data_5B1W
#
_model_server_result.job_id            w8Xz2nHO3C8WtwQKlofn0Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-21 14:24:38' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5b1w 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":2002}' 
#
_entry.id    5B1W 
#
_exptl.entry_id    5B1W 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5B1W 
_cell.length_a            102.489 
_cell.length_b            105.832 
_cell.length_c            65.387 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5B1W 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        18 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 2' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 3 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,E,F,M 1 1 
B,G,H,N 2 1 
C,I,J,O 3 1 
D,K,L,P 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
? 2 L N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 3 A CYS 106 1_555 A SG CYS 14 A CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 31 A CYS 134 1_555 A SG CYS 127 A CYS 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf3 A SG CYS 100 A CYS 203 1_555 A SG CYS 119 A CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf4 B SG CYS 3 B CYS 106 1_555 B SG CYS 14 B CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
disulf ? disulf5 B SG CYS 31 B CYS 134 1_555 B SG CYS 127 B CYS 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf6 B SG CYS 100 B CYS 203 1_555 B SG CYS 119 B CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf7 C SG CYS 3 C CYS 106 1_555 C SG CYS 14 C CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf8 C SG CYS 31 C CYS 134 1_555 C SG CYS 127 C CYS 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf9 C SG CYS 100 C CYS 203 1_555 C SG CYS 119 C CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf10 D SG CYS 3 D CYS 106 1_555 D SG CYS 14 D CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf11 D SG CYS 31 D CYS 134 1_555 D SG CYS 127 D CYS 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf12 D SG CYS 100 D CYS 203 1_555 D SG CYS 119 D CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
metalc ? metalc1 A O VAL 40 A VAL 143 1_555 E CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASN 42 A ASN 145 1_555 E CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? 
metalc ? metalc3 A OE1 GLU 46 A GLU 149 1_555 E CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? 
metalc ? metalc4 A OE2 GLU 46 A GLU 149 1_555 E CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? 
metalc ? metalc5 A OE1 GLU 92 A GLU 195 1_555 F CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? 
metalc ? metalc6 A OE2 GLU 92 A GLU 195 1_555 F CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? 
metalc ? metalc7 A OG SER 94 A SER 197 1_555 F CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? 
metalc ? metalc8 A OE2 GLU 98 A GLU 201 1_555 F CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? 
metalc ? metalc9 A OD1 ASN 115 A ASN 218 1_555 F CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? 
metalc ? metalc10 A O ASP 116 A ASP 219 1_555 F CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.52 ? 
metalc ? metalc11 A OD1 ASP 116 A ASP 219 1_555 F CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? 
metalc ? metalc12 A OE1 GLU 128 A GLU 231 1_555 E CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? 
metalc ? metalc13 A OE2 GLU 128 A GLU 231 1_555 E CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? 
metalc ? metalc14 F CA CA . A CA 2002 1_555 M O HOH . A HOH 2101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? 
metalc ? metalc15 B O VAL 40 B VAL 143 1_555 G CA CA . B CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? 
metalc ? metalc16 B OD1 ASN 42 B ASN 145 1_555 G CA CA . B CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? 
metalc ? metalc17 B OE1 GLU 46 B GLU 149 1_555 G CA CA . B CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? 
metalc ? metalc18 B OE2 GLU 46 B GLU 149 1_555 G CA CA . B CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? 
metalc ? metalc19 B OE1 GLU 92 B GLU 195 1_555 H CA CA . B CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? 
metalc ? metalc20 B OE2 GLU 92 B GLU 195 1_555 H CA CA . B CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? 
metalc ? metalc21 B OG SER 94 B SER 197 1_555 H CA CA . B CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? 
metalc ? metalc22 B OE2 GLU 98 B GLU 201 1_555 H CA CA . B CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? 
metalc ? metalc23 B OD1 ASN 115 B ASN 218 1_555 H CA CA . B CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? 
metalc ? metalc24 B O ASP 116 B ASP 219 1_555 H CA CA . B CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? 
metalc ? metalc25 B OD1 ASP 116 B ASP 219 1_555 H CA CA . B CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? 
metalc ? metalc26 B OE1 GLU 128 B GLU 231 1_555 G CA CA . B CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? 
metalc ? metalc27 B OE2 GLU 128 B GLU 231 1_555 G CA CA . B CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
metalc ? metalc28 H CA CA . B CA 2002 1_555 N O HOH . B HOH 2101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? 
metalc ? metalc29 C O VAL 40 C VAL 143 1_555 I CA CA . C CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc30 C OD1 ASN 42 C ASN 145 1_555 I CA CA . C CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc31 C OE1 GLU 46 C GLU 149 1_555 I CA CA . C CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? 
metalc ? metalc32 C OE2 GLU 46 C GLU 149 1_555 I CA CA . C CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? 
metalc ? metalc33 C OE1 GLU 92 C GLU 195 1_555 J CA CA . C CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? 
metalc ? metalc34 C OE2 GLU 92 C GLU 195 1_555 J CA CA . C CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? 
metalc ? metalc35 C OG SER 94 C SER 197 1_555 J CA CA . C CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? 
metalc ? metalc36 C OE2 GLU 98 C GLU 201 1_555 J CA CA . C CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? 
metalc ? metalc37 C OD1 ASN 115 C ASN 218 1_555 J CA CA . C CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? 
metalc ? metalc38 C O ASP 116 C ASP 219 1_555 J CA CA . C CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? 
metalc ? metalc39 C OD1 ASP 116 C ASP 219 1_555 J CA CA . C CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? 
metalc ? metalc40 C OE1 GLU 128 C GLU 231 1_555 I CA CA . C CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? 
metalc ? metalc41 C OE2 GLU 128 C GLU 231 1_555 I CA CA . C CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc42 J CA CA . C CA 2002 1_555 O O HOH . C HOH 2101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? 
metalc ? metalc43 D O VAL 40 D VAL 143 1_555 K CA CA . D CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? 
metalc ? metalc44 D OD1 ASN 42 D ASN 145 1_555 K CA CA . D CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? 
metalc ? metalc45 D OE1 GLU 46 D GLU 149 1_555 K CA CA . D CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? 
metalc ? metalc46 D OE2 GLU 46 D GLU 149 1_555 K CA CA . D CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? 
metalc ? metalc47 D OE1 GLU 92 D GLU 195 1_555 L CA CA . D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? 
metalc ? metalc48 D OE2 GLU 92 D GLU 195 1_555 L CA CA . D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? 
metalc ? metalc49 D OG SER 94 D SER 197 1_555 L CA CA . D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? 
metalc ? metalc50 D OE1 GLU 98 D GLU 201 1_555 L CA CA . D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? 
metalc ? metalc51 D OE2 GLU 98 D GLU 201 1_555 L CA CA . D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? 
metalc ? metalc52 D OD1 ASN 115 D ASN 218 1_555 L CA CA . D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? 
metalc ? metalc53 D O ASP 116 D ASP 219 1_555 L CA CA . D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? 
metalc ? metalc54 D OD1 ASP 116 D ASP 219 1_555 L CA CA . D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? 
metalc ? metalc55 D OE1 GLU 128 D GLU 231 1_555 K CA CA . D CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? 
metalc ? metalc56 D OE2 GLU 128 D GLU 231 1_555 K CA CA . D CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc57 L CA CA . D CA 2002 1_555 P O HOH . D HOH 2101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     5B1W 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009757 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009449 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.015294 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 CA A 1 2001 2001 CA CA . 
F 2 CA A 1 2002 2002 CA CA . 
G 2 CA B 1 2001 2001 CA CA . 
H 2 CA B 1 2002 2002 CA CA . 
I 2 CA C 1 2001 2001 CA CA . 
J 2 CA C 1 2002 2002 CA CA . 
K 2 CA D 1 2001 2001 CA CA . 
L 2 CA D 1 2002 2002 CA CA . 
M 3 HOH A 1 2101 3 HOH HOH . 
M 3 HOH A 2 2102 2 HOH HOH . 
N 3 HOH B 1 2101 6 HOH HOH . 
N 3 HOH B 2 2102 7 HOH HOH . 
O 3 HOH C 1 2101 4 HOH HOH . 
P 3 HOH D 1 2101 5 HOH HOH . 
P 3 HOH D 2 2102 1 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         L 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               -44.415 
_atom_site.Cartn_y               19.771 
_atom_site.Cartn_z               17.167 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        16.69 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           2002 
_atom_site.auth_asym_id          D 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              7 
_model_server_stats.parse_time_ms           9 
_model_server_stats.create_model_time_ms    5 
_model_server_stats.query_time_ms           256 
_model_server_stats.encode_time_ms          9 
_model_server_stats.element_count           1 
#