data_4Z6C # _model_server_result.job_id ahNMZBEi0xECcaWPKgmrtA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-13 12:07:21' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4z6c # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":401}' # _entry.id 4Z6C # _exptl.entry_id 4Z6C _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 105.96 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4Z6C _cell.length_a 48.18 _cell.length_b 79.274 _cell.length_c 54.372 _cell.Z_PDB 2 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4Z6C _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 E N N ? 5 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 B OP1 DG 9 P DG 9 1_555 F NA NA . P NA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc2 B OP2 DG 9 P DG 9 1_555 F NA NA . P NA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.766 ? metalc ? metalc3 B O3' DA 10 P DA 10 1_555 E MG MG . P MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? metalc ? metalc4 E MG MG . P MG 101 1_555 D OD1 ASP 190 A ASP 190 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.944 ? metalc ? metalc5 E MG MG . P MG 101 1_555 D OD2 ASP 190 A ASP 190 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.684 ? metalc ? metalc6 E MG MG . P MG 101 1_555 D OD1 ASP 192 A ASP 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? metalc ? metalc7 E MG MG . P MG 101 1_555 D OD2 ASP 256 A ASP 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc8 E MG MG . P MG 101 1_555 I O1A 0KX . A 0KX 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc9 F NA NA . P NA 102 1_555 D O THR 101 A THR 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc10 F NA NA . P NA 102 1_555 D O VAL 103 A VAL 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.777 ? metalc ? metalc11 F NA NA . P NA 102 1_555 D O ILE 106 A ILE 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? metalc ? metalc12 F NA NA . P NA 102 1_555 M O HOH . A HOH 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? metalc ? metalc13 C OP1 DC 3 D DC 3 1_555 G NA NA . D NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc14 G NA NA . D NA 101 1_555 L O HOH . D HOH 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.85 ? metalc ? metalc15 G NA NA . D NA 101 1_555 D O LYS 60 A LYS 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.557 ? metalc ? metalc16 G NA NA . D NA 101 1_555 D O LEU 62 A LEU 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.997 ? metalc ? metalc17 G NA NA . D NA 101 1_555 D O VAL 65 A VAL 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.656 ? metalc ? metalc18 D OD1 ASP 190 A ASP 190 1_555 H MG MG . A MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? metalc ? metalc19 D OD2 ASP 192 A ASP 192 1_555 H MG MG . A MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? metalc ? metalc20 H MG MG . A MG 401 1_555 I O2B 0KX . A 0KX 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? metalc ? metalc21 H MG MG . A MG 401 1_555 I O1G 0KX . A 0KX 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc22 H MG MG . A MG 401 1_555 I O1A 0KX . A 0KX 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? metalc ? metalc23 H MG MG . A MG 401 1_555 M O HOH . A HOH 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.115 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N3 DC 2 T DC 2 1_555 C N1 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N4 DC 2 T DC 2 1_555 C O6 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O2 DC 2 T DC 2 1_555 C N2 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N1 DG 3 T DG 3 1_555 C N3 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N2 DG 3 T DG 3 1_555 C O2 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A O6 DG 3 T DG 3 1_555 C N4 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N1 DA 4 T DA 4 1_555 C N3 DT 2 D DT 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N6 DA 4 T DA 4 1_555 C O4 DT 2 D DT 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N3 DC 5 T DC 5 1_555 C N1 DG 1 D DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N4 DC 5 T DC 5 1_555 C O6 DG 1 D DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A O2 DC 5 T DC 5 1_555 C N2 DG 1 D DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N3 DT 7 T DT 7 1_555 B N1 DA 10 P DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A O4 DT 7 T DT 7 1_555 B N6 DA 10 P DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N3 DC 8 T DC 8 1_555 B N1 DG 9 P DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A N4 DC 8 T DC 8 1_555 B O6 DG 9 P DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A O2 DC 8 T DC 8 1_555 B N2 DG 9 P DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N1 DG 9 T DG 9 1_555 B N3 DC 8 P DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A N2 DG 9 T DG 9 1_555 B O2 DC 8 P DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A O6 DG 9 T DG 9 1_555 B N4 DC 8 P DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N3 DC 10 T DC 10 1_555 B N1 DG 7 P DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N4 DC 10 T DC 10 1_555 B O6 DG 7 P DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A O2 DC 10 T DC 10 1_555 B N2 DG 7 P DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N1 DA 11 T DA 11 1_555 B N3 DT 6 P DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N6 DA 11 T DA 11 1_555 B O4 DT 6 P DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N3 DT 12 T DT 12 1_555 B N1 DA 5 P DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A O4 DT 12 T DT 12 1_555 B N6 DA 5 P DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A N3 DC 13 T DC 13 1_555 B N1 DG 4 P DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A N4 DC 13 T DC 13 1_555 B O6 DG 4 P DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A O2 DC 13 T DC 13 1_555 B N2 DG 4 P DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog30 A N6 DA 14 T DA 14 1_555 B O4 DT 3 P DT 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A N1 DG 15 T DG 15 1_555 B N3 DC 2 P DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A N2 DG 15 T DG 15 1_555 B O2 DC 2 P DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A O6 DG 15 T DG 15 1_555 B N4 DC 2 P DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A N3 DC 16 T DC 16 1_555 B N1 DG 1 P DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A N4 DC 16 T DC 16 1_555 B O6 DG 1 P DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A O2 DC 16 T DC 16 1_555 B N2 DG 1 P DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4Z6C _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.020756 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.005935 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012614 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.019129 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 5 MG P 1 101 401 MG MG . F 6 NA P 1 102 402 NA NA . G 6 NA D 1 101 403 NA NA . H 5 MG A 1 401 400 MG MG . I 7 0KX A 1 402 405 0KX 0KX . J 8 HOH T 1 101 3 HOH HOH . J 8 HOH T 2 102 10 HOH HOH . J 8 HOH T 3 103 41 HOH HOH . J 8 HOH T 4 104 16 HOH HOH . J 8 HOH T 5 105 6 HOH HOH . J 8 HOH T 6 106 47 HOH HOH . J 8 HOH T 7 107 27 HOH HOH . K 8 HOH P 1 201 51 HOH HOH . K 8 HOH P 2 202 58 HOH HOH . K 8 HOH P 3 203 17 HOH HOH . L 8 HOH D 1 201 15 HOH HOH . L 8 HOH D 2 202 49 HOH HOH . M 8 HOH A 1 501 33 HOH HOH . M 8 HOH A 2 502 61 HOH HOH . M 8 HOH A 3 503 60 HOH HOH . M 8 HOH A 4 504 53 HOH HOH . M 8 HOH A 5 505 54 HOH HOH . M 8 HOH A 6 506 19 HOH HOH . M 8 HOH A 7 507 29 HOH HOH . M 8 HOH A 8 508 59 HOH HOH . M 8 HOH A 9 509 55 HOH HOH . M 8 HOH A 10 510 1 HOH HOH . M 8 HOH A 11 511 7 HOH HOH . M 8 HOH A 12 512 42 HOH HOH . M 8 HOH A 13 513 4 HOH HOH . M 8 HOH A 14 514 28 HOH HOH . M 8 HOH A 15 515 38 HOH HOH . M 8 HOH A 16 516 11 HOH HOH . M 8 HOH A 17 517 43 HOH HOH . M 8 HOH A 18 518 32 HOH HOH . M 8 HOH A 19 519 13 HOH HOH . M 8 HOH A 20 520 37 HOH HOH . M 8 HOH A 21 521 21 HOH HOH . M 8 HOH A 22 522 45 HOH HOH . M 8 HOH A 23 523 20 HOH HOH . M 8 HOH A 24 524 39 HOH HOH . M 8 HOH A 25 525 24 HOH HOH . M 8 HOH A 26 526 5 HOH HOH . M 8 HOH A 27 527 31 HOH HOH . M 8 HOH A 28 528 23 HOH HOH . M 8 HOH A 29 529 52 HOH HOH . M 8 HOH A 30 530 9 HOH HOH . M 8 HOH A 31 531 18 HOH HOH . M 8 HOH A 32 532 36 HOH HOH . M 8 HOH A 33 533 26 HOH HOH . M 8 HOH A 34 534 8 HOH HOH . M 8 HOH A 35 535 56 HOH HOH . M 8 HOH A 36 536 34 HOH HOH . M 8 HOH A 37 537 30 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id H _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 1.031 _atom_site.Cartn_y -3.236 _atom_site.Cartn_z 17.394 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 27.15 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 401 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 227 _model_server_stats.encode_time_ms 8 _model_server_stats.element_count 1 #