data_4ZWE # _model_server_result.job_id 1DklOODYvhEwOlSvKro-PQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-13 08:04:03' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 4zwe # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":704}' # _entry.id 4ZWE # _exptl.entry_id 4ZWE _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 507.181 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 12 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 115.03 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 4ZWE _cell.length_a 89.083 _cell.length_b 146.091 _cell.length_c 98.463 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 4ZWE _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 3 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 4 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 5 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V 1 1 A,D,E,F,G,H,I,R,S,T,U,V 2 1 A,C,E,F,G,H,I,O,P,Q,V 3 1 B,C,J,K,L,M,N,O,P,Q 4 1 B,D,J,K,L,M,N,R,S,T,U 5 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 J N N ? 2 M N N ? 2 N N N ? 2 P N N ? 2 Q N N ? 2 S N N ? 2 T N N ? 2 U N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 F O2G DGT . A DGT 702 1_555 R MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? metalc ? metalc2 F O1B DGT . A DGT 702 1_555 R MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? metalc ? metalc3 G O3G DGT . A DGT 703 1_555 R MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.989 ? metalc ? metalc4 G O2B DGT . A DGT 703 1_555 R MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? metalc ? metalc5 G O2A DGT . A DGT 703 1_555 R MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? metalc ? metalc6 H O3G DGT . A DGT 704 1_555 L MG MG . B MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc7 H O2B DGT . A DGT 704 1_555 L MG MG . B MG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? metalc ? metalc8 I MG MG . A MG 705 1_555 N O2B DGT . B DGT 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? metalc ? metalc9 I MG MG . A MG 705 1_555 N O1G DGT . B DGT 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.934 ? metalc ? metalc10 I MG MG . A MG 705 1_555 U O3G DGT . D DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? metalc ? metalc11 I MG MG . A MG 705 1_555 U O2A DGT . D DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? metalc ? metalc12 I MG MG . A MG 705 1_555 U O2B DGT . D DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.402 ? metalc ? metalc13 J O3G DGT . B DGT 701 1_555 K MG MG . B MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc14 L MG MG . B MG 703 1_555 M O2G DGT . B DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.857 ? metalc ? metalc15 L MG MG . B MG 703 1_555 M O1B DGT . B DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc16 L MG MG . B MG 703 1_555 M O1A DGT . B DGT 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? metalc ? metalc17 O MG MG . C MG 701 1_555 P O1A DGT . C DGT 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? metalc ? metalc18 O MG MG . C MG 701 1_555 P O1G DGT . C DGT 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? metalc ? metalc19 O MG MG . C MG 701 1_555 P O1B DGT . C DGT 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc20 O MG MG . C MG 701 1_555 S O3G DGT . D DGT 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.867 ? metalc ? metalc21 O MG MG . C MG 701 1_555 S O2B DGT . D DGT 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O13 P3' _chem_comp.formula_weight 507.181 _chem_comp.id DGT _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G DGT sing 83 n n PG O2G DGT sing 84 n n O1G HO1G DGT sing 85 n n O2G HO2G DGT sing 86 n n O3G PG DGT doub 87 n n O3B PG DGT sing 88 n n PB O3B DGT sing 89 n n PB O1B DGT sing 90 n n PB O3A DGT sing 91 n n O1B HO1B DGT sing 92 n n O2B PB DGT doub 93 n n PA O3A DGT sing 94 n n PA O1A DGT sing 95 n n O1A HO1A DGT sing 96 n n O2A PA DGT doub 97 n n O5' PA DGT sing 98 n n O5' C5' DGT sing 99 n n C5' H5' DGT sing 100 n n C5' "H5'A" DGT sing 101 n n C4' C5' DGT sing 102 n n C4' H4' DGT sing 103 n n O4' C4' DGT sing 104 n n C3' C4' DGT sing 105 n n C3' O3' DGT sing 106 n n C3' H3' DGT sing 107 n n O3' HO3' DGT sing 108 n n C2' C3' DGT sing 109 n n C2' C1' DGT sing 110 n n C2' H2' DGT sing 111 n n C2' "H2'A" DGT sing 112 n n C1' O4' DGT sing 113 n n C1' H1' DGT sing 114 n n N9 C1' DGT sing 115 n n N9 C4 DGT sing 116 n y C8 N9 DGT sing 117 n y C8 H8 DGT sing 118 n n N7 C8 DGT doub 119 n y N7 C5 DGT sing 120 n y C5 C6 DGT sing 121 n n C5 C4 DGT doub 122 n y C6 N1 DGT sing 123 n n O6 C6 DGT doub 124 n n N1 C2 DGT sing 125 n n C2 N3 DGT doub 126 n n C2 N2 DGT sing 127 n n N2 HN2 DGT sing 128 n n N2 HN2A DGT sing 129 n n C4 N3 DGT sing 130 n n N1 H16 DGT sing 131 n n # _atom_sites.entry_id 4ZWE _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011225 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.005242 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006845 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011209 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 DGT A 1 701 700 DGT DGT . F 2 DGT A 1 702 800 DGT DGT . G 2 DGT A 1 703 900 DGT DGT . H 2 DGT A 1 704 800 DGT DGT . I 3 MG A 1 705 850 MG MG . J 2 DGT B 1 701 700 DGT DGT . K 3 MG B 1 702 750 MG MG . L 3 MG B 1 703 850 MG MG . M 2 DGT B 1 704 900 DGT DGT . N 2 DGT B 1 705 800 DGT DGT . O 3 MG C 1 701 850 MG MG . P 2 DGT C 1 702 900 DGT DGT . Q 2 DGT C 1 703 700 DGT DGT . R 3 MG D 1 701 850 MG MG . S 2 DGT D 1 702 800 DGT DGT . T 2 DGT D 1 703 700 DGT DGT . U 2 DGT D 1 704 900 DGT DGT . V 4 HOH A 1 801 3 HOH HOH . V 4 HOH A 2 802 2 HOH HOH . V 4 HOH A 3 803 1 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG DGT . . . M 2 -14.842 8.931 3.848 1 60.07 ? PG DGT 704 B 1 HETATM 2 O O1G DGT . . . M 2 -13.584 9.64 3.415 1 62.04 ? O1G DGT 704 B 1 HETATM 3 O O2G DGT . . . M 2 -14.881 8.869 5.347 1 65 ? O2G DGT 704 B 1 HETATM 4 O O3G DGT . . . M 2 -16.139 9.147 3.143 1 56.77 ? O3G DGT 704 B 1 HETATM 5 O O3B DGT . . . M 2 -14.607 7.439 3.326 1 61.82 ? O3B DGT 704 B 1 HETATM 6 P PB DGT . . . M 2 -14.998 6.118 4.164 1 60.01 ? PB DGT 704 B 1 HETATM 7 O O1B DGT . . . M 2 -15.399 6.507 5.585 1 54.38 ? O1B DGT 704 B 1 HETATM 8 O O2B DGT . . . M 2 -15.907 5.295 3.303 1 59.25 ? O2B DGT 704 B 1 HETATM 9 O O3A DGT . . . M 2 -13.626 5.281 4.071 1 52.72 ? O3A DGT 704 B 1 HETATM 10 P PA DGT . . . M 2 -12.341 5.879 4.79 1 49.8 ? PA DGT 704 B 1 HETATM 11 O O1A DGT . . . M 2 -12.774 6.969 5.737 1 47.68 ? O1A DGT 704 B 1 HETATM 12 O O2A DGT . . . M 2 -11.286 6.129 3.77 1 49.66 ? O2A DGT 704 B 1 HETATM 13 O O5' DGT . . . M 2 -11.829 4.554 5.558 1 50.89 ? O5' DGT 704 B 1 HETATM 14 C C5' DGT . . . M 2 -12.42 4.054 6.746 1 49.23 ? C5' DGT 704 B 1 HETATM 15 C C4' DGT . . . M 2 -11.381 4.218 7.848 1 50.75 ? C4' DGT 704 B 1 HETATM 16 O O4' DGT . . . M 2 -10.211 3.465 7.553 1 52.49 ? O4' DGT 704 B 1 HETATM 17 C C3' DGT . . . M 2 -10.861 5.629 8.077 1 48.09 ? C3' DGT 704 B 1 HETATM 18 O O3' DGT . . . M 2 -11.681 6.276 9.039 1 46.64 ? O3' DGT 704 B 1 HETATM 19 C C2' DGT . . . M 2 -9.445 5.479 8.562 1 47.86 ? C2' DGT 704 B 1 HETATM 20 C C1' DGT . . . M 2 -9.133 4.01 8.336 1 52.47 ? C1' DGT 704 B 1 HETATM 21 N N9 DGT . . . M 2 -7.907 3.716 7.551 1 53.91 ? N9 DGT 704 B 1 HETATM 22 C C8 DGT . . . M 2 -7.016 2.733 7.813 1 53.29 ? C8 DGT 704 B 1 HETATM 23 N N7 DGT . . . M 2 -6.036 2.703 6.883 1 51.3 ? N7 DGT 704 B 1 HETATM 24 C C5 DGT . . . M 2 -6.317 3.671 6.011 1 52.11 ? C5 DGT 704 B 1 HETATM 25 C C6 DGT . . . M 2 -5.692 4.195 4.788 1 54.27 ? C6 DGT 704 B 1 HETATM 26 O O6 DGT . . . M 2 -4.644 3.704 4.312 1 53.03 ? O6 DGT 704 B 1 HETATM 27 N N1 DGT . . . M 2 -6.282 5.223 4.178 1 57.14 ? N1 DGT 704 B 1 HETATM 28 C C2 DGT . . . M 2 -7.413 5.772 4.63 1 57.94 ? C2 DGT 704 B 1 HETATM 29 N N2 DGT . . . M 2 -7.936 6.793 3.92 1 60.65 ? N2 DGT 704 B 1 HETATM 30 N N3 DGT . . . M 2 -8.051 5.343 5.744 1 54.36 ? N3 DGT 704 B 1 HETATM 31 C C4 DGT . . . M 2 -7.545 4.329 6.451 1 52.65 ? C4 DGT 704 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 35 _model_server_stats.parse_time_ms 20 _model_server_stats.create_model_time_ms 30 _model_server_stats.query_time_ms 275 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 31 #