASP 398 B ASP 394 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc34 B OD1 ASN 400 B ASN 396 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc35 B O PHE 402 B PHE 398 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc36 B OE2 GLU 404 B GLU 400 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc37 B OE1 GLU 407 B GLU 403 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc38 B OE2 GLU 407 B GLU 403 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc39 B OD1 ASP 434 B ASP 430 1_555 J CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc40 B OD2 ASP 434 B ASP 430 1_555 J CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc41 B OG SER 436 B SER 432 1_555 J CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc42 B OE1 GLU 443 B GLU 439 1_555 J CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.165 ? metalc ? metalc43 B OE2 GLU 443 B GLU 439 1_555 J CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc44 B OD2 ASP 466 B ASP 462 1_555 K CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc45 B OD1 ASN 468 B ASN 464 1_555 K CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc46 B OD1 ASP 470 B ASP 466 1_555 K CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc47 B O GLU 472 B GLU 468 1_555 K CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc48 B OE1 GLU 477 B GLU 473 1_555 K CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc49 B OE2 GLU 477 B GLU 473 1_555 K CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? # _chem_comp.formula 'C17 H17 N7' _chem_comp.formula_weight 319.364 _chem_comp.id KS1 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 1-cyclopentyl-3-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag CAI CAG KS1 sing 171 n n CAI CAW KS1 sing 172 n n CAG CAH KS1 sing 173 n n CAH CAJ KS1 sing 174 n n CAJ CAW KS1 sing 175 n n CAW NAX KS1 sing 176 n n NAX NAN KS1 sing 177 n y NAX C4 KS1 sing 178 n y NAN CAR KS1 doub 179 n y C4 N3 KS1 doub 180 n y C4 C5 KS1 sing 181 n y N3 C2 KS1 sing 182 n y C2 N1 KS1 doub 183 n y N1 C6 KS1 sing 184 n y C6 NAA KS1 sing 185 n n C6 C5 KS1 doub 186 n y C5 CAR KS1 sing 187 n y CAR CAP KS1 sing 188 n y CAP CAF KS1 doub 189 n y CAP CAE KS1 sing 190 n y CAF CAS KS1 sing 191 n y CAS CAD KS1 sing 192 n y CAS CAT KS1 doub 193 n y CAD CAB KS1 doub 194 n y CAB NAO KS1 sing 195 n y NAO CAT KS1 sing 196 n y CAT NAM KS1 sing 197 n y NAM CAE KS1 doub 198 n y CAI HAI KS1 sing 199 n n CAI HAIA KS1 sing 200 n n CAG HAG KS1 sing 201 n n CAG HAGA KS1 sing 202 n n CAH HAH KS1 sing 203 n n CAH HAHA KS1 sing 204 n n CAJ HAJ KS1 sing 205 n n CAJ HAJA KS1 sing 206 n n CAW HAW KS1 sing 207 n n C2 H2 KS1 sing 208 n n NAA HNAA KS1 sing 209 n n NAA HNAB KS1 sing 210 n n CAF HAF KS1 sing 211 n n CAD HAD KS1 sing 212 n n CAB HAB KS1 sing 213 n n NAO HNAO KS1 sing 214 n n CAE HAE KS1 sing 215 n n # _atom_sites.entry_id 4YUQ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014556 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000778 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.01061 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011459 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 CA A 1 501 501 CA CA . D 2 CA A 1 502 502 CA CA . E 2 CA A 1 503 503 CA CA . F 2 CA A 1 504 504 CA CA . G 3 KS1 A 1 505 510 KS1 N54 . H 2 CA B 1 501 501 CA CA . I 2 CA B 1 502 502 CA CA . J 2 CA B 1 503 503 CA CA . K 2 CA B 1 504 504 CA CA . L 3 KS1 B 1 505 510 KS1 N54 . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C CAI KS1 . . . L 3 -38.328 -38.535 -43.043 1 60.18 ? CAI KS1 505 B 1 HETATM 2 C CAG KS1 . . . L 3 -38.521 -37.13 -42.544 1 59.49 ? CAG KS1 505 B 1 HETATM 3 C CAH KS1 . . . L 3 -37.978 -36.241 -43.603 1 56.87 ? CAH KS1 505 B 1 HETATM 4 C CAJ KS1 . . . L 3 -37.003 -37.086 -44.431 1 56.98 ? CAJ KS1 505 B 1 HETATM 5 C CAW KS1 . . . L 3 -36.985 -38.47 -43.762 1 59.8 ? CAW KS1 505 B 1 HETATM 6 N NAX KS1 . . . L 3 -35.825 -38.678 -42.877 1 60.55 ? NAX KS1 505 B 1 HETATM 7 N NAN KS1 . . . L 3 -34.804 -37.756 -42.893 1 59.12 ? NAN KS1 505 B 1 HETATM 8 C C4 KS1 . . . L 3 -35.47 -39.788 -42.183 1 60.56 ? C4 KS1 505 B 1 HETATM 9 N N3 KS1 . . . L 3 -36.226 -40.882 -41.978 1 60.35 ? N3 KS1 505 B 1 HETATM 10 C C2 KS1 . . . L 3 -35.542 -41.841 -41.347 1 53.76 ? C2 KS1 505 B 1 HETATM 11 N N1 KS1 . . . L 3 -34.28 -41.818 -40.907 1 54.07 ? N1 KS1 505 B 1 HETATM 12 C C6 KS1 . . . L 3 -33.543 -40.697 -41.096 1 53.55 ? C6 KS1 505 B 1 HETATM 13 N NAA KS1 . . . L 3 -32.298 -40.651 -40.603 1 49.6 ? NAA KS1 505 B 1 HETATM 14 C C5 KS1 . . . L 3 -34.14 -39.61 -41.777 1 56.62 ? C5 KS1 505 B 1 HETATM 15 C CAR KS1 . . . L 3 -33.795 -38.329 -42.258 1 53.99 ? CAR KS1 505 B 1 HETATM 16 C CAP KS1 . . . L 3 -32.479 -37.643 -42.172 1 49.87 ? CAP KS1 505 B 1 HETATM 17 C CAF KS1 . . . L 3 -31.348 -38.202 -42.757 1 49.24 ? CAF KS1 505 B 1 HETATM 18 C CAS KS1 . . . L 3 -30.128 -37.519 -42.7 1 47.49 ? CAS KS1 505 B 1 HETATM 19 C CAD KS1 . . . L 3 -28.809 -37.72 -43.202 1 47.23 ? CAD KS1 505 B 1 HETATM 20 C CAB KS1 . . . L 3 -28.082 -36.64 -42.835 1 44.91 ? CAB KS1 505 B 1 HETATM 21 N NAO KS1 . . . L 3 -28.869 -35.769 -42.128 1 45.07 ? NAO KS1 505 B 1 HETATM 22 C CAT KS1 . . . L 3 -30.124 -36.303 -42.038 1 43.48 ? CAT KS1 505 B 1 HETATM 23 N NAM KS1 . . . L 3 -31.191 -35.756 -41.448 1 43.49 ? NAM KS1 505 B 1 HETATM 24 C CAE KS1 . . . L 3 -32.344 -36.423 -41.528 1 46.24 ? CAE KS1 505 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 24 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 30 _model_server_stats.query_time_ms 318 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 24 #