data_4Z73 # _model_server_result.job_id vaXTUb2cmF8FVrReLlVuxA _model_server_result.datetime_utc '2025-09-14 16:52:52' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4z73 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"NA","auth_seq_id":202}' # _entry.id 4Z73 # _exptl.entry_id 4Z73 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 27 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4Z73 _cell.length_a 85.62 _cell.length_b 105.112 _cell.length_c 254.729 _cell.Z_PDB 48 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4Z73 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 1 PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,G,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,HA,IA,ZA,AB,BB,CB,DB,FB 1 1 F,H,I,J,K,L,DA,EA,FA,GA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,EB,GB,HB,IB,JB,KB 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 M N N ? 2 O N N ? 2 P N N ? 2 R N N ? 2 S N N ? 2 T N N ? 2 V N N ? 2 W N N ? 2 X N N ? 2 Y N N ? 2 Z N N ? 2 CA N N ? 2 DA N N ? 2 EA N N ? 2 GA N N ? 2 IA N N ? 2 JA N N ? 2 KA N N ? 2 NA N N ? 2 OA N N ? 2 PA N N ? 2 RA N N ? 2 TA N N ? 2 UA N N ? 2 WA N N ? 2 XA N N ? 2 YA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 66 A ASP 57 1_555 O MN MN . A MN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc2 A O ASP 137 A ASP 128 1_555 M MN MN . A MN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.777 ? metalc ? metalc3 A O GLU 139 A GLU 130 1_555 M MN MN . A MN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc4 A O LYS 142 A LYS 133 1_555 M MN MN . A MN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? metalc ? metalc5 B OD1 ASP 66 B ASP 57 1_555 S MN MN . B MN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.899 ? metalc ? metalc6 B OD2 ASP 66 B ASP 57 1_555 T MN MN . B MN 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? metalc ? metalc7 B O ASP 137 B ASP 128 1_555 R MN MN . B MN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.751 ? metalc ? metalc8 B O LYS 142 B LYS 133 1_555 R MN MN . B MN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc9 C OD1 ASP 66 C ASP 57 1_555 W MN MN . C MN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc10 C O ASP 137 C ASP 128 1_555 V MN MN . C MN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.749 ? metalc ? metalc11 C O GLU 139 C GLU 130 1_555 V MN MN . C MN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? metalc ? metalc12 D OD2 ASP 66 D ASP 57 1_555 Z MN MN . D MN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.598 ? metalc ? metalc13 D O ASP 137 D ASP 128 1_555 Y MN MN . D MN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? metalc ? metalc14 D O LYS 142 D LYS 133 1_555 Y MN MN . D MN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.648 ? metalc ? metalc15 E OD1 ASP 66 F ASP 57 1_555 CA MN MN . F MN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc16 E OD1 ASP 98 F ASP 89 1_555 CA MN MN . F MN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.748 ? metalc ? metalc17 F OD1 ASP 66 G ASP 57 1_555 EA MN MN . G MN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? metalc ? metalc18 F OD1 ASP 98 G ASP 89 1_555 EA MN MN . G MN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? metalc ? metalc19 F O GLU 139 G GLU 130 1_555 DA MN MN . G MN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.735 ? metalc ? metalc20 F O LYS 142 G LYS 133 1_555 DA MN MN . G MN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.927 ? metalc ? metalc21 G OE1 GLU 17 E GLU 8 1_555 IA MN MN . E MN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc22 G OD1 ASP 66 E ASP 57 1_555 IA MN MN . E MN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.667 ? metalc ? metalc23 H OD1 ASP 66 H ASP 57 1_555 JA MN MN . H MN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? metalc ? metalc24 H O ASP 137 H ASP 128 1_555 KA MN MN . H MN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.713 ? metalc ? metalc25 H O GLU 139 H GLU 130 1_555 KA MN MN . H MN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? metalc ? metalc26 H O LYS 142 H LYS 133 1_555 KA MN MN . H MN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? metalc ? metalc27 I OH TYR 51 I TYR 42 1_555 PA MN MN . I MN 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.749 ? metalc ? metalc28 I OD2 ASP 66 I ASP 57 1_555 NA MN MN . I MN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? metalc ? metalc29 I O GLU 139 I GLU 130 1_555 OA MN MN . I MN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.709 ? metalc ? metalc30 I O LYS 142 I LYS 133 1_555 OA MN MN . I MN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? metalc ? metalc31 PA MN MN . I MN 204 1_555 HB O HOH . I HOH 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.671 ? metalc ? metalc32 J O ASP 137 J ASP 128 1_555 RA MN MN . J MN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? metalc ? metalc33 J O GLU 139 J GLU 130 1_555 RA MN MN . J MN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.677 ? metalc ? metalc34 J O LYS 142 J LYS 133 1_555 RA MN MN . J MN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? metalc ? metalc35 K OD1 ASP 66 K ASP 57 1_555 TA MN MN . K MN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? metalc ? metalc36 K OD1 ASP 66 K ASP 57 1_555 UA MN MN . K MN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.704 ? metalc ? metalc37 L OH TYR 51 L TYR 42 1_555 XA MN MN . L MN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? metalc ? metalc38 L OD1 ASP 66 L ASP 57 1_555 XA MN MN . L MN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? metalc ? metalc39 L OD2 ASP 66 L ASP 57 1_555 YA MN MN . L MN 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.72 ? metalc ? metalc40 L O LYS 142 L LYS 133 1_555 WA MN MN . L MN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 4Z73 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.01168 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009514 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003926 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 2 MN A 1 201 185 MN MN . N 3 PO4 A 1 202 5 PO4 PO4 . O 2 MN A 1 203 1 MN MN . P 2 MN A 1 204 2 MN MN . Q 4 POP B 1 201 180 POP POP . R 2 MN B 1 202 185 MN MN . S 2 MN B 1 203 1 MN MN . T 2 MN B 1 204 1 MN MN . U 3 PO4 C 1 201 180 PO4 PO4 . V 2 MN C 1 202 185 MN MN . W 2 MN C 1 203 182 MN MN . X 2 MN C 1 204 181 MN MN . Y 2 MN D 1 201 185 MN MN . Z 2 MN D 1 202 182 MN MN . AA 3 PO4 D 1 203 3 PO4 PO4 . BA 3 PO4 F 1 201 180 PO4 PO4 . CA 2 MN F 1 202 1 MN MN . DA 2 MN G 1 201 185 MN MN . EA 2 MN G 1 202 182 MN MN . FA 3 PO4 G 1 203 1 PO4 PO4 . GA 2 MN G 1 204 3 MN MN . HA 3 PO4 E 1 201 4 PO4 PO4 . IA 2 MN E 1 202 1 MN MN . JA 2 MN H 1 201 182 MN MN . KA 2 MN H 1 202 185 MN MN . LA 3 PO4 H 1 203 2 PO4 PO4 . MA 3 PO4 I 1 201 180 PO4 PO4 . NA 2 MN I 1 202 181 MN MN . OA 2 MN I 1 203 1 MN MN . PA 2 MN I 1 204 1 MN MN . QA 3 PO4 J 1 201 180 PO4 PO4 . RA 2 MN J 1 202 185 MN MN . SA 4 POP K 1 201 180 POP POP . TA 2 MN K 1 202 1 MN MN . UA 2 MN K 1 203 1 MN MN . VA 4 POP L 1 201 180 POP POP . WA 2 MN L 1 202 185 MN MN . XA 2 MN L 1 203 182 MN MN . YA 2 MN L 1 204 1 MN MN . ZA 5 HOH A 1 301 323 HOH HOH . ZA 5 HOH A 2 302 16 HOH HOH . ZA 5 HOH A 3 303 272 HOH HOH . ZA 5 HOH A 4 304 1335 HOH HOH . ZA 5 HOH A 5 305 922 HOH HOH . ZA 5 HOH A 6 306 1331 HOH HOH . ZA 5 HOH A 7 307 1334 HOH HOH . ZA 5 HOH A 8 308 1333 HOH HOH . ZA 5 HOH A 9 309 359 HOH HOH . ZA 5 HOH A 10 310 351 HOH HOH . ZA 5 HOH A 11 311 1352 HOH HOH . ZA 5 HOH A 12 312 1332 HOH HOH . AB 5 HOH B 1 301 1354 HOH HOH . AB 5 HOH B 2 302 1356 HOH HOH . AB 5 HOH B 3 303 257 HOH HOH . AB 5 HOH B 4 304 1246 HOH HOH . AB 5 HOH B 5 305 276 HOH HOH . AB 5 HOH B 6 306 537 HOH HOH . AB 5 HOH B 7 307 1340 HOH HOH . BB 5 HOH C 1 301 1360 HOH HOH . BB 5 HOH C 2 302 7 HOH HOH . BB 5 HOH C 3 303 703 HOH HOH . BB 5 HOH C 4 304 1363 HOH HOH . BB 5 HOH C 5 305 1304 HOH HOH . BB 5 HOH C 6 306 248 HOH HOH . BB 5 HOH C 7 307 1365 HOH HOH . BB 5 HOH C 8 308 1361 HOH HOH . BB 5 HOH C 9 309 1337 HOH HOH . BB 5 HOH C 10 310 1343 HOH HOH . CB 5 HOH D 1 301 837 HOH HOH . CB 5 HOH D 2 302 725 HOH HOH . CB 5 HOH D 3 303 264 HOH HOH . CB 5 HOH D 4 304 724 HOH HOH . CB 5 HOH D 5 305 1357 HOH HOH . CB 5 HOH D 6 306 1344 HOH HOH . CB 5 HOH D 7 307 730 HOH HOH . CB 5 HOH D 8 308 181 HOH HOH . DB 5 HOH F 1 301 243 HOH HOH . DB 5 HOH F 2 302 1353 HOH HOH . DB 5 HOH F 3 303 1293 HOH HOH . DB 5 HOH F 4 304 317 HOH HOH . DB 5 HOH F 5 305 1308 HOH HOH . DB 5 HOH F 6 306 1302 HOH HOH . EB 5 HOH G 1 301 1296 HOH HOH . EB 5 HOH G 2 302 263 HOH HOH . EB 5 HOH G 3 303 354 HOH HOH . EB 5 HOH G 4 304 1367 HOH HOH . EB 5 HOH G 5 305 1368 HOH HOH . EB 5 HOH G 6 306 1326 HOH HOH . EB 5 HOH G 7 307 342 HOH HOH . EB 5 HOH G 8 308 1294 HOH HOH . FB 5 HOH E 1 301 242 HOH HOH . FB 5 HOH E 2 302 161 HOH HOH . FB 5 HOH E 3 303 1342 HOH HOH . FB 5 HOH E 4 304 676 HOH HOH . FB 5 HOH E 5 305 1339 HOH HOH . FB 5 HOH E 6 306 697 HOH HOH . FB 5 HOH E 7 307 344 HOH HOH . GB 5 HOH H 1 301 1314 HOH HOH . GB 5 HOH H 2 302 121 HOH HOH . GB 5 HOH H 3 303 45 HOH HOH . GB 5 HOH H 4 304 1317 HOH HOH . GB 5 HOH H 5 305 341 HOH HOH . GB 5 HOH H 6 306 369 HOH HOH . GB 5 HOH H 7 307 241 HOH HOH . GB 5 HOH H 8 308 738 HOH HOH . GB 5 HOH H 9 309 353 HOH HOH . GB 5 HOH H 10 310 1351 HOH HOH . HB 5 HOH I 1 301 1320 HOH HOH . HB 5 HOH I 2 302 1362 HOH HOH . HB 5 HOH I 3 303 714 HOH HOH . HB 5 HOH I 4 304 1358 HOH HOH . HB 5 HOH I 5 305 1321 HOH HOH . HB 5 HOH I 6 306 34 HOH HOH . HB 5 HOH I 7 307 1315 HOH HOH . HB 5 HOH I 8 308 1366 HOH HOH . HB 5 HOH I 9 309 1313 HOH HOH . HB 5 HOH I 10 310 345 HOH HOH . IB 5 HOH J 1 301 278 HOH HOH . IB 5 HOH J 2 302 681 HOH HOH . IB 5 HOH J 3 303 1319 HOH HOH . IB 5 HOH J 4 304 1364 HOH HOH . IB 5 HOH J 5 305 1330 HOH HOH . IB 5 HOH J 6 306 1349 HOH HOH . IB 5 HOH J 7 307 343 HOH HOH . IB 5 HOH J 8 308 358 HOH HOH . IB 5 HOH J 9 309 356 HOH HOH . IB 5 HOH J 10 310 347 HOH HOH . IB 5 HOH J 11 311 822 HOH HOH . IB 5 HOH J 12 312 1298 HOH HOH . IB 5 HOH J 13 313 251 HOH HOH . IB 5 HOH J 14 314 1299 HOH HOH . IB 5 HOH J 15 315 1290 HOH HOH . JB 5 HOH K 1 301 1025 HOH HOH . JB 5 HOH K 2 302 1359 HOH HOH . JB 5 HOH K 3 303 327 HOH HOH . JB 5 HOH K 4 304 1309 HOH HOH . JB 5 HOH K 5 305 1322 HOH HOH . JB 5 HOH K 6 306 1323 HOH HOH . JB 5 HOH K 7 307 260 HOH HOH . JB 5 HOH K 8 308 679 HOH HOH . JB 5 HOH K 9 309 1045 HOH HOH . JB 5 HOH K 10 310 1327 HOH HOH . KB 5 HOH L 1 301 262 HOH HOH . KB 5 HOH L 2 302 1172 HOH HOH . KB 5 HOH L 3 303 1346 HOH HOH . KB 5 HOH L 4 304 261 HOH HOH . KB 5 HOH L 5 305 346 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id NA _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 106.814 _atom_site.Cartn_y 97.96 _atom_site.Cartn_z 6.811 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 93.04 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 202 _atom_site.auth_asym_id I _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 19 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 20 _model_server_stats.query_time_ms 311 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #