data_4ZWE
#
_model_server_result.job_id            lOIPWIosi63Sll-pY_Nf8w 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-13 07:53:39' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          4zwe 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":703}' 
#
_entry.id    4ZWE 
#
_exptl.entry_id    4ZWE 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              507.181 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          115.03 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            4ZWE 
_cell.length_a            89.083 
_cell.length_b            146.091 
_cell.length_c            98.463 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 4ZWE 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 3 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 4 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 5 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V 1 1 
A,D,E,F,G,H,I,R,S,T,U,V 2 1 
A,C,E,F,G,H,I,O,P,Q,V 3 1 
B,C,J,K,L,M,N,O,P,Q 4 1 
B,D,J,K,L,M,N,R,S,T,U 5 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 J N N 
? 2 M N N 
? 2 N N N 
? 2 P N N 
? 2 Q N N 
? 2 S N N 
? 2 T N N 
? 2 U N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 F O2G DGT . A DGT 702 1_555 R MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? 
metalc ? metalc2 F O1B DGT . A DGT 702 1_555 R MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
metalc ? metalc3 G O3G DGT . A DGT 703 1_555 R MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.989 ? 
metalc ? metalc4 G O2B DGT . A DGT 703 1_555 R MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? 
metalc ? metalc5 G O2A DGT . A DGT 703 1_555 R MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? 
metalc ? metalc6 H O3G DGT . A DGT 704 1_555 L MG MG . B MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc7 H O2B DGT . A DGT 704 1_555 L MG MG . B MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? 
metalc ? metalc8 I MG MG . A MG 705 1_555 N O2B DGT . B DGT 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? 
metalc ? metalc9 I MG MG . A MG 705 1_555 N O1G DGT . B DGT 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.934 ? 
metalc ? metalc10 I MG MG . A MG 705 1_555 U O3G DGT . D DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? 
metalc ? metalc11 I MG MG . A MG 705 1_555 U O2A DGT . D DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? 
metalc ? metalc12 I MG MG . A MG 705 1_555 U O2B DGT . D DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.402 ? 
metalc ? metalc13 J O3G DGT . B DGT 701 1_555 K MG MG . B MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? 
metalc ? metalc14 L MG MG . B MG 703 1_555 M O2G DGT . B DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.857 ? 
metalc ? metalc15 L MG MG . B MG 703 1_555 M O1B DGT . B DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc16 L MG MG . B MG 703 1_555 M O1A DGT . B DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? 
metalc ? metalc17 O MG MG . C MG 701 1_555 P O1A DGT . C DGT 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? 
metalc ? metalc18 O MG MG . C MG 701 1_555 P O1G DGT . C DGT 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
metalc ? metalc19 O MG MG . C MG 701 1_555 P O1B DGT . C DGT 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? 
metalc ? metalc20 O MG MG . C MG 701 1_555 S O3G DGT . D DGT 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.867 ? 
metalc ? metalc21 O MG MG . C MG 701 1_555 S O2B DGT . D DGT 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O13 P3' 
_chem_comp.formula_weight    507.181 
_chem_comp.id                DGT 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G DGT sing 83 n n 
PG O2G DGT sing 84 n n 
O1G HO1G DGT sing 85 n n 
O2G HO2G DGT sing 86 n n 
O3G PG DGT doub 87 n n 
O3B PG DGT sing 88 n n 
PB O3B DGT sing 89 n n 
PB O1B DGT sing 90 n n 
PB O3A DGT sing 91 n n 
O1B HO1B DGT sing 92 n n 
O2B PB DGT doub 93 n n 
PA O3A DGT sing 94 n n 
PA O1A DGT sing 95 n n 
O1A HO1A DGT sing 96 n n 
O2A PA DGT doub 97 n n 
O5' PA DGT sing 98 n n 
O5' C5' DGT sing 99 n n 
C5' H5' DGT sing 100 n n 
C5' "H5'A" DGT sing 101 n n 
C4' C5' DGT sing 102 n n 
C4' H4' DGT sing 103 n n 
O4' C4' DGT sing 104 n n 
C3' C4' DGT sing 105 n n 
C3' O3' DGT sing 106 n n 
C3' H3' DGT sing 107 n n 
O3' HO3' DGT sing 108 n n 
C2' C3' DGT sing 109 n n 
C2' C1' DGT sing 110 n n 
C2' H2' DGT sing 111 n n 
C2' "H2'A" DGT sing 112 n n 
C1' O4' DGT sing 113 n n 
C1' H1' DGT sing 114 n n 
N9 C1' DGT sing 115 n n 
N9 C4 DGT sing 116 n y 
C8 N9 DGT sing 117 n y 
C8 H8 DGT sing 118 n n 
N7 C8 DGT doub 119 n y 
N7 C5 DGT sing 120 n y 
C5 C6 DGT sing 121 n n 
C5 C4 DGT doub 122 n y 
C6 N1 DGT sing 123 n n 
O6 C6 DGT doub 124 n n 
N1 C2 DGT sing 125 n n 
C2 N3 DGT doub 126 n n 
C2 N2 DGT sing 127 n n 
N2 HN2 DGT sing 128 n n 
N2 HN2A DGT sing 129 n n 
C4 N3 DGT sing 130 n n 
N1 H16 DGT sing 131 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     4ZWE 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011225 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.005242 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006845 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011209 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 DGT A 1 701 700 DGT DGT . 
F 2 DGT A 1 702 800 DGT DGT . 
G 2 DGT A 1 703 900 DGT DGT . 
H 2 DGT A 1 704 800 DGT DGT . 
I 3 MG A 1 705 850 MG MG . 
J 2 DGT B 1 701 700 DGT DGT . 
K 3 MG B 1 702 750 MG MG . 
L 3 MG B 1 703 850 MG MG . 
M 2 DGT B 1 704 900 DGT DGT . 
N 2 DGT B 1 705 800 DGT DGT . 
O 3 MG C 1 701 850 MG MG . 
P 2 DGT C 1 702 900 DGT DGT . 
Q 2 DGT C 1 703 700 DGT DGT . 
R 3 MG D 1 701 850 MG MG . 
S 2 DGT D 1 702 800 DGT DGT . 
T 2 DGT D 1 703 700 DGT DGT . 
U 2 DGT D 1 704 900 DGT DGT . 
V 4 HOH A 1 801 3 HOH HOH . 
V 4 HOH A 2 802 2 HOH HOH . 
V 4 HOH A 3 803 1 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG DGT . . . Q 2 -16.849 -17.453 14.446 1 127.03 ? PG DGT 703 C 1 
HETATM 2 O O1G DGT . . . Q 2 -16.38 -18.388 15.531 1 122.02 ? O1G DGT 703 C 1 
HETATM 3 O O2G DGT . . . Q 2 -16.506 -15.988 14.605 1 120.69 ? O2G DGT 703 C 1 
HETATM 4 O O3G DGT . . . Q 2 -18.262 -17.745 14.022 1 141.44 ? O3G DGT 703 C 1 
HETATM 5 O O3B DGT . . . Q 2 -15.986 -17.882 13.145 1 136.47 ? O3B DGT 703 C 1 
HETATM 6 P PB DGT . . . Q 2 -15.807 -19.436 12.729 1 136.52 ? PB DGT 703 C 1 
HETATM 7 O O1B DGT . . . Q 2 -16.657 -20.254 13.685 1 138.83 ? O1B DGT 703 C 1 
HETATM 8 O O2B DGT . . . Q 2 -16.038 -19.589 11.241 1 125.34 ? O2B DGT 703 C 1 
HETATM 9 O O3A DGT . . . Q 2 -14.251 -19.724 13.067 1 122.66 ? O3A DGT 703 C 1 
HETATM 10 P PA DGT . . . Q 2 -13.09 -19.426 11.994 1 107.59 ? PA DGT 703 C 1 
HETATM 11 O O1A DGT . . . Q 2 -11.76 -19.812 12.567 1 109.21 ? O1A DGT 703 C 1 
HETATM 12 O O2A DGT . . . Q 2 -13.526 -19.972 10.669 1 101.4 ? O2A DGT 703 C 1 
HETATM 13 O O5' DGT . . . Q 2 -13.161 -17.82 11.931 1 116.42 ? O5' DGT 703 C 1 
HETATM 14 C C5' DGT . . . Q 2 -12.55 -16.987 12.924 1 107.91 ? C5' DGT 703 C 1 
HETATM 15 C C4' DGT . . . Q 2 -12.251 -15.616 12.322 1 99.3 ? C4' DGT 703 C 1 
HETATM 16 O O4' DGT . . . Q 2 -13.194 -15.351 11.293 1 98.91 ? O4' DGT 703 C 1 
HETATM 17 C C3' DGT . . . Q 2 -12.335 -14.432 13.284 1 94.34 ? C3' DGT 703 C 1 
HETATM 18 O O3' DGT . . . Q 2 -11.07 -13.784 13.446 1 80.31 ? O3' DGT 703 C 1 
HETATM 19 C C2' DGT . . . Q 2 -13.319 -13.459 12.688 1 97.28 ? C2' DGT 703 C 1 
HETATM 20 C C1' DGT . . . Q 2 -13.417 -13.947 11.262 1 103.85 ? C1' DGT 703 C 1 
HETATM 21 N N9 DGT . . . Q 2 -14.699 -13.641 10.574 1 112.5 ? N9 DGT 703 C 1 
HETATM 22 C C8 DGT . . . Q 2 -15.876 -14.316 10.618 1 113.02 ? C8 DGT 703 C 1 
HETATM 23 N N7 DGT . . . Q 2 -16.802 -13.728 9.803 1 109.17 ? N7 DGT 703 C 1 
HETATM 24 C C5 DGT . . . Q 2 -16.196 -12.66 9.222 1 120.46 ? C5 DGT 703 C 1 
HETATM 25 C C6 DGT . . . Q 2 -16.553 -11.595 8.243 1 121.31 ? C6 DGT 703 C 1 
HETATM 26 O O6 DGT . . . Q 2 -17.698 -11.517 7.743 1 125.18 ? O6 DGT 703 C 1 
HETATM 27 N N1 DGT . . . Q 2 -15.622 -10.68 7.917 1 123.35 ? N1 DGT 703 C 1 
HETATM 28 C C2 DGT . . . Q 2 -14.366 -10.709 8.42 1 116.99 ? C2 DGT 703 C 1 
HETATM 29 N N2 DGT . . . Q 2 -13.492 -9.754 8.029 1 113.8 ? N2 DGT 703 C 1 
HETATM 30 N N3 DGT . . . Q 2 -13.949 -11.652 9.301 1 113.09 ? N3 DGT 703 C 1 
HETATM 31 C C4 DGT . . . Q 2 -14.809 -12.619 9.729 1 117.03 ? C4 DGT 703 C 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              88 
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