data_5AFP
#
_model_server_result.job_id            F6jqhLWlfQDE9YgQ4JsISQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-08-29 21:34:02' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5afp 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":1187}' 
#
_entry.id    5AFP 
#
_exptl.entry_id    5AFP 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          92.25 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5AFP 
_cell.length_a            40.69 
_cell.length_b            93.69 
_cell.length_c            55.71 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5AFP 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
B,C,J,K,L,N 1 1 
A,D,E,F,G,H,I,M,O 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 E N N 
? 3 F N N 
? 3 G N N 
? 3 J N N 
? 3 K N N 
? 3 L N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O THR 17 A THR 17 1_555 H NA NA . A NA 1188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc2 A O THR 20 A THR 20 1_555 H NA NA . A NA 1188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc3 A O PHE 22 A PHE 22 1_555 H NA NA . A NA 1188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASP 73 A ASP 73 1_555 E CA CA . A CA 1185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc5 A OD1 ASN 75 A ASN 75 1_555 E CA CA . A CA 1185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc6 A OD1 ASP 77 A ASP 77 1_555 E CA CA . A CA 1185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc7 A O ARG 79 A ARG 79 1_555 E CA CA . A CA 1185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc8 A OE1 GLU 84 A GLU 84 1_555 E CA CA . A CA 1185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc9 A OE2 GLU 84 A GLU 84 1_555 E CA CA . A CA 1185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc10 A OD1 ASP 109 A ASP 109 1_555 F CA CA . A CA 1186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc11 A OD1 ASP 111 A ASP 111 1_555 F CA CA . A CA 1186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc12 A OD1 ASP 113 A ASP 113 1_555 F CA CA . A CA 1186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc13 A O TYR 115 A TYR 115 1_555 F CA CA . A CA 1186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc14 A OE2 GLU 120 A GLU 120 1_555 F CA CA . A CA 1186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc15 A OE1 GLU 120 A GLU 120 1_555 F CA CA . A CA 1186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc16 A OD1 ASP 157 A ASP 157 1_555 G CA CA . A CA 1187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc17 A OD1 ASN 159 A ASN 159 1_555 G CA CA . A CA 1187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc18 A OD1 ASP 161 A ASP 161 1_555 G CA CA . A CA 1187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc19 A O LYS 163 A LYS 163 1_555 G CA CA . A CA 1187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? 
metalc ? metalc20 A OE1 GLU 168 A GLU 168 1_555 G CA CA . A CA 1187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc21 A OE2 GLU 168 A GLU 168 1_555 G CA CA . A CA 1187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc22 A O ALA 175 A ALA 175 1_555 I NA NA . A NA 1189 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? 
metalc ? metalc23 E CA CA . A CA 1185 1_555 M O HOH . A HOH 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc24 F CA CA . A CA 1186 1_555 M O HOH . A HOH 2011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc25 B OD1 ASP 73 B ASP 73 1_555 J CA CA . B CA 1185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc26 B OD1 ASN 75 B ASN 75 1_555 J CA CA . B CA 1185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc27 B OD1 ASP 77 B ASP 77 1_555 J CA CA . B CA 1185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc28 B O ARG 79 B ARG 79 1_555 J CA CA . B CA 1185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc29 B OE2 GLU 84 B GLU 84 1_555 J CA CA . B CA 1185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc30 B OE1 GLU 84 B GLU 84 1_555 J CA CA . B CA 1185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc31 B OD1 ASP 109 B ASP 109 1_555 K CA CA . B CA 1186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc32 B OD1 ASP 111 B ASP 111 1_555 K CA CA . B CA 1186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc33 B OD1 ASP 113 B ASP 113 1_555 K CA CA . B CA 1186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc34 B O TYR 115 B TYR 115 1_555 K CA CA . B CA 1186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc35 B OE2 GLU 120 B GLU 120 1_555 K CA CA . B CA 1186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc36 B OE1 GLU 120 B GLU 120 1_555 K CA CA . B CA 1186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc37 B OD1 ASP 157 B ASP 157 1_555 L CA CA . B CA 1187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc38 B OD1 ASN 159 B ASN 159 1_555 L CA CA . B CA 1187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc39 B OD1 ASP 161 B ASP 161 1_555 L CA CA . B CA 1187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc40 B O LYS 163 B LYS 163 1_555 L CA CA . B CA 1187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc41 B OE2 GLU 168 B GLU 168 1_555 L CA CA . B CA 1187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc42 B OE1 GLU 168 B GLU 168 1_555 L CA CA . B CA 1187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc43 J CA CA . B CA 1185 1_555 N O HOH . B HOH 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc44 K CA CA . B CA 1186 1_555 N O HOH . B HOH 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     5AFP 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.024576 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000966 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.010673 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.017964 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 3 CA A 1 1185 1185 CA CA . 
F 3 CA A 1 1186 1186 CA CA . 
G 3 CA A 1 1187 1187 CA CA . 
H 4 NA A 1 1188 1188 NA NA . 
I 4 NA A 1 1189 1189 NA NA . 
J 3 CA B 1 1185 1185 CA CA . 
K 3 CA B 1 1186 1186 CA CA . 
L 3 CA B 1 1187 1187 CA CA . 
M 5 HOH A 1 2001 2001 HOH HOH . 
M 5 HOH A 2 2002 2002 HOH HOH . 
M 5 HOH A 3 2003 2003 HOH HOH . 
M 5 HOH A 4 2004 2004 HOH HOH . 
M 5 HOH A 5 2005 2005 HOH HOH . 
M 5 HOH A 6 2006 2006 HOH HOH . 
M 5 HOH A 7 2007 2007 HOH HOH . 
M 5 HOH A 8 2008 2008 HOH HOH . 
M 5 HOH A 9 2009 2009 HOH HOH . 
M 5 HOH A 10 2010 2010 HOH HOH . 
M 5 HOH A 11 2011 2011 HOH HOH . 
M 5 HOH A 12 2012 2012 HOH HOH . 
M 5 HOH A 13 2013 2013 HOH HOH . 
M 5 HOH A 14 2014 2014 HOH HOH . 
M 5 HOH A 15 2015 2015 HOH HOH . 
N 5 HOH B 1 2001 2001 HOH HOH . 
N 5 HOH B 2 2002 2002 HOH HOH . 
N 5 HOH B 3 2003 2003 HOH HOH . 
N 5 HOH B 4 2004 2004 HOH HOH . 
N 5 HOH B 5 2005 2005 HOH HOH . 
N 5 HOH B 6 2006 2006 HOH HOH . 
N 5 HOH B 7 2007 2007 HOH HOH . 
N 5 HOH B 8 2008 2008 HOH HOH . 
N 5 HOH B 9 2009 2009 HOH HOH . 
N 5 HOH B 10 2010 2010 HOH HOH . 
O 5 HOH D 1 2001 2001 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         G 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               -1.136 
_atom_site.Cartn_y               -1.255 
_atom_site.Cartn_z               35.973 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        38.47 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           1187 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              21 
_model_server_stats.parse_time_ms           9 
_model_server_stats.create_model_time_ms    4 
_model_server_stats.query_time_ms           336 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#